Клубеньковые бактерии дикорастущих бобовых растений Южного Урала и молекулярное конструирование их искусственных ассоциаций с небобовыми растениями

Клубеньковые бактерии дикорастущих бобовых растений Южного Урала и молекулярное конструирование их искусственных ассоциаций с небобовыми растениями

Автор: Баймиев, Андрей Ханифович

Год защиты: 2012

Место защиты: Уфа

Количество страниц: 302 с. ил.

Артикул: 5088939

Автор: Баймиев, Андрей Ханифович

Шифр специальности: 03.01.03

Научная степень: Докторская

Стоимость: 250 руб.

ВВЕДЕНИЕ
ЧАСТЬ 1. ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ
Глава 1. Систематика клубеньковых бактерий
1.1. Становление систематики клубеньковых бактерий
1.2. Современное состояние систематики клубеньковых бактерий
1.3. Биовары
1.4. Новые ризобии
Глава 2. Геномы клубеньковых бактерий
2.1. Организация генома клубеньковых бактерий
2.2. Горизонтальный перенос генов
2.3. Передача сигналов в симбиозах
2.4. Конкурентоспособность
Глава 3. Роль лектинов в азотфиксирующсм симбиозе
3.1. Общая характеристика лектинов растений
3.2. Лектины бобовых растений
3.3. Функции лектинов в азотфиксирующсм симбиозе
Глава 4. Создание искусственных ассоциаций
4.1. Бородатые корни как модель корневой системы в симбиотических взаимодействиях
4.2. Биоинженерия симбиотических систем
4.3. Ассоциации ризобий с небобовыми растениями
4.4. Благоприятное воздействие ризобий на нсбобовыс растения
4.4.1. Механизмы прямого воздействия
4.4.2. Механизмы опосредованного воздействия
Глава 5. Прижизненное маркирование клеток клубеньковых
бактерий
5.1. Флуоресцентные белки
ЧАСТЬ 2. ЭКСПЕРИМЕНТАЛЬНАЯ ЧАСТЬ
Глава 6. Объекты исследований
6.1. Краткая характеристика объектов исследований
Глава 7. Методы исследований
7.1. Схема анализа клубеньковых бактерий
7.1.1. Сбор клубеньков бобовых растений.
7.1.2. Выделение чистых культур клубеньковых бактерий.
7.1.3. Схема генетического анализа клубеньковых бактерий.
7.1.4. Хранение штаммов ризобий
7.2. Выделение и очистка ДНК ризобий
7.3. Полимеразная цепная реакция
7.4. Кластерный анализ ИАРО профилей
7.5. Выделение и электрофоретическое разделение мегаплазмидной
ДНК ризобий
7.6. Секвенирование ДНК на автоматическом секвенаторе
7.7. Компьютерный анализ нуклеотидных последовательностей
7.8. Выделение и очистка ДНК растений
7.9. Выделение и очистка РНК растений
7 Синтез к ДНК
7 Выделение и очистка плазмидной ДНК Е.соП
7 Расщепление ДНК рестрикционными эндонуклеазами
7 Аналитический гельэлектрофорез ДНК в неденатурирующих
условиях
7 Препаративный гельэлектрофорез ДНК
7 Элюция ДНК из агарозных и полиакриламидных гелей
7 Обработка ДНК щелочной фосфатазой и
полинуклеотидкиназой фага Т4.
7 Сайт направленный мутагенез
7 Подготовка химически компетентных клеток .i
7 Трансформация компетентных клеток .i плазмидной ДНК
7 Подготовка электрокомпетентных клеток .i.
7 Подготовка электрокомпетентных клеток клубеньковых 4 бактерий и лабораторных штаммов i i
7 Электропорация компетентных клеток ризобий
7 Стерилизация и проращивание семян рапса
7 Получение бородатых корней и композитных растений рапса.
7 Агробактериальная трансформация листовых пластинок табака
7 Анализ глюкуронидазной активности
7 Обработка бородатых корней микросимбионтом .
i и подсчет количества адсорбированных на поверхности корней ризобий
7 Создание полностью трансгенных по гену лсктина
растений табака
7 Выделение семенного лектина козлятника восточною
7 Определение кислотности почвы
7 Подсчет количества флуоресцентно меченых клеток
7 Микроскопирование.
Глава 8. Реактивы и материалы
8.1. Бактериальные штаммы для молекулярнобиологических
манипуляций, плазмидные и фагмидные векторы
8.2. Олигонуклеотидныс праймеры, использованные при проведении
ПЦР и сайтнаправленного мутагенеза
8.3. Реактивы и материалы
8.4. Составы использованных стандартных растворов
ЧАСТЬ 3. РЕЗУЛЬТАТЫ И ОБСУЖДЕНИЕ
Глава 9. Генетическое разнообразие и филогения клубеньковых
бактерий, вступающих в симбиоз с дикорастущими растениями умеренного климата
9.1. Генетическое разнообразие и филогения клубеньковых бактерий 0 бобовых трибы Vii
9.2. Исследование закономерности распределения генотипов 6 филогенетически однородных бактерий ii i в клубеньках отдельной популяции растений v.
9.3. Исследование влияния горизонтального переноса генов на 1 видовой состав клубеньковых бактерий растений рода
9.4. Исследование структуры генов лектинов растений . v, . 6 i и . iii.
9.5. Исследование эффективности штаммов . ii, i 5 . и i ., обнаруженных в клубеньках растений
рода
9.6. Г енетическое разнообразие и филогения клубеньковых бактерий 8 трибы
9.7. Влияние интродукции ii на состав ее симбионтов
9.8. Генетическое разнообразие и филогения клубеньковых бактерий 7 трибы , i и .
9.9. Обобщение по главе 9
Глава . Получение флуоресцентно меченых штаммов
клубеньковых бактерий дикорастущих бобовых для их детекции i viv и i vi
Глава . Создание искусственных ассоциаций клубеньковых
бактерий с небобовыми растениями.
.1. Создание новых ассоциативных симбиозов с помощью 1 лектинов на примере трансгенных бородатых корней табака и
.2. Клонирование гена лектина в бинарном векторе i
.3. Получение бородатых корней на рапсе и листовых
пластинках табака
.4. Исследование адгезии клеток ризобий ii i 9 v. vii на трансгенных но гену лектина бородатых
корнях растений рапса и табака.
.5. Анализ специфичности взаимодействия лектинов бобовых 1 растений с клубеньковыми бактериями.
.6. Создание искусственных ассоциативных симбиозов с помощью 5 лектинов на примере трансгенных растений табака и бородатых корней томата и рапса.
ЗАКЛЮЧЕНИЕ
ОСНОВНЫЕ ВЫВОДЫ
СПИСОК ЛИТЕРАТУРЫ


В году две различные научные команды опубликовали филогенетический анализ семейства ii на основе последовательностей данного гена i, i, i, , . Кроме того, было доказано существование двух филогенетических групп в пределах ii и в году некоторые виды были переведены в род ii, который включает виды ризобий имеющие промежуточный темп роста между ii и ii. В новый род были переведены . В V . РНК представителей семейства ii, который также подтвердил правильность разделения рода ii от ii и ii V . В дальнейшем эти профили низкомолекулярных РНК были предложены как генетические маркеры для дифференсации родов и видов ризобий и исследования их генетического разнообразия . Vi . Сенегале i . Повторной классификации подверглись например i и ii. Данные роды и др. Систематической и Эволюционной Микробиологии 1 предложили объединить с родом ii . После этой реклассификации род ii стал самым большим родом семейства ii, но многие исследователи не приняли данное новшество и название i все еще используется фитопатологами. По мнению некоторых исследователей повторная классификация была оправдана лишь в случае вида i i тесно связанного с видовом . V . Однако, так как предложение и соавт. I, эти изменения в настоящее время являются официальными и таксономический статус этих родов может быть изменен только повторной их регистрацией в том же самом журнале. Номенклатурные изменения затронули и род iii, который был переименован в i. После нескольких запросов о мнении мнение , посланном в I i . Судебная Комиссия Международного комитета по Систематике Прокариот решила, что i более правильное название для рода i, , так как его представители были официально описаны раньше iii, являясь тесно связанными с этим родом на основании последовательности рибосомного гена. Но Подкомитет по таксономии i и ii Международного комитета по систематике прокариот 1 публично не согласился с этим выводом , . И данный вопрос пока окончательно не решен. Эти изменения ясно показали, что после , рибосомных ген стал самым важным маркерным геном. На основании сравнительного анализа данного гена роды из семейства ii были переведены в другие семейства, а также был создан новый порядок ii, предложенный в определителе Берджи . Однако данное название нельзя считать официальным, поскольку существует ранее утвержденное название порядка ii, который включают семейство ii, содержащий род ii. Данный порядок содержит симбиотические, патогенные и сапрофитные бактерии, распределенные в нескольких семействах, включая семейство ii. Это семейство официально включает рода ii и i, хотя в определителе Берджи роды i и ii также все еще включены в данное семейство, а род iii считается отличающимся от i. В определителе Берджи было предложено новое семейство, названное i , i, которое в дальнейшем было официально утверждено Vii ii . Данное семейство содержит роды i и ii вместе с несколькими нссимбиотическими родами. Род В г ii был включен в новое семейство ii, название которого является также неправильным, поскольку существует семейство i, который был описан раньше и включает род i, тесно связанный с ii i . Эти новые таксономические перестановки ризобий были основаны на анализе единственного гена, у которого, несмотря на их важность в бактериальной классификации, есть ограничения при разделении близкородственных видов ризобий iv . Vv . Поэтому для идентификации микроорганизмов на уровне видов в различных группах бактерий были выбраны несколько так называемых генов домашнего хозяйства ГДХ i i, . При анализе клубеньковых бактерий первыми такими генами были гесЛ и . В настоящее время они секвенированы у большинства исследованных ризобий, что показало их пригодность для использования в систематике многих видов клубеньковых бактерий, у которых последовательности рибосомного гена имеют незначительные различия Vv . Анализ подобных генов сделал возможным создание новых схем для идентификации и филогенетического анализа бактерий, одними из которых являются i i и i i. С применением данных методик были проведены филогенетические исследования конкретных групп ризобий, таких как i . Vi .

Рекомендуемые диссертации данного раздела

28.06.2016

+ 100 бесплатных диссертаций

Дорогие друзья, в раздел "Бесплатные диссертации" добавлено 100 новых диссертаций. Желаем новых научных ...

15.02.2015

Добавлено 41611 диссертаций РГБ

В каталог сайта http://new-disser.ru добавлено новые диссертации РГБ 2013-2014 года. Желаем новых научных ...


Все новости

Время генерации: 0.192, запросов: 160