Изучение разнообразия гена env штаммов ВИЧ-1, циркулирующих в группах риска в Санкт-Петербурге

Изучение разнообразия гена env штаммов ВИЧ-1, циркулирующих в группах риска в Санкт-Петербурге

Автор: Духовлинова, Елена Николаевна

Год защиты: 2010

Место защиты: Санкт-Петербург

Количество страниц: 173 с. ил.

Артикул: 4734381

Автор: Духовлинова, Елена Николаевна

Шифр специальности: 03.01.04

Научная степень: Кандидатская

Стоимость: 250 руб.

1. 0. ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ
1.1. Характеристика эпидемии ВИЧСПИД в мире
1.2. Свойст ва ВИЧ
1.2.1. Общие свойства генома ВИЧ1, характерные для ретровирусов
1.2.2. Основные гены ВИЧ1 и их продукты
1.2.3. Структура генов и ВИЧ
1.2.4. Особенности гена v и его белков
1.2.5. Вспомогательные гены ВИЧI и их продукты.
1.3. Генетическое разнообразие ВИЧ
1.3.1. Мутационная изменчивость генома ВИЧ
1.3.2. Рекомбинационная изменчивость генома ВИЧ1.
1.4. Генетическое разнообразие вируса, передаваемого при инфекции.
1.4.1.Влияние пуги передачи на генетическое разнообразие вируса.
1.4.2. Стадии развития ВИЧинфекции в организме человека
1.4.3. Метод амплификации единичных геномов ВИЧ АЕГ.
1.4.4. Генетическое разнообразие вируса, переданного половым путем
1.4.5. Генетическое разнообразие вируса, переданного парентерально
1.5. Филогенетическая классификация ВИЧ1.
1.5.1. История развития филогенетической классификации ВИЧ
1.5.2. Современная филогенетическая классификация ВИЧ1.
1.6. Молекулярная эпидемиология В.
1.6.1. Молекулярная эпидемиология ВИЧ1 в мире
1.6.2. Молекулярная эпидемиология ВИЧI в странах бывшего СССР
1.7. Фенотипические свойства штаммов ВИЧ
2.0 МАТЕРИАЛЫ И МЕТОДЫ
2.1. Сыворотки крови
2.1.1. Демографические характеристики участников, чьи образцы крови использовались для анализа генетического разнообразия ВИЧ1 в группах риска
2.1.2. Демографические характеристики участников, чьи образцы крови использовались для анализа популяции ВИЧ1 в крови ПИН в начальной фазе инфекции
2.2. Клеточные линии
2.2.1. Клеточная линия .i 2 .
2.2.2. Клеточная линия 3Т
2.2.3. Клеточная линия .
2.3. Лабораторное выявление и классификация.ВИЧинфекции
2.3.1. Лабораторное выявление случаев ВИЧинфекции
2.3.2. Выявление случаев ранней ВИЧинфекции среди
участников проекта .
2.3.3. Выявление стадий осгрой и ранней ВИЧинфекции по Фибигу
2.4. Выделение РНК из образцов сыворотки крови
2.5. Синтез кДНК и ПЦР коротких фрагментов генома ВИЧ.
2.6. Метод амплификации единичных геномов АЕГ.
2.7. Аналиггичсский электрофорез ДНК в агарозном геле.
2.8. Секвснированне ДНК.
2.9. Получение клонов, содержащих полноразмерный ген v исследуемых изолятов
2.9.1. Получение ПЦРфрагмеятов для клонирования
2.9.2. Направленное встраивания ПЦРфрагмснтов в плазмвдный вектор
2.9.3. Скрининг колоний .i методом ПЦР
2.9.4.Выделение плазмидной ДНК из клеток . i
2 Получение псевдовирусных частиц, содержащих полноразмерный ген v исследуемых изолятов
. Получение клеток 3Т
. Трансфекция клеток 3Т
. Сбор псевдовирусных частиц
2 Изучение тропизма псевдовирусных частиц.
. Получение клеток
. Инфекция клеток псевдовирусными частицами
. Измерение активности люциферазы в клетках после инфекции псевдовирусными конструкциями.
2 Компьютерные методы анализа данных
. Первичный анализ нуклеотидных последовательностей ВИЧ1.
. Филогенетический анализ нуклеотидных последовательностей ВИЧ1
2 Статистический анализ полученных результатов
3.0.РЕЗУЛЬТ АТЫ.
3.1. Анализ генетического разнообразия штаммов ВИЧ1 в группах риска
3.1.1. Получение нуклеотидных последовательностей фрагментов гена v
для последующего анализа
3.1.2. Результаты филогенетического анализа нуклеотидных последовательностей участка гена епу штаммов ВИЧ1 из разных групп риска.
3.1.3. Сравнительный анализ генетического разнообразия ВИЧ1 в разных группах риска и подгруппах ПИН с недавней и хронической ВИЧинфекцией
3.2. Анализ генетического разнообразия штаммов ВИЧ1, циркулирующих в крови ПИН с острой и ранней стадиями ВИЧинфекции
3.2.1. Результаты амплифицирования участка генома ВИЧ, содержащего полноразмерный ген епу.
3.2.2. Результаты секвенирования полноразмерного гена епу ВИЧ
3.2.3. Изучение нуклеотидных различий вирусной популяции в образцах крови ПИН .
3.2.4. Результаты филогенетического анализа нуклеотидных последовательностей полноразмерного гена епу ВИЧ
3.2.5. Анализ генетического разнообразия ВИЧ1 в образце крови пациента
3.2.6. Биоинформатический анализ аминокислотной последовательности гликопротеинов оболочки переданных изолягов ВИЧ1.
3.2.7. Клонирование полноразмерного гена епу в векторе
рсЕНЧАЗ.т У5НТОРО
3.2.8. Изучение тропизма псевдовирусов, полученных на основе изучаемых изолятов
4. ОБСУЖДЕНИЕ РЕЗУЛЬТАТОВ.
4.1. Разнообразие субтипов ВИЧ1 в СанктПетербурге.
4.2. Генетическое разнообразие ВИЧ1 внутри субтипов.
4.3. Генетическое разнообразие вирусной популяции в организме ВИЧинфицированных ПИН.
4.4. Фенотипическое разнообразие вирусной популяции в организме ВИЧинфицированных ПИН
5.0. ВЫВОДЫ
6.0. СПИСОК ЛИТЕРАТУРЫ.
ПРИЛОЖЕНИЕ
ПРИЛОЖЕНИЕ
БЛАГОДАРНОСТИ
СПИСОК СОКРАЩЕНИЙ И ОБОЗНАЧЕНИЙ
3 ii В ii i ii3 фермент, редактирующий мРНК аполипопротеина В
АЕЕ восточноевропейский вариант субтипа А
ВЕЕ восточноевропейский вариант субтипа В
ii i циркулирующая рекомбинантная
дцРР 1Каденозиндезаминаза
vi i страны бывшего СССР
IV iii vi вирус иммунодефицита человека
НМА x ii гетеродуплексный анализ
V ii С vi вирус гепатита С
VII ix vi II вирус простого герпеса 2 типа
i длинный концевой повтор
iv элемент негативной регуляции
i натрийфосфатный буфер 0 мМ ,
мМ 2II2 7.
2 iv ii
IV ii iii vi вирус иммунодефицита обезьян
ТАЕ мМ трисацетат, 2 мМ ЭДТА 8.
ivi
ТВЕ мМ трисборат, мМ борная кислота, 2 мМ ЭДТА 8.
I i i i IVI объединенная программа
Организации Объединенных Наций по ВИЧСПИД
урацилДНКгликозидаза
ак аминокислота
БСА бычий сывороточный альбумин
ВИЧ вирус иммунодефицита человека
дАТФ дезоксиаденозин трифосфат
ДНК дезоксирибонуклеиновая кислота
дНТФ дезоксинуклеозид трифосфат
дТТФ дезокситимидин трифосфат
дУТФ дезоксиуридин трифосфат
дцРНК двуцепочечная РНК
дЦТФ дезоксицитидин трифосфат
иппп инфекции, передающиеся половым путем
ИФЛ иммуноферментный анализ
кДа килодальтон
МК1Ж мононуклеарные клетки периферической крови
мРНК матричная РНК
мсм мужчины, имеющие секс с мужчинами
п.н. пара нуклеотидов
НИН потребители инъекционных наркотиков
НЦР полимеразная цепная реакция
РНК рибонуклеиновая кислота
СПИД синдром приобретенного иммунодефицита
ТН. тысяча пар нуклеотидов
грис трисгидрокиметиламиномстан
тРНК транспортная РНК
УФ ультрафиолет
ЦРФ циркулирующая рекомбинантная форма
цтл цитотоксические Тлимфоциты
ЭДТА этилендиаминотетраацетат
Однобуквенные обозначения аминокислот
А аланин I изолейцин
С цистеин К лизин
Б аспарагиновая кислота Ь лейцин
Е глутаминовая кислота м метионин
Р фенилаланин аспарагин
в глицин Р пролин
Н гистидин Я аргинин
О глутамин
Б серии
Т треонин
V валин
триптофан
У тирозин
ВВЕДЕНИЕ


Парентерально ВИЧ передается при использовании чужих нестерильных шприцев, употреблении иньекционных наркотиков. В медицинских учреждениях возможна передача ВИЧ при гемотрансфузии в условиях высокого распространения ВИЧ в популяции и отсутствия тестирования на наличие вируса в крови среди доноров. ВИЧ передается при использовании многоразовых медицинских инструментов, при травмах и операциях, когда происходит контакт с кровью инфицированного пациента. Вертикальный от матери к ребенку. Вертикально ВИЧ передается внутриутробно, во время родов и после родов через грудное вскармливание Покровский и др. Распределение ВИЧ по разным регионам весьма неравномерно. Подавляющее большинство случаев ВИЧинфекции млн. Африки, находящуюся южнее Сахары, где уровень инфицированности населения составляет не менее . В некоторых странах этот уровень достигает . Для данного региона характерна гетеросексуальная передача ВИЧ . На втором месте по общему числу ВИЧинфицированных 4. Южной и ЮгоВосточной Азии. В году значительная общенациональная эпидемия была зарегистрирована только в Таиланде, Камбодже и Бирме. В настоящий момент ситуация быстро меняется за счет нарастания эпидемии в наиболее населенных странах мира Китае, Индии и Индонезии, где наблюдается распространение вируса от отдельных групп повышенного риска, связанных с наркоманией и проституцией, на общую популяцию, что постепенно приводит к возрастанию вклада гетеросексуальной передачи ВИЧ. На конец года в Индии вирусом заражены 2. ЬирЛууу. В странах Восточной Европы и Центральной Азии в настоящее время наблюдаются самые высокие темпы роста числа новых случаев ВИЧинфекции, поскольку в этом регионе крупномасштабная эпидемия началась только в середине х годов. Самый высокий уровень распространенности ВИЧинфекции в данном регионе наблюдается на Украине, где он составляет 1. В настоящее время на Украине три четверти случаев ВИЧинфекции зарегистрировано среди потребителей инъекционных наркотиков ПИН, в то же время растет доля случаев передачи ВИЧинфекции половым путем. В России оценочное число ВИЧинфицированных на конец года составило 0 0 человек . Однако, число официально зарегистрированных случаев на октября года составило 8 9 человек, из них 8 в Петербурге Федеральный центр СПИД, . Подавляющее большинство случаев ВИЧинфекции происходит за счет инъекционного употребления наркотиков, и оценочные данные основаны на предположении, что данная группа риска недостаточно охватывается при тестировании на ВИЧ. Таким образом, в Российской Федерации и других странах бывшего СССР эпидемия ВИЧСПИД характеризуется быстрым ростом числа инфицированных среди инъекционных наркоманов. Такая фаза эпидемии определяется как концентрированная i . Свойства ВИЧ1. Общие свойства генома ВИЧ1, характерные для ретровирусов. ВИЧ1 представляет собой РНКсодержащий вирус, принадлежащий к роду ivi семейства vii . Вирион содержит две копии вирусной РНК, заключенные в белковый капсид, окруженный липидной оболочкой, пронизанной гликопротеинами. Отличительной особенностью репликации ретровирусов, обуславливающей многие их свойства, является стадия обратной транскрипции, при которой образуется двуцепочечная провирусная ДНК, встраивающаяся в клеточный геном. Интегрированный провирус напоминает обычные клеточные гены с экзонинтронной структурой и использует для своей экспрессии клеточные экспрессионные системы. Вирусная геномная РНК имеет размер около нуклеотидов нуклеотид для референсного штамма ВИЧ1 нхвг На 5и Зконцах вирусной РНК находятся одинаковые короткие нуклеотидов области , рядом с которыми располагаются некодирующие области 5 нуклеотида и 3 4 ну клеотида, соответственно. В результате обратной транскрипции на 5концс провирусиой ДНК появляется дополнительная область 3, а на Зконце дополнительная область 5, тем самым образуются характерные для всех ретровирусов длинные концевые повторы i со структурой . Размер провирусной ДНК составляет около п. ВИЧ1Нхв2. В состав входит множество цисэлементов, обеспечивающих инициацию, регуляцию и терминацию транскрипции.

Рекомендуемые диссертации данного раздела

28.06.2016

+ 100 бесплатных диссертаций

Дорогие друзья, в раздел "Бесплатные диссертации" добавлено 100 новых диссертаций. Желаем новых научных ...

15.02.2015

Добавлено 41611 диссертаций РГБ

В каталог сайта http://new-disser.ru добавлено новые диссертации РГБ 2013-2014 года. Желаем новых научных ...


Все новости

Время генерации: 0.183, запросов: 160