Новые умеренно галоалкалофильные и термофильные метанотрофы

Новые умеренно галоалкалофильные и термофильные метанотрофы

Автор: Ешинимаев, Булат Цыденжапович

Шифр специальности: 03.00.07

Научная степень: Кандидатская

Год защиты: 2006

Место защиты: Пущино

Количество страниц: 143 с. ил.

Артикул: 2937965

Автор: Ешинимаев, Булат Цыденжапович

Стоимость: 250 руб.

Введение.
ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ.
Глава I. Особенности биологии аэробных метанотрофов
1.1. Экология метанотрофных бактерий.
1.2. Систематика метанотрофных бактерий.
1.3. Энергетический метаболизм метанотрофов.
1.4. Конструктивный метаболизм метанотрофов .
1.5. Поверхностные структуры метанотрофов.
Глава II. Биоразнообразие галоалкалофильных и термофильных бактерий.
2.1. Содовые озера источник галоалкалофильных микроорганизмов.
2.2. Стратегии адаптации бактерий к высоким значениям солености и
2.3. Термотолерантныетермофильные бактерии.
ЭКСПЕРИМЕНТАЛЬНАЯ ЧАСТЬ.
Глава III. Материалы и методы.
3.1. Объекты исследования.
3.2. Измерение потребления СН4 в пробах донных осадков
3.3. Определение активности нитрификации в пробах донных осадков
3.4. Культивирование метанотрофов.
3.5. Выделение чистых культур галоалкалофильных метанотрофов I типа.
3.6. Выделение галоалкалотолерантных метанотрофов II типа.
3.7. Выделение чистых культур умереннотермофильных метанотрофов
3.8. Изучение физиологических свойств галоалкалофильных метанотрофов I типа
3.9. Изучение физиологических свойств штамма БЗ.
3 Изучение физиологических свойств умереннотермофильных метанотрофов
3. Определение чувствительности к антибиотикам
3 Определение активности ферментов
3 Аналитические определения.
3 Влияние ингибиторов на скорость роста Ме1Иу1описгоЫит Ьигуа1еюс 5Б
3 Выделение экзополисахарида iii ЬигуШете 5Б и определение его мономерного состава.
3 Н ЯМРаиализ осмопротекторов и гликогена.
3 ВЭЖХ метод определения содержания эктоина в биомассе
3 Световая и электронная микроскопия клеток метанотрофов
3 Молекуляриогснстичсскис методы и филогенетический анализ
3 Экстракция белка слоев ii ii
3 Самосборка структуры слоев i vi
3 Даисилированис поверхностных белков
3 Гельфильтрация белка слосв
3 ДСНПААГ белка слоев.
2 Иммуноблотинг белка слоев
3 Трипсинолиз белка слоев в ГААГ и массспектроскопичсская фрагментация
пептидов.
РЕЗУЛЬТАТЫ И ОБСУЖДЕНИЕ
Глава IV. Потребление метана и окисление аммония в пробах содовых озер.
Глава V. Выделение и характеристика галоалкалофильныхтолерантных метанотрофов
5.1. Выделение и характеристика галоалкалофильных мстанотрофов I типа
5.2. Выделение и характеристика галоалкалотолераитиого мстаиотрофа II типа.
5.3. Пути метаболизма галоалкапофильныхтолерантных метанотрофов.
5.4. Осмоадаптацня новых метанотрофпых нзолятов
5.5. Филогенетическое и таксономическое положение
Глава VI. Физиологобиохимнческие и цитологические особенности ii 5Б при росте на метаноле
6.1. Физиологобиохимические особенности.
6.2. Цитологические особенности
6.3. Энзимологический анализ.
Глава VII. Выделение и характеристика белка поверхностных гликопротсиновых структур
ii ii .
Глава VIII. Выделение, характеристика и определение таксономического положения новых умеренно термофильных метанотрофов.
8.1.1. Выделение и характеристика штаммов Н и
8.1.2. Особенности метаболизма
8.1.3. Филогенетическое и таксономическое положение штаммов Н и 0.
8.2.1. Выделение и характеристика штамма .
8.2.2. Филогенетическое и таксономическое положение штамма .
ЗАКЛЮЧЕНИЕ
ЛИТЕРАТУРА
СПИСОК СОКРАЩЕНИЙ
ЛМО аммониймонооксигеназа
АТФ аденозинтрифосфат
БСА бычий сывороточный альбумин
БСТФА бистриметилсилилтрифторацетамид
ВЦМ внутрицитоплазматнческие мембраны
ВЭЖХ высокоэффективная жидкостная хроматография
ГГХ гуанидин гидрохлорид
ГОГАТ глутаматоксоглутаратамидотрансфераза
ГС глутамиисинтетаза
ГФС Згсксулозо6фосфатсинтаза
ГХНО 4гснтилхинолинЛгоксид
ДАБ 1,4 диамииобутират
ДНТФ дезоксинуклеотндтрифосфаты
ДСП додецилсульфат натрия
ДТТ дитиотрейтол
ДХФИФ 2,6днхлорфснол индофенол
ДЦКД Адициклогексилкарбодиимид
КДФГ 2кето3дезокси6фосфоглюконат
КС клеточная стенка
КХФ карбонилцианидмхлорфенилгидразои
ММО метанмонооксигеназа
мММО мембрансвязаниая метанмонооксигеназа
м.м. молекулярная масса
и.о. нуклеотидные основания
РБФ рибулозо1,5бисфосфат
РБФКО рибулозо1,5бисфосфаткарбоксилазаоксигеназа
рММО растворимая метанмонооксигеназа
РМФ рибулозомонофосфат
ПААГ полиакриламидный гель
ПГБ полигидроксибутнрат
п.п. пар нуклеотидов
ПФК ФФнзависимая 6фосфофруктокиназа ПХХ пнрролохинолинхннон
ПЦР полимеразная цепная реакция
ТАТК трансальдолазатранскетолаза
ТГМП тетрагидрометаноптерин
ТГФ тетрагидрофолат
ТПФ тиаминпирофосфат
ТСХ тонкослойная хроматография
ТФУ трифторуксусная кислота
ТХУ трихлоруксусная кислота
ФА формальдегид
ФАДГ формальдегидцегидрогеназа
ФБФ фруктозо1,6бисфосфат
ФГ фосфатидилглицернн
ФДГ формиатдегидрогеназа
ФК фосфатидная кислота
ФМС феназинметосульфат
ФМН флавинмононуклеотид
ФС фосфатидилссрии
ФФн пирофосфат
ФХ фосфатидилхолин
ФЭА фосфатидилэтаноламин
ЦТАБ цетилтриметиламмоиийбромид
ЦТК цикл трикарбоновых кислот
ЦМ цитоплазматическая мембрана
ЭДТА этилсндиамиитетрауксусная кислота
ЭПС экзополисахарид
Введение
Актуальность


Использование молекулярнобиологических методов позволило выявить новые, как правило, не культивируемые группы метанотрофов, активные i i и способные потреблять метан в очень низких концентрациях, соответствующих его содержанию в атмосфере . Исследованию разнообразия и активности метанотрофов различных почв уделяется много внимания, поскольку они вносят существенный вклад в потребление атмосферного метана. Недавно показано, что атмосферный метан потребляется метанотрофами, обладающими ММО с большим сродством к II4 Км для почвенных метанотрофов к метану варьирует от 0. М, что на порядка ниже, чем у культивируемых метанотрофов , , , i, , i, i . Из нейтральных почв, богатых органикой, выделен метанотроф II типа i . Км к метану 6 нМ при его концентрации 5 v, причем значение Км повышалось с увеличением концентрации метана i . Обнаружено, что атмосферный метан в количестве 1. II типа v, Iv, . Исследования микробиоты этих почв на разнообразие гена ртоА выявили новую группу , которая кластеризовалась с известными метанотрофами II типа, но имела существенные различия . I . После инкубации образцов почв с Сметаном в концентрации, близкой атмосферной, найдены жирные кислоты, нетипичные для известных метанотрофов. Это позволило предположить существование новой группы метанотрофных альфапротеобакгерий, окисляющих атмосферный метан . Iv, . Близкие к группе последовательности гена ртоА обнаружены в различных слабокислых почвах и сгруппированы в отдельный кластер или i . Среди известных метанотрофов II типа наиболее близок по последовательности гена ртоА к кластеру iii . Первые геномные данные для метанотрофов, полученные из мстагеномных библиотек, подтверждают их принадлежность к альфапротеобактериям и сходство с Ма. С с характерными свойствами i . Доминирование метанотрофов в слабокислых почвах показано методом ПЦР в реальном времени гена ртоА и матричной РНК . В нейтральных почвах обнаружены метаиотрофы нового кластера , группирующиеся по генам рДНК и ртоА с метано грофами I типа i . Установлено, что численность данной группы бактерий достигает лишь 5 от общего числа метанотрофов в исследуемых почвах, а доминируют представители группы I . Новая группа метанотрофов впервые была выделена из арктических почв iv . А i . Таким образом, стало ясно, что за потребление атмосферного метана в почвах с различными ответственны определенные доминирующие группы метанотрофов, которые пока не удается идентифицировать и культивировать. Установлено, что метанотрофы находятся в симбиотических отношениях с различными беспозвоночными моллюсками и губками, обитающими у гидротермальных выходов и холодных ключей па дне морей и океанов i . Наряду с сульфидокисляюшими бактериями, метанотрофы располагаются в специальных клеткахбактсриоцитах жабр моллюсков. При этом моллюскхозяин обеспечивает симбионтов субстратами СО2, СН4, Ог, поступающими из гидротерм, а бактерии, в свою очередь, фиксируют углерод, снабжая хозяина углеводами. Из анаэробной зоны почвы в атмосферу через хорошо развитую аэренхиму корней, листьев и стеблей водных растений посредством пассивного транспорта происходит эмиссия метана . В экспериментах i i с отмытыми от почвы болотными растениями понтедерией сердцевидной i , ежеголовником i , стрелолистом ланцетолистным ii ii показано, что ассоциированные с ними метанотрофы окисляют , и от общего потока выделяемого метана, соответственно i, i, , , i, . Установлено, что метанотрофы являются постоянным компонентом эндоризосфсры риса i, , , , , . Предположение об ассоциации метанотрофов с водными растениями вейником канадским , i, и рисом i . Методами сканирующей конфокальной микроскопии, гибридизацией с поликлональными антителами и специфичными рРНКзоидами, установлено, что в растениях риса метанотрофы располагаются в сосудах ксилемы центрального цилиндра, а также в клетках кортекса и эпидермиса i . Из ризосферы и листьев различных растений выделены накопительные культуры метанотрофов, отнесенных к родам i, i, и , что указывает на широкое разнообразие метанотрофов, ассоциированных с растениями Доронина с соавт. Иванова с соавт.

Рекомендуемые диссертации данного раздела

28.06.2016

+ 100 бесплатных диссертаций

Дорогие друзья, в раздел "Бесплатные диссертации" добавлено 100 новых диссертаций. Желаем новых научных ...

15.02.2015

Добавлено 41611 диссертаций РГБ

В каталог сайта http://new-disser.ru добавлено новые диссертации РГБ 2013-2014 года. Желаем новых научных ...


Все новости

Время генерации: 0.199, запросов: 145