Генетический контроль терминации трансляции у эукариот

Генетический контроль терминации трансляции у эукариот

Автор: Журавлева, Галина Анатольевна

Шифр специальности: 03.00.15

Научная степень: Докторская

Год защиты: 2007

Место защиты: Санкт-Петербург

Количество страниц: 325 с. ил.

Артикул: 3319559

Автор: Журавлева, Галина Анатольевна

Стоимость: 250 руб.

ОГЛАВЛЕНИЕ
СПИСОК СОКРАЩЕНИЙ
Глава 1. ЭВОЛЮЦИОННАЯ КОНСЕРВАТИВНОСТЬ
ФАКТОРОВ ТРАНСЛЯЦИИ ЭУКАРИОТ ВВЕДЕНИЕ
Глава 2. МАТЕРИАЛЫ И МЕТОДЫ
2.1. Штаммы
2.2. Плазмиды
2.2.1. Плазмиды для двугибридной системы
2.2.2. Плазмиды для аффинной хроматографии
2.2.3. Плазмиды серии рУХ2
2.2.4. Плазмиды, содержащие мутантные аллели генов
5МР и 5иР
2.3. Секвенирование
2.4. Среды и условия культивирования
2.5. Молекулярногенетические методы
2.5.1. Получение мутантов по генам БиР и 1Р
2.5.2. Количественная оценка стабильности плазмид
2.5.3. Двугибридная система
2.6. Молекулярнобиологические и биохимические
2.6.1. Скрининг библиотеки кДНК с помощью гибридизации
2.6.2. Скрининг библиотек к ДНК с помощью двугибридной
системы
2.6.3. Количественная характеристика нонсенссупрессии
2.6.4. Нозернгибридизация
2.6.5. Антитела
2.6.6. Иммуноблотинг
2.6.7. Детекция взаимодействия белков
2.7. Компьютерные и статистические методы
Глава 3. Белок еВЕЗ эукариотический фактор терминации
трансляции 2 класса
3.1. История изучения терминации трансляции у про и
эукариот обзор литературы
3.1.1. Нонсенссупрессия у прокариот
3.1.2. Нонсенссупрессия у дрожжей 5. сегеутае
3.1.2.1. Кодонспецифическая супрессия
3.1.2.2. Омнипотентная супрессия. Идентификация генов
ШР и 5СР
3.1.2.3. Взаимодействие рецессивных омнипотентных
супрессоров с кодонспецифичными супрессорами 3.1.2.4. Модификаторы нонсенссупрессии, аллосупрессоры и
антисупрессоры
3.1.3. Белки 8ир и Бир участвуют в контроле точности
трансляции
3.1.4. Гипотезы о белках, участвующих в терминации
трансляции у эукариот
3.2. Изоляция структурного гена Хепорий 1аегЬу
гомологичного гену Р дрожжей
3.2.1. Скрининг библиотеки кДНК X. аеув
3.2.2. Сравнение Стерминальных доменов белков,
гомологичных Бир из разных видов
3.2.3. Комплементация мутации иргз белком БирС
X аеуз
3.2.4. Идентификация фактора терминации еБРЗ
3.3. Во взаимодействии с белком еКЕЗ участвует С
терминальный домен белка еЮ
3.4. Эволюционная консервативность взаимодействия
факторов терминации трансляции еКИ и еИЕЗ
3.5. Факторы терминации трансляции эукариот еКИ и
еКБЗ обсуждение
3.5.1. Терминация трансляции у эукариот
3.5.2. Фактор терминации трансляции еЮ
3.5.3. Роль рибосомы в декодировании
3.5.4. Фактор терминации трансляции еИРЗ
3.5.5. Терминация трансляции и молекулярная мимикрия
Глава 4. ИЗУЧЕНИЕ ФУНКЦИОНАЛЬНОЙ
ГОМОЛОГИИ БЕЛКОВ СЕМЕЙСТВА 3 ВЫСШИХ ЭУКАРИОТ Я i, X. vi,. В КЛЕТКАХ ДРОЖЖЕЙ
4.1. Подсемейство факторов терминации 3 Обзор
литературы
4.2. Функциональное замещение дрожжевого фактора
терминации 3 белком 2 М.
4.3. Делеционный анализ генов и 2
4.4. Роль терминального домена в
функционировании фактора терминации
4.5. Взаимодействие белков 1 и 2 с белком
4.6. Белок . vii филогенетически, но не
функционально, родственен белку
4.6.1. Филогенетический анализ белков . vii и
Н. i
4.6.2. Белки и не способны функционировать в
качестве факторов терминации в клетках дрожжей
4.6.3. Белок не взаимодействует с факторами
терминации 3 и
4.7. Консервативность фактора терминации
трансляции 3 у эукариот Обсуждение
4.7.1. Гены, кодирующие 3, у разных организмов
4.7.2. Структурная организация белка 3
4.7.2.1. терминальный домен белка 3
4.7.2.2. М домен белка 3
4.7.2.3. Стерминальный домен белка 3
4.7.3. Функциональная гомология белков подсемейства 3
4.7.4. Роль белка в трансляции
Глава 5. ИСПОЛЬЗОВАНИЕ МУТАНТОВ ПО ГЕНАМ
4 И ДЛЯ ИЗУЧЕНИЯ СОБЫТИЙ, ПРОИСХОДЯЩИХ ПРИ ТЕРМИНАЦИИ ТРАНСЛЯЦИИ
5.1. Мутации н и их плейотропные
эффекты обзор литературы
5.1.1. Омнипотентная супрессия
5.1.2. Супрессия сдвигов считывания
5.1.3. Чувствительность к антибиотикам
5.1.4. Температурочувствительность
5.1.5. Осмочувствительность
5.1.6. Влияние мутаций и на функционирование
митохондрий
5.1.7. Влияние мутаций и на клеточный цикл
5.1.8. Фенотипическое проявление фактора
5.2. Использование мутантов по гену для
изучения событий, происходящих при терминации трансляции
5.2.1. Мутации , отобранные по эффекту супрессии
мутаций i и I9
5.2.2. Нонсенсмутации в жизненноважном гене
5.2.3. Мутации приводят к трансляции стоп
кодонов, как значащих
5.2.4. Жизнеспособность различных по происхождению
штаммов, содержащих мутации
5.2.5. Мутации нарушают жизнеспособность
аскоспор в мейозе
5.2.6. Присутствие аллели дикого типа гена
нарушает трансляцию нонсенскодонов
5.2.7. Миссенсмутации в гене
5.2.7.1. Фенотипическая характеристика миссенсмутаций
в гене
5.2 Миссенсмутации в гене не влияют
на количество белка
5.2.7.3. Большинство миссенсмутаций в гене
не влияет на взаимодействие мутантных белков 1 с белком 3 в двугибридной системе
5.3. Использование мутантов по гену для
изучения событий, происходящих при терминации трансляции
5.3.1. Характеристика белка 3 у мутантов по гену
5.3.2. Секвенирование мутаций
5.3.3. Нонсенсмутации в гене
не влияют на количество мРНК
5.3.4. Мутации не приводят к летальности в
отсутствие мутантной тРНК
5.3.5. Нонсенсмутации в генах и не приводят к
уменьшению содержания белков и 3, соответственно
5.3.6. Миссенсмутации в гене не приводят к
нарушению взаимодействия с белком
5.4. Увеличение уровня тРНК у мутантов по факторам
терминации и
5.4.1. Жизнеспособность нонсенсмутантов по генам
и увеличивается с увеличением числагенераций
в условиях отбора
5.4.2. Нонсенсмутанты по гену характеризуются
повышенным содержанием тРНК
5.4.3. Количество тРНК в штаммах, несущих мутации
5.5. Мутации в генах и Обсуждение
5.5.1. Типы мутаций, возникающих в генах и
5.5.2. Миссенсмутации в генах и
5.5.2.1. Миссенсмутации в гене
5.5.2.2. Миссенсмутации в гене
5.5.3. Нонсенсмутации в генах и
5.5.3.1. Локализация нонсенсмутаций
5.5.3.2. Нуклеотидное окружение нонсенсмутаций
5.5.3.3. Плейотропные эффекты мутаций и
5.5.4. Увеличение количества тРНК у мутантов по генам
и
Глава 6. ИДЕНТИФИКАЦИЯ БЕЛКА РАВР, КАК
ВЗАИМОДЕЙСТВУЮЩЕГО С ФАКТОРОМ ТЕРМИНАЦИИ
6.1. Белок РАВР и его роль в трансляции обзор
литературы
6.1.1. Семейство белков РАВР
6.1.2. Структура белка РАВРС
6.1.3. Ядерный белок
6.1.4. Участие РАВР в полиаденилировании
6.1.5. Роль РАВР в транспорте мРНК из ядра в цитоплазму
6.1.6. Функции белка РАВРС в трансляции
6.1.7. Участие РАВРС в деградации мРНК
6.2. Идентификация белков, взаимодействующих с
белком 3 человека
6.2.1. Скрининг библиотеки кДНК Н i. Выявление
белков РАВРС 1 и i, как белков, взаимодействующих с
6.2.2. Взаимодействие полноразмерных белков РАВРС 1 и
3 в двугибридной системе
6.2.3. Участок РАВРС 1, взаимодействующий с 3,
локализован в Стсрминальном домене этого белка
6.3. еРАВР X. vi новый белок семейства РАВР
6.3.1. Скрининг библиотеки кДНК X. vi. Выявление
белка еРАВР, как белка, взаимодействующего с
6.3.2. Сравнение последовательности белка еРАВР с
другими белками семейства РАВР
6.3.3. Белки еРАВР и РАВР1 X. vi связываются с белком
3 i vi
6.3.4. Белок еРАВР способен компенсировать дизрупцию
гена РАВ1 дрожжей . vii
6.4. Взаимодействие белков и 3 в клетках
дрожжей
6.4.1. Взаимодействие дрожжевых белков 3 и РаЫ в
двугибридной системе
6.4.2. Идентификация минимальных взаимодействующих
доменов белков РаЫ и
6.4.3. Участки взаимодействия 3 с белками РаЫ и i
различны
6.4.4. Антисупрессорный эффект РаЫ в клетках дрожжей,
содержащих мутацию
Сверхэкспрессия РАВ1 приводит к подавлению
супрессии, вызванной присутствием фактора РБГ Увеличение содержания белка РаЫ в клетке приводит 1 к снижению фенотипической супрессии, индуцированной паромомицином
Консервативность взаимодействия белков еВДЗ и 2 РАВР в эволюции
Полноразмерные белки еШЗ и РАВР из разных видов
способны взаимодействовать друг с другом
Выявление участков РАВР и еЯРЗ,
взаимодействующих друг с другом у разных видов
Роль белка РАВР в терминации трансляции
обсуждение
Консервативность участков РАВР,
взаимодействующих с еЯРЗ у разных видов Консервативность участков еЯРЗ, взаимодействующих 8 с РАВР у разных видов
Роль белка РаЫ в терминации трансляции у дрожжей
Эволюционная консервативность связи терминации
трансляции и деградации мРНК
ЭВОЛЮЦИОННАЯ КОНСЕРВАТИВНОСТЬ 8 СИСТЕМЫ ТЕРМИНАЦИИ ТРАНСЛЯЦИИ У ЭУКАРИОТ Заключение
ВЫВОДЫ
СПИСОК ЛИТЕРАТУРЫ


Плазмиды серии , кодирующие Стерминальный участок РАВР ак и ак или i ак , отобраны во время двугибридного скрининга библиотеки кДНК человека см. Рисунок 5. Плазмида XI получена субклонированием фрагмента ВатШXI, кодирующего терминальный фрагмент РАВ ак , из в аналогичные сайты . Плазмида iII получена субклонированием ПЦР фрагмента праймеры и , кодирующего терминальный фрагмент РАВР ак , в сайты I плазмиды . Плазмида XI сконструирована из , отобранной во время двугибридного скрининга библиотеки кДНК человека см. Рисунок 5. X фрагмента размером 0 Ьр и религированием. Плазмида кодирует ак белка РАВР. Плазмида получена клонированием ПЦРфрагмента из в сайты II плазмиды . Для ПЦР использовали праймеры С Таблица 2. Таблица 2. Для обозначения химерных белков, содержащих гистидиновый хвост, использовали следующие обозначения Иэббелок в случае присутствия добавочных гистидинов на конце белка и 6i6, если дополнительные гистидиновые остатки находились на Сконце белка. Плазмида , кодирующая i X. Плазмида рЕТЬх5РС, кодирующая xi6 получена клонированием ПЦРфрагмента в сайты X плазмиды рЕТЬ v. Для ПЦР использовали праймеры 1 и 2 Таблица 2. Плазмида , кодирующая 3i6 человека, получена клонированием ПЦРфрагмента, содержащего ген 1 человека с 0 по нуклеотид, в сайты X рЕТ v. Для ПЦР использовали праймеры и . Плазмида X получена субклонированием ПЦРфрагмента, кодирующего 1 X, в сайты X плазмиды X2 i i. Для ПЦР использовали праймеры А и В, в качестве матрицы АВР 1. Плазмида рЕТ получена клонированием ПЦРфрагмента, кодирующего . X плазмиды рЕТЬ v. Для ПЦР использовали праймеры и , в качестве матрицы 7. Плазмида 2V получена клонированием ПЦРфрагмента, содержащего первые 0 Ьр гена . X плазмиды v. Для ПЦР использовали праймеры и , в качестве матрицы 7. Плазмида рЕТ получена клонированием ПЦРфрагмента, кодирующего . X плазмиды рЕТЬ v. Для ПЦР использовали праймеры и . Плазмида X получена субклонированием ПЦРфрагмента, кодирующего , в сайты II X3X i i. Для ПЦР использовали праймеры 5 и 6. Плазмида X, содержащая полноразмерный ген . IX из плазмиды V . I плазмиды X2 . Плазмида рУХ2ий,РП получена клонированием ВашН1 фрагмента, содержащего ген тв8РТ1 из рОВТ9тбР в сайт ВашН1 рУХ2. Плазмида рХмС8РТ2 получена следующим образом фрагмент ЕсоШНшШ из рЗВТ9яСР клонировали в плазмиде рВ8 . Затем плазмиду рВБ 1тРТ2 использовали для клонирования тРТ2 в ЕсоШНшсШ сайты рУХ2. Рисунок 2. Карта плазмиды X2 . Плазмида X2, получена субклонированием фрагмента IXI из I в соответствующие сайты X2. Плазмида р X2 1 получена субклонированием X ПЦРфрагмента в соответствующие сайты плазмиды X2. Для ПЦР использовали праймеры и . Плазмида X2xi5 получена субклонированием фрагмента IXI из x в соответствующие сайты X2. Плазмида X2x получена субклонированием I ПЦРфрагмента в соответствующие сайты плазмиды X2. Для ПЦР использовали праймеры и . Плазмиды с Ктерминальными делениями белка тввРЛ получены следующим образом рУХ2тС8РТ1 5 сконструирована делецией фрагмента о1, кодирующего ак 1 белка пЮ8РТ1, в плазмиде рУХ2я. Делении 1 и получены с использованием одного и того же обратного праймера Я Таблица 2. Р и Р, гомологичных последовательности тРТ1. Каждый из о1ХЬа1 ПЦРфрагментов лигировали с фрагментом ХЬа1НшШ, содержащем 1 кЬ последовательности твБРП кодирующем ак . Продукт лигирования затем субклонировали по Ысо1Нтс1Ш сайтам рУХ2, что позволило получить плазмиды рУХ2тС8РТ и РУХ2тС8РТ1 . Плазмида рУХ2тС8РТ1 получена субклонированием IiIII ПЦРфрагмента, содержащего 1. Ь последовательности 1иЗЖР кодирующей ак , в те же сайты плазмиды рУХ2. Для ПЦР использовали праймеры Р и К, в качестве матрицы рОВТ9С5РГ7. Плазмида рУХ2тС8РТ2 получена субклонированием Ысо1НтЩ фрагмента, кодирующего ак белка тРТ2, в те же сайты рУХ2. Плазмида рУХШДЧ получена субклонированием ЕсоШiIII ПЦРфрагмента в соответствующие сайты плазмиды рУХ2. Для ПЦР использовали праймеры Р и Я. Плазмида рУХ2еКГЗсЫ сконструирована субклонированием ВатН1Ысо1 ПЦРфрагмента, кодирующего ак белка шОвРП в плазмиду рУХ2шС8РТ2ЛЫ, описанную выше. Для амплификации использовали праймеры Р и КЗЗ. Аналогичная стратегия применялась для создания плазмиды рУХ2еКРЗсЬ2.

Рекомендуемые диссертации данного раздела

28.06.2016

+ 100 бесплатных диссертаций

Дорогие друзья, в раздел "Бесплатные диссертации" добавлено 100 новых диссертаций. Желаем новых научных ...

15.02.2015

Добавлено 41611 диссертаций РГБ

В каталог сайта http://new-disser.ru добавлено новые диссертации РГБ 2013-2014 года. Желаем новых научных ...


Все новости

Время генерации: 0.175, запросов: 145