Изучение генетического разнообразия изолятов вируса гепатита С и факторов риска инфицирования у пациентов с острыми и хроническими гапатитами в Новосибирске

Изучение генетического разнообразия изолятов вируса гепатита С и факторов риска инфицирования у пациентов с острыми и хроническими гапатитами в Новосибирске

Автор: Плясунова, Ирина Викторовна

Шифр специальности: 03.00.06

Научная степень: Кандидатская

Год защиты: 2009

Место защиты: Кольцово

Количество страниц: 191 с. 27 ил.

Артикул: 4310326

Автор: Плясунова, Ирина Викторовна

Стоимость: 250 руб.

ВВЕДЕНИЕ.
Глава 1. ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ.
1.1 Общие сведения о гепатите С и его возбудителе.
1.2 Структура вирусных частиц.
1.3 Строение генома ВГС.
1.3.1 Нетранслирусмые области.
1.3.2 Структурные белки.
1.3.3 Неструктурные белки.
1.3.3.4. Структура и функция белка НБ5В
1.4. Вариабельность генома ВГС
1.4.1 Уровни вариабельности.
1.4.2 Уровень инфицированного индивида квазивиды
1.4.3 Уровень эпидемической цепочки изоляты.
1.4.4 Уровень популяций генотипы и субтипы
1.5 Географическая распространнность генотипов ВГС.
1.5.1 Генотипы ВГС в мире.
1.5.2 Распределение генотипов ВГС в Российской Федерации
1.6 Клиническое значение генотипов ВГС
1.7 Методы генотииирования нзолягов ВГС.
1.7.1 Коммерческие наборы для генотииирования.
1.7.2 Некоммерческие методы генотииирования.
1.7.3 Методы серотшшровапия.
1.8 Естественное течение вирусного гепапита С.
1.8.1 Острый вирусный гепатит С.
1.8.2 Хронический вирусный гепатит С
1.8.3 Цирроз и гепатоцеллюлярная карцинома
1.8.4 Внспечночные проявления
1.8.5 Механизмы хроиизации гепатита С.
1.9 Эпидемиология вирусного гепатита С
1.9.1 Распространенность
1.9.2 Пути передачи.
1.9.3 Факторы риска.
1. Заключение
Глава 2. МАТЕРИАЛЫ И МЕТОДЫ
2.1 Обследованные группы.
2.2 Эпидемиологическое исследование
2.3 Диагностические тестсистемы.
2.4 Химические реактивы, ферменты и наборы.
2.5 Выделение суммарных РНК
2.6 Обратная транскрипция ОТ.
2.7 ПЦРамплификация.
2.8 Детекция и очистка продуктов амплификации ПЦР
2.9 Определение нуклеотидных последовательностей.
2. Анализ последовательностей
2. Обработка эпидемиологических данных.
2. Анализ коиформационного полиморфизма одиночных цепей ДНК ББСР.
2. Гетеродуплексный анализ.
Глава 3. РЕЗУЛЬТАТЫ И ОБСУЖДЕНИЕ.
3.1 Половозрастная характеристика обследованных групп и демографические данные .
3.2 Исследование встречаемости маркров вирусного гепатита С в группе пациентов с острым гепатитом.
3.3 Исследование встречаемости маркров вирусного гепатита В и С в группе пациентов с хроническим гепатитом
3.4 Генотипическое разнообразие изолятов ВГС.
3.4.1 Генотипическое разнообразие изолятов ВГС в группе пациентов с острым гепатитом
3.4.2 Генотипическое разнообразие изолятов ВГС в группе пациентов с хроническим гепатитом
3.4.3 Сравнение генотипического разнообразия изолятов ВГС в группах пациентов с острым и хроническим гепатитом
3.5 Анализ факторов риска инфицирования ВГС у пациентов с острым и хроническим гепатитом.
3.5.1 Факторы риска ВГС у пациентов с острым гепатитом
3.5.2. Факторы риска ВГС у пациентов с хроническим гепатитом.
3.6 Генотипирования изолятов ВГС методами НМА и ББСР
3.6.1 Генотипированис изолятов ВГС методом ББСР.
3.6.2 Генотипированис изолятов ВГС методом НМА
3.7 Генетическая характеризация нуклеотидных последовательностей ВГС
3.7.1 Нуклеотидные последовательности 5иТ области генома ВГС у изолятов, полученных от пациентов с острым гепатитом
3.7.2 Нуклеотидные последовательности 5ЦТК. области генома ВГС у изолятов ВГС, полученных от пациентов с хроническим гена гитом
3.7.3 Исследование генетических особенностей КБ5В области в группе пациентов с острым гепатитом
3.7.3.1 Анализ аминокислотных замен ЫВ области в группе пациентов с острым гепатитом.
3.7.4 Исследование генетических особенностей 3 области в группе пациентов с хроническим гепатитом.
3.7.4.1 Анализ аминокислотных замен ЫБбВ области в группе пациентов с хроническим гепатитом.
3.7.5 Сравнение аминокислотных замен в последовательностях ЫВ в двух группах
обследованных пациентов.
ЗАКЛЮЧЕНИЕ
СПИСОК ИСПОЛЬЗОВАННОЙ ЛИТЕРАТУРЫ
Приложение
СПИСОК ИСПОЛЬЗОВАННЫХ СОКРАЩЕНИЙ
АТ антитела
АЛТ аланикаминотрансфсраза
уГТП гаммаглутамилтранспентидаза
ВГА вирус гепатита А
ВГВ вирус гепатита В
ВГС вирус гепатита С
ВИЧ вирус иммунодефицита человека
ВОЗ Всемирная Организация Здравоохранения
ЗППП заболевания, передающиеся половым путм
ИЛ интерлейкин
ИФА иммунофермситный анализ
ОТПЦР обратная транскрипция полимеразная цепная реакция
СВО стойкий вирусологический ответ
iv i альтернативная рамка считывания
5 i 5нетранслнрусмая область
i vi Центры но Контролю и
Профилактике Заболеваний
i метод иммуноферментного выявления ДНК
дуплексов
V ii vi вирус гепатита
II x ii i гетеродуплексный анализ
V vi i гипервариабельный район
1V Ii i x Vi Международный Комитет
по Таксономии Вирусов
I i интерферои
I i i i внутренний сайт посадки рибосом
I1 Ii i i i Ii i
ii Международный Союз Чистой и Прикладной Химии
Международный Союз Биохимии
i i мегод обращнной гибридизации
i ii xii v Национальное Исследование Здоровья и Питания
i ii метод объединения ближайших соседей
i отношение шансов
i открытая рамка считывания
РИКзависимая РНКполимераза
ii i полиморфизма длин продуктов
рестрикции
v i обрат ная транскрип газа
i i i сигнальная пептидная пептидаза
i i метод исследования
конформациоиного полиморфизма одноцепочечных фрагментов ДНК ТМА iii iii транскрипционно опосредованная
амплификация
i i терминальная нуклеотидил трансфераза
i i i ii v метод иевзвешенных попарных средних
ВВЕДЕНИЕ
Актуальность


В структуре 5 ВГС выделяют четыре основных структурных домена, обозначаемые V, в пределах которых выделяют отдельные шпильки I, I, III, IV шпилька IV включает как последовательности 5, так и небольшой фрагмент кодирующей последовательности. Кроме этого в качестве субдоменов рассматривают пиримидинбогатые районы Ру1РуЗ и область псевдоузла, образованного двумя стеблями и 1I см. Рис. Показанная на Рис. V I подтип а. Для единообразия нумерации нуклеотидов в настоящей работе положения оснований на Рис. V1 положения генотипспсцифических нуклеотидных замен выделены цветом. Интерес исследователей к структуре и функции области ВГС и непосредственно 1раничащей с 5 части кодирующей последовательности вызван тем, что данный район генома ВГС обеспечивает кэпнезависимую трансляцию вирусного полинротеина представляет собой т. I i . В работе . I ВГС 0 нт, а в работе . I между и нт. Зграница I уточнена в работе . I ВГС должен включать первые нуклеотидов кодирующей последовательности гена ВГС. Таким образом, в образовании I ВГС участвуют домены 5 II, III и IV причм, домен IV включает в себя фрагмент кодирующей последовательности гена . Домен I 5 нт не является необходимым для связывания РНК 5 ВГС с субъединицей рибосомы . Структура домена II 8 нт 5 ВГС до настоящего времени выяснена не до конца. Авторы ряда работ выделили в домене II две различные шпильки На и i v . АН iii, . Как последовательности элемента На, так и последовательность шпильки i совершенно необходимы для правильного функционирования I ВГС. В работе i . В работе Нопс1а е1 а1. ТЯ. РуЗ ис и
Рис. Вторичная и третичная структуры области 5 и района , непосредственно прилегающего к стартовому кодону нэшипв IX V. Приведены обозначения доменов 1V и отдельных шпилек, олигопиримиднновых трактов Ру I РуЗ. Домены II. I и IV входят в состав внутреннего сайта посадки рибосом I. Петля шпильки и район гг образуют пссвдоузсл стебли пссвдоузла I и 1I показаны синим цветом. Инитширзкшшй кодон показан большими буквами Двусторонняя стрелка между и 6 указывает на пространственную близость этих оснований, не вовлеченных в формирование регулярной структуры. Зеленым цветом показаны тамены. Розовым цветом показаны замены, специфичные для последовательностей 5 генотипа 2. Пара I0 специфична для 5 тенотипов 1. Домен III нт является самым протяжнным доменом 5 ВГС и включает в себя 6 шпилек Ша. Шпильки I вероятно, совместно со шпилькой IV образуют сайт связывания иона 2 V . Особенность шпильки заключается в том, что область е петли нт гибридпзустся с последовательностью нт, что приводит к формированию структуры, называемой псевдоузлом . Дслсция области нт приводит к отмене трансляции. Сохранение структуры псевдоузла в непосредственной близости от стартового кодона совершенно необходимо для функционирования I, но имеется мнение, что значение для этого имеет не первичная структура, а сохранение комплементарного взаимодействия, приводящего к формированию спирального элемента, прилежащего к олигопиримидиновому тракту Ру2 i . Домен IV включает в себя последовательности 5 и небольшой фрагмент кодирующей последовательности. Инициирующий кодон расположен в петле шпильки IV, причм правильное положение стартового кодона исключительно важно для активности I i . Обнаружено, что 5проксимальная часть кодирующей последовательности первые нт от стартового кодона, очень важна для проявления функциональной активности 1 ВГС i, . В экспериментах . Соте сильно подавляло трансляцию с такого I. В этой же работе показано, что по мере увеличения количества мутаций в области первых нт гена Соте, эффективность трансляции падает. Во многих опубликованных работах, исследователи, изучающие различные домены и субдомены I ВГС шпильки, олигопиримидиновые факты, область псевдоузла, приходят к выводу, что в пределах большей части 5 для проявления функциональной активности I ВГС важна не столько первичная структура, сколько правильные вторичная и третичная структуры этого района генома. Таким образом, требования к консерватизму отдельных областей 5 определяются в основном необходимостью сохранения шпилек и спиральных элементов с определнной жсткостью, т. Например, в работе . Ру2 нт и РуЗ нт не является критическим условием для функционирования I ВГС.

Рекомендуемые диссертации данного раздела

28.06.2016

+ 100 бесплатных диссертаций

Дорогие друзья, в раздел "Бесплатные диссертации" добавлено 100 новых диссертаций. Желаем новых научных ...

15.02.2015

Добавлено 41611 диссертаций РГБ

В каталог сайта http://new-disser.ru добавлено новые диссертации РГБ 2013-2014 года. Желаем новых научных ...


Все новости

Время генерации: 0.350, запросов: 145