Пространственная структура и динамика белка L7 из рибосомы Escherichia coli

• Автор: Бочаров, Эдуард Валерьевич
• Шифр специальности: 02.00.10
• Научная степень: Кандидатская
• Год защиты: 1998
• Место защиты: Москва
• Количество страниц: 158 с.

СОДЕРЖАНИЕ
ВВЕДЕНИЕ
ГЛАВА I. РИБОСОМА И ЕЕ КОМПОНЕНТЫ (ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ)
Современные представления о структуре и функции рибосомы и ее компонентов
Физико-химические методы исследования строения макромолекул
Морфология рибосомы
Рибосомная РНК
Рибосомные факторы
Структура рибосомных белков
Синтез белка на прокариотической рибосоме
Рибосомный белок L 7/L12
Заключение
ГЛАВА II. ПРОСТРАНСТВЕННАЯ СТРУКТУРА ДИМЕРА БЕЛКА L7 ИЗ РИБОСОМЫ ESCHERICHIA COLI В РАСТВОРЕ
Экспериментальные данные для определения пространственной структуры димера рибосомного белка L7
Отнесение сигналов в ЯМР спектрах белка L7
Отнесение сигналов спиновых систем протонов
Последовательное отнесение сигналов спиновых систем протонов
Конфигурация Х-Pro пептидных связей
Основные элементы вторичной структуры димера L7 и их упаковка в пространстве
Химический обмен амидных протонов димера L7 с растворителем
N- и С-концевые фрагменты (Ser1-Ala37 и Ala47-Lys120) белка L7
Фрагмент 1-37 рибосомного белка L7
Фрагмент 47-120 рибосомного белка L7

Расчет пространственной структуры димера L7
Экспериментальные ограничения на межпротонные расстояния и двугранные углы
Продолжение отнесения кросс-пиков ЯЭО в спектрах NOESY
Пространственные структуры N- и С-концевых доменов димера L7
Внутри- и межмолекулярные гидрофобные и гидрофильные взаимодействия, стабилизирующие пространственную структуру димера L7
Заключение
ГЛАВА III. ПЕНТАМЕРНЫЙ КОМПЛЕКС (L7)4L10
Гомо- и гетероядерные спектры пентамерного комплекса (L7)4L10
Пространственная организация пентамерного комплекса (L7)4L10
Заключение
ЭКСПЕРИМЕНТАЛЬНАЯ ЧАСТЬ
Основные экспериментальные проблемы при исследовании рибосомных белков методом ЯМР. (Обоснование выбора экспериментальных методик.)
Получение и очистка белков
Получение спектров ЯМР. ’
Методика отнесения химических сдвигов сигналов в спектре ЯМР
Расчет пространственной структуры методом молекулярной динамики в пространстве торсионных углов
Минимизация конформационной энергии
Анализ гидрофобных и гидрофильных взаимодействий по методу МГП
Теоретическое предсказание пространственной структуры рибосомного белка L10 из Escherichia coli
ВЫВОДЫ
ПРИЛОЖЕНИЕ
Таблицы
Список сокращений
СПИСОК ЛИТЕРАТУРЫ

1 10 20 ЗО
SITKDQIIEAVAAMSVMDVVELISAMEEKFGVSAAA'AVAV
41 147 50 53
AAGPVE’AAEEKT efdvilkaagankvavikavrgatglgl
81 90
KEAKDTVESAPAALKEGVSKPDAEALKKALEEAGAEVEVK
ß-тяжи: ßA, Glu53-Ala60 ßB, Ala92-Val98 ßC, AlalI5-Lysl20
а-спирали:
а A, LYS65-GLY74 а В, LEU80-VAL87 аС, LYS100-GLU112
Рисунок 13. Аминокислотная последовательность рибосомного белка L7/L12 и кристаллографическая структура его С-концевого домена в димерном состоянии (Leijonmark & Liljas [81, 43]). С-концевой домен является расщепленным ß-a-ß мотивом со структурной формулой ßaaßaß, состоящий из трех ß-тяжей (ßA, ßB, ßC) и трех a-спиралей (aA, aB, аС).