Геномно-протеомная характеристика вариабельности Helicobacter pylori

Геномно-протеомная характеристика вариабельности Helicobacter pylori

Автор: Момыналиев, Куват Темиргалиевич

Шифр специальности: 03.00.04

Научная степень: Докторская

Год защиты: 2009

Место защиты: Москва

Количество страниц: 244 с. ил.

Артикул: 4584182

Автор: Момыналиев, Куват Темиргалиевич

Стоимость: 250 руб.

ВВЕДЕНИЕ
ГЛАВА 1. ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ
1.1. Патогенна ли бактерия i i.
1.1.1. Инфицирование и персистсиция Н. i.
1.1.2. Проблема исчезновения Я i.
1.1.3. Послсдсгвия присутствия или отсутствия Я. i в популяции человека.
1.1.4. Влияние Н i на физиологию человека
1.1.5. Ассоциация Н. i с раком желудка.
1.1.6. Связь Я i с астмой и аллергическими состояниями.
1.1.7. Я i и гастроэзофагеальная рефлюксная болезнь ГЭРБ.
1.2. Макро и мнкрогетсрогснность Я i
1.2.1. Микрогетерогсниость Я i.
1.2.2. Аллельная гетерогеиость и популяционная структура Я i.
1.2.3. Генетическая макровариабельиость Я i
1.2.4. Методы предсказания горизонтально перенесенных генов в
бактериях .
1.2.5. Геномные изменения в процессе адаптации Я i.
1.2.6. Функциональная гетерогенность Я i.
1.3. Возможные причины гетерогенности Я i
1.3.1. Мутации и репарация мутаций
1.3.1.1. Метилирование геномной ДНК как возможная причина мутаций в
Я i
1.3.1.2. Системы рестрикциимодификации Я i
1.3.2. Трансформация Я i .
1.3.3. Рекомбинации i viv.
1.3.3.1. Рекомбинационный аппарат Я i
ГЛАВА 2. МАТЕРИАЛЫ И МЕТОДЫ
2.1. Штаммы Я i и манипуляции с ними.
2.2. Создание плазмид, использованных для инактивации геновучастпиков систем рестрикциимодификации.
2.3. Мультилокуснос секвенированис Я i нзолятов
2.4. Создание ДНКмакроматриц Я. i.
2.5. Геномное сканирование клинических штаммов Я i.
2.6. Транскрипционное профилирование штаммов Я i.
2.7. Дифференциальный двухмерный гельэлсктрофорсз изолятов
Я i
2.8. Оценка степени метилирования ДНК Я i
2.9. Мпписсквсиирование мотивов в Я i .
2 Мпкрофлюидный клеточный сенсор
2 Скрининг мутаций в рифампицинустончивых Я i штаммах
2 ОТМЦР в реальном режиме времени
2 Сопоставление белоккодпруюших последовательностей Я i
ГЛАВА 3. Макро н мпкроварпабсльность Я i.
3.1. Аллельная гетерогенность нзолптон Я i.
3.1.1. Мультилокуснос ссквеиирование Я. i штаммов, выделенных от
лиц европеоидной расы
3.1.2. Аллельная гетерогенность штаммов Н. i, выделенных от народов, проживающих компактно в Сибири.
3.2. Структурная макрогстероннность Я. i.
3.2.1. Создание ДНКмакроматриц II. i.
3.2.1.2. Подбор условий для формирования ДНКмакроматрицьт.
3.2.1.3. Валидация ДНКмакроматрицы Я. i
3.2.2. Сравнительный геномный анализ штаммов Я. i.
3.2.2.2. Макрогстерогеносгь клинических изолятов Я. i.
3.2.2.3. Идентификация штаммоспецифических генов Я. i
3.2.3. Предсказания горизонтально перенесенных генов в геноме
Я. i.
3.2.3.1. Обоснование необходимости разработки метода предсказания ГПГ
3.2.3.2. Разработка алгоритма для предсказания горизонтально перенесенных чужеродных генов в геноме бактерий.
3.2.3.3. Идентификация горизонтально перенесенных генов в Н. i.
3.2.3.4. Симуляция ложноотрицательных результатов
3.2.3.5. Валидация геста. Сравнение с экспериментальными данными
3.2.3.6. Валидация теста. Биологическое подтверждение.
3.2.3.7. Обогащение функциональных групп II. i чужеродными
3.3. Трапскрипцнониопротеомное профилирование Я. i.
3.3.1. Сравнительный анализ транскрипционных профилей штаммов
II.i .
.3.3.1.1. Транскрипционная гетерогенность клинических изолятов Я. i
3.3.1.2. Подтверждение полученных данных
3.3.1.3. Анализ транскрипционных профилей клинических изолятов
Я. i.
3.3.2. Сравнительная характеристика протеомных карт клинических
изолятов II. i.
ГЛАВА 4. Микро н макроварпабелыюстьЯ. i как следствие адаптации бактерии к окружающему стрессу
4.1. Фенотипическая вариабельность Я. i при раннем раке желудка
4.1.1. Обоснование модели.
4.1.2. Мультилокуснос тшшрование изолятов Я. i.
4.1.3. Дифференциальная экспрессия белков НрРР и ИрХГ изолятов
4.1.4. Белки, экспрессия которых обнаружена только в изолятах ИрХГ
или НрРР
4.1.5. Экспрессия белков II. i в разных отделах желудка при гастрите и раннем раке.
4.1.6. Корреляция экснрессионных профилей ИрХГ или НрРР изолятах
4.1.7. Геномые различия между НрРР и ИрХГизолятамн
4.1.8. Реконструкции молекулярногенетических взаимодействий при гастрите и раннем раке желудке
4.1.9. Анализ фенотипической вариабельности Я. i при раннем раке желудка.
4.2. Генерация мпкровариабсльиостп при адаптации Я. i к рнфампицпну
4.2.1. Обоснование модели.
4.2.2. Сравнительный анализ геномов Я. i.
4.2.3. Анализ мутации в геноме Н. i 5.
4.2.4. Анализа мутации в клинических изолятах. i.
4.2.5. Сравнительный анализ мутаций в рифапицинустойчнвых штаммах
Я. i.
4.2.6. Скрининг мутаций возникающих при адаптации Н. i к субмиковым концентрациям рифампнцниа
4.2.7. Частота возникновения резистентных мутантов при адаптации к мстроиидазолу рифамппцинустончивых клонов Я i.
4.3. Метилирование ДНК как одна из возможных причин изменчивости Я i.
4.3.1. Обоснование модели.
4.3.2. Соответствие нуклеотидов между ОРС штаммов Я. i 5 и
4.3.3. Распределение динуклсотидов в ОРС штаммов Н. i 5 и
4.3.4. Соответствие нуклеотидов в тстрануклеотидах ОРС Я. i
4.3.5. Оценка степени метилирования геномной ДНК штамма Я. i
4.3.6. Оценка возможного использования метионина в качестве метилирующего агента ДНК Я. i
4.3.7. Оценка частоты транзиций СТ в зависимости от концентрации метионина с помощью реакции миниссквсннронания с последующей массспектрометрисй
4.3.8. Вклад эпигенетических факторов в гетерогенность Я. i
4.3.8.1. Идентификация активных мстилтрансфсраз клинического штамма
Я. i А.
4.3.8.2. Прямая детекция метилирования ДНК путем анализа хроматограмм, полученных методом ссквсннрования.
4.3.8.3. Установление паттернов чувствительностиустойчивости
геномной ДНК к обработке различными эндонуклеазами рестрикции
4.3.8.4. Получение производных штамма А Я. i, дефектных по генам мстилтрансфсраз .I, .III, .IIIV, .VIII.
4.3.8.5. Протеомный анализ профилей мутантных штаммов и штаммов дикого типа Я. i
4.3.8.6. Оценка скорости роста полученных штаммов Я. i.
ГЛАВА 5. Мнкрофлюидные технологии для оценки функциональной гетерогенности клеточных популяций
5.1. Обоснование модели.
5.2. Конструирование микрофлюидного чипа
5.3. Маркерные штаммы, содержащие кодирующую последовательность , находящегося под промоторами генов ,, , В
5.4. Иммобилизация клеток.
ЗАКЛЮЧЕНИЕ
СПИСОК НАУЧНЫХ РАБОТ, ОПУБЛИКОВАННЫХ ПО ТЕМЕ
ДИССЕРТАЦИИ.
ЛИТЕРАТУРА


Так, сам по себе может выбрать клетки, которые смогут выжить в его присутствии, что приведет к возникновению особой популяции клеток со свойственной ей или приобретенной невосприимчивостью к сигналам апоптоза, вызванным утратой клетками соединения или полярности 1. Экспериментальная модель индукции рака желудка . Ж. Хоугтон с коллегами предложили альтернативную роль воспаления в онкогенезе желудка 6, а именно перемещение клеток костного мозга в область хронического повреждения или воспаления для репарации , 6. Необходимо было выяснить возможность вовлечения этих стволовых клеток в развитие рака желудка. Была использована следующая модель рака желудка линия мышей 6 и близкородственный И. Предварительно мышей облучали для разрушения естественных клеток костного мозга, которые затем заменяли на трансгенные клетки, экспрессирующие легко обнаруживаемый маркер галактозидазу рис. После шестивосьми недель инфицирования трансгенных мышей . Рис. Эти дифференцированные клетки выглядели нечетко и поведение их было необычным они начали удлиняться, ветвиться, образовывать группы и приобретать неправильную форму, причем скорость их роста была очень высокой рис. После х недель хронической инфекции у мышей был обнаружен рак желудка в ранней стадии развития, и сформировавшиеся опухоли были положительно окрашенными маркером, что указывало на то, что клетки действительно происходили из костного мозга. Несмотря на то, что эта модель не позволила оценить роль в карциногенезе, можно предположить, что в присутствии этого белка нарушаются программы дифференцировки клетокпрсдшествснников желудочного эпителия, и кроме того, их способность к самообновлению и трансформации в мезенхимную ткань могли бы сделать эти клетки более восприимчивыми к длительному патогенному действию . Следует отметить, что адеквантность использования данной модели возникновения аденокарциономы вызывает некоторые сомнения. Например, в данной работе не была исключена возможность слияния клеток костного мозга с эпителиальными клетками слизистой желудка. Используя разные методики исследование гистологических срезов на предмет наличия двуядерных эпителиальных клеток с метками анализ окрашенных пропидием разных типов клеток для сравнительной оценки содержания ДНК Iанализ меченых эпителиальных клеток на предмет наличия слившихся клеток с фенотипом XX, XXX Ж. Хоугтон не обнаружил признаков стабильного слияния клеток. Более того, слияние клеток костного мозга с клетками эпителия слизистой оболочки желудка может являться одним из механизмов канцерогенеза. Интересно сообщение Ж. Ох и коллег 5, где авторы предполагают, что Я. Авторы проанализировали тропизм клинических изолятов Я. Эти мыши не способны продуцировать соляную кислоту вследствие дефекта париетальных клеток и характеризуются значительным количеством делящихся желудочных эпителиальных прогениторных клеток предшественников. Микроскопические исследования желудка спустя 1 месяц или 1 год после инфицирования показали внутриклеточную локализацию бактерий в мульти и олигопотентных эпителиальных прогениторных клетках. Электронная микроскопия позволила открыть несколько морфотипов бактерии в клетке, включая спиралевидную форму в цитоплазме и эндосомах. То есть прогениторные клетки могут быть использованы Я. Позднее было показано, что Я. Считается, что белок под названием фактор ускорения распада i , , обладая способностью связываться с рядом бактерий, защищает от разрушения собственные ткани организма. Пик с коллегами обнаружили, что этот же находящийся в эпителиальных клетках желудка белок служит рецептором, т. Я. i. Авторы проверили эту гипотезу, определяя количество Я. Было обнаружено, что бактерии адгсзируются только на тс клетки, у которых есть . Более того, было установлено, что Я. Данные результаты демонстрируют, что Н. Отсутствие белка, фактора ускорения распада, невидимому, обусловливает отсутствие воспаления, которое язвеииая бактерия должна была бы вызвать в инфицированных мышах, следовательно, поражающее воздействие бактерии на желудок опосредовано этим фактором.

Рекомендуемые диссертации данного раздела

28.06.2016

+ 100 бесплатных диссертаций

Дорогие друзья, в раздел "Бесплатные диссертации" добавлено 100 новых диссертаций. Желаем новых научных ...

15.02.2015

Добавлено 41611 диссертаций РГБ

В каталог сайта http://new-disser.ru добавлено новые диссертации РГБ 2013-2014 года. Желаем новых научных ...


Все новости

Время генерации: 0.209, запросов: 145