Полногеномные подходы к функциональному анализу повторяющихся элементов

Полногеномные подходы к функциональному анализу повторяющихся элементов

Автор: Буздин, Антон Александрович

Шифр специальности: 03.00.03

Научная степень: Докторская

Год защиты: 2008

Место защиты: Москва

Количество страниц: 226 с. ил.

Артикул: 4291869

Автор: Буздин, Антон Александрович

Стоимость: 250 руб.



Позднее, применили для заполнения брешей при ссквенировапии генома Xi ii . Фрагменты с уже установленной первичной струкзурой вычитали из генома Xi, затем дифференциальные последовательности гибридизовали с полной геномной клонотекой X. Ещ одним интересным применением ВГ стала техника поиска полиморфизмов длин рестрнктных фрагментов ПДРФ, названная i . Сравниваемые образцы геномной ДНК обрабатывали эндонуклеазами рестрикции и поотдельности разделяли на агарозном геле. Затем для трейсера и драйвера вырезались определнные зоны например, содержащие фрагменты длиной от 0 до 0 п. ДНК элюировали из агарозы и использовали для ВГ. В результате получали ампликоны, обогащнные фрагментами, присутствующими в такой зоне в тренсерс, но отсутствующие в аналогичной зоне в драйвере. Техника была эффективна для обнаружения новых ПДРФ, генетических маркров универсальной применимости. Этот подход был затем значительно улучшен, когда авторы приметши ВГ непосредственно в геле. Оба фрагментированных сравниваемых образца, один драйвер в 0кратном весовом избытке относительно другого трейсср, наносили на одну и ту же дорожку на геле и разделяли электрофорстичсски. Гель обрабатывали щелочью для химической денатурации ДИК, а затем нейтрализовали, что позволяло проводить гибридизацию непосредственно в геле. Наконец, гибридизованную ДНК элюировали из геля и амплифицировали с помошыо ПЦР для селекции дуплексов трейсертрейчер. Авторам удалось добиться чрезвычайно высоких значений обогащения по дифференциальным последовательностям, близких к теоретически достижимым. Такой успех может быть объяснн высокими локальными концентрациями фрагментов каждого типа в геле, которые были значительно выше, чем при гибридизации в растворе. К сожалению, этот подход, который мог бы стать превосходной альтернативой наиболее востребованным техникам ВГ, а именно и , является чрезвычайно трудомким. На рисунке 1. ВГ. Техника стала более производительной, воспроизводимой и простой в исполнении. Повышенный интерес к методу сопровождался некоторыми качественными изменениями в динамике цитирования ВГ в литературе если за период приблизительно каждая третья статья описывала модификации и улучшения с точки зрения авторов техники ВГ, в каждая пятая, то в каждая десятая, а в когда метод стал популярен и соответствующий кит занял достойное место на рынке всего лишь каждая я . Таким образом, можно говорить о том, что популяризация и в основном вытеснили другие приложения и отрицательно сказались на креативности авторов, которые теперь были удовлетворены предлагаемыми модификациями ВГ. Основное преимущество I1 над остальными вариантами ВГ это значительно уменьшенный фон фальшпозитнвных клонов. В других методах этот фон вызывается линейной амплификацией гибридов трсйсердрайвер, что сводится к минимуму при применении см. Главе 2. Другим преимуществом стала возможность одновременной нормализации библиотек кДНК, которая применяется для выравнивания концентраций различных транскриптов, присутствующих в сравниваемых пулах кДНК. Выравнивание, например, необходимо для того, чтобы избежать дискриминации редкопредставлениых транскриптов при вычитании. Нормализация библиотек кДНК может быть использована не только для нужд ВГ, но и, например, для конструирования репрезентативных библиотек . Эта независимая группа методов описана в Главе 4. Оба преимущества техники базируются на так называемом эффекте ПЦР супрессии детальное описание дано в Главе 2. Приблизительно нуклетидные ГЦбогатые линкеры называемые супресспонными адаптерами лигируют к фрагментированной двуцепочечной ДНК. Затем ДНК полимераза достраивает вторую цепь адапторов, так что в результатк исходные фрагменты ДНК фланкируются инвертированными ГЦбогатыми повторами длиной около п. Принцип метода заключается в том, что праймеры, комплементарные последовательности супрессионных адапторов, не могут эффективно отжигаться на матрице и инициировать ПЦР сами по себе Рис. ПЦР. Использование эффекта ПЦР супрессии предотвращает фоновую амплификацию с адапторспецифичсских праймеров.

Рекомендуемые диссертации данного раздела

28.06.2016

+ 100 бесплатных диссертаций

Дорогие друзья, в раздел "Бесплатные диссертации" добавлено 100 новых диссертаций. Желаем новых научных ...

15.02.2015

Добавлено 41611 диссертаций РГБ

В каталог сайта http://new-disser.ru добавлено новые диссертации РГБ 2013-2014 года. Желаем новых научных ...


Все новости

Время генерации: 0.199, запросов: 145