Молекулярно-эпидемиологический анализ вариантов вируса иммунодефицита человека 1-го типа (ВИЧ-1), циркулирующих в России, 1987-2003 гг.

Молекулярно-эпидемиологический анализ вариантов вируса иммунодефицита человека 1-го типа (ВИЧ-1), циркулирующих в России, 1987-2003 гг.

Автор: Казеннова, Елена Валерьевна

Год защиты: 2005

Место защиты: Москва

Количество страниц: 219 с. ил.

Артикул: 3299538

Автор: Казеннова, Елена Валерьевна

Шифр специальности: 03.00.03

Научная степень: Докторская

Стоимость: 250 руб.

Введение
ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ
Глава 1. Структурнофункциональная организация генома ВИЧ1.
Глава 2. Подтипы ВИЧ1 классификация, происхождение и распространение. Глава 3. Особенности генетической изменчивости ВИЧ1.
Глава 4. Развитие эпидемии ВИЧинфекции в России.
СОБСТВЕННЫЕ ИССЛЕДОВАНИЯ
Глава 1. Материалы и методы.
1.1. Бактериальные штаммы.
1.2. Питательные среды.
1.3. Определение концентрации жизнеспособных клеток ii
1.4. Приготовление компетентных клеток ii i и трансформация
их препаратами плазмидной ДНК.
1.5. Выделение плазмидной ДНК.
1.5.1. Препаративное выделение плазмидной ДНК.
1.5.2. Выделение аналитических количеств плазмидной ДНК.
1.6. Гндролнз ДНК с использованием специфических эндонуклеаз.
1.7. Получение рекомбинантных молекул i vi.
1.7.1. Подготовка вектора I8 для лигирования.
1.7.2. Подготовка амплифицированных фрагментов для лигирования.
1.7.3. Лигирование фрагментов ДНК.
1.8. Иммуноферментный анализ ИФА.
1.8.1. Анализ наличия антител к ВИЧ1.
1.8.2. ИФА сывороток и плазмы крови с применением
ВИЧ1субтипспецифических пептидов.
1.8.3. Сенсибилизация планшетов.
1.8.4. Ход иммуноферментного анализа.
1.8.5. Регистрация и интерпретация результатов.
1.9. Выделение и лизирование лимфоцитов крови.
1.9.1. Выделение лимфоцитов методом центрифугирования в
градиенте плотности фи колла.
1.9.2. Выделение и лизированиелимфоцитов, полученных из цельной
крови быстрый метод отмывки ламфоцитов.
1.9.3. Выделение лимфоцитов методом быстрой отмывки с предварительной концентрацией клеток.
1 Забор крови и получение образцов плазмы крови для
исследований методом ПЦР.
1 Выделение РНК ВИЧ1.
1 Рестрикция ДНК р1С Нра II Мер I.
1 Электрофоретический анализ препаратов ДНК в агарозном геле.
1 Метод сравнительной оценки электрофоретической
подвижности гетеродуилексов.
. Состав олигонуклеотидных праймеров для амплификации
фрагментов гена ем.
. ПЦРанализ ДНК лимфоцитов для гена еп.
. ПЦРанализ РНК плазмы крови.
. Условия амплификации для гена ем.
. Состав олигонуклеотидных праймеров для амплификации
фрагментов гена
. ПЦРанализ ДНК лимфоцитов для гена .
. Условия амплификации для гена .
. Гибридизация ДНКфрагчентов области v.
. Гибридизация ДНКфрагментов области .
1. Электрофорез ДНК область ем в полиакриламидном
геле и интерпретация результатов.
1. Электрофорез ДНК область в полиакриламидном
геле и интерпретация результатов.
1 Метод КП,Р для выявления подтипов и З ВИЧ1 у лиц, практикующих употребление психоактивных препаратов внутривенно,
и В среди мужчин, пракгикующих половые контакты с мужчинами.
. Состав олигонуклеотидных праймеров для амплификации
фрагментов гена .
. Состав реакционных смесей и условия проведения IIЦР.
. Анализ результатов гидролиза а.мплифицированных фрагментов области методом электрофореза в полиакриламидном геле
и интерпретация результатов.
1 Определение нуклеотидной последовательности секвенирование ВИЧ1.
1 Статистические методы.
РЕЗУЛЬТАТЫ
Глава 2. Изучение вариантов ВИЧ1, циркулирующих в России на первом этапе развития эпидемии конец гг
Глава 3. Генетический анализ новых вариантов ВИЧ1, выделенных на территории Российской Федерации от лиц, заразившихся до года.
3.1. Характеристика варианта ВИЧ1 подтипа Н, выделенного в России.
3.2. Рекомбинантная форма , выделенная в России.
3.3. Характеристика варианта вируса подтипа , выделенного на территории России и отличного от варианта, вызвавшего нозокомиальную вспышку на юге Российской Федерации.
3.4. Рекомбинант v ВИЧ1 в России.
3.5. Рекомбинантые формы ВИЧ1, образованные вирусами подтипов А и .
3.6. Вариант вируса подтипа С, выделенный в России.
Глава 4. Генетическая характеристика вариантов ВИЧ1, выделенных на втором этапе развития эпидемии ВИЧинфекции на территории Российской Федерации.
4.1. Генетическая характеристика вариантов ВИЧ1, циркулирующих среди лиц, употребляющих психоактивные препараты внутривенно.
4.2. Изучение распространения ВИЧинфекции среди лиц, употребляющих психоактивные препараты внутривенно, и их половых партнеров в регионах европейской части России в гг.
Глава 5. Результаты молекулярноэпидемиологического мониторинга эпидемии ВИЧинфекции в разных регионах России среди лиц, употребляющих психоактивные препараты внутривенно, на втором
этапе развития эпидемии. в 5.1. Серологический и генетический анализ вариантов ВИЧ1,
циркулирующих среди лиц, употребляющих психоактивные препараты внутривенно, и их половых партнеров в разных регионах России в гг.
5.2 Генетическая изменчивость вариантов ВИЧ1, распространенных среди лиц, практикующих внутривенное введение психоактивных препаратов, и их половых партнеров.
Глава 6. Распространение ВИЧ1 на территории России среди лиц, не принимавших психоактивные препараты внутривенно, на втором этапе развития эпидемии в России. ф 6.1. Изучение вариантов ВИЧ1, обнаруживаемых в России среди
инфицированных половьш путем в гг.
6.2. Изучение а,чинокислотной изменчивости петли V3 при с.ыене пути передачи ВИЧ1 подтипа А.
Глава 7. Разработка алгоритма молекулярноэпидемиологического мониторинга эпидемии ВИЧинфекции в России.
7.1. Изучение возможности применения метода сравнительной оценки электрофоретической подвижности гетеродуплексов НМА для генотипирования вариантов ВИЧ1 по генам и v в России в период годов, 7.2. Алгоритм молекулярноэпидемиологического мониторинга эпидемии
ВИЧинфекции в Российской Федерации.
ОБСУЖДЕНИЕ
ЗАКЛЮЧЕНИЕ
ЛИТЕРАТУРА
СПИСОК СОКРАЩЕНИЙ
а.о. аминокислотный остаток
ВИЧ1 IV1 вирус иммунодефицита человека 1го типа iii vi
ВИО IV вирус иммунодефицита обезьян ii iii vi
ОТ обратная транскриптаза v i п.н. пары нуклеотидов
ЭДТА этилендиаминтстрауксусная кислота
ii i циркулирующая рекомбинантная форма
дезокситрифосфаты
НМА x ii метод сравнительной оценки электрофоретической подвижности гетеродуплексов
v x i мужчины, практикующие половые контакты с мужчинами
i ii i твердофазный ИФА с использованием синтетических пептидов
ii i метод полиморфизма длин рестрикционных фрагментов
i i уникальная рекомбинантная форма ГОУ iv потребители инъецирующих наркопрепаратов
ВВЕДЕНИЕ
Актуальность


Этап 5 продолжается синтез цепи ДНК с использованием цепи РНК в качестве матрицы, которая после считывания удазяется за счет активности РНКазаН обратной транскриптазы. Этап 6 фрагменты РНК, образованные в результате активности РНКазаН обратной транскриптазы могут служить праймерами для дальнейшего синтеза. Рисунок 2. Схема обратной транскрипции РНК ВИЧ1. Зеленым цветом показана цепь РНК, синим цепь ДНК, голубым цепь ДНК. Большими буквами отмечены последовательности ДНК. РНК. Объяснения процесса в тексте , . ДНК, а также нуклеотидов тРНК, комплиментарной области , формируя цепь ДНК. РНКазаН обратной транскриптазы. Этап 8 этот участок обеспечивает возможность второго интрамолекулярного прыжка в ходе обратной транскрипции. Синтез ДНК продолжается. РРТ, приводит к формированию линейной молекулы, ограниченной с двух сторон последовательностями . Внутренние разрывы цепи ДНК образовавшиеся в результате прерывистого синтеза ликвидируются, вероятно, за счет клеточных ферментов i , , . В результате прерывистого синтеза цепи ДНК формируются два класса последовательностей. К одной группе относятся протяженные молекулы, синтез которых заканчивается в области РРТ, расположенной в середине цепи ДНК, а ко второй последовательности цепи разной длины, синтезированные с дополнительных сайтов инициации. Столь сложный синтез провирусной ДНК приводит, с учетом существования в вирионе двух молекул РНК, к высокому уровню рекомбинаций у ретровирусов, а это, в свою очередь, к генетическому разнообразию , . Оболочечные белки и кодируются геном v изначально как предшественник с однократно сплайсированной мРНК. Одновременно с трансляцией происходит гликозилирование vбелка ферментами клеткихозяина в шероховатом эндоплазматическом ретикулуме, где происходит присоединение маннозосодержащих олигосахаридов к аспарагину в последовательностях X или X , . Протеолитическое нарезание клеточной протеазой и олигомеризация приводят к образованию белков оболочки и . Гликозилирование vполипротеинов является необходимым условием для инфекционности ВИЧ1 , . Гликопротсид локализован на поверхности вирусной частицы и обеспечивает ее связывание с рецептором 4, а также отвечает за связывание с хемокиновыми рецепторами, как правило, 5 или X4 i , , i , . V3 петля. Эпитопы и вызывают сильный иммунный ответ в организме человека i, . Важную роль в жизненном цикле ВИЧ1 играет гипервариабельная область V3 гена v и, прежде всего, последовательность, кодирующая V3петлю, определяющая и вирусный тропизм, и фенотип, и используемый корецептор, необходимый для проникновения вируса в клетку , . В основании УЗпетли, состоящей, как правило, из аминокислотных остатков, есть дисульфидный мостик Рис. З, обеспечивающий вторичную структуру полипептида. С двух сторон от вершины петли полипептидные цепи формируют рскладчатые структуры и поворот Пго порядка вокруг вершины, состоящей из четырех аминокислотных остатков , . Подобный Рповорот Пго порядка характерен для вариантов ВИЧ1 и определяет антигенную структуру вируса, а также обеспечивает кроссреактивность некоторых моноклональных антител специфичных к ее вершине , . Здесь уместно более подробно остановиться на фенотипической классификации изолятов ВИЧ1, которая, прежде всего, определяется использованием 4 зависимых хемокиновых рецепторов. Так варианты, использующие для проникновения в клетку рецептор 5 i viv, получили название 5 вирусы, X4 рецепторы Х4 вирусы. Кроме того, существуют варианты 5X4, проникающие в клеткухозяина применяя оба рецептора , . Тклеточных линий i vi синцитии необразующие I и образующие синцитии I , , i , 2. Однако далеко не всегда вирусный тропизм определяется использованием конкретного корецептора. Описаны варианты ВИЧ1, обладающие двойным тропизмом. Некоторые из них способны использовать как 5, так и X4 для проникновения в макрофаги или Тклетки двойной тропизм 5X4, а друтие используют лишь X4 при инфицировании тех же клеток двойной тропизм Х4 i , . Нельзя не отметить, что i vi выявлены и дополнительные корецепторы, способствующие проникновению разных штаммов ВИЧ1 в клеточные линии i, .

Рекомендуемые диссертации данного раздела

28.06.2016

+ 100 бесплатных диссертаций

Дорогие друзья, в раздел "Бесплатные диссертации" добавлено 100 новых диссертаций. Желаем новых научных ...

15.02.2015

Добавлено 41611 диссертаций РГБ

В каталог сайта http://new-disser.ru добавлено новые диссертации РГБ 2013-2014 года. Желаем новых научных ...


Все новости

Время генерации: 0.184, запросов: 145