Мультифункциональный ядерный белок эукариот Е(у)2 и механизм его действия

Мультифункциональный ядерный белок эукариот Е(у)2 и механизм его действия

Автор: Краснов, Алексей Николаевич

Шифр специальности: 03.00.03

Научная степень: Докторская

Год защиты: 2009

Место защиты: Москва

Количество страниц: 225 с. ил.

Артикул: 4659284

Автор: Краснов, Алексей Николаевич

Стоимость: 250 руб.

1. Инициация транскрипции РНК полимеразы II эукариот
1.1. РНК полимераза II
1.2. Коровые элементы промотора.
1.3. Базальная транскрипция. Общие факторы транскрипции.
1.4. Семейство ТК ТВРподобных факторов.
2. Хроматин.
2.1. Структура хроматина. Модификации гистонов
2.2. Структурные и биохимические особенности гетсрохроматина
2.3. Гетерохроматин и транскрипция. Эффект положения гена.
2.4. Белковые комплексы, изменяющие структуру хроматина.
3. Ссп5содержащнс комплексы многоклеточных.
3.1. Транскрипция и ацетилирование
3.2. Структурная организация ССЫ5 и РСАР белков и их функции
3.3. С1СЫ5содержащие БТАСАТЕТСподобные комплексы массой 2 МДа
3.4. ССЫ5содержащие АТАС комплексы массой 0 кДа
3.5. Трехмерная структура БАСАЛ ЕТСподобных комплексов.
3.6. Функции вСГОсодержащих комплексов.
4. Экспорт мРНК и транскрипция
4.1. Рецептор и адаптеры экспорта мРНК
4.2. ТЛЕХ комплекс
4.3. БасЗТИр 1 Бив 1 СбсЗ I комплекс.
5. Транскрипция на периферии ядра.
5.1. Эпигенетическое состояние генома.
5.2. Транскрипционно неактивный хроматин и ядерная периферия. Репрессия теломер у дрожжей
5.3. Ядерная ламина и репрессия генов.
5.4. Транскрипционно активные гены на периферии ядра
5.5. Влияние мРНК на прикрепление генов к ядерным порам.
5.6. комплекс участвует в организации связывания генов с ядерной порой
6. Инсуляторы.
6.1. Доменная организация генома
6.2. Инсуляторы генов теплового шока и .
6.3. 3i инсулятор
6.4. Инсуляторы в регуляторной области гена .
6.5. Инсуляторы бетаглобиновых генов кур и млекопитающих.
6.6. Инсуляторы локуса I
6.7. Барьерная активность бетаглобиновых инсуляторов.
7. Гены теплового шока
7.1. Гены теплового шока как модельная система
7.2. Строение промотора
7.3. Факторы теплового шока
7.4. Транскрипция гена .
МАТЕРИАЛЫ И МЕТОДЫ.
1. Материалы.
2. Работа с дрожжами. Скрипиш библиотеки кДНК в двугибридной системе
3. Работа с клетками.
4. Работа с ДНК
5. Работа с РНК
6. Работа с белками
7. Иммуноокрашивание.
8. Г ибридизация i i.
9. Электронная микроскопия
. Анализ изображений
. Хроматиниммунопреципитация
РЕЗУЛЬТАТЫ
1. Белок Еу2 важный компонент транскрипционной машины эукариот
1.1. Введение.
1.2. Поиск белков, взаимодействующих с Еу2, в дрожжевой двухгибридной системе.
2. Анализ структуры гена и белка Еу2 эукариот,
2.1. Анализ аминокислотной последовательности белка Еу2 эукариот у
. существует генпаралог су2Ь
2.2. Анализ экзонинтронной структуры гена еу2 ген еу2 является ретрокопией гена 2.
2.3. Еу2 экспрессируется повсеместно, тогда как Еу2Ь обладает
тканеспецифичной экспрессией
2.4. Промоторные регионы еу2 и су2Ь генов обеспечивают их экспрессионный паттерн в то время как еу2 обладает повсеместной экспрессией, экспрессия су2Ь ограничена стадией первичных сперматоцитов
2.5. Белок Еу2Ь не способен функционально заменить Еу
3. Белок Еу2 входит в состав гистонацетилтрансферазного комплекса дрозофилы.
3.1. Изучение взаимодействия Еу2 с компонентами комплекса дрозофилы.
3.2. Изучение внутриклеточной локализации Еу2 и компонентов комплекса дрозофилы.
4. комплекс участвует в транскрипции гена до и после теплового шока
4.1. Основные компоненты II комплекса покидают сайты генов теплового шока после их активации
4.2. Компоненты 5 НАТсодержащего комплекса и комплекса i, а также присутствуют в сайтах теплового шока после их активации.
4.3. Данные хроматиниммунопреципитации подтверждают данные иммуноокрашивания политенных хромосом
5. Еу2 входит с состав нового ассоциированного с ядерной норой комплекса АМЕХ, который участвует в организации экспорта мРНК
5.1. Еу2 взаимодействуете белком X2 Xi i
5.2. Белки 2 и X2 необходимы для экспорта мРНК из ядра в цитоплазму.
5.3. Белки Еу2 и X2 необходимы для экспорта транскриптов генов
5.4. Изучение влияния Еу2 и X2 на расположение локусов внутри ядра. .
5.5. Изучение влияния Еу2 и X2 на регуляцию транскрипции генов
5.6. Еу2 необходим для экспорта мРНК гена 2.
6. Еу2 входит в состав деубиквитииазного модуля комплекса, участвующего в формировании активной формы хроматина
6.1. Белки Еу2, , 1 формируют тройной модуль комплекса
6.2. комплекс человека способен деубиквитинилировать гистоны Н2В и И2А i vi.
6.3. Деубиквитиназный модуль блокирует репрессию, опосредованную гетерохроматином.
7. Еу2 является новым компонентом 8иНузависимых инсуляторов дрозофилы
7.1. Еу2 взаимодействует с доменами цинковых пальцев белка
7.2. Изучение взаимодействия Еу2 и I i viv.
7.3. Еу2 рекрутируется на 8иНузависимыс инсуляторы.
7.4. Еу2 необходим для барьерной функции 3ix инсуляторов
7.5. Еу2 необходим для рекрутирования комплекса на 3ii инсуляторы.
7.6. Модель v3 инсулятора
ОБСУЖДЕНИЕ.
1. Основные результаты.
2. Ген еу2 функционально заменил исходный ген еу2Ь в процессе эволюции
3. Еу2 новый компонент комплекса дрозофилы
4. комплекс участвует в транскрипции гена до и после теплового шока
5. Еу2 входит с состав новою комплекса, осуществляющего экспорт мРНК
6. Еу2 в комплексе с X2 осуществляет прикрепление локусов к
7. Еу2 координирует транскрипцию генов, прикрепление к и экспорт мРНК
8. Биологический смысл прикрепления локусов к ядерной поре
9. Еу2 новый белковый компонент 5иНузависимых инсуляторов.
. Возможные механизмы барьерной активности ii.
СПИСОК ЛИТЕРАТУРЫ.
СПИСОК СОКРАЩЕНИЙ.
ivi i
Ьр i i
II ii
vi i
I i iiiii
I iiiii
i i
II x
ii i


x
v vii
ii
i
i


i
I iii
I iiii
i
4 ii
iv
ii i
x

iiv
i

V ii vii
i
I iiii x
II II

xi
i i

II II

v vii
i i
i
ii i
ii i
Активационный домен Пар оснований II распознающий элемент Бычий сывороточный альбумин Хроматин иммунопреципитация Соосаждение Сконцевой домен II Комплекс II ДНКсвязывающий домен Нижележащий коровый элемент Нижележащий промоторный элемент Фрагмент экспрессирующихся последовательностей Энхансер МЭП
Общий фактор транскрипции Г истонацетилтрансфераза Г истондеацетилаза Элементы теплового шока Фактор теплового шока Белок теплового шока Инициатор
Иммунопреципитация Область контроля локуса
Репрессирующий кофактор
Сигнал ядерной локализации
Комплекс ядерной поры
Ядерный рецептор
Активирующий кофактор
Белки группы поликомб
Фосфорилированный
Эффект положения мозаичного типа МЭП
домен
Преинициаторный комплекс РНКполимераза II Сайт связывания белков поликомб Проксимальный элемент Репрессионный домен РНКполимераза II РНКполимераза II Супрессоры РНКполимеразы В Супрессор V
Фактор, ассоциированный сТВР ТАТА, коровый элемент промотора ТАТАсвязывающий белок Область контроля транскрипции
II ii
i
i i
ix

2
x ix i
iv
i
iv i ivi

i
X2 Xi i
Т.П.Н.
Транскрипционный фактор полимеразы II
ТВР подобный фактор
ТВР подобный белок
Сайт связывания белков триторакс
ТВРродственный фактор
ТВРродственный фактор
Белки группы триторакс
Вышележащая активирующая последовательность Вышележащий промоторный регион Универсальная стимулирующая активность Нетранслируемая последовательность Дикий тип
Пар нуклеотидов Тысяч пар нуклеотидов Аминокислотный остаток
ВВЕДЕНИЕ


При этом конформация ДНК изменяется таким образом, что регуляторная последовательность открывается для взаимодействия с 1I. Последний привлекается в I через взаимодействие с II и . I viv с ТВРТАТА комплексом связывается также II. Затем с II связывается преформированный комплекс I с II, в результате молекула II позиционируется относительно промотора. Таким образом формируется так называемый закрытый I достаточно стабильный комплекс, в котором II нс активна. На следующей стадии формирования РТС в комплекс входит II, а затем II. Предполагается, что II стабилизирует связь II ДИК. При участии хеликаз, входящих в состав II, в I происходит локальное плавление ДИК и вхождение матричной цепи ДНК в активный центр II. Также происходит изомеризация всего комплекса, который после этого называется открытым и становится способным к инициации транскрипции. I фосфорилнрован частично. I1. После терминации транскрипции специальная фосфатаза возвращает большую субъединицу II в дсфосфорилированнос состояние. Таким образом восстанавливается способность И инициировать транскрипцию. После освобождения промотора и перехода к стадии элонгации в опытах i vi ТВР остается связанным с базальным промотором еще какоето время и может принять участие в новом раунде инициации транскрипции, другие II диссоциируют 9, 8, 2. Первоначально, ii i ТВР был найден в . Белковая последовательность, найденная у дрожжей, привела к изоляции кДНК клонов ТВР у нескольких видов эукариот. Рекомбинантный ТВР может связывать и общие, и регуляторные факторы, а также управлять сборкой Р1С i vi и базальной транскрипцией. В отсутствие ДНК, консервативный кор ТВР кристаллизован как димер так, что закрывает ДНКсвязываюшую поверхность. Мутация вдоль выпуклой ДНКсвязывающей и димеризационной поверхности в различной степени ингибирует самоассоциацию ТВР, в то время как способность ТВР связывать ТАТА бокс одинаково уменьшается 9. Гомологи дрожжевого ТВР, у дрозофилы и человека, являются ТАТАевязывающими субъединицами мультисубъединичного II комплекса. ТВР также является компонентом других мультисубъединичных комплексов, которые способствуют инициации транскрипции РНК полимеразами 1 и III. Была определена структура взаимодействия ТВР с различными ТАТА элементами растений, дрожжей и человека. Эти три кристаллические структуры очень похожи и демонстрируют общий механизм распознавания ДНК . II входит в Р1С после формирования ТВРДНК комплекса и является необходимым условием для связывания РНКполимеразы II. I1 является единственным полипептидом, который включает концевой связывающий домен III коровый домен, в который входит Сконцевые две трети молекулы II и филогенетически консервативную последовательность, которая соединяет эти два домена. II человека включает ixix НТН мотив, который связывает последовательность, присутствующую в некоторых промоторах выше ТАТА бокса 4. II . X структуры для II в ДНКТВРII тройных комплексах определили специфичные контакты 1I и II с ДНК промотора , 3. II связывает промотор через специфичные контакты между основаниями в большом желобке и в малом желобке ниже ТАТА бокса. Это асимметричное связывание II, вероятно, служит для однонаправленной сборки I и направления транскрипции. Показано что II, входя в I, претерпевает конформационные изменения 0. Структура концсвого связывающего домена II архея оказалась сходной со структурой, найденной у фактора элонгации II 7. Мутации гена II дрожжей смещают сайт старта сходные дефекты у II человека также смещали старт инициации 9. Критичный для сборки I, II также играет большую роль в дальнейшей транскрипции , 7. Электронная кристаллография РИКполимераза II комплекса, и структура ДНК тройного комплекса показывают механизм выбора сайта старта II является мостом для взаимодействия между ТВР и РНКполимеразой II, и матрице ДНК нужно только проследовать от ТАТА бокса к позиции сайта старта в активном центре РНКнолимсразы II 0. В рамках данной модели можно посчитать консервативное расстояние между ТАТА и стартом сайта у многих промоторов.

Рекомендуемые диссертации данного раздела

28.06.2016

+ 100 бесплатных диссертаций

Дорогие друзья, в раздел "Бесплатные диссертации" добавлено 100 новых диссертаций. Желаем новых научных ...

15.02.2015

Добавлено 41611 диссертаций РГБ

В каталог сайта http://new-disser.ru добавлено новые диссертации РГБ 2013-2014 года. Желаем новых научных ...


Все новости

Время генерации: 0.190, запросов: 145