Структурная и функциональная характеристика генов человека RFP2, RFP2OS, KCNRG и C13ORF1

Структурная и функциональная характеристика генов человека RFP2, RFP2OS, KCNRG и C13ORF1

Автор: Иванов, Дмитрий Валерьевич

Шифр специальности: 03.00.15

Научная степень: Кандидатская

Год защиты: 2003

Место защиты: Москва

Количество страниц: 201 с. ил

Артикул: 2613004

Автор: Иванов, Дмитрий Валерьевич

Стоимость: 250 руб.

Структурная и функциональная характеристика генов человека RFP2, RFP2OS, KCNRG и C13ORF1  Структурная и функциональная характеристика генов человека RFP2, RFP2OS, KCNRG и C13ORF1 

ОГЛАВЛЕНИЕ.
СПИСОК ИСПОЛЬЗОВАННЫХ СОКРАЩЕНИЙ
ВВЕДЕНИЕ.
ГЛАВА 1. ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ
1.1. Генные сети.
1.2. Структурная геномика
1.2.1. Методы реконструкции изоформ мРНК
любого гена человека
1.2.2. Методы, позволяющие установить геномную структуру любой изоформы мРНК гена прошлое и настоящее
1.2.3. Стратегии построения полной транскрипционной
карты генома человека.
1.3. Функциональная геномика.
1.3.1. Как реконструировать генетическую сеть
1.3.2. Методы исследования регуляции экспрессии различных изоформ мРНК одного гена
1.3.3. Способы изучения белок белковых взаимодействий
1.3.4. Исследования экспрессии совокупности генов
на уровнях транскрипции и трансляции
1.4. Современное состояние исследований генов района ц .3 хромосомы человека, утрачиваемого
при многих онкологических заболеваниях
ГЛАВА 2. МАТЕРИАЛЫ И МЕТОДЫ
2.1. Материалы.
2.1.1. Оборудование.
2.1.2. Реактивы и расходные материалы.
2.1.3. Фотоматериалы
2.1.4. Ферментные препараты.
2.1.5. Штаммы клеток, использованные в работе.
2.1.6. Библиотека рекомбинантных космидных
клонов I С
2.1.7. Библиотека рекомбинантных космидных
клонов
2.1.8. Экспрессионная кДНК библиотека для
дрожжевой дву гибридной системы.
2.2. Методы.
2.2.1. Среды, условия хранения и культивирования
бактерий
2.2.2. Выделение плазмидной и космидной ДНК из
клеток . i
2.2.3. Выделение дрожжевой ДНК
2.2.4. Электрофорез фрагментов ДНК в агарозном геле.
2.2.5. Выделение фрагментов ДНК из агарозных гелей
2.2.6. Клонирование фрагментов ДНК
2.2.7. Трансформация в штаммы клеток
2.2.8. Выделение тотальной РНК из культуры клеток.
2.2.9. Приготовление радиоактивно меченых ДНКзондов
2.2 Рестрикционный анализ ДНК и Саузернблоттинг
2.2 Гибридизация Саузерн и нозернблотов.
Гибридизация на колониях
2.2 Процедуры полимеразной цепной реакции ПЦР
2.2 ОТПДР
2.2 Эксперимент по достройке праймера.
2.2 Определение нуклеотидной последовательности
по методу Сэнгера.
2.2 Проверка взаимодействия двух белков в двугибридной системе
2.2 Тест на присутствие в дрожжах белка, кодируемого репортерным геном
2.2 Метод потери плазмид.
2.3. Программное обеспечение, использованное в работе
ГЛАВА 3. РЕЗУЛЬТАТЫ И ИХ ОБСУЖДЕНИЕ
3.1. Космидный контиг области, содержащей гены 2, , I1 и
3.2. Экзонинтронная структура и возможная функция гена 2
3.2.1. Картирование гена
3.2.2. Изоформы мРНК гена 2.
3.2.3. Экзонинтронная структура гена
3.2.4. Анализ профиля экспрессии гена 2 в нормальных тканях и опухолевых клеточных линиях человека.
3.2.5. Анализ нуклеотидных последовательностей
изоформ мРНК гена
3.2.6. Ортологи гена 2.
3.2.7. Анализ аминокислотной последовательности, кодируемой геном 2.
3.2.8. Поиск партнеров белка 2 методом дрожжевой двугибридной системы
3.2.9. Анализ нуклеотидных последовательностей ДНК клонов, выявленных методом дрожжевой двугибридной системы ИЗ
3.2 Возможная функция гена 2.
3.3. Экзонинтронная структура и возможная функция
гена .
3.3.1. Картирование гена .
3.3.2. Структура изоформы РНК гена .
3.3.3. Возможная функция гена
3.4. Экзонинтронная структу ра и возможная функция гена .
3.4.1. Картирование гена .
3.4.2. Экзонинтронная структура гена
3.4.3. Анализ профиля экспрессии гена в
нормальных тканях и опухолевых клеточных
линиях человека
3.4.4. Анализ нуклеотидных последовательностей
изоформ мРНК гена
3.4.5. У гена , вероятно, присутствует собственная промотерная область
3.4.6. Ортологи гена .
3.4.7. Анализ аминокислотных последовательностей, кодируемых геном .
3.4.8. Возможная функция белкового продукта гена .
3.5. Экзонинтронная структура и возможная функция
гена
3.5.1. Картирование гена 0.
3.5.2. Реконструкция изоформ мРНК гена 1.
3.5.3. Экзонинтронная структура гена
3.5.4. Анализ профиля экспрессии гена в нормальных тканях и опухолевых клеточных лигиях человека
3.5.5. Анализ нуклеотидных последовательностей
изоформ мРНК гена
3.5.6. Ортологи гена I1.
3.5.7. Анализ аминокислотной последовательности, кодируемой геном 1.
3.5.8. Поиск партнеров белка методом
дрожжевой двугибридной системы.
3.5.9. Анализ нуклеотидных последовательностей ДНК клонов, выявленных методом дрожжевой двугибридной системы
3.5 Возможная функция гена 1.
4. ЗАКЛЮЧЕНИЕ.
5. ВЫВОДЫ.
6. СПИСОК ЛИТЕРАТУРЫ
ПРИЛОЖЕНИЯ БЛАГОДАРНОСТИ
СПИСОК ИСПОЛЬЗОВАННЫХ СОКРАЩЕНИЙ.
ак аминокислот
ВХЛЛ Вклеточный хронический лимфолейкоз Ф ДНК дезоксирибонуклеиновая кислота
к ДНК комплиментарная ДНК мРНК матричная Р1ПС н нуклеотидов
ОТПЦР обратная транскрипцияполимеразная цепная реакция ОРС открытая рамка считывания Г1ААГ полиакриламидный гель п.н. пар нуклеотидов ПЦР полимеразная цепная реакция РНК рибонуклеиновая кислота ТЕМЕД тетраметилэтилендиамин ф т.п.н. тысяч пар нуклеотидов
ЭДТА этилендиаминтетраацетат
ВАС i iii искусственная хромосома бактерий
I1
x экспрессирующаяся нуклеотидная
последовательность
x база данных экспрессирующихся нуклеотидных последовательностей
I i i iii флуоресцентная гибридизации i i .
РАС Iiv iii искусственная хромосома на основе ДНК бактериофага Р
i iii быстрая амплификация концов
2 i i
i i 2 i
i додецил сульфат натрия
i ii i хлорид натрияцитрат натрия
i
iii искусственная хромосома дрожжей Сокращения для распространенных единиц измерения даны в соответствии с общепринятой номенклатурой.
ВВЕДЕНИЕ
Актуальность


Сайт связывания фактора 1 присутствует также в промоторе гена, кодирующего рецептор эритропоэтина i К. В результате активации транскрипции этого гена увеличивается количество молекул эритропоэти нового рецептора на клеточной мембране, повышается интенсивность прохождения сигнала от эритропоэтина через его рецептор к гену I. Тем самым замыкается еще один контур положительной обратной связи, обеспечивающий дополнительное автоусиление транскрипции гена 1. Сайты связывания фактора 1 обнаружены в регуляторных районах практически всех эритроидспецифичных генов. Благодаря этому под действием 1 осуществляется одновременная стимуляция транскрипции всех этих генов. Таким образом, происходит включение каскада процессов, обеспечивающих терминальную дифференцировку и созревание эритроцита. Контуры с отрицательной обратной связью обеспечивают гомеостатирование внутренней среды организмов, то есть поддерживают контролируемые ими параметры вблизи величин, оптимальных для данных средовых условий. Так механизм отрицательной обратной связи играет важную роль в регуляции уровня холестерина в клетке Колчанов и др. Синтез холестерина осуществляется при участии ферментов мевалонатного пути i . Ключевые регуляторы этого пути транскрипционные факторы подсемейства ii i ii М. Они активируют транскрипцию генов, кодирующих многие ферменты мевалонатного пути. Фактор образуется из неактивного предшественника под действием стеролрегулируемой протеазы X. Повышение уровня холестерина подавляет активность стеролрегулируемой протеазы, замедляя переход белка в активную форму. Тем самым снижается уровень активного белка , транскрипционная активность генов мевалонатного пути падает, синтез холестерина замедляется, и его уровень в клетке нормализуется. Также важную роль в поддержании уровня холестерина в клетке играет интенсивность его транспорта через клеточную мембрану из межклеточного пространства, который осуществляется при участии рецептора липопротеина низкой плотности Н. При сниженной концентрации холестерина повышается концентрация активного и происходит активация транскрипции гена, кодирующего , , . При повышенном внутриклеточном уровне холестерина снижается активность стеролрегулируемых протеаз и, соответственно, концентрация активного . В свою очередь, это влечет за собой уменьшение транскрипционной активности гена и снижение транспорта холестерина внутрь клетки. В соответствии с иерархическим положением, которое занимают генные сети при реализации процессов жизнедеятельности организмов, их можно разбить на классы. Самому низшему иерархическому уровню соответствуют генные сети, обеспечивающие функционирование отдельных клеток. В иерархически более высоком порядке выстраиваются генные сети, обеспечивающие функционирование тканей, органов и организмов в целом таблица 1. Все генные сети объединяются в глобальную генную сеть организма. Геном человека содержит тыс. V . Это дает представление о размерах глобазьной генетической сети организма. В свою очередь она состоит из множества взаимодействующих друг с другом локальных генных сетей. Например, генная сеть, контролирующая процессы дифференцировки и созревания эритроцитов, содержит не менее генов и тысячи других молекулярных компонентов РНК, белков, метаболитов. И это только одна из генных сетей человека. Наравне с ней существуют многие тысячи других, не менее значимых для функционирования организма. Первые теоретические исследования генных сетей начались в шестидесятые годы прошлого столетия Ратнер В. А., . Однако развитие теории генных сетей до середины восьмедисятых годов ограничивалось отсутствием достаточного количества эксперементальных данных. В последнее десятилетие в связи с появлением эффективных методов изучения структуры генов задача, которую решает структурная геномика и их функции задача, которую решает функциональная геномика началось стремительное накопление валового массива экспериментальных данных, описывающих функционирование генных сетей. Таблица 1. Генные сети базального клеточного метаболизма синтез аминокислот, белков, ДНК и т.

Рекомендуемые диссертации данного раздела

28.06.2016

+ 100 бесплатных диссертаций

Дорогие друзья, в раздел "Бесплатные диссертации" добавлено 100 новых диссертаций. Желаем новых научных ...

15.02.2015

Добавлено 41611 диссертаций РГБ

В каталог сайта http://new-disser.ru добавлено новые диссертации РГБ 2013-2014 года. Желаем новых научных ...


Все новости

Время генерации: 0.189, запросов: 145