Сравнительный структурно-функциональный анализ генов тирозинаминотрансферазы человека и крысы

• Автор: Морозов, Игорь Владимирович
• Шифр специальности: 03.00.04
• Научная степень: Кандидатская
• Год защиты: 1998
• Место защиты: Новосибирск
• Количество страниц: 132 с. : ил.

СОДЕРЖАНИЕ

СПИСОК СОКРАЩЕНИЙ
ВВЕДЕНИЕ
1. ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ И
1.1. Регуляция экспрессии генов стероидными гормонами
1.1.1. Структура и функции стероидных гормонов
1.1.2. Строение рецептора глюкокортикоидов
1.1.3. Изменение структуры хроматина под действием глюкокортикоидов
1.1.4. Участки ДНК, ответственные за связывание с рецептором
глюкокортикоидов
1.1.5. Синергичное взаимодействие глюкокортикоидного рецептора с другими
транскрипционными факторами
1.2. Гентирозинаминотрансферазы - модель для изучения молекулярных
механизмов регуляции экспрессии генов.
1.2.1. Строение и свойства тирозинаминотрансферазы
1.2.2. Структура генов ТАТ
1.2.3. Регуляция экспрессии генов ТАТ глюкокортикоидами
2. МАТЕРИАЛЫ И МЕТОДЫ
2.1. Материалы и реактивы, использованные в работе
2.2. Выделение препаратов ДНК из образцов клеток и тканей
2.2.1. Выделение геномной ДНК
2.2.1.1. Выделение геномной ДНК из тканей млекопитающих
2.2.1.2. Выделение геномной ДНК из крови

2.2.1.3. Выделение геномной ДНК из гепатоцитов
2.2.2. Выделение ДНК из клеток Е.соИ
2.2.2.1. Выделение плазмидной дцДНК с использованием термического лизиса
2.22.2. Выделение плазмидной дцДНК с использованием щелочного лизиса
2.2.2.3. Выделение плазмидной дцДНК с использованием ионообменной 47 хроматографии
2.2.2А Выделение оцДНК бактериофага М13 из бактериальных клеток
2.3. Получение препаратов ДНК с использованием полимеразной цепной 50 реакции
2.3.1. Использование техники "горячего старта" для повышения специфичности 51 полимеразной цепной реакции
2.3.2. Использование изменяющейся температуры гибридизации для повышения 52 выхода и специфичности реакции
2.3.3. Использование глицерина для понижения температуры плавления дцДНК 56 и стабилизации ДНК-полимеразы
2.3.4. Использование термостабильной ДНК-полимеразы с 3-5' экзонуклеазной 60 активностью для амплификации длинных фрагментов ДНК
2.4. Ферментативная обработка препаратов ДНК
2.4.1. Гидролиз ДНК эндонуклеазами рестрикции
2.4.2. Гидролиз ДНК МшщВеап нуклеазой
2.4.3. Введение радиоактивной метки в ДНК
2.4.3.1. С использованием фрагмента Кленова ДНК-полимеразы I Е.соИ
2.4.3.2. С использованием полинуклеотидкиназы бактериофага Т4
2.4.4. Лигирование фрагментов дцДНК с использованием ДНК-лигазы 64 бактериофага Т4

2.5. Анализ и очистка препаратов ДНК методами гель-электрофореза
2.5.1. Электрофорез в гелях агарозы
2.5.2. Электрофорез в полиакриламидном геле
2.5.3. Разделение цепей дцДНК электрофорезом в полиакриламидном геле
2.5.4. Выделение ДНК из гелей электроэлюцией в ячейках фирмы "ISCQ"
2.5.5. Выделение ДНК из агарозного геля методом сорбции на стекловолокне
2.5.6. Выделение ДНК из агарозных гелей сорбцией на DEAE-81 целлюлозу в
процессе электрофореза
2.5.7. Очистка олигонуклеотидов в денатурирующем полиакриламидном геле с 73 непрерывной элюцией и спектрофотометрической детекцией
2.6. Клонирование фрагментов ДНК в составе бактериальных векторных ДНК
2.7. Определение нуклеотидной последовательности (секвенирование) 78 фрагментов ДНК
2.7.1. Методом химической модификации по Максаму-Гилберту
2.7.1.1. В жидкой фазе
2.7.1.2. С использованием сорбции на DEAE-81 целлюлозе
2.7.1.3. Комбинированным методом
2.7.2. Методом специфической терминации полимеризации по Сэнгеру
2.7.2.1. Секвенирование оцДНК бактериофага Ml3
2.122. Секвенирование суперскрученной дцДНК плазмид с использованием 86 щелочной денатурации
2.123. Секвенирование суперскрученной дцДНК плазмид с использованием 86 денатурации в присутствии гликолей
2.7.2.4. Секвенирование с использованием флюоресцентно меченных праймеров и 87 детекции на автоматическом секвенаторе Applied Biosystems 370А

Рис. 1,2.3а. Основные единицы регуляции транскрипции гена
тирозинаминотрансферазы крысы. Взаимодействие факторов, регулирующих транскрипцию (8сЬуе12ег-Сгоуег е1 а!., 1994).
СЯ - комплекс глюкокортикоида с рецептором (красный); Н№3 - фактор тканевой специфичности печени 3 (синий);
НМЧ - фактор тканевой специфичности печени 4 (оранжевый); СЯЕВ - белок, связывающийся с сайтами, ответственными за регуляцию транскрипции цАМФ (зеленый);
ТБЕ ! - регуляторная субъединица протеинкиназы А (желтый);
С - цАМФ (белый);