Генотипирование серотипов вируса блютанга

• Автор: Панферова, Агнеса Владимировна
• Шифр специальности: 03.02.02
• Научная степень: Кандидатская
• Год защиты: 2012
• Место защиты: Покров
• Количество страниц: 130 с. : ил.

 СОДЕРЖАНИЕ
СПИСОК СОКРАЩЕНИЙ
ВВЕДЕНИЕ
1 ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ
1.1 Молекулярно-эпизоотологические исследования вируса блю-танга
1.2 Вариабельные и консервативные сегменты генома вируса блю-танга
1.3 Особенности генов, кодирующих белки внешнего слоя капсида вируса блютанга
1.4 Особенности генов, кодирующих белки кора вируса блютанга
1.5 Особенности генов, кодирующих неструктурные белки вируса блютанга
1.6 Эпизоотологический анализ распространения блютанга в Европе
1.6.1 Молекулярно-эпизоотологический анализ распространения вируса блютанга первого серотипа
1.6.2 Молекулярно-эпизоотологический анализ распространения вируса блютанга второго серотипа
1.6.3 Молекулярно-эпизоотологический анализ распространения вируса блютанга четвертого серотипа
1.6.4 Молекулярно-эпизоотологический анализ распространения вируса блютанга шестого серотипа
1.6.5 Молекулярно-эпизоотологический анализ распространения вируса блютанга восьмого серотипа
1.6.5.1 Анализ одиночной нуклеотидной замены (полиморфизма) БИР анализ
1.6.6 Молекулярно-эпизоотологический анализ распространения вируса блютанга девятого серотипа
1.6.7 Молекулярно-эпизоотологический анализ распространения вируса блютанга шестнадцатого серотипа
1.7 Филогенетический анализ нуклеотидных последовательностей генов, кодирующих неструктурные белки вируса блютанга и определение реассортаций
1.8 Распространение блютанга на территории Российской Федерации
1.9

2.1
2.1
2.1
2.1
2.1
2.1
2.1.7 2.2 2.2.1 2.2
2.2
2.2.4 2.2.5. 2.2
2.2
2.2
2.2
2.2

Выводы и обсуждения по обзору литературы
СОБСТВЕННЫЕ ИССЛЕДОВАНИЯ
Материалы
Вирусы
Пробы крови, искусственно контаминированной ВБ и от экс
периментально зараженных животных
Животные
Культуры клеток
Плазмида и бактериальные штаммы
Реактивы
Лабораторное оборудование
Методы
Выделение и очистка нуклеиновых кислот
Проведение ОТ-ПЦР с детекцией продуктов амлификации
методом электрофореза
Анализ ПЦР-продуктов
ОТ-ПЦР с детекцией продуктов амлификации в режиме реаль- 57 ного времени
Нуклеотидное секвенирование
Молекулярное клонирование продуктов ПЦР
Программное обеспечение и интернет-ресурсы
Филогенетический анализ
Оценка аналитической чувствительности и специфичности
Оценка линейности и эффективности амплификации

Оценка воспроизводимости реакций
Постановка ИФА
Статистическая обработка результатов исследований
РЕЗУЛЬТАТЫ ИССЛЕДОВАНИЙ И ОБСУЖДЕНИЕ
Разработка ОТ-ПЦР для идентификации вируса блютанга 1, 2, 4, 6, 8, 9, 11 и 16 серотипов
Разработка мультиплексных вариантов серотип-специфичес-ких ОТ-ПЦР с детекцией продуктов амплификации в режиме реального времени для идентификации вируса блютанга 1 и 8, 4 и 16 серотипов
Разработка рекомбинантных положительных контролей для мультиплексных вариантов ОТ-ПЦР РВ для идентификации вируса блютанга 1 и 8, 4 и 16 серотипов Оценка разработанных мультиплексных вариантов ОТ-ПЦР РВ при исследовании клинического материала от экспериментально зараженных вирусом блютанга животных Филогенетический анализ изолятов вируса блютанга 8 серо-типа, выделенных от импортированного в РФ крупного рогатого скота
Молекулярно-генетический анализ участка 2 сегмента генома изолятов вируса блютанга, выделенных от импортированного крупного рогатого скота
Молекулярно-генетический анализ участка 7 сегмента генома изолятов вируса блютанга, выделенных от импортированного крупного рогатого скота
Молекулярно-генетический анализ участка 10 сегмента генома изолятов вируса блютанга, выделенных от импортированного крупного рогатого скота
Филогенетический анализ вируса блютанга 16 серотипа штамма Тапхар
Молекулярно-генетический анализ участка 2 сегмента генома вируса блютанга штамма Тапхар
Молекулярно-генетический анализ участка 3 сегмента генома вируса блютанга штамма Тапхар
Молекулярно-генетический анализ участка 5 сегмента генома вируса блютанга штамма Тапхар
Молекулярно-генетический анализ участка 6 сегмента генома вируса блютанга штамма Тапхар

2 СОБСТВЕННЫЕ ИССЛЕДОВАНИЯ
2.1 Материалы
2.1.1 Вирусы
В работе использовали культуральный вирус блютанга из лаборатории Музейных штаммов ВНИИВВиМ: культуральные референтные штаммы ВБ 24 серотипов в культуре клеток ВНК-21/13 (КБАгптЛ - 118Агггг/24), инфекционная активность 6,0 ТЦД50/см3; референтный штамм ВБ 26 серотипа в культуре клеток ВНК-21/13 с инфекционной активностью 6,0 - 6,5 ^ ТЦД5о/см3; полевой изолят ВБ 1 серотипа Испания с инфекционной активностью 6,5 % ТЦДэд/см' в культуре клеток ВНК-21/13; ВБ 2 серотипа штамм 1ТЬ2002/07 с инфекционной активностью 6,5 ^ ТЦДзо/см3 в культуре клеток ВНК-21/13; ВБ 4 серотипа, изолят БРА2005/05, инфекционная активность 6,25 1р ТЦД50/см3 в культуре клеток ВНК-21/13; ВБ 8 серотипа изолят ФК/1-08, инфекционная активность 6,0 - 6,5 ^ ТЦД50/см3 в культуре клеток Уего; ВБ 8 серотипа изолят ФК/2-09, инфекционная активность 6,0 - 6,5 % ТЦД50/СМ3 в культуре клеток Уего; ВБ 8 серотипа изолят ФК/3-09 с инфекционной активностью 6,0-6,5 1е ТЦД50/см3 в культуре клеток Уего; ВБ 8 серотипа изолят ФКл/4-09 с инфекционной активностью 6,0 - 6,5 1§ ТЦД50/см3 в культуре клеток Уего; культуральный материал ВБ 8 серотипа изолят ФН/5-09 с инфекционной активностью 6,0 - 6,5 % ТЦД50/см3 в культуре клеток Уего; культуральный вирусный материал ВБ 16 серотипа изолят 1ТБ2004/01 с инфекционной активностью 6,25 1§ ТЦД50/см3 в культуре клеток ВНК-21/13; культуральный материал ВБ 16 серотипа штамм Тапхар, инфекционная активность 6,75 К ТЦД50/СМ3 в культуре клеток ПСГК; штамм Нью-Джерси вируса ЭГБО, инфекционная активность 6,0 ^ ТЦД50/см3 в культуре клеток ПСГК; вирус ЭГБО штамм Альберта в 10 % суспензии мозга мышей, инфекционная активность 6,0 ^ ТЦД50/см3; культуральный вирус АЧЛ изолят Уттар-Прадеш 9 серотипа, инфекционная активность 5,5 ^ ТЦД50/см3.