Реконструкция геномных перестроек хищных млекопитающих с помощью методов дифференциального окрашивания хромосом и хромосомного пэйнтинга

Реконструкция геномных перестроек хищных млекопитающих с помощью методов дифференциального окрашивания хромосом и хромосомного пэйнтинга

Автор: Перельман, Полина Львовна

Шифр специальности: 03.00.15

Научная степень: Кандидатская

Год защиты: 2002

Место защиты: Новосибирск

Количество страниц: 203 с. ил

Артикул: 2318314

Автор: Перельман, Полина Львовна

Стоимость: 250 руб.

Реконструкция геномных перестроек хищных млекопитающих с помощью методов дифференциального окрашивания хромосом и хромосомного пэйнтинга  Реконструкция геномных перестроек хищных млекопитающих с помощью методов дифференциального окрашивания хромосом и хромосомного пэйнтинга 

ОГЛАВЛЕНИЕ
СПИСОК СОКРАЩЕНИЙ.
ВВЕДЕНИЕ
ГЛАВА 1. ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ
1.1.Сравнительный анализ дифференциальноокрашенных хромосом.з
1.2. Сравнительное картирование
1.3. Хромосомный пэйнтинг
1.3.1. Метод хромосомного сортинга.
1.3.1.1. Проточная цитофлуоримстрт
1.3.1.2. Устройство хромосомного сортера
1.3.1.3. Процедура сортировки.
1.3.1.4. Проточный каршппип.
1.3.2. Микродиссекция
1.3.3. Подготовка и использование библиотек для пэйнтинга
1.3.3.1. Амплификация сортированных хромосом
1.3.3.2. Мечение библиотек и детекция.
1.3.3.3. Супрессионная гибридизация.
1.3.3.4. Варианты гибиридизации.
1.3.3.5. Детекция и программное обеспечение.
1.3.3.6. Использование пэйнтингпроб
1.3.4. Варианты постановки эксперимента по пэйнтингу.
1.3.4.1. Применение хромосомного пэйнтинга
1.3.5. Пэйнтинг в эволюционных исследованиях.
1.3.5.1. Явление консервативности хромосомных сегментов.
1.3.5.2. Синтенные ассоциации в геномах млекопитающих.
1.3.5.3. Хромосомные перестройки как филогенетические маркеры.
1.3.5.4. Предковый кариотип.
1.3.5.5. Темпы кариотипическои эволюции в таксонах
1.3.6. гооГН млекопитающих.
1.3.6.1. Парнокопытные
1.3.6.2. Непарнокопытные
1.3.6.3. Хищные.
1.3.6.4. Рукокрылые.
1.3.6.5. Насекомоядные
1.3.6.6. Зайцеобразные
1.3.6.7. Приматы
1.3.6.8. Грызуны
1.3.6.9. Аi
1.3.6 Сум чатые.
1.3.6 Птицы.
1.3.6 Рептилии
1.3.7. Томки разрывов хромосом.
1.3.8. Недостатки и перспективы метода гооБИ.
1.3.9. Область применения результатов исследований по сравнительной геномике.
1.3 Вопрос о механизме хромосомных перестроек
1.4. Филогенетические отношения млекопитающих
1.4.1. Молекулярные филогенетические построения
1.4.2. ТЬегагипотеза.
1.4.3. Четыре группы отрядов плацентарных млекопитающих
1.4.4. Парафилетичные таксоны
1.4.5. Расхождение в построениях на основе разных данных.
1.4.6. Молекулярные датировки
1.4.7. Филогении на видовом уровне.
1.5. Филогенетические и кариотипические отношения хищных.
1.5.1. iii семейство в отряде хищных
1.5.2. Проблема филогенетического положения большой и малой панды.
1.5.3. Куницеобразные
1.5.4. Филогенетические отношения группы ii
1.5.5. Кариотипические и филогенетические отношения i
ГЛАВА 2. МАТЕРИАЛЫ И МЕТОДЫ
2.1. Материалы.
2.1.1. Растворы и реактивы.
2.1.2. Список видов, вовлеченных в исследование
2.2. Методы
2.2.1. Культу ра клеток и суспензии хромосом.
2.2.1 Л. Получение суспензии хромосом из костного мозга.
2.2.1.2. Культура лейкоцитов периферической крови.
2.2.1.3. Культуры фибробластов кожи и легкого.
2.2.1.4. Хранение материала.
2.2.1.5. Оценка качества суспензии хромосом.
2.2.1.6. Приготовление препаратов.
2.2.2. Дифференциальные окраски хромосом.
2.2.2.1. Рутинная окраска хромосом
2.2.2.2. бэлдинг
2.2.2.3. Сбэндинг
2.2.3. Пэйнтинг
2.2.3.1. Характеристика наборов сортированных хромосом
2.2.3.2. Гетерологичная гибридизация.
2.2.3.3. Получение и обработка изображения.
ГЛАВА 3. РЕЗУЛЬТАТЫ И ОБСУЖДЕНИЕ
3.1. Кариотипическая эволюция в семействе собачьих i.юз
3.1.1. Описание кариотипа японской енотовидной собаки.
3.1.2. Пэйнтинг хромосом енотовидной собаки.
3.1.3. Интеграция с хромосомной картой собакалисицапесец
3.1.4. Кариотипические и филогенетические отношения собачьих
3.1.4.1. Схема кариотипических отношений собачьих
3.1.4.2. Филогенетические отношения собачьих.
3.1.4.3. Ветвь ii.
3.1.4.4. Ветвь Vi.
3.1.4.5. Особенности эволюции кариотипов собачьих
3.1.5. Предковый кариотип собачьих
3.1.6. Высокий уровень реорганизации геномов собачьих.
3.2. Кариотипическая эволюция в семействе куницеобразных i
3.2.1. Пэйнтинг куяйцеобразных
3.2.2. Идентификация внутрихромосомных перестроек в кариотипе американской норки.
3.2.3. Схема кариотипических взаимоотношений куницсобразных.
3.2.4. Особенности кариотипической эволюции в различных таксонах i
3.2.4.1. i
3.2.4.2. i.
3.2.4.3. i
3.2.4.4. iii
3.2.4.5. iii
3.2.5. Заключение.
3.3.Кариотипическая эволюция надсемейства i.из
3.3.1. Кариотип бурой гиены
3.3.2. Кариотип гималайской циветы v.
3.3.3. Многонаправленный пэйнтинг Реосеа
3.3.4. Сравнительный анализ кариотипов Реосеа.
3.3.4.1. Сравнительная карта хромосом гиены и циаеты
3.3.4.2. Идентификация инверсий с помощью проб собаки.
3.3.4.3. Схема кариотипическои эволюции Геогта
3.4.Использование пэйнтингпроб хромосом собаки для исследования
КАРИОТИПИЧЕСКОЙ ЭВОЛЮЦИИ
3.4.1. Участки консервативной синтении в геномах хищных
3.4.2. Идентификация инверсий с помощью пэйнтингпроб хромосом собаки
3.4.3. Реконструкция порядка сегментов предковых хромосом хищных.
ЗАКЛЮЧЕНИЕ
ЛИТЕРАТУРА.
Список сокращений
ЛСК предковый кариотип хищных iv
предковый кариотип ii i
предковый кариотип собачьих x i
предковый кариотип куницеобразных i
набор геноспецифичных пар праймеров для идентификации уникальных последовательностей в геномах млекопитающих iv
0 высокоповторенная фракция ДНК
I 4.6 диамидиио2фенилиндол
1,4диазабисцикло2,2,2октан
дАГФ дезоксиаденозинтрифосфат
дЦТФ дезоксицитозинтрифосфат
дГТФ дезоксигуанозинтрифосфат
i дистальная часть
сравнительная геномная гибридизация iv i iii
консервативные сегменты с неизвестным порядком генов v i
консервативные сегменты с известным порядком генов v i
частично вырожденный праймер ii i дТТФ дезокситимидинтрифосфат дУТФ дезоксиуридинтрифосфат самка
iv флуоресцентиоактивируемый клеточный сортср
I флюоресцентная i i гибридизация
I флюоресцеинизотиоцианат
i средняя, интерстициальная часть
митохондриальный геном ii
самец
фосфатный буфер , x проксимальная часть
мельчайший эволюционноконсервативный сегмент v vi i
додецилсульфат натрия
I короткие диспергированные повторы i
спектральное кариотипирование i
буфер ii i терминальная часть
искусственная дрожжевая хромосома iii
I сравнительный хромосомный пэйнтинг
ИЦиГ Институт цитологии и генетики, г. Новосибирск НИБХ Институт биоорганической химии, г. Новосибирск КРС крупный рогатый скот лич. сообщ. личное сообщение МЦБ многоцветный бэндинг
ПДРФ полиморфизм длин рестрикционных фрагментов
пн пара нуклеотидов
ПЦР полимеразная цепная реакция
сем., с. семейство
СХС сегменты хромосом собаки
тпн тысяча пар нуклеотидов
ЭБС эмбриональная бычья сыворотка
ЖР ядрышкообразующие районы хромосом
2п диплоидное число хромосом
Для сокращения латинских названий видов использовали трехбуквенные обозначения первая буква родового названия и две первые буквы видового. Например, i iii .
Введение
Актуальность


Быстрый прогресс наблюдается в картировании геномов таких видов как крыса, кошка, собака, корова, коза, овца, свинья, курица и рыба данио рерио. Количественные признаки iiv i i экономически важные признаки i i i. Однако основная проблема сравнительного картирования невозможность охватить большое количество видов. С этой задачей успешно справляются с помощью метода сравнительного хромосомного пэйнтинга. Пэйнтинг ii можно определить как гибридизацию флуоресцентномеченых хромосом или район специфичных зондов на цитологические препараты. Термин пэйнт i введен Пинкслем с соавторами i . Сигнал, получаемый при пэйнтинге, является результатом совокупной гибридизации различных последовательностей зонда, дающей эффект закрашивания пэйнтинга , . Пэйнтинг в том варианте, в котором он используется сегодня, был разработан двумя группами исследователей из iv Пинкель с соавторами и ivi Кремер и соавторы i . Чтобы более четко различать понятия, можно выделить просто хромосомный пэйнтинг гомологичная гибридизация в пределах одного вида, с использованием в качестве зонда пэйнтингпробы. Паиример, гибридизация пэйнтингпробы хромосомы человека на мстафазы пациента. И сравнительный хромосомный пэйнтинг гетерологичная гибридизация, при которой в качестве зонда используются пэйнтингпробы хромосом другого вида. Например, гибридизация пэйнтингпроб хромосом человека на метафазные хромосомы гиббона . Вариант пэйнтинга с вовлечением различных видов животных был назван I или межвидовой пэйнтинг . Можно также различать I между близкими видами например, принадлежащими к одному роду или семейству и так называемый отдаленный пэйнтинг между таксономически далекими видами например, из разных отрядов. На сегодняшний день существует два источника зондов для пэйнтинга сортированные хромосомы и микродиссекционные пробы. Меченные библиотеки сортированных или диссектированных хромосом называют пэйнтингпробами. Пэйнт сигнал, выявляемый в результате локализации пэйнтингпробы в ходе флуоресцентной i i гибридизации. Выделяют хромосомспецифичные пэйнтингпробы i, содержащие последовательности, наработанные со всей хромосомы, и районспеиифичные пэйнтингпробы i i. Ниже будут более подробно рассмотрены способы получения пэйнтингпроб и их использование. Метод хромосомного сортинга состоит в получении чистых фракций отдельных хромосом набора с помощью прибора, называемого хромосомным сортером. Такие фракции затем могут быть использованы в качестве источника ДНК определенной хромосомы для дальнейших молекулярных обработок. Именно развитие метода хромосомного сортинга позволило достичь огромных успехов в сравнительном картировании геномов млекопитающих. Несмотря на то, что первые библиотеки сортированных хромосом появились еще в году С5гау е Ы. Причиной задержки в широком использовании библиотек сортированных хромосом стали различные недостатки и дороговизна методики, которые постепенно удалось преодолеть. Сортировку хромосом осуществляют с помощью хромосомного сортера прибора, в основе которого лежит принцип проточного цитофлуориметра. То есть принцип измерения характеристик клетки или ее компонентов в потоке и разделение на фракции. Еще в х годах проточные цитофлуориметры широко использовались для решения различных задач в биологии. В настоящее время проточные цитофлуориметры применяются для анализа количественных характеристик клеточных компонентов ДНК, РК, белка и т. Полетаев и др. На основе двух этих возможностей осуществляется, например, сортировка спермиев на фракции, обогащенные X или Ухромосомами Попов. Рекеш . Широко используются данные свойства прибора для диагностики различных заболеваний, например заболеваний крови Полетаев и др. Цитометр также позволяет измерять внутриклеточные характеристики например, , потенциал проницаемость и мембраны. Дополнительные возможности предоставляет сочетание других методов с проточной цитометрией. Так, например, применение специфических антител позволяет исследовать антигены и оценивать количество рецепторов в клетке, а также судить об экспрессии генов.

Рекомендуемые диссертации данного раздела

28.06.2016

+ 100 бесплатных диссертаций

Дорогие друзья, в раздел "Бесплатные диссертации" добавлено 100 новых диссертаций. Желаем новых научных ...

15.02.2015

Добавлено 41611 диссертаций РГБ

В каталог сайта http://new-disser.ru добавлено новые диссертации РГБ 2013-2014 года. Желаем новых научных ...


Все новости

Время генерации: 0.198, запросов: 145