Молекулярно-генетическая организация междисков политенных хромосом Drosophila melanogaster

Молекулярно-генетическая организация междисков политенных хромосом Drosophila melanogaster

Автор: Демаков, Сергей Анатольевич

Автор: Демаков, Сергей Анатольевич

Шифр специальности: 03.00.15

Научная степень: Докторская

Год защиты: 2007

Место защиты: Новосибирск

Количество страниц: 315 с. ил.

Артикул: 3408876

Стоимость: 250 руб.

ОГЛАВЛЕНИЕ
ВВЕДЕНИЕ
Глава 1 .Структурнофункциональная организация междисков политенных
хромосом i. ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ.
1.1 Организация интерфазных хромосом эукариот
1.2 Организация поли генных хромосом общие сведения
1.2.1 Развитие представлений о структуре хромосом.
1.2.2 Построение цитолог ических карт и правила картирования
1.3. Структурная организация междисков.
1.4. Информационное содержание междисков.
1.4.1.Развитие представлений о непрерывности ДНК в хромосомах.
1.4.2. Содержание и особенности укладки ДНК в междисках.
1.4.3. Белки междисков
1.4.4 Транскрипционная активность междисков.
1.4.4.1 Авторадиографический анализ синтеза I
1.4.4.2 Пммунофлуоресцентный анализ распределения РНКполимеразы II
1.4.4.3 Распределение РНПгранул
1.4.4.4 Иммунофлуоресцентная локализация ДНКРНК гибридов.
1.4.4.5 Гибридизации i i как метод исследования политенных хромосом
1.5 Роль междисков в функциональной орг анизации политенных хромосом
1.6 Использование трансформации для создания и анализа искусственных структур политенных хромосом
1.6.1 Метод Ртрансформации.
1.6.1.1 Явление гибридного дисгенеза
1.6.1.2 Строение Рэлемента.
1.6.1.3 Транспозаза Рэлемента
1.6.1.4 Механизм и регуляция транспозиции.
1.6.1.5 Выбор нового сайта
1.6.2 Рэлемснтопосрсдованный трансгенсз .
1.6.3 Трансформация как подход к исследованию молекулярногенетической организации морфологических структу р политенных хромосом.
1.7 Заключение и задачи исследования
Глава 2. МАТЕРИАЛЫ И МЕТОДЫ.
2.1 Линии мух и их ведение
2.2 Клоны ДНК и векторы.
2.3 Приготовление цитологических препаратов политенных хромосом
слюнных желез личинок
2.3.1 Приготовление препаратов для световой микроскопии
и i i гибридизации
2.3.2 Приготовление препаратов для электронной микроскопии.
2.4 Анализ ЭМ фотографий
2.5 Подготовка компетентных клеток . i
2.6 Трансформация плазмидной ДНК в клетки . i.
2.7 Выделение и очистка нуклеиновых кислот
2.7.1 Выделение геномной ДНК.
2.7.2 Выделение плазмидной ДНК.
2.7.3 Быстрое выделение микроколичеств плазмидной ДНК для
скрининга большого количества клонов
2.7.4 Выделение фаговой ДНК
2.7.5 Выделение тотальной РНК из личинок дрозофилы.
2.7.6 Выделение полиА РНК
2.7.7 Выделение тотальной РНК из слюнных желез личинок и из целых личинок дрозофилы трисольным методом.
2.8 Полимеразная цепная реакция ПЦР и олигонуклеотиды.
2.9 Электрофорез нуклеиновых кислот в агарозных и полиакриламидных гелях
2. Гидролиз ДНК эндонуклеазами рестрикции
2. Спасение интегрированных плазмид.
2. Мечение ДНК
2. Методы гибридизации нуклеиновых кислот.
Саузернблот гибридизация.
Нозернблот гибридизация
ДНКДНК i i гибридизация на политенных хромосомах.
2. Иммуноокрашивание политенных хромосом
2. Получение направленных делений
2. Определение последовательности ну клеотидов ДНК.
2. Получение и скрининг геномных библиотек.
2. Выделение ДК ядерного матрикса
2. Выделение клеточных ядер из личинок дрозофилы.
2. Получение препаратов ядерного матрикса
2. Связывание i vi фрагментов клонированной ДНК с препаратами ядерного матрикса
2. Обработка ядер микрококковой нуклеазой.
2. Обработка клеточных ядер ДНКазой 1.
2. Трансформация генома дрозофилы Р транспозонами.
2. Детекция 3галактозидазы в органах и тканях личинок дрозофилы
2. Компьютерный анализ последовательностей нуклеотидов в ДНК.
Глава 3. РЕЗУЛЬТАТЫ
3.1 Введение.
3.2 Электронномикроскопический анализ трансформированных
линий дрозофилы.
3.2.1 Морфолог ия районов с различными типами Ртранспозонов
3.2.1.1 Конструкция рНАР.
3.2.1.2 Конструкция Х
3.2.1.3 Конструкция сНВА.
3.2.1.4 Конструкция 0.1.
3.2.1.5 Встройки Рэлементов.
3.2.2 Морфология районов со встройками Ртранспозонов, полученных на основе конструкции I.
3.2.2.1 Морфология районов со встройками IЗС
3.2.2.2 Морфология районов со встройками Iv.
3.2.3 Обсуждение
3.2.3.1 Анализ морфологических структур в районах политенных хромосом, трансформированных чужеродными фрагментами ДНК
3.2.3.2 Встраивание Ртрансиозонов происходит преимущественно в районы междисков
3.3 Клонирование ДНК из районов междисков, содержащих встройки
Р транспозонов
3.3.1 Клонирование ДНК из района мсждиска С7С8.
3.3.2 Определение нуклеотидной последовательности ДНК из района междиска С7С8.
3.3.3 Клонирование геномной ДНК дрозофилы, прилежащей к встройкам транспозона в районах междисков
3.3.4 Клонирование геномной ДНК дрозофилы, прилежащей к транспозонам р1СопЗС и Iv в районах междисков
3.4 Анализ последовательностей ДНК из районов междисков
3.5 Транскрипционная активность ДНК в районах междисков
3.5.1 Анализ транскрипционной активности междисков методом
озернблот гибридизации
3.5.2 Анализ транскрипционной активности междисков методом
3.5.3 Обсуждение
3.6 Междиски политенных хромосом содержат участки ДНК, связывающиеся
с ядерным матриксом.
3.6.1.Введение
3.6.2 ДНК из междиска С7С8 связана с ядерным матриксом.
3.6.3 ДНК междисков связывается с ядерным матриксом i vi
3.6.4 Обсуждение
3.7 В политенных хромосомах Д1I междиска организована в нуклеосомы
3.7.1 Введение
3.7.2 Анализ нуклеосомной организации ДНК междиска 7С
3.7.3 Обсуждение
3.8 Филогенетический анализ ДНК из районов междисков.
3.9 Междиск С7С8 содержит возможный промотор и сайты
связывания регуляторов транскрипции.
3. Фрагмент ДНК из междиска С7С8 связывается с i viv
3. Моделирование междисковых структур в составе политенных хромосом
с помощью трансгенных конструкций.
Создание конструкции .
Создание конструкций IЗС и IV
ДНК междисков сохраняет декомпактное состояние при переносе в другие районы хромосом
Синтез и проверка активности i viv нового донорного транспозона дрозофилы V.
.1 Создание и V.
.2 Генетический тест на функциональность сайтов в V
Обсуждение.
3. Заключение.
Информационное содержание междисков.
Роль междисков в функциональной организации
политенных хромосом.
ВЫВОДЫ.
СПИСОК ЛИТЕРАТУ


Количество таких пучков намного меньше ожидаемой степени полигении , , i, , , . По мнению ряда авторов , i, , , при этом способе трудно избежать артефактных изменений в структуре хромосом. Толщина междисковых фибрилл, по разным источникам, варьирует в широких пределах табл. Скорее всего, это является отражением различий методических, связанных со способами приготовления политенных хромосом для анализа, но не различиями в функциональной организации междисков. Таблица 1. Толщина ДНИ фибрилл в междисках. К м годам прошлого века было определенно показано, что основная масса ДНК содержится в дисках Ii, , , i, . Относительно содержания ДНК в междисках данные носили противоречивый характер. На ее присутствие в светлых, междисковых районах указывало окрашивание политенных хромосом методом Фсльгена i, , . Сходные результаты были получены при изучении поглощения ультрафиолета политенными хромосомами , , а также при использовании флюоресцирующих красителей на нуклеиновые кислоты . Нтимидина , i, . Однако однозначная интерпретация этих данных была затруднена изза возможности присутствия в междисковых районах невыявлеиных микродисков , , . Кроме того, были работы, где указывалось на отсутствие ДНК в междисках i, . Им приписывалась роль соединительных точек между дисками, несущими ДНК . Поэтому неудивительным было появление статьи Стеффенсона, в которой он, обнаружив дискретное включение Нтимидина в основном в диски, делает вывод об отсутствии ДНК в междисках , . В более поздних работах с использованием этого же метода Губенко, i, , i, i, было достоверно показано включение Итимидина не только в диски, но также в пуфы и междиски. Таким образом, вывод Д. Стеффенсена не корректен и связан, скорее всего, с недодержкой препаратов хромосом при экспонировании с фотоэмульсией. Высказывались также предположения о многонитчагосги хромонем в политенных хромосомах см. Однако современные данные свидетельствуют о непрерывности и однонитчатости унииемности молекул ДНК в элементарных хромосомах. В особо мягких условиях выделяли геномную ДНК из различных видов дрозофил. Размеры молекул совпадали с длиной ДНК, определенных для отдельных хромосом v, i. При растяжении целых хромосом хирономуса в присутствии проназы удается достичь их 6кратного удлинения, что примерно соответствует длине расправленной молекулы ДНК, содержащейся в одной хромосоме Груздев, Резник, Зайниев и др. Резник, Груздев, v, i. Подтверждение однонитчатости ДНК можно также найти в статье X. Распластанные хроматиды толщиной нм частично обрабатывали раствором трипсина для удаления белков. Можно было наблюдать достаточно резкий переход от фибрилл диаметром нм к нитям ДНК в нм. Такая толщина характерна только для одной молекулы ДНК. То, что это ДНК подтверждает обработка ДНКазой I, удаляющая эти нити. В то время как РНКазная обработка не вызывает никаких изменений. При изучении информационного содержания междисков немаловажное значение приобретает вопрос определения в них количества ДНК и ее состояния. По данным микроспскгрофотометрии доля ДНК в междисках оценивается от 1 , до , , , от ее общего количества в политенных хромосомах. Кроме того, В. Беерман, учитывая данные Г. Радкина о количестве ДНК в гаплоидном наборе . При этом он основывался на классической модели организации политенных хромосом см. ДНК в хромонемах реплицируется по всей длине равномерно. По другим оценкам молекулярные размеры междисков могут варьировать от 0,3 т. Разнос количество ДНК в дисках и междисках возникает, в основном, за счет различий в степени ее упаковки. Однако К. Лэйрд пришел к заключению, что доля междисковой ДНК значительно больше и составляет не менее от общего количества ДНК в хромосомах i, . Такой вывод он делает на основании денситометри ческих измерений негативов целых политенных хромосом, полученных с помощью высоковольтного электронного микроскопа. Соотношение долей ДНК дисков и междисков в конкретных районах варьирует от 1, до 1, соответственно, и рассматривается им как подтверждение модели дифференцированной политенизации i, . Эти результаты были тщательно проверены В.

Рекомендуемые диссертации данного раздела

28.06.2016

+ 100 бесплатных диссертаций

Дорогие друзья, в раздел "Бесплатные диссертации" добавлено 100 новых диссертаций. Желаем новых научных ...

15.02.2015

Добавлено 41611 диссертаций РГБ

В каталог сайта http://new-disser.ru добавлено новые диссертации РГБ 2013-2014 года. Желаем новых научных ...


Все новости

Время генерации: 0.213, запросов: 145