Вирусные и клеточные гены, вовлеченные в HPV-ассоциированный канцерогенез шейки матки

• Автор: Грицко, Татьяна Михайловна
• Шифр специальности: 14.00.14
• Научная степень: Кандидатская
• Год защиты: 2000
• Место защиты: Москва
• Количество страниц: 128 с. : ил.

Список основных сокращений
Глава I. Обзор литературы
Вирусные и генетические аспекты патогенеза рака шейки матки
1.1. Вирусы папиллом человека как этиологический фактор при раке шейки матки
1.1.1.Структура генома HPV и функции вирусных генов
1.1.2.Роль вирусной интеграции
1.1.3. Трансформация клеток под действием вирусов папиллом
1.2. Генетические изменения в опухолевых клетках шейки матки
1.2.1. Подходы к выявлению генов, ассоциированных
с канцерогенезом
1.2.2.Ген c-MYB
1.2.3. Ген SOD2
1.2.4. Ген RARß
1.3. Заключение
Глава II. Материалы и методы
11.1. Использованные материалы
II. 1.1. Список использованных растворов и сред
11.1.2. Клинические материалы ;
II.1.3. Бактериальные штаммы и плазмидные векторы
II.2. Получение компетентных клеток и трансформация клеток E.coli
И.З. Выделение нуклеиновых кислот
11.3.1 Одновременное выделение ДНК и РНК с помощью гуанидин изотиоционата
11.3.2 Выделение геномной ДНК.
11.3.3 Выделение препаративных количеств плазмидной ДНК.
П.3.4 Выделение плазмидной ДНК из агарозных гелей с помощью набора” “US Bioclean МР kit”
II.3.5 Выделение плазмидной ДНК из агарозных гелей электроэлюцией
II.4 Электрофорез нуклеиновых кислот
11.4.1 Электрофорез геномной ДНК в агарозных гелях
11.4.2 Препаративный электрофорез плазмидной ДНК в агарозных гелях
11.4.3 Электрофорез РНК в денатурирующих агарозных гелях
11.4.4 Электрофорез продуктов полимеразной цепной реакции (PCR) в неденатурирующих полиакриламидных
(ПААГ)
II.5 Гибридизация
11.5.1 Перенос ДНК из геля на фильтры
11.5.2 Перенос РНК из геля на фильтры
11.5.3 Получение препаратов ДНК, меченых Р
11.5.4 Гибридизация ДНК и РНК, иммобилизованных на фильтрах
11.5.5 Авторадиография
П.5.6.Пробы для гибридизации
II.6 Полимеразная цепная реакция (PCR)
11.6.1 Амплификация ДНК
11.6.2 Реакция обратной транскрипции РНК и амплификация кДНК
Глава III. Результаты
[II. 1.Выявление генома HPV типов 16-и 18 в образцах
шухолей и прилегающих нормагьгш; тюл-шх
41.1.1. PCP, с универсальными праймерами
III.1.2. PCR с типоспецифическими праймерами
[II.2. Определение форм персистенции вирусного генома к и
экспрессии эписомальной и интегративной форм HPV тип
II.3. Изучение экспрессии клеточных последовательностей î сайтах интеграции HPV тип
III.4. Исследование экспрессии гена RARß в опухолевых и прилегающих нормальных тканях шейки матки
II.5. Анализ полиморфизма длины рестрикционных фрагментов генов, локализованных на хромосоме 6 в шухолевых и прилегающих нормальных тканях шейки матки ['лава IV. Обсуждение результатов Зыводы
’дав«* V. Описок лчтен'ят«*?*.* благодарности
Таб.1.
Универсальные и типоспецифические праймеры для обнаружения HPV
инфекции.
ТИП праймера Последовательность праймера Положение праймера в геноме HPV
HPV-16 5’- ТСА AAA GCC ACT GTG TTC TG-3’ 5'- CGT GTT CTT GAT GAT CTG CA-3’ 421-440 521
HPV-18 5’- GAC АСА TTG GA A AAA СТА АС-3’ 5’- TAG TGC CCA GCT ATG TTG TG-3’ 392-411 486
GP60 GP124 (Е1-Е7) 5’-TGA GCA AGT ARW WGA AGC TCA G-3’ 5’-TTC С AG TTC AGW AYW GCC ATA-3’ 636-1283*
MY11 MY09 (1,1) 5’- CGT CCM CRR GGA WAC TGA TC-3’ 5’- GCM CAG GGW CAT AAY AAT GG-3’ 6581-7033*
* Средние величины (размер продукта амплификации для каждого типа вируса указаны в главе III, раздел III.2.1). М=А-С; 11=А-0; У=А-Т; У=С-Т (МД,У,У - общепринятые обозначения вырожденных оснований [Тт§,Мапоз 1990; ЗЬатапт й а!., 1994]