Новые маркеры аномального метилирования ДНК при раке молочной железы, идентифицированные непредвзятым скринингом дифференциального метилирования геномов

• Автор: Руденко, Виктория Владимировна
• Шифр специальности: 03.02.07
• Научная степень: Кандидатская
• Год защиты: 2012
• Место защиты: Москва
• Количество страниц: 166 с. : ил.

СОДЕРЖАНИЕ
СПИСОК ИСПОЛЬЗУЕМЫХ СОКРАЩЕНИЙ
ВВЕДЕНИЕ
Глава 1. ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ
1.1. Особенности морфологии молочной железы
1.4. Стволовая клетка молочной железы
1.5. Влияние микроокружения на инициацию и прогрессию РМЖ
1.6. Наследственные и спорадические формы РМЖ
1. 7. Клинико-морфологические параметры и их системы
1.12. Значение метилирования в норме и в процессах канцерогенеза
1ЛЗ. Маркеры гипо- и гиперметилирования
1.14. Диагностические маркеры метилирования
1.15. Применение маркеров метилирования в прогностических системах
для РМЖ
1.17. Применение маркеров метилирования в морфологической и молекулярной таксономии РМЖ
Глава 2. МАТЕРИАЛЫ И МЕТОДЫ
2.1. Клинический материал
2.2. Забор крови, операционного и биопсийного материала
2.3. Выделение геномной ДНК
2. 4. Ферментативный гидролиз ДНК и лигирование с адаптерами
2.5. Полимеразная цепная реакция для метода АИМС
2. 6. Рестрикционный анализ
2.7. Картирование по аналогии
2.8. Фрагментный анализ продуктов АИМС
2. 9. Обработка ДНК бисульфитом натрия
2. 10. Метил-специфическое секвенирование
2. 11. Электрофорез в ПААГ
2. 12. Ультратонкое окрашивание нитратом серебра
2. 13. Программное обеспечение
2.14. Статистическая обработка данных
Глава 3. РЕЗУЛЬТАТЫ И ОБСУЖДЕНИЕ
3.1. Модификация исходного протокола метода амплификации интерметилированных сайтов (АИМС)
3.1.1. Модификации метода АИМС на этапе лигирования
3.1.2. Модификации метода АИМС на этапе ПЦР
3.1.3. Модификации метода АИМС на этапах визуализации и геномной идентификации продуктов АИМС
3.2. Характеристика метилирования нормальных и опухолевых геномов модифицированным методом АИМС
3.2.1. Характеристика метилирования геномов модифицированным методом АИМС с удлинителем вСв
3.2.2. Характеристика метилирования участков геномов модифицированным методом АИМС с удлинителем ССО

3.3. Описание функциональной значимости выявленных геномных локусов
3.4. Формирование систем диагностических маркеров метилирования и выявление клинико-генетических корреляций
3.4.1. Характеристика метилирования исследуемых локусов в норме и при РМЖ
3.4.2. Ассоциации маркеров метилирования с клиникоморфологическими характеристиками РМЖ
3.4.3. Формирование системы маркеров для диагностики РМЖ
ЗАКЛЮЧЕНИЕ
ВЫВОДЫ
СПИСОК ЛИТЕРАТУРЫ

СПИСОК ИСПОЛЬЗУЕМЫХ СОКРАЩЕНИЙ АА - акриламид
ДНК - дезоксирибонуклеиновая кислота МС-ПЦР - метилспецифическая ПЦР
МС-ДГГЭ - метилспецифический денатурирующий градиентный гель-электрофорез
МЧ-ПЦР - метилчувствительная ПЦР МС-сиквенс - метилспецифический сиквенс
ОТ-ПЦР - полимеразная цепная реакция с обратных транскриптов ПААГ - полиакриламидный гель ПГ - потеря гетерозиготности
ПДРФ - полиморфизм длин рестрикционных фрагментов
ПК - протеинкиназы
п.н. - пара нуклеотидов
ПЦР - полимеразная цепная реакция
РМЖ - рак молочной железы
ЭДТА - натриевая соль этилендиаминтетрауксусной кислоты
АРЬ - аммония персульфат
сЮ'ГР - дезоксицитидинтрифосфат
ЙЖР - дизоксинуклеотидтрифосфат
ЙТТР - дезокситимидинтрифосфат
РВЬ - фосфатный буфер
ЬЭЬ - додецилсульфат натрия
ЬЬС - статдартный солевой раствор: 0,15 М хлорид натрия, 0,015 М цитрат натрия
ЬЬСР - метод анализа конформации однонитевых фрагментов ТВЕ - трис-боратный буфер: 89 тМ трис-борат, 89 шМ борная кислота, 2 шМ ЭДТА ТЕ - 10 шМ трис-НС1, pH 8.0, 1 тМ ЭДТА ТЕМЕЦ - тетраметилэтилендиамин

я g я

Г-0Ц d>
X я 2"» « я
со « >» О X в
* з 81 я

~ Й S я
5 X *
З KN *Х
я 5, я
Я В ! м <и X й я я 5 s g н н Є
я -Є X о S s
Я ч В Й

о о в В

в- §

Û0 Вн
м я о о

•в4 g 2 я

з я я <и

я я я

<Ю G

CL я

і—і я
3 а па
я Я "

4 X
<о з

1 * І §

§ я я и

4 о я

Е/ лі
>, ч

- & о

§ & І

er ä
ü îrt Cu

2 * fc X
О Я Я X
о. И я g

ч -в-Ö S g я ч
X 3 я я

х> я

в га
Я о 2 о 3 2 w

2 Ч со U
Ю H,

s я в х

го Я Хт Я

S о со
Ох Cd
в а Н О
« і—( а
а а н
а й <и а
i> та Н S со 0)
S О со ч
а cd а> 0J
Он Н О ю к
а S а >я
(U а о а ч а ч а о о я я
Рн . (0 а о
о X а ч
н а а о
о ч 0) S
cd >> * X
а cd cd
0
та і—<
-Є га 2 >' я о ч я

й я О
М V н
1) g
G о V
и Я д
й я О
-ц-н Н О-*
а а о
О -Q_i н
я 1?

3 я я 1)

>В О
я я о

4 X -, га га X» X»
со їі
X X Я я
D О Я Я
у & §

0 0>

га о
'S4 Я « р

Х> И Я га Я Я
га Й га s
я ч X 3 я я я я

'S4 т©' я 2 2 Й, я я 1?
Я Ч ä X X я з я

га X
а Ч я о

X 3 я я 0>

О га X) Я го т в ÏZ ÏZ,

га g

га я и н Б о

а ° Я S

6 я о «