Молекулярная филогения рода Chironomus (Diptera, Nematocera)

Молекулярная филогения рода Chironomus (Diptera, Nematocera)

Автор: Гурьев, Виктор Петрович

Шифр специальности: 03.00.25

Научная степень: Кандидатская

Год защиты: 2002

Место защиты: Новосибирск

Количество страниц: 141 с.

Артикул: 2293843

Автор: Гурьев, Виктор Петрович

Стоимость: 250 руб.

Молекулярная филогения рода Chironomus (Diptera, Nematocera)  Молекулярная филогения рода Chironomus (Diptera, Nematocera) 

1.1. Таксономия и филогения рода i
1.1.1. Морфологическое определение вида
1.1.2.1 итогенетическос определение вида
1.1.3. Биохимические и молекулярнобиологические подходы.
1.1.4. Палеонтологические данные.
1.2. Филогенетический анализ, основанный на нуклеотидных последовательностях ДНК
1.2.1. Исторический экскурс
1.2.2. Выбор участка ДНК и олигонуклеотидыых праймеров.
1.2.3. Специфическая амплификация и установление нуклеотидных последовательностей1X
1.2.4. Выравнивание нуклеотидных последовательностей и определение частот встречаемости нуклеотидов
1.2.5. Способы определения действия отбора и насыщенности нуклеотидных замен
1.2.6. Влияние вторичной структуры РНК и структуры белка на эволюцию нуклеотидных последовательностей.
1.2.7. Особенности различных алгоритмов построения филогенетических деревьев
1.2.7.1. Алгоритмы, основанные на матрице дистанций
1.2.7.2. Методы парсимонии.
1.7.2.3. Методы максимального правдоподобия для нуклеотидных последовательностей
1.2.8. Филогенетические деревья
1.2.9. Методы статистической оценки достоверности в филогенетическом анализе
1.2.9.1. Методы оценки достоверности топологии филогенетических деревьев
1.2.9.2. Расчет дистанций и стандартные отклонения.
1.2.9.3. Согласованность филогенетических деревьев, полученных при анализе различных последовательностей
1.3. Гипотеза молекулярных часов и оценка времени расхождения видов
1.3.1. Основные положения и исторические факты.
1.3.2. Методы оценки константности уровня замен
1.3.2.1. Тест относительного уровня iv .
1.3.2.2. Тесты, основанные на филогении
1.3.3. Линеаризованные деревья.
1.3.4. Уровни нуклеотидных замен, характерные для митохондриальных последовательностей насекомых
1.3.5. Калибровки молекулярных часов для глобиновых генов хирономид
1.4. Особенности эволюционной динамики митохондриальной ДНК
1.4.1. История использования мтДНК в филогенетическом анализе
1.4.2. Факторы, оказывающие влияние на эволюцию митохондриальной ДНК.
1.4.3. Эффект межвидового потока цитоплазматических генов
1.5. Оценка популяционного генетического полиморфизма
1.5.1. Определения и исторический экскурс
1.5.2. Некоторые современные методы анализа генетического полиморфизма.
1.5.3. Значение исследований популяционного полиморфизма хирономид.
Глава 2. МАТЕРИАЛЫ И МЕТОДЫ.
2.1. Сбор и определение личинок хирономид
2.2. Выделение ДНК
2.2.1. Выделение тотальной ДНК
2.2.2. Выделение фрагментов ДНК из агарозных гелей
2.3. ПЦРамплификация.
2.4. Электрофорез ДК в агарозных гелях
2.5. Определение нуклеотидной последовательности фрагментов ДНК.
2.6. Компьютерный анализ последовательностей ДНК
2.6.1. Выравнивание и первичный анализ последовательностей
2.6.2. Построение филогенетических деревьев.
2.7. ББАР анализ.
2.7.1. Разработка праймеров, специфичных к последовательности АИКЮИ СШгопотш Огитт.
2.7.2. Расщепление ДНК эндонуклеазами рестрикции
2.7.3. Лигирование расщепленной ДНК с всктореттой.
2.7.4. Первый раунд ПЦР.
2.7.5. Мечение ТЕспсцифичного праймера.
2.7.6. Второй раунд ПЦР.
2.7.7. Разделение фрагментов в денатурирующем полиакриламидном геле.
2.7.8. Определение нуклеотидных последовательностей, фланкирующих мобильный элемент
2.8. Количественный БошЬет сЫ анализ
Глава 3. РЕЗУЛЬТАТЫ И ОБСУЖДЕНИЕ
3.1. Молекулярная филогения рода СЫгопотия, основанная на нуклеотидных последовательностях генов СуЛ и С
3.1.1. Выбор филогенетических маркеров и установление нуклеотидных
п ос л едо вател ьностей
3.1.2. Первичный анализ нуклеотидных последовательностей
3.1.3. Оценка насыщенности нуклеотидных замен по разным позициям кодона.
3.1.4. Филогенетическая реконструкция.
3.1.5. Сравнение молекулярной филогении с данными о ци токомплексах и типах личиночных форм
3.1.6. Происхождение и эволюция рода СЫгопотш.
3.2. Молекулярная филогения, основанная на анализе нуклеотидных последовательностей ядерного гена глобина 2Ь дЬ2Ь
3.2.1. Анатиз последовательностей и филогенетическая реконструкция
3.2.2. Интронный полиморфизм гена Ь2Ь
3.3. Филогенетические взаимоотношения, установленные на основании данных цитологического анализа
3.4. Филогенетическое положение рода СЫгопотш относительно некоторых других родов семейства СЫгопопнбае
3.5. Изучение популяционного полиморфизма ядерных и митохондриальных маркеров для некоторых голарктических популяции видовдвойников.
3.5.1. Популяционный полиморфизм голарктических представителей Сатр1осЫгопоти .
3.5.1.1. Сбор материала и установление нуклеотидных последовательностей
3.5.1.2. Первичный анализ нуклеотидных последовательностей.
3.5.1.3. Филогенетическая реконструкция
3.5.1.4. Эффект цитоплазматического потока генов.
3.5.1.5. Оценка времени расхождения видов и популяций
3.5.2. Популяционный полиморфизм голарктических популяций С. елА и С. рктити
3.5.2.1. Сбор материала, установление нуклеотидных последовательностей и их первичный анализ
3.5.2.2. Филогенетическая реконструкция.
3.5.2.3. Филогения группы видов рЬтояиз.
3.6. Изучение инсерционного полиморфизма ретротранспозона 1, С И в иалеарктических популяциях СЫгопотт 1китт.
Заключение
Список литературы
Приложение 1. Выравнивание нуклеотидных последовательностей генов СуЖ и
С 8, использованных в анализе
Приложение 2. Выравнивание нуклеотидных последовательностей x2,
использованных в анапизе
Приложение 3. Выравнивание нуклеотидных последовательностей использованных в аиатизс популяционного полиморфизма
Список используемых


Разрешены несогласования между филогенетическими схемами, построенными на основании морфологических, цитогенетических и молекулярных данных. Обнаружен эффект потока митохондриальных генов для двух групп видовдвойников с неполной репродуктивной изоляцией. Показана высокая чувствительность метода определения инсерционного полиморфизма, что позволяет применять его для популяционных и экотоксикологических исследований. Апробация работы. Материалы диссертации докладывались на 8ом. Бальбиали 1, Фалстербо, Швеция, ПортВашингтон, США, Варна. Энтомологическою Общества Мельбурн, Австралия, , конференции по Биоразнообразию и Динамике Экосистем Северной Евразии , Новосибирск, , рабочем совещании но ретротранспозонам Европейского Научного Фонда , Карри ле Рует, Франция, , на десятом рабочем совещании по мобильным элементам , Лион, Франция, , а также в Университете Турина, Италия в ходе научной командировки в марте года. Публикации. А.О. V. i, . V. iv i viii . I В . VIII ii i , , , , . V. iv . Ii iii i iii i i . IX Ii ii i , . V., iv . I. i . I II . IX Ii ii i . Макаревич И. Ф., Березиков , Гурьев , Блинов А. Г. Молекулярная филогения рода i, рснованная на анализе нуклеотидных последовательностей двух ядерных генов, 6 и глобина 2Ь И Молек. Виол. Г. . С. . М., v V. I, i . V. i i iivi i i i, vii. V. 1. V., vi I. I I I . V. . V., . V., iiii , iv . X , , . М., v V. I, i . V. i i . X Ii ii i . V, i, . V. iv . X Ii ii i , , V, i, . V., iiii , iv . Ii i i i i ii i . X Ii ii i , , V, i, . Гурьев В. II. Блинов А. Г. Филогенетические взаимоотношения голарктических популяций i i и i с учетом возможной горизошальной передачи митохондриальных генов Генетика. Т. 3. Благодарности. Автор выражает искреннюю признательность сотрудникам лаборатории клеточной биологии ИЦиГ А. Г. Блинову, С. В. Щербик, Ю. В. Собанову, В. В. Лашиной, Е. В. Березикову, Т. Ю. Грудиевой, И. Ф. Макаревич, Е. П. Папушевой, Е. В. Алиевой, К. А. Головниной и О. С.А. Демакову за ряд ценных предложений, высказанных на этапе подготовки диссертационной работы. Глава 1. Таксономическое положение рода i отряд i, подотряд . Кратко рассмотрим основные проблемы в таксономии и филогении отряда i, уделяя особое внимание таксономическому положению рода i. Важным моментом является возможная парафилетичность подотряда , , . В подотряд входят более древние представители этого отряда, характеризующиеся рядом примитивных морфологических признаков. При этом одним из наиболее древних является инфраотряд i . В силу парафилетического происхождения подотряда, деление двукрылых на подотряды и филогенетически не оправданно. Рис I. I. Филогенетические взаимоотношения семейств, входящих в инфраотряд i определенные на основании анализа морфологических признаков i . На основании всех вышеперечисленных исследований, суперсемейства образуют равнозначные сестринские группы на филогенетических деревьях рис. В отличие от подотряда , моиофилетичсское происхождение инфраотряда i не вызывает больших сомнений , . Представители данного инфраотряда являются очень значимыми с медицинской точки зрения, так как содержит виды. Молекулярный филогенетический анализ, основанный на нуклеотидных последовательностях и 5. ДНК. Таким образом, суперссмейство ii возможно также имеет полифилетическое происхождение. Рис. Филогенетическое древо двенадцати видов из восьми семейств , восстановленное на основании анализа и 5. ДНК с модификациями из i . Приведены коэффициенты статистической поддержки ветвления, полученные в результате теста стандартной ошибки i, . Подсемейство i. Личинки в подавляющем большинстве хищники. К фильтрационному питанию неспособны. Бродячие, домиков не строят. Подсемейства iiпае , i и ii. Личинки в основном питаются микроводрослями, главным образом, диатомовыми. Преимущественно бродячие или во временных, часто покидаемых домиках. Не фильтруют. Обитают в хорошо аэрируемых водоемах, холодолюбивы. Подсемейство ii. В питании личинок большую роль играют микроорганизмыредуценты которых они потребляют при фильтрации воды и разлагающиеся остатки высших водных растений. Строят постоянные трубчатые домики.

Рекомендуемые диссертации данного раздела

28.06.2016

+ 100 бесплатных диссертаций

Дорогие друзья, в раздел "Бесплатные диссертации" добавлено 100 новых диссертаций. Желаем новых научных ...

15.02.2015

Добавлено 41611 диссертаций РГБ

В каталог сайта http://new-disser.ru добавлено новые диссертации РГБ 2013-2014 года. Желаем новых научных ...


Все новости

Время генерации: 0.176, запросов: 145