Структурно-функциональная организация регуляторной области гена уридинфосфорилазы E. coli и Salmonella typhimurium

• Автор: Домакова, Елена Владимировна
• Шифр специальности: 03.00.15
• Научная степень: Кандидатская
• Год защиты: 1999
• Место защиты: Москва
• Количество страниц: 146 с.

ОГЛАВЛЕНИЕ
1. ВВЕДЕНИЕ
2.ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ
Глава 1. Общая характеристика транскрипционного цикла прокариот
1.1. РНК-полимераза и структурные элементы промотора
1.2. Модуляция активности промотора
Глава 2. Взаимодействие элементов негативного и позитивного контроля в регуляции экспрессии бактериальных оперонов
2.1.Феномен катаболитной репрессии '
2.2. Генетический контроль катаболитной репрессии у Е. сой
2.3. Активирующий транскрипцию комплекс cAMP-CRP
2.4. Классификация CRP-зависимых промоторов
2.4.1. Лактозный оперон
2.4.2. Галактозный оперон
2.4.3.Мальтозный оперон
2.5. Множественные операторные участки и образование петлевых структур в ДНК
2.6. Общая характеристика гистоноподобных белков
2.7.ДНК-связывающий белок FIS и его роль в
регуляции транскрипции
2.8. ДНК-связывающий белок IHF и его функции в клетке
2.9. Влияние суперспирализации ДНК на активацию транскрипции
2.10. Заключение
Глава 3.Особенности структурно-функциональной организации и регуляции генов катаболизма нуклеозидов
3.1. Структурно-функциональная организация белка CytR
3.2. Структура и регуляция экспрессии генов deo- оперона
3.3. Регуляция экспрессии гена tsx
3.4 Регуляция экспрессии гена nupG
3.5. Регуляции экспрессии гена cdd
3.6. Регуляции экспрессии гена udp 67 ЭКСПЕРИМЕНТАЛЬНАЯ ЧАСТЬ
МАТЕРИАЛЫ И МЕТОДЫ
Глава. 4.Роль межгенной области metE-udp в регуляции экспрессии гена udp Escherichia coli
4.1. Клонирование и определение нуклеотидной последовательности межгенной области metE-udp
4.2. Компьютерный анализ нуклеотидной
последовательности регуляторной области гена udp
4.3. Экспрессия гена udp в штаммах, дефектных по белкам
IHF и FIS
4.4. Зависимость экспрессии гена udp от размера регуляторной области
4.5. Особенности экспрессии гена udp у промоторных мутантов udpP264 и udpPl 98 Глава.5.Мутационный анализ основного сайта связывания белка CytR в регуляторной области гена udp Escherichia coli
5.1 .Влияние нуклеотидных замен в пентамере TGCAA
на экспрессию гена udp
5.2. Влияние полученных мутаций на способность промоторак титрованию белка-репрессора CytR
Глава 6. Анализ структуры и регуляции udpP промотора

у S.typhimurium
6.1. Анализ структурной организации регуляторной области гена udp S.typhimurium
6.2 Изучение регуляции udp промотора S.typhimurium в системе in vivo
ОБСУЖДЕНИЕ
ВЫВОДЫ
СПИСОК ЛИТЕРАТУРЫ

закрытого комплекса, получение промоторного мутанта Р/ (Рщ/5), для инициации транскрипции которого не требуется комплекс eAMP-CRP). Полученные результаты показали, что взаимодействие LacI с оператором и образование инициирующего комплекса — два взаимно исключающих процесса. Равновесие между свободным и связанным в репрессионный комплекс LacI является термодинамическим процессом [83].
Кооперативное связывание LacI с О; и псевдооператорами приводит к образованию петли ДНК. Этот процесс прямо коррелирует со степенью негативной суперспирализации ДНК. Состояние суперспирализации ДНК является необходимым условием для образования петли между О] и 03, как при изучении в системе in vivo, так и in vitro [16,138]. В соответствии с моделью, предложенной Schlax с соавторами [138], формирование ДНК-петли является процессом пассивным, т.е. в результате усиления связывания репрессора с основным оператором снижается эффективность связывания РНК-полимеразы с промотором. Неожиданно было обнаружено, что образующаяся петля ДНК при связывании LacI с О, и 03 ассоциирует с резким изгибом ДНК в последовательности ТТТАТ, которая расположена между -35 и -10 областью промотора и на половине расстояния меясду сайтами связывания белка-репрессора О, и 03 [16]. Изгибы молекулы ДР1К в промоторной области могут помогать формированию петли ДНК и играть непосредственную роль в создании препятствий для инициации транскрипции.
Согласно данным футпринт анализа промоторной области lac-оперона, связывание CRP с ДНК довольно слабо зависит от присутствия РНК-полимеразы. Полученные данные предполагают, что основную роль в механизме активации lac-