Пространственное строение амилоидогенных Aβ пептидов и их комплексов с модельными мембранами в растоворах методами спектроскопии ЯМР

• Автор: Усачев, Константин Сергеевич
• Шифр специальности: 01.04.07
• Научная степень: Кандидатская
• Год защиты: 2013
• Место защиты: Казань
• Количество страниц: 161 с. : ил.

Оглавление

ОСНОВНЫЕ ОБОЗНАЧЕНИЯ И СОКРАЩЕНИЯ

ВВЕДЕНИЕ

1. ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ

1.1. Двумерная спектроскопия ЯМР

1.2. Гомоядерные корреляционные эксперименты

1.2.1. Эксперимент COSY

1.2.2. Эксперимент TOCSY

1.3. Инверсные гетероядерные корреляционные эксперименты

1.3.1. HMQC эксперимент

1.3.2. HSQC эксперимент
1.3.3. HSQC-HECADE эксперимент
1.4. Ядерный эффект Оверхаузера. NOESY спектроскопия
1.5. Спектроскопия ЯМР ориентированных молекул в лиотропных жидкокристаллических средах
1.6. Расчёты структуры молекул методом молекулярной динамики
2. МАТЕРИАЛЫ И МЕТОДЫ ИССЛЕДОВАНИЯ
2.1. Объекты исследования
2.2. Методы исследования
3. РЕЗУЛЬТАТЫ И ОБСУЖДЕНИЕ
3.1. Строение и свойства белков. Амилоидогенные Ар пептиды
3.2. Мицеллы на основе додецилсульфата натрия
3.3. ПеПТИД APifi-
3.3.1. Структура пептида ApJ6.22 в растворе
3.3.2. Структура пептида AP16.22в комплексе с мицеллами ДСН
3.4.1. Структура пептида АРіз.2з в растворе
3.4.2. Структура пептида АР13.23 в комплексе с мицеллами ДСН
3.5. Пептид АРю-з
3.5.1. Структура пептида Ар10.з5 в растворе
3.5.2. Структура пептида Ар10-з5 в комплексе с мицеллами ДСН
3.6. Бета-амилоид АРыо
3.6.1. Структура бета-амилоида АРыо в растворе
3.6.2. Структура бета-амилоида АРмо в комплексе с мицеллами ДСН
3.7. Бета-амилоид агс-АРмо (Е220)
ОСНОВНЫЕ РЕЗУЛЬТАТЫ И ВЫВОДЫ
ПУБЛИКАЦИИ ПО ТЕМЕ ДИССЕРТАЦИИ
БЛАГОДАРНОСТИ
СПИСОК ЛИТЕРАТУРЫ
ПРИЛОЖЕНИЕ

ОСНОВНЫЕ ОБОЗНАЧЕНИЯ И СОКРАЩЕНИЯ БА - болезнь Альцгеймера
ПБА - белок-предшественник бета-амилоида (в английском варианте amyloid precursor protein, АРР)
ДДВ - диполь-дипольное взаимодействие
ДСН - додецилсульфат натрия
ИП - импульсная последовательность
ККМ - критическая концентрация образования мицелл
КССВ - константа спин-спинового взаимодействия
ММ - молекулярная масса
м.д. — миллионная доля (единица измерения химического сдвига)
ПАВ - поверхностно-активные вещества ССВ - спин-спиновое взаимодействие ССИ - спад свободной индукции
ХС - химический сдвиг (в английском варианте Chemical Shift Index, CSI) ЯМР - ядерный магнитный резонанс ЯЭО - ядерный эффект Оверхаузера
ID, 2D, 3D - одномерный, двумерный (об экспериментах), трехмерная (о структуре)
BIRD - Bilinear Rotation pulse (развязка билинейным вращением)
COSY - Correlation SpectroscopY (корреляционная спектроскопия)
CW - continuous wave (метод непрерывного облучения)
НМВС - Heteronuclear Multiple Bond Correlation (гетероядерный корреляционный метод, основанный на мультиквантовых переходах)
HSQC - Heteronuclear Single Quantum Coherence Spectroscopy (гетероядерный корреляционный метод, основанный на одноквантовых переходах)
HSQC-HECADE - Heteronuclear Couplings from ASSCI-domain experiments with E.COSY-type crosspeaks)
IUPAC - International Union of Pure and Applied Chemistry (Международный союз теоретической и прикладной химии)

z градиенты

"; I ф П'
Г 1 г | | Gi| | 1 ! 02 "02 В П
б) Г U ■

г градненш

DIPSI-

Рисунок 1.15. ИП HSQC-HECADE: темные прямоугольники соответствуют 90° импульсам, светлые - 180° импульсам. Все импульсы приложены вдоль оси х, за исключением тех, для которых направление указано отдельно. Задержка A=l/(21Jis). Время т включает в себя прямоугольной формы градиентный импульс и задержку в 100 мкс. Градиент G] приложен с амплитудой 10 Гс/см и длительностью 2 мс. Градиенты G2 и G3 приложены с длительностью 2.5 и 1 мс, и амплитудой ± 10 и 5 Гс/см, соответственно, где выбор эхо-антиэхо определяется знаком G2. Знак атифазовой когерентности меняется за счет 90° фазового сдвига (Q в эксперименте антиэхо в момент времени ti. Фазовое циклирование здесь (pi=x, -х, ф2=х, х, -х, -х, £=-х, и приемник х, -х, -х, х. В последовательности для усиления чувствительности фаза р выбрана -90° в эхо и 90° в антиэхо, соответственно. Расфокусирующий элемент последовательности R в середине момента времени t* представлен двумя вариантами: (б) BIRD и (в) селективным
180°-импульсом