Характеристика взаимодействия ДНК-узнающего участка белка и ДНК по большой бороздке

Характеристика взаимодействия ДНК-узнающего участка белка и ДНК по большой бороздке

Автор: Васильев, Сергей Александрович

Год защиты: 1999

Место защиты: Москва

Количество страниц: 136 с. ил.

Артикул: 256278

Автор: Васильев, Сергей Александрович

Шифр специальности: 03.00.03

Научная степень: Кандидатская

Стоимость: 250 руб.

Характеристика взаимодействия ДНК-узнающего участка белка и ДНК по большой бороздке  Характеристика взаимодействия ДНК-узнающего участка белка и ДНК по большой бороздке 



Ф Показано, что роль гуанина и цитозина в гидрофобном взаимодействии более существенна, чем считалось раньше. Ф Впервые на большом статистическом материале показано, что для ДНКузнаюших доменов разного типа характерны существенно различные значения показателей водородных связей и гидрофобного взаимодействия и различные соотношения этих показателей. Ф Предложена оригинальная методика выявления закономерностей взаимодействия аминокислотный остатокоснование в зоне ДНКбелкового контакта. Показано, что выявленные закономерности одинаковы для различных типов ДНКузнающих модулей. Обзор литературы. Принципы узнавания ДНК белком. Образование ДНКбелковых комплексов один из важнейших процессов, лежащих в основе функционирования клетки. С увеличением количества данных о структуре ДНКбелковых комплексов все яснее становится механизм ДНКбелкового взаимодействия. Среди белков, взаимодействующих с ДНК выделяют несколько групп белки, узнающие специфическую последовательность оснований ДНК белки, узнающие определенную конформацию ДНК белки, не специфически связывающиеся с ДНК. К белкам, обладающим способностью к специфическому взаимодействию с ДНК, относятся РНКполимеразы, осуществляющие транскрипцию, регуляторные белки, репрессирующие или активирующие транскрипцию, эндонуклеазы рестрикции, гидролизующие ДНК, ДНКметилтрансферазы, осуществляющие перенос на ДНК метильной группы и др. Изучение структур ДНКбелковых комплексов показало, что среди ДНКузнающих белков встречаются взаимодействующие с большой бороздкой ДНК v , iv . ДНК i . ДНК одновременно i . В последнее время наметился интерес к группе белков, которые узнают особую конформацию ДНК . ДНК во многом хависит от последовательности оснований i . Такие белки образуют комплексы с ДНК на пути сборки высокоспецифических трехмерных нуклеопротеидных структур они называются архитектурными белками или ДНКшаперонами вследствие их способности удерживать ДНК в конфигурации, необходимой для формирования структур более высокого порядка организации. Неспецифические комплексы белков с нуклеиновыми кислотами образуют основную массу нуклеопротеидов в клетке, например, комплексов гистонов с ДНК . ДНК и белка при образовании ДНКбелковых комплексов, которую невозможно было предсказать, основываясь лишь на анализе структур свободной ДНК и белка. Современные представления о ДНКбелковом взаимодействии i, i, , , . РСА и ЯМР исследований комплексов. Особенности структуры ДНК. В плане взаимодействия с белками наибольший интерес представляют А и Вформы ДНК в большинстве описанных комплексов ДНК имеет конформацию искаженной Вформы, в которой некоторые спиральные характеристики приближаются к таковым Аформы. На рис. УотсонКриковских пар оснований. Рис. УотсонКриковское спаривание в кристаллах вернуты друг отноху и внизу. Расстояния приведены в А Зенгер, . СО искажение, рис. Величина 0 в паре АТ равна , а в паре вС 7. Главное различие между спиралями А и Вконформации состоит в неодинаковой конформации сахара. Для Аформы характерна С3,эндоконформация, а для Вформы С2,эндо. Различием в конформации сахара обусловлены вариации в расстоянии между соседними фосфатами в одной полинукпеотидной цепи от 5,9 А при Вконформации до 7,0 А при Аконформации ДНК и растояние между основаниями 2, А при Аформе и 3, А при Вформе. Шаг спирали для Аформы составляет ,2 А, для Вформы ,8 А. Кроме конформации сахара и знака угла наклона пары оснований спирали А и Вформы различаются по величине смещения пары комплементарных оснований от оси спирали параметр О . В ВДНК ось спирали проходит через пару оснований С 0,2 А. В Аформе ДНК ось попадает в ББ и 4,,9 А рис. Изза большого смещения пар от оси в двойной спирали Аформы полинуклеотидные цепи обвивают ось, подобно ленте, оставляя внутри полый цилиндр с диаметром 3,5 А. Пары расположены по перефирии спирали. А и широкой ,0 А МБ рис. В Вформе ось спирали проходит через пары, поэтому бороздки здесь менее выражены. Для Вформы ДНК рис. Рис. V А п 7,5 А, соответственно. Оформе ДНК. Зснгер, , с изменениями.

Рекомендуемые диссертации данного раздела

28.06.2016

+ 100 бесплатных диссертаций

Дорогие друзья, в раздел "Бесплатные диссертации" добавлено 100 новых диссертаций. Желаем новых научных ...

15.02.2015

Добавлено 41611 диссертаций РГБ

В каталог сайта http://new-disser.ru добавлено новые диссертации РГБ 2013-2014 года. Желаем новых научных ...


Все новости

Время генерации: 0.907, запросов: 145