Изменчивость генофонда в пространстве и времени - синтез данных о геногеографии митохондриальной ДНК и Y-хромосомы

Изменчивость генофонда в пространстве и времени - синтез данных о геногеографии митохондриальной ДНК и Y-хромосомы

Автор: Балановский, Олег Павлович

Шифр специальности: 03.02.07

Научная степень: Докторская

Год защиты: 2012

Место защиты: Москва

Количество страниц: 357 с. ил.

Артикул: 5088951

Автор: Балановский, Олег Павлович

Стоимость: 250 руб.

ВВЕДЕНИЕ
Глава 1. СОЗДАНИЕ БАЗ ДАННЫХ ОБ ИЗМЕНЧИВОСТИ
митохондриальной днк и хромосомы и
1.1. Изученные популяции Евразии собственные данные.
Общая характеристика анализируемых данных.
Изученные популяции Европы
Изученные популяции Кавказа.
Изученные популяции Азии
1.2. Генотипирование маркеров хромосомы и мтДНК собственные данные
Генотипирование хромосомы.
Генотипирование митохондриальной ДНК
1.3. База данных по изменчивости хромосомы литературные данные
Краткая характеристика БД
Программная реализация БД
редиктор гаплогруппы по гаплотипу.
1.4. База данных по изменчивости мтДНК литературные данные
Краткая характеристика БД .
Программная реализация БД .
1.5. Статистическим и картографический анализ.
Методы статистического анализа частот гаплогрупп
Методы филогенетического анализа
Датировки по гаплотипам хромосомы.
Методы картографического анализа
1.6. Области применения созданных баз данных и атласов
1.7. Заключение к главе 1.
Глава 2. ПРОСТРАНСТВЕННАЯ И ЭТНОЛИНГВИСТИЧЕСКАЯ
СТРУКТУРА ГЕНОФОНДА ЕВРОПЫ
2.1. Географическая структурированность по данным об хромосоме
Предшествовавшие исследования изменчивости хромосомы в Европе
Гсногеография гаплогрупп хромосомы в Европе.
География отдельных субтипов гаплогрупп хромосомы.
2.2. Этническая структурированность по данным об хромосоме
Этнические облака локальных популяций Европы
Внутри и межэтническая дифференциация
2.3. Лингвистическая струкгурированность по данным о мтДНК
Предшествовавшие исследования изменчивости мтДПК в Европе.
Последовательный анализ генофондов Европы и смежных регионов
2.4. Гаплотнпнческое разнообразие мтДНК.
Г со графические закономерности.
Экологогенетический мониторинг.
2.5. Заключение к главе 2.
Глава 3. ПОЛОЖЕНИЕ ВОСТОЧНЫХ СЛАВЯН
В СИСТЕМЕ ЕВРОПЕЙСКИХ ГЕНОФОНДОВ
3.1. Разнообразие восточнославянских народов по мтДНК.
Изученные выборки восточных славян
География мтДНК в восточнославянских популяциях.
Генетические взаимоотношения между восточными славянами и их соседями. 3 Соотношения между генофондами восточных славян.
3.2. Разнообразие восточнославянских народов по хромосоме.
Геиетические взаимоотношения с народами Европы
Генетические соотношения русских популяций
3.3. Сравнение генофондов восточных славян по трем системам маркеров
Мсжпопуляционная изменчивость трех типов маркеров
Сравнение генетических ландшафтов мтДНК и хромосомы
Сравнительный анализ с аутосомными ДНК маркерами.
3.4. Проблема своеобразия генофонда Русского Севера.
Квазигенетические маркеры
Аутосомные маркеры.
Митохондриальная ДНК.
хромосома
3.5. Заключение к главе 3.
Глава 4. КОЭВОЛЮЦИЯ ГЕНОФОНДОВ И ЯЗЫКОВ.
4.1. Структу ра и история генофонда Кавказа но данным смежных наук
Народонаселение Кавказа по данным археологии и антропологии
Народонаселение Кавказа по данным лингвистики
Методология лингвистических датировок
4.2. Сравнение лингвистической структу ры и структуры генофонда.
Сравнение генетики и лингвистики методом дендрограмм.
Анализ методом генетических границ.
Анализ методом корреляции матриц расстояний
Диализ межпопуляционного разнообразия
4.4. Филогенетические сети гаплотипов и генетические датировки на Кавказе
Датировки популяционноспецифичных кластеров гаплотипов
Сравнение исторических, лингвистических и генетических данных
Параллелизм лингвистической и генетической микроэволюции.
4.4. Заключение к главе 4.
Глава 5. ВЗАИМОДЕЙСТВИЕ ГЕНОФОНДОВ ЕВРОПЫ И АЗИИ
5.1. Геногсографичсский атлас изменчивости хромосомы в Евразии
Подходы к созданию евразийского атласа хромосомы.
Частоты гаплогрупп хромосомы в регионах Евразии
География гаплогрупп хромосомы в Евразии.
5.2. Геногеографический атлас изменчивости мтДНК в Евразии
одходы к созданию евразийского атласа мтДНК
Частоты гаплогрупп мтДНК в регионах Евразии
География гаплогрупп мтДНК в Евразии.
5.3. Обобщенный геногеографический анализ евразийского генофонда
Картографический анализ генетических г раниц.
Основные паттерны изменчивости гаплогрупп мтДНК
Миграции в степном поясе Евразии по маркерам хромосомы.
5.4. Заключение к главе 5.
Глава 6. ЭТАПЫ ФОРМИРОВАНИЯ ГЕНОФОНДА ЕВРОПЫ
АНАЛИЗ ДРЕВНЕЙ ДНК.
6.1. Особенности анализа древней ДНК.
Актуальность анализа древней ДНК.
Принципы анализа древней ДНК.
6.2. Генетический портрет популяций эпохи камня.
Мезолитическое население на примере Южного Оленьего Острова
Неолитическое население на примере Деренбурга
6.3. Генетический портрет популяций эпохи металла.
Население периода раннего металла на примере Большого Оленьего Острова . 6 Население античного периода на примере скифов
6.4. Заключение к главе 6.
ВЫВОДЫ.
СПИСОК ЛИТЕРАТУРЫ


Эта малочисленность коренного населения и интенсивная метисация разных групп как с пришлым славянским населением, так и друг с другом, потребовала особых усилий для формирования репрезентативных выборок. Генотипирование хромосомы проведено в лаборатории популяционной генетики человека МГНЦ РАМН под руководством и при участии автора, за исключением русских популяций, проанализированных лично автором на базе Эстонского биоцентра v , . Для анализа полиморфизма хромосомы использованы обе системы маркеров однонуклеотидные полиморфные локусы и высоковариабельные микросатсдлитные маркеры. ФОРМИРОВАНИЕ ДНККОЛЛЕКЦИЙ. Выделение ДНК из практически всех коллекций образцов венозной крови проводилось методом фенолхлороформной экстракции, гарантирующим высокий выход и качество ДНК, а также стабильность при многолетнем хранении. Для немногих популяций в качестве исключения применялся метод выделения ДНК высаливанием или ряд хорошо себя зарекомендовавших коммерческих наборов. Сформированы коллекционная, рабочая и архивная резервная аликвоты для каждого образца. Проведено измерение концентрации ДНК для образцов, генотипированных в Эстонском биоцентре, измерение проводилось спектрофотометрически для образцов, генотипированных в МГНЦ, определялась эффективная концентрация методом ПЦР в реальном времени с использованием набора ii i i i. Измерение концентрации каждого образца проводилось в двух независимых реакциях, а при высокой дисперсии результатов анализ повторялся еще в двух повторностях. Сформированы коллекции нормализованной до 2 нгмкл ДНК в луночных планшетах, из которых по мере необходимости приготовлялись планшеты с сухими образцами ДНК. Именно ДНК, нормализованная до единой концентрации, и использовалась в большинстве видов анализа. ГЕНОТИПИРОВАНИЕ МАРКЕРОВ. Исследование позволяет отнести исследуемый образец к гой или иной ветви родословного древа хромосомы гаплогруппе. Для определения гаплогрупп хромосомы проведено генотипирование маркеров. Использовалась классификация, предложенная в . По этой схеме для анализа генофонда изучены следующие гаплогруппы в скобках рядом с каждой гаплогруппой представлен детерминирующий ее маркер С М, СЗМ7, С3сМ, 4, ЕМ, Е1ЫЫМ, , 1, , 2, 2Р, 2, , 3, , I,I2. I, , 8, 5, ОЗМ2, , , 7, , . Столь обширная панель предусмотрена в связи с тем, что в генофонде изучаемых народов из удаленных частей Евразии можно встретить максимальное разнообразие спектра гаплогрупп как западноевразийских, так и восточноевразийских. Анализ маркеров проведен методом ПЦР в реальном времени с использованием зондов на маркеры i i на приборе НТ i i. Пример результирующего графика приведен на рис. Эстонском биоцентре анализировались методом ПДРФ. При типировании популяций каждого региона славяне, Кавказ, Южная Сибирь и Средняя Азия вначале подбиралась панель наиболее вероятных гаплогрупп в данном регионе на основе созданной базы данных о полиморфизме хромосомы в мире. Эта панель маркеров генотипировалась для каждого образца. Затем спектр используемых маркеров увеличивался, но они уже генотипировались не для всех образцов, а выборочно, в зависимости от результатов ранее проведенных анализов как , так и маркеров. Для наиболее эффективного и быстрого определения гаплогруппы применялись две стратегии по отдельности или совместно. Вопервых, иерархическое типирование анализ на гаплогруппы. Вовторых, нредикция на основании данных по гаплотипу определялась ожидаемая гаплогруппа для образца, которая далее подтверждалась типированисм соответствующего маркера. Такая прсдикция вероятной гаплогруппы по гаплотипу проводилась с использованием компьютерной программыпредиктора гаплогрупп, разработанного по заказу лаборатории популяционной генетики МГНЦ РАМН и превосходящего по основным параметрам зарубежные аналоги предиктор представлен на нашем сайте v. Таким образом, для тех образцов, которые по результатам первого этапа анализа не относились ни к одной из частых гаплогрупп, проводилось выборочное типирование маркеров на ту гаплогруппу, которую указывал предиктор.

Рекомендуемые диссертации данного раздела

28.06.2016

+ 100 бесплатных диссертаций

Дорогие друзья, в раздел "Бесплатные диссертации" добавлено 100 новых диссертаций. Желаем новых научных ...

15.02.2015

Добавлено 41611 диссертаций РГБ

В каталог сайта http://new-disser.ru добавлено новые диссертации РГБ 2013-2014 года. Желаем новых научных ...


Все новости

Время генерации: 0.194, запросов: 165