Геномный полиморфизм стрептококка группы В-возбудителя заболеваний человека и животных

Геномный полиморфизм стрептококка группы В-возбудителя заболеваний человека и животных

Автор: Дмитриев, Александр Валентинович

Шифр специальности: 03.00.04

Научная степень: Докторская

Год защиты: 2004

Место защиты: Санкт-Петербург

Количество страниц: 293 с. ил.

Артикул: 3414545

Автор: Дмитриев, Александр Валентинович

Стоимость: 250 руб.

ОГЛАВЛЕНИЕ
1. ВВЕДЕНИЕ
2. ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ
2.1. ОБЩИЕ СВЕДИ 1ИЯ О СТРЕПТОКОККАХ СЕРОЛОГ ИЧЕСКОЙ
ГРУППЫ В И ВЫЗЫВАЕМЫХ ИМИ ЗАБОЛЕВАНИЯХ
2.1.1. Классификация стрептококков группы В
2.1.2. Стрептококки группы В возбудителя заболеваний человека и
животных
2.1.3. Лечение, профилактика и диагностика инфекций, вызванных СГВ
2.2. ХАРАКТЕРНЫЕ ОСОБЕННОСТИ ГЕНОМА И ОСНОВНЫЕ
БИОЛОГИЧЕСКИЕ СВОЙСТВА СТРЕПТОКОККОВ ГРУППЫ В
2.2.1. Обшая характеристика генома СГВ
2.2.2. Грунноснецифический и капсульный полисахариды СГВ
2.2.3. Поверхностные и секретируемыс белки СГВ потенциальные
факторы вирулентности
2.2.4. Особенности метаболизма СГВ
2.2.5. Адаптация СГВ к условиям стресса
2.2.6. Инсерционные последовательности ДНК СГВ
2.2.7. Острова патогенности СГВ
2.3. ФАКТОРЫ ВИРУЛЕНТНОСТИ СТРЕПТОКОККОВ ГРУППЫ В
2.3.1. Полисахаридная капсула СГВ
2.3.2. Антиген р. связывающий иммуноглобулины А человека
2.3.3. Семейство поверхностных белков СГВ, устойчивых к действию
трипсина
2.3.4. С5а пептидаза СГВ
2.3.5. Другие потенциальные факторы вирулентности СГВ
2.4. МОЛЕКУЛЯРНАЯ ЭПИДЕМИОЛОГИЯ ЗАБОЛЕВАНИЙ,
ВЫЗВАННЫХ СТРЕПТОКОККАМИ ГРУППЫ В
2.4.1. Традиционные методы эпидемиологического анализа
2.4.2. Идентификация СГВ методом полимеразной цепной реакции
2.4.3. ЦРанализ с использованием случайных праймеров
2.4.4. Анализ рестрикционного полиморфизма хромосомной ДНК С1 В
2.4.4.1. Метод фингерпринтирования
2.4.4.2. Метод электрофореза в пульсирующем электрическом поле
2.4.5. Риботипирование СГВ
2.4.6. Дифференцировка СГВ по наличию инсерционных последовательностей ДНК
2.4.7. Набор генов вирулентности потенциальный генетический маркер
штаммов СГВ
2.4.8. Сравнительный анализ штаммов СГВ, выделенных от человека и животных
2.5. ЗАКЛЮЧЕНИЕ ОБЗОРА ЛИТЕРАТУРЫ
3. МАТЕРИАЛЫ И МЕТОДЫ ИССЛЕДОВАНИЯ
3.1. Бактерии, культуральные среды и условия роста
3.2. Иммуноблотинг бактериальных колоний
3.3. Выделение ДНК
3.3.1. Выделение хромосомной ДНК
3.3.2. Выделение препаратов ДНК для ПЦР
3.3.3. Выделение препаратов ДНК из клинических образцов сыворотки
крови и мочи
3.3.4. Выделение плазмидной ДНК
3.3.5. Выделение ДНК из агарозного геля
3.3.6. Приготовление препаратов ДНК для электрофореза в
пульсирующем электрическом поле
3.4. Электрофорез ДНК в агарозном геле
3.5. Гидролиз ДНК рестриктазами
3.6. Полимеразная цепная реакция
3.6.1. МиШр1ехРСК
3.7. Гибридизационный анализ ДНК
3.7.1. Риботипированне
3.8. Клонирование ДНК
3.9. Секвенирование ДНК
3 Компьютерный анализ ДНК
4. РЕЗУЛЬТАТЫ СОБСТВЕННЫХ ИССЛЕДОВАНИЙ И
ОБСУЖДЕНИЕ
4.1. ГЕНЫ, ОБЕСПЕЧИВАЮЩИЕ ФОРМИРОВАНИЕ ВИРУЛЕНТНОГО ФЕНОТИПА СТРЕПТОКОККОВ ГРУППЫ В
4.1.1. Анализ наличия генов вирулентности у штаммов СГВ полиморфизм
длин рестрикционных фрагментов, содержащих 1сны вирулентности
4.1.2. Изучение взаимной локализации генов вирулентности в геноме
4.1.3. Клонирование и секвенирование гена а1р5
4.1.4. Устойчивость штаммов О В к эритромицину и ее генетические
детерминаты
4.1.5. ОБСУЖДЕНИЕ РЕЗУЛЬТАТОВ
4.1.5.1. Различия в наборах генов вирулентности у штаммов СГВ
4.1.5.2. Размеры рестрикционных фрагментов ДНК, содержащих гены вирулентности, как критерии для дифференцировки ш таммов СГВ
4.1.5.3. Использование аподобных белков в молекулярной диагностике и
профилактике инфекций, вызванных стрептококками группы В
4.2. ИНСЕРЦИОННЫЕ ПОСЛЕДОВАТЕЛЬ ЮСТИ ДК
СТРЕПТОКОККОВ ГРУППЫ В
4.2.1. Распространенность инсерционных последовательностей ДНК
у штаммов СГВ
4.2.2. Полиморфизм длил рестрикционных фрагментов ДНК, содержащих I элементы
4.2.3. Локализация 1 и I на хромосомной ДНК методом
гибридизации
4.2.4. Идентификация сайтов интеграции I4 в геноме СГВ
4.2.5. ОБСУЖДЕНИЕ РЕЗУЛЬТАТОВ
4.2.5.1. Гетерогенность штаммов СГВ по наличию I элементов
4.2.5.2. Генетическая характеристика штаммов СГВ, выделенных от
человека и содержащих I4
4.2.5.3. Использование I элементов СГВ в качестве эпидемиологических
маркеров
4.2.5.4. Использование полиморфизма длин рестрикционных фрагментов
ДНК. содержащих I элементы, для сравнительного анализа штаммов СГВ
4.3. АНАЛИЗ ШТАММОВ СТРЕГГГОКОККОВ ГРУППЫ В
МЕТОДАМИ ПУЛЬСЭЛЕКТРОФОРЕЗА И
РИБОТИПИРОВАНИЯ
4.3.1. Характеристика генома штаммов СГВ методом пульс
электрофореза
4.3.2. Риботипирование штаммов СГВ
4.3.3. ОБСУЖДЕНИЕ РЕЗУЛЬТАТОВ
4.3.3.1. Г етерогенность рибосомных типов СГВ
4.3.3.2. Г етерогенность рестрикционных паттернов ДНК и
размеров генома штаммов СГВ
4.3.3.3. Картирование генома и сравнительный анализ штаммов
СГВ, выделенных от человека и животных
4.3.3.4. Сравнительный анализ рестрикционных паттернов ДНК
СГВ и наличия генов вирулентности
4.3.3.4.1. Генетическая однородность штаммов СГВ, содержащих ген
4.3.3.4.2. Анализ штаммов СГВ, выделенных от животных
4.4. ДИАГНОСТИКА СТРЕПТОКОККОВ ГРУЗ 1ПЫ В
И ДИФФЕРЕНЦИРОВКА СТРЕПТОКОККОВ РАЗЛИЧНЫХ ВИДОВ МЕТОДОМ ПОЛИМЕРАЗНОЙ ЦЕПНОЙ РЕАКЦИИ
4.4.1. ЦРднагностика СГВ с использованием гена в качестве
ДНК диагностического признака
4.4.2. Гдиагностика СГВ с использованием гена српбО в качестве
ДНК диагностического признака
4.4.3. Использование ix для дифференцировки стрептококков
4.4.3.1. ix с использованием праймеров та ген српбО
4.4.3.2. ix с использованием праймеров на гены вирулентности СГВ
4.4.3.3. ix с использованием праймеров на I элементы СГВ
4.4.4. ОБСУЖДЕНИЕ РЕЗУЛЬТАТОВ
4.4.4.1. Преимущества предлагаемых в настоящем исследовании подходов для ГП 1Рдиагностики СГВ
4.4.4.2. Использование предлагаемой П диагностики СГВ для анализа образцов биологических жидкостей
4.4.4.3. Использование предлагаемых подходов для ПЦРдифференцировки штаммов стрептококков, вызывающих заболевания человека и животных
4.5. ОРГАНИЗАЦИЯ ФРАГМЕНТА ГЕНОМА СТРЕПТОКОККА
ГРУППЫ В В ОБЛАСТИ ГЕНА
4.5.1. Клонирование и секвестрование гена
4.5.2. Клонирование и секвснированис гена консервативного птотетического белка
4.5.3. Клонирование и секвестрование гена сенсорной гистидинкмназы
и гена ДНКсвязывающего белка регулятора ответа
4.5.4. Клонирование и секвенированис инсерционной
последовательности I5
4.5.5. Локализация области, содержащей ген , на геномной ДНК СГВ
4.5.6. Идентификация и характеристика острова патогенности СГВ,
содержащего ген бас
4.5.7. Полиморфизм структуры гена гипотетического белка СГВ
5. ОБЩЕЕ ЗАКЛЮЧЕНИЕ
ВЫВОДЫ
БЛАГОДАРНОСТИ
СПИСОК ЛИТЕРАТУРЫ


СГВ оказался более близок к к метаболизму . В геноме СГВ обнаружено семь копий рибосомных оперонов, что соответствует более ранним публикациям . Все рибосомные опероны локализуются в области хромосомы, составляющей 0 т. Все семь рибосомных оперонов локализуются на одной из цепей ДНК около точки начала репликации, и их транскрипция однонаправлена. В то же время, у . ДНК три из них транскрибируются в одну сторону, а четвертый в другую 9, 2. У . ДНК в пределах 0 т. В геноме стрептококков группы В выявлено генов, кодирующих транспортные РНК тРНК, что существенно превышает количество генов тРНК, обнаруженных у . РНК, . РНК и . РНК. Биологическая значимость большого количества генов тРНК для СГВ пока остается неизвестной, но, тем не менее, это является характерной особенностью СГВ. В геноме штамма 6 было идентифицировано генов, в том числе, псевдогенов. Сорок девять из обнаруженных генов СГВ были представлены несколькими копиями 3. В геноме штамма 7 было идентифицировано генов. У обоих штаммов транскрипция генов осуществляется в том же направлении, что и репликация ДНК. Данная особенность является характерным свойством грамположительных микроорганизмов с невысоким ГЦ составом генома 2. Для и кодируемых белков у штамма 3I6 и штамма V, соответственно, были установлены предполагаемые биологические функции. Достаточно большое количество белков 9 и , соответственно оказалось специфичными только для СГВ 3, 1. Стрептококки группы В синтезируют два различных полисахарида. Один из них, группоспецифический, входит в структуру клеточной стенки и присутствует у всех штаммов СГВ. Он состоит из мономеров глюцитолфосфата, галактозы, 9ацетилглюкозами1а и рамнозы . К настоящему времени у СГВ идентифицирован кластер из генов, кодирующих белки, необходимые для синтеза грунпоспецифичсского полисахарида. К числу таких белков отнесены семь предполагаемых гликозилтрансфераз четыре из которых подобны рамнозид трансферазам других видов стрептококков, с1ТОРЬрамнозосинтаза и ряд белков, участвующих в синтезе глюцитола 1. Большинство стрептококков 1руппы В синтезируют на своей поверхности полисахаридную капсулу. Состав и структура полисахаридных капсул СГВ обусловливают различные антигенные свойства, что положено в основу классификации стрептококков группы В на серологические типы. В настоящее время известно 9 иммунологически отличных типов полисахаридных капсул 1а, 1Ь, , III, IV, V, VI, VII, VIII. Типоспецифические полисахариды капсулы состоят из мономеров глюкозы, галактозы, Ыацетилглюкозамина и сиаловон кислоты, но различаются по молекулярному соотношению этих компонентов , , 7, 8, 5 и способу соединения моносахаров 7, 6. По сравнению с другими типами полисахаридных капсул, капсулы типов VI и VIII не содержат Мацеталглюкозамина 1, 0, а Ьрамноза обнаружена лишь в составе капсулы типа VIII 0. После опубликования данных о полных нуклеотидных последовательностях ДНК СГВ. СГВ было идентифицировано около 0 генов поверхностных и секретируемых белков, некоторые из которых могут участвовать в формировании вирулентного фенотипа 1. Примерами таких белков могут являться белка, содержащих аминокислотную последовательность X на Стерминальном конце молекулы пептидазы, амидаза, нуклеазы, адгезины и др. Интересно, что среди белков семейства X, обнаруженных у СГВ, лишь четыре ортологичны белкам семейства X . Логично предположить, что, в основном, сосгав белков семейства I. X может яатяия специфичным для конкретного вида. К числу наиболее изученных поверхностных и секрегируемых белков, которые, по мнению ряда авторов принимают участие в формировании вирулентного фенотипа СГВ, могут быть отнесены белки 5, i , 0, i 4, 5, антигены а и 0, 7, 2, 0, подобные белки 1, 6, белок , 4, С5а пептидаза , 3, гналуронидаза 2, гемолизин 9 и др. Более подробно структура потенциальных генов вирулентности, их распространенность среди различных ссрогипов СГВ и свойства кодируемых ими белков приведены в Гл. Стрептококки группы В по своим биохимическим свойствам являются факультативными анаэробами, не продуцирующими кагалазу 1.

Рекомендуемые диссертации данного раздела

28.06.2016

+ 100 бесплатных диссертаций

Дорогие друзья, в раздел "Бесплатные диссертации" добавлено 100 новых диссертаций. Желаем новых научных ...

15.02.2015

Добавлено 41611 диссертаций РГБ

В каталог сайта http://new-disser.ru добавлено новые диссертации РГБ 2013-2014 года. Желаем новых научных ...


Все новости

Время генерации: 0.243, запросов: 145