Моделирование многоатомных систем путем запирания молекулярно-динамической траектории в областях притяжения на поверхности потенциальной энергии

• Автор: Кривов, Сергей Викторович
• Шифр специальности: 01.04.14
• Научная степень: Кандидатская
• Год защиты: 1999
• Место защиты: Новосибирск
• Количество страниц: 93 с.

РОССИЙСКАЯ ГОСУДАРСТВЕ К Н Л.й БИБЛИОТЕКА

Оглавление
Введение
1 Современное состояние вопроса, цель работы и научная новизна
1.1 Обзор литературы
1.1.1 Исследование ландшафта поверхности потенциальной энергии
1.1.2 Вычисление равновесных .свойств системы
1.1.3 Исследование кинетики системы
1.2 Выводы
2 Запирание фазовой траектории системы в заданной области на ППЭ
2.0.1 Традиционное моделирование
2.1 Запирание фазовой траектории системы
2.1.1 Повышение эффективности
2.1.2 Процедура запирания
2.1.3 Процедуры реверса
2.1.4 Выбор интервала проверки
2.2 Тестирование
2.2.1 Выбор интервала проверки
2.2.2 Воспроизведение равновесных свойств
2.2.3 Воспроизведение распределения времен жизни
2.2.4 Воспроизведение скоростей перехода
2.2.5 Воспроизведение скоростной автокорреляционой функции и спектра
мощности
2.3 Применение запирания
2.3.1 Калорические кривые отдельных изомеров кластеров аргона
2.3.2 Плотности состояния отдельных изомеров кластера Аг13

2.3.3 Вычисление скорости сложного перехода в кластере С15
2.4 Основные результаты
3 Само-диффузия в конденсированной среде
3.1 Теория
3.1.1 Введение
3.1.2 Модель
3.1.3 Выбор функций До()
3.2 Сравнение с результатами численного эксперимента
3.2.1 Диффузия в пространстве пермутационных изомеров
3.2.2 Диффузия в кластере АГ13
3.3 Основные результаты
4 Последовательное запирание системы в бассейнах притяжения на ППЭ:
Исследование ландшафта ППЭ и кинетики системы
4.0.1 Техника последовательного запирания
4.0.2 Повышение эффективности
4.1 Стратегии исследования ППЭ
4.2 Процедура запирания
4.2.1 Описание кинетики системы марковским процессом с дискретным
временем
4.3 Исследование аланин-тетрапептида
4.3.1 Исследование ландшафта ППЭ
4.3.2 Воспроизведение вероятностей перехода
4.3.3 Воспроизведение вероятностей пребывания
4.4 Особенности исследования ППЭ методом последовательного запирания
4.5 Основные результаты
5 Динамическая энтропия
5.1 Описание кинетики системы динамической энтропией
5.2 Основные результаты
6 Заключение
Приложение

Техника запирания
Рис.2.17 представлены относительные плотности состояний и относительные времена пребываний. Хорошее согласие результатов эксперимента свидетельствует о том, что система ведет себя эргодическим образом и посещает различные области фазового пространства в соответствии с основной гипотезой.
ПОЛНАЯ ЭНЕРГИЯ
Рис. 2.17: Плотности состояний и времена пребывания изомеров кластера аргона Лг13, отнесенные к соответствующим величинам основного состояния кластера аргона Аг.
2.3.3 Вычисление скорости сложного перехода в кластере С15
Рассмотрим возможности техники запирания для вычисления скорости сложного, многостадийного перехода.
Сложные многостадийные переходы зачастую имеют очень малую вероятность, и, как следствие, необходимо большое время наблюдения для получения приемлемой статистики. Техника запирания позволяет существенно сократить время моделирования, последовательно запирая систему в различные области, соответствующие разным стадиям процесса.
Мы рассмотрим кластер углерода Ci5. Углеродные кластеры в последнее десятилетие, с момента обнаружения фуллеренов (1985 г.), привлекают очень большое внимание ученых. Фуллерены - класс молекул углерода, имеющих замкнутую сферическую или эллипсоидальную оболочку. Образование фуллеренов происходит путем коагуляции кластеров углерода и последующей их изомеризации в фуллерен [37, 38].
Вычислим скорость перехода из линейки в тройное кольцо в кластере С15. Рассмо-