Характеристика новых бета-пропеллерных белковых доменов, гомологичных фолдону фибритина бактериофага Т4

• Автор: Латыпов, Олег Рустамович
• Шифр специальности: 03.00.04
• Научная степень: Кандидатская
• Год защиты: 2008
• Место защиты: Казань
• Количество страниц: 84 с. : ил.

СПИСОК СОКРАЩЕНИЙ ДНК - дезоксирибонуклеиновая кислота ДСН - додецилсульфат натрия
ИПТГ - изопропил-бета-П-тиогалактозид

КДа - килодальтон
п.н. - пара нуклеотидов
а.о. - аминокислотный остаток
ПААГ - полиакриламидный гель
пг - продукт гена
ПЦР - полимеразная цепная реакция ПЭГ - полиэтиленгликоль Трис - трис-гидроксиметиламинометан ЭДТА - этилендиаминтетраацетат натрия.
ДХФ - длинные хвостовые фибриллы

Список сокращений
I. Введение
1.1. Актуальность проблемы
1.11. Цель и задачи работы
1.111. Положения, выносимые на защиту

I.IV. Научная новизна и практическая ценность работы
I.V. Апробация работы
I.VI. Публикации по теме диссертации
I.VII. Место проведения работы
II. Обзор литературы
11.1. Фолдинг белков и его основные закономерности
11.11. Бактериофаг Т4. Семейство Т4-подобных бактериофагов
11.111. Современная теория эволюции Т4-подобных бактериофагов
II.IV. Фибритины Т4-подобных бактериофагов: особенности
структуры, функции и эволюции
II.V. Особенности структурной организации и олигомеризации фолдона фибритина бактериофага Т4
II.VI. Методы предсказания и моделирования белковых структур
III. Материалы и методы
111.1. Штаммы бактерий

111.11. Среды для культивирования и хранения бактерий
111.111. Изоляция бактериофагов
III.IV. Библиотека случайных клонов, клонирование и выделение
плазмидной ДНК
III.V. ПЦР, олигонуклеотидные праймеры и секвенирование
III.VI. Электронная микроскопия

III.VII. Приготовление компетентных клеток E. coli и трансформация
плазмидной ДНК
III.VIII. Экспрессия, выделение и очистка пг wac и вариантов его Сконцевого домена
III.IX. Ограниченный протеолиз
III.X. Гидролиз тромбином
III.XI. Спектроскопия кругового дихроизма
III.XII. Предсказание вторичной и третичной структуры
f . I *
IV. Результаты исследования
IV.I. Изоляция нового Т-чётного бактериофага JS98C3
IV.II. Последовательность гена wac
IV.III. Последовательность гена
IV.IV. Анализ последовательности генов wac бактериофагов JS98 и
JS98C3
IV.V. Экспрессия фибритина бактериофага JS98C3
IV.VI. Ограниченный протеолиз фибритина бактериофага
JS98C3
IV.VII. Экспрессия фибритина фага JS98C3 с делецией части Сконцевого домена
IV.VIII. С-концевой домен фибритина фага JS98C3
IV.IX. Спектроскопия кругового дихроизма
IV.X. Поиск последовательностей, гомологичных фолдону фибритина фага Т4 в GenBank
IV.XI. Моделирование вторичных и третичных структур фолдонов фибритина фага JS98C3 in silico
V. Обсуждение результатов
V.l. Изоляция бактериофага JS98C3 близкородственного фагу
JS98
V.II. Анализ нуклеотидной последовательности гена wac
бактериофага JS98C3

предыдущая. Это говорит о том, что вероятность гомологичной рекомбинации внутри гена м>ас фага 1598СЗ значительно ниже, а, следовательно, этот ген гораздо более стабилен, чем соответствующий ген бактериофага 1898.
JS98C3_gene_wac
Рис. 11. Dot plot диаграмма выравнивания нуклеотидной последовательности гена wac бактериофага JS98C3 на саму себя.
Помимо поиска нуклеотидных повторов в последовательностях генов уас фагов 1898СЗ и 1898, мы провели поиск повторов аминокислотных последовательностей. Как показали результаты анализа обнаруженных аминокислотных повторов (Табл. 1), все выявленные нами ранее нуклеотидные тандемные повторы оказались в одной рамке считывания, а кодируемые ими аминокислотные последовательности имеют высокую степень гомологии. Кроме того, в аминокислотной последовательности гена 1Л'ас фага Х898СЗ мы