Молекулярные механизмы регуляции транскрипции и копирования ДНК эукариот при участии стероидных гормонов и аполипопротеинов А-I и Е

Молекулярные механизмы регуляции транскрипции и копирования ДНК эукариот при участии стероидных гормонов и аполипопротеинов А-I и Е

Автор: Гимаутдинова, Ольга Ивановна

Год защиты: 2007

Место защиты: Новосибирск

Количество страниц: 264 с. ил.

Артикул: 3410199

Автор: Гимаутдинова, Ольга Ивановна

Шифр специальности: 03.00.04

Научная степень: Докторская

Стоимость: 250 руб.

ОГЛАВЛЕНИЕ
Список сокращений, обозначений и пояснений
Введение
Г лава 1. Обзор литературы
1.1. Механизмы активации транскрипции генов эукариот
1.1.1. Структура хроматина
1.1.2. Архитектура транскрипционных белковонуклеиновых комплексов ассамблей
1.1.2.1. Регуляторные области генов. Описание ТЮЮ
1.1.2.2. Резюме по базе данных ТШИ
1.1.2.3. Виды транскрипционных ансамблей
1.1.3. Транскрипционные факторы
1.1.3.1. Определение и строение транскрипционных факторов
1.1.3.2. Классификация ТФ
1.1.3.3. Описание ДСД в суперклассах, описание некоторых классов, семейств и индивидуальных факторов транскрипции
1.1.3.4. Резюме по классификации ТФ
1.1.4. Участие медиаторов и коактиваторов в экспрессии генов
1.1.5. Примеры молекулярных механизмов инициации транскрипции генов
1.1.5.1. Общие представления о функционировании РНКполимераз
1.1.5.2. Элементы организации гена апоЛ1 и транскрипционные факторы, обеспечивающие его экспрессию
1.1.5.3. Некоторые элементы механизма функционирования
гена апоА1 и связанных с ним генов апоСШ и апоМУ
1.1.5.4. Рефляция транскрипции с помощью РохАРПТРЗ и НКТ4
1.1.5.5. Возможные механизмы синергизма РохАНКРЗ и НИР
под контролем печеньспецифичного энхансера гена апоА1
1.1.5.6. Влияние экспрессии гена апоА1 на метаболизм
1.1.6. Резюме но регуляции транскрипции ГСНОВ
1.2. Аиолипопротеин А1 регуляторный белок
1.3. Стероидные гормоны. Строение. Метаболизм
1.3.1. Кортизол
1.3.2. Строение стероидов
1.3.3. Действие стероидных гормонов на организм
1.3.4. Применение стероидных гормонов в фармакологии
1.3.5. Глюкокортикоиды
1.3.6. Половые стероидные гормоны
1.3.7. Метаболизм стероидных гормонов
1.3.8. Биохимические пути действия стероидных гормонов в
1.4. Заключение по обзору литературы
Глава 2. Материалы и методы
2.1. Реактивы, материалы, буферные растворы и биологические объекты
2.2. Выделение аполипопротеинов
2.2.1. Выделение липопротеинов из плазмы крови методом изоплотностного ультраце при фугирован и я
2.2.2. Делипидированис липопротеинов
2.2.3. Разделение белков электрофорезом в ПААГ
2.2.4. Электроэлюция белков из геля
2.2.5. Гельфильтрация белков
2.2.6. УФспектры белков
2.2.7. Иммунноферментный анализ апоА
2.3. Выделение ДНК
2.3.1. Выделение ДНК с использованием пропазы
2.3.2. Выделение ДНК из печени крысы с использованием гуанидиний изотиоцианата
2.3.3. Удаление РНК из препаратов ДНК
2.3.4. Выделение ДНК с использованием протеиназы К
2.3.5. Выделение ДНК из лимфоцитов человека с использованием гуанидиний изотиоцианата
2.4. Анализ ДНК электрофорезом в агарозном геле
2.5. УФспектры ДНК
2.6. Выделение ядер и белкового экстракта из ядер клеток
печени крысы
2.7. Выделение хроматина из клеток печени крысы
2.8. Связывание ДНК с аполипопротеином А1
2.8.1. Аффинная хроматография белков на иммобилизованной ДНК
2.8.2. Получение аффинного сорбента, содержащего иммобилизованные антиапоА1
2.9. Получение М2хлорэтш1Кметиламтюбензил5 фосфамидов рибоолигоадснилатов с мезитиленкарбошлхлоридом
2 Синтез 4К2хлорэтилКметиламинобензиЛ2Рфосфамидов олигонуклеотидов с конденсирующими реагентами
2 Аффинная модификация ДНК, рибосомных белков и рРНК
2 Аффинная модификация аполипопротсина А1
2 Анализ вторичной структуры ДНК после воздействия апоА1, аиоЕ, стероидов или их комплексов
. Анализ влияния холестерина и гормонов на структуру ДНК
. Получение комплексов апоА1стероид
2 Флуоресцентное зондирование ДНК
2 Обнаружение структурных особенностей ДНК с помощью
метода малоуглового рентгеновского рассеяния
2 Взаимодействие ДНК с комплексом апоЛ1ТГК
2 Гидролиз ДНК нуклсазой Б1
2 Денситомстрия фотопленок и гелей
2 Взаимодействие ДНК и комплекса апоА1стероид с олигонуклеотидами
. Конкурентное ингибирование олигонуклеотидами
взаимодействия комплекса апоА1ТГК с ДНК
. Анализ связывания олигонуклеотидов с аноА1 методом гельретардации
. Введение метки 2Р в олигонуклеотиды
. Получение комплементарных олигонуклеогидных дуплексов
. Оценка специфичности взаимодействия комплексов апоА1стероид с ДНК методом саузернгибридизации
. Взаимодействие комплекса ТГКапоАI с олигонуклеотидами и их комплементарными дуплексами
. Гидролиз олигонуклеотидов ДНКазой I в присутствии комплексов стероидапоА
2 Копирование ДНК крысы и человека i vi
. Копирование ДНК в присутствии комплексов стероидапоА1 с помощью фрагмента Кленова
. Ограниченное копирование ДНК фага М
. Копирование ДНК крысы и человека при помощи белкового экстракта ядер из клеток печени крысы
. Копирование ДНК крысы в составе хроматина с помощью фрагмента Клнова
. Введение метки в ДНК крысы с помощью фрагмента Клнова с последующей обработкой ДНКазой I
2 Транскрипция ДНК крысы и человека i vi в присутствии комплекса апоА1ТГК
Глава 3. Результаты собственных исследований
3.1. Характеристика препаратов ДНК и белков
3.1.1. Препараты ДНК
3.1.2. Препараты аиоА1 и апоЕ
3.1.3. Белковый экстракт из ядер клеток печени крысы
3.1.4. Присутствие однонитсвых участков в нативной ДНК
3.2. Связывание ДНК с апоА
3.2.1. Сродство апоЛ1 к ДНК аффинная хроматография
3.2.2. Сродство апоЛ1 к ДНК аффинная модификация
3.2.3. Селекция олигонуклеотидов по связыванию с комплексом апоЛ1ТГК
3.2.4. Исследование связывания комплекса ТГКапоЛ1 с олигонуклеотидами методом гельретардации
3.3. Флуоресцентное зондирование ДНК в присутствии стероидов, апоА1 и их комплексов
3.4. Анализ вторичной структуры ДНК с использованием ферментов
3.4.1. Взаимодействие ДНК со стероидами
3.4.2. Взаимодействие ДНК с комплексами апоА1стероид
3.4.3. Количество Б1 нуклеазочувствительных участков в ДНК
3.4.4. Влияние структурных особенностей ДНК на гидролиз
нуклеазой
3.5. Специфичность комплекса апоА1стероид к нуклеотидным последовательностям ДНК
3.6. Взаимодействие комплекса апоА1ТГК с олигонуклеотидами
и их комплементарными дуплексами
3.6.1. Влияние комплексов апоА1стероид на гидролиз олигонуклеотидов ферментами
3.6.2. Минимальный сайт связывания комплекса апоА1ТГК с олигонуклеотидами
3.7. Копирование ДНК, катализируемое фрагментом Кленова
и ДНКполимеразами БЭЯ
3.7.1. Копирование ДНК с использованием фрагмента Кленова
3.7.2. Копирование ДНК, катализируемое ДНКполимеразами из БЭЯ
3.7.3. Влияние комплекса апоАГстероид на копирование
ДНК человека
3.8. Транскрипция ДНК с измененной вторичной структурой
3.9. Гомологичные структуры апоА1 и белков ВИЧ
Глава 4. Обсуждение результатов
4.1. Полифункциональность аполипопротеина Л1
4.2. Индукция биосинтеза белка с участием апоА1, кортизола и ТГК
4.3. Активность метаболитов стероидных гормонов
4.4. Взаимодействие ДНК i vi с комплексами
аполипопротеин 1стероид
4.5. Повторяющиеся структуры ДНК. расщепляемые нуклеазой 1
4.6. Количество 1 нуклеазочувствительных участков в ДНК
4.7. Специфичность комплексов апоА1гормон к нуклеотидным последовательностям ДНК
4.8. Минимальный сайг связывания комплекса апоА1ТГК с олигонуклеотидами
4.9. Обсуждение функциональной роли гомологичных структур
апоА1 и белков ВИЧ
4.9.1. Гомология апоА1 и белков оболочки ВИЧ1
4.9.2. Нарушения в регуляции экспрессии генома как следствие структурного сходства белков оболочки ВИЧ1 и апоА1 человека
4 Активация копирования ДНК комплексом стсроидапоА1
4 Транскрипция ДНК в присутствии комплекса ТГКапоАI и ее ингибирование
4 Функциональная роль комплексов стсроидапоА1
Заключение
Выводы
Список литературных источников


В, что позволяет ДНК оставаться в более открытой конфигурации, необходимой для транскрипционной машинерии. Детали механизма регуляции экспрессии генов до конца не выяснены Кольман Я. Рем К. Г., . Сами нуклеосомы являются высоким барьером для работающей ДНКзависимой РНКполимеразы, что существенно ограничивает скорость транскрипции и, скорее всего, регулируется i viv Студитский Б. М., . Здесь стоит отмстить, что, несмотря на присутствие нуклеосом на транскрибируемых генах, скорость транскрипции i viv близка к скорости транскрипции свободной от гистонов ДНК i vi или даже несколько превышает сс i V . Механизм преодоления нуклеосомного барьера, т. Студитского Студитский В. М., . Настоящий обзор посвящен механизмам активации транскрипции, участникам этого сложного и разнообразно регулируемого процесса. Образ действия транскрипционной машины можно понять, рассматривая составляющие ее части и способы их взаимодействия. Далее в обзоре рассмотрены генетические локусы, ответственные за регуляцию экспрессии, и иерархия элементов, составляющих регуляторные районы генов. Отдельный раздел обзора посвящен транскрипционным ансамблям активированным комплексам транскрипционных факторов, участникам прединициаторных комплексов, собирающихся на регуляторных участках в особые структуры ассамблеи и запускающих собственно транскрипцию. Регуляторные области генов. Описание . База данных, представляющих собой блочноиерархическую организацию транскрипционных регуляторных районов эукариотических генов ii i Кель Л. Э., Колчанов и др. Институте Цитологии и Генетики Новосибирск. Эта база данных содержит описание регуляторных районов более 0 генов, доступ к ней осуществляется по адресу . Модель структурнофункциональной организации регуляторных районов генов эукариот , , на которой основана , учитывает существование большого разнообразия элементов, контролирующих транскрипцию генов, блочность их строения и иерархичность при функциональном проявлении этих регуляторных элементов. Транскрипционные регуляторные районы эукариотического гена Кель А. Э., Колчанов Н. А. и др. Рис. Инициация транскрипции любого гена, транскрибируемого РНКполимеразой И, начинается на коровом промоторе на рис. ДНК, расположенном непосредственно в районе старта транскрипции и содержащем ТАТАбокс и Iэлемент , . ТАТАбокс это сайт связывания белка ТВР ii ii i, обязательного участника базальной транскрипционной машины, включающей кроме РНКполимеразы II также общие транскрипционные факторы II, II, II, II, II, II . Vi , i . Это класс 4. Вингендеру, см. Транскрипционные факторы. Иерархия при функционировании транскрипционных элементов, приведенных на рис. Цисэлсменты. Обеспечивают взаимодействие ТФ с ДНК К. V., , . Композиционные элементы. Осуществляют ту же функцию, что и цисэлементы, а также способствуют бслокбелковым взаимодействиям между транскрипционными факторами, приводящим к синергичному или антагонистичному регуляторному эффекту . V. , i . V . Промоторы, энханссры и сайленсеры. Элементы этого уровня иерархии обеспечивают инициацию транскрипции генов в определенных условиях, зависящих от стадии клеточного цикла i . V, . V, В. Транскрипционные регуляторные районы. Непрерывные участки геномной ДНК, содержащие регуляторные элементы описанных выше уровней, которые могут располагаться в 5 и 3фланкирующих районах генов, а также в интронах. Система интегральной транскрипционной регуляции гена. Включает совокупность всех регулирующих транскрипцию гена элементов. Предложенная схема соответствует общей модели строения транскрипционных регуляторных районов эукариотических генов. Однако при описании конкретных генов се отдельные элементы могут отсутствовать в силу специфики регуляции гена или недостатка экспериментальных данных. В базу данных включена только экспериментально подтвержденная информация. Один вход в базу данных соответствует описанию регуляторных областей отдельного гена. Каждый вход образован набором иерархически организованных полей в соответствии с описанной выше блочноиерархической моделью транскрипционных регуляторных районов рис.

Рекомендуемые диссертации данного раздела

28.06.2016

+ 100 бесплатных диссертаций

Дорогие друзья, в раздел "Бесплатные диссертации" добавлено 100 новых диссертаций. Желаем новых научных ...

15.02.2015

Добавлено 41611 диссертаций РГБ

В каталог сайта http://new-disser.ru добавлено новые диссертации РГБ 2013-2014 года. Желаем новых научных ...


Все новости

Время генерации: 0.280, запросов: 145