Структурно-функциональная организация межгенных спейсеров рДНК у представителей трибы пшеницевых семейства злаковых

Структурно-функциональная организация межгенных спейсеров рДНК у представителей трибы пшеницевых семейства злаковых

Автор: Чемерис, Алексей Викторович

Шифр специальности: 03.00.03

Научная степень: Докторская

Год защиты: 2000

Место защиты: Уфа

Количество страниц: 333 с. ил.

Артикул: 259815

Автор: Чемерис, Алексей Викторович

Стоимость: 250 руб.

Структурно-функциональная организация межгенных спейсеров рДНК у представителей трибы пшеницевых семейства злаковых  Структурно-функциональная организация межгенных спейсеров рДНК у представителей трибы пшеницевых семейства злаковых 

1.1. Рибосомные РНК и кодирующие их гены
1.2. Локализация генов рРНК. Ядрышковые организаторы хромосом
1.3. Копийность генов рРНК у растений
1.4. Рестриктазные карты рДНК растений
1.5. ПрерРНК и зрелые 8, 5. и 8 рРНК растений
1.6. Межгенный спейсер рДНК растений
1.7. Метилирование цитозиновых остатков и транскрипция генов рРНК растений
1.8. Ядрышковое доминирование
1.9. Стратегии секвенирования ДНК и векторные системы .
Г лава 2. Происхождение и эволюция полиплоидных пшениц
2.1. Ботанический состав подтрибы пшеницевых ТгШстае 2.2 Филогенетические взаимоотношения некоторых видов подтрибы пшеницевых ТгШстае
ЧАСТЬ 2. ЭКСПЕРИМЕНТАЛЬНАЯ ЧАСТЬ
Глава 3. Объекты исследований
3.1. Краткая характеристика объектов исследований
Г лава 4. Методы исследований
4.1. Выделение и очистка ДНК растений
4.2. Выделение ДНК растений для проведения ПЦР
4.3. Выделение и очистка плазмидной ДНК
4.4. Выделение и очистка одноцепочечной фагмидной ДНК
4.5. Выделение и очистка рРНК растений
4.6. Ультрацентрифугирование ДНК в градиенте плотности 7 хлористого цезия
4.7. Расщепление ДНК рестрикционными эндонуклеазами
4.8. Аналитический гельэлектрофорез ДНК в неденатурирующих 1 условиях
4.9. Препаративный гельэлектрофорез ДНК в неденатурирующих 3 условиях
4 Препаративный гельэлектрофорез высокомолекулярных рРНК 3 в полиакриламидном геле в неденатурирующих условиях
4 Элюция ДНК из агарозных и полиакриламидных гелей
4 Элюция и рРНК из полиакриламидного геля
4 Высушивание агарозных и полиакриламидных гелей
4 Перенос ДНК из агарозных гелей на мембранные фильтры
4 Радиоактивное мечение препаратов ДНК
4 Радиоактивное мечение препаратов рРНК
4 Блотгибридизация ДНК
4 Подготовка компетентных клеток .i
4 Трансформация компетентных клеток .i плазмидной ДНК
4 Клонирование фрагментов рДНК . и .
4 Построение рестриктазных карт клонированных фрагментов 8 рДИК . и .
4 Разработка стратегии секвенирования ДНК и субклонирование 9 рестриктазных фрагментов межгенного спейсера рДНК . и
.
4 Сайтнаправленный мутагенез
4 Секвенироваиие ДНК методом химической деградации
4 Секвенироваиие ДНК ферментативным методом
4 Электрофоретическое фракционирование ДНК в
полиакриламидном геле в денатурирующих условиях секвенирующий гельэлектрофорез
4 Радиоавтография
4 Компьютерный анализ нуклеотидных последовательностей
4 Амплификация участков межгениого спейсера рДНК 7 диплоидных пшениц и эгилопсов методом полимеразной цепной реакции
4 Клонирование амплифицированных участков межгенного 9 спейсера рДНК диплоидных пшениц и эгилопсов
4 Определение сайта инициации транскрипции генов рРНК 1 методом удлинения праймера.
4 Приготовление протопластов из проростков диплоидной 2 пшеницы Т.ЬоеоНсит
4 Трансформация протопластов Т.Ьоео1сит методом химически 3 индуцированного эндоцитоза
4 Получение экстрактов ядерных белков
4 Замедление движения в геле фрагментов межгенного спейсера 5 рДНК Ае.итЬеи1Ша и Т.игаПи, связанных с ядерными белками
4 Окрашивание ядрышек азотнокислым серебром
4 Олигонуклеотидные праймеры, использованные при 6 проведении ПНР, сайтнаправленном мутагенезе, для конструирования полилинкерного участка и при анализе сдвига электрофоретической подвижности
Г лава 5. Реактивы и материалы
5.1. Бактериальные штаммы, плазмидные и фагмидные вектора
5.2. Реактивы и материалы
5.3. Составы использованных стандартных растворов
ЧАСТЬ 3. РЕЗУЛЬТАТЫ И ОБСУЖДЕНИЕ
Глава 6. Структурная организация и особенности
функционирования рДНК диплоидной пшеницы ii и диплоидного эгилопса i
6.1. Геномная организация рДНК диплоидной пшеницы ii 7 и диплоидного эгилопса i и клонирование повторов рДНК этих видов
6.2. Картирование фрагментов рДНК Т. и . в 1 составе рекомбинантных плазмид рТиЗ и рАи соответственно
6.3. Секвенирование области МТС рДНК диплоидной пшеницы 5 ii и диплоидного эгилопса i
6.4. Взаимодействие элементов межгенных спейсеров рДНК 5 диплоидного эгилопса . и диплоидной пшеницы
Т. с факторами транскрипции
6.5. Особенности метилирования цитозиновых остатков в рДНК 2 диплоидной пшеницы ii и диплоидного эгилопса
i
Особенности структурной организации МТС рДНК у отдельных
видов трибы пшеницевых и возможные причины дифференциальной экспрессии генов рРНК и ядрышкового доминирования Заключение
Глава 7. Промоторные области МГС рДНК отдельных
представителей трибы пшеницевых
7.1. Секвенирование промоторных областей и повторяющихся 3 элементов МГС рДНК диплоидных пшениц ii ,
.i, . и диплоидного эгилопса i
i
7.2. Определение сайтов инициации транскрипции генов рРНК у 3 диплоидных пшениц и изучение эффективности транскрипции с промотора генов рРНК в системе транзиентной экспрессии в трансформированных протопластах
Особенности организации промоторных областей МГС рДНК,
прилегающих к сайту инициации транскрипции диплоидных видов пшеницы и эгилопсов Заключение
Глава 8. Тетраокта стратегия секвенирования протяженных
фрагментов ДНК
8.1. Конструирование фагмидного вектора р8едшлаТ
8.2. Тетраокта стратегия секвенирования
Перспективы использования тетраокта стратегии секвенирования и
самостоятельного применения вектора рецио1аТ Заключение
Глава 9. Сравнительный анализ нуклеотидных последовательностей
отдельных фрагментов рДНК и других повторяющихся последовательностей в связи с вопросами филогенетических взаимоотношений некоторых видов пшеничноэгилопсного альянса
9.1. Определение нуклеотидных последовательностей ВТС1, ВТС2, 5 включая ген 5.8Б рРНК диплоидной пшеницы ТгШсит игагШ, и сравнительный анализ этих участков рДНК с аналогичными областями других видов трибы пшеницевых
9.2. Сравнение нуклеотидных последовательностей отдельных 2 элементов МГС рДНК у представителей трибы пшеницевых в связи
с их филогенетическими взаимоотношениями
9.3. Повторяющиеся последовательности генома и 7 филогенетические взаимоотношения отдельных видов трибы пшеницевых
Филогенетические взаимоотношения некоторых диплоидных и
полиплоидных видов пшеничноэгилопсного альянса Заключение ВЫВОДЫ
СПИСОК ЛИТЕРАТУРЫ


Впрочем, это может свидетельствовать о том, что либо транскрипционная активность генов рРНК у разных растений заметно различается, либо что у того или иного растения функционирует только определенная их часть, а остальные являются неактивными или находятся в резервном состоянии. Весьма показательна одна работа, в которой авторы исследовали как обычную кукурузу, так и линию с дупликацией ядрышкового организатора хромосомы 6 . Против ожидания оказалось, что оба растения накапливали приблизительно одинаковое количество молекул рРНК на клетку. Таким образом, можно считать, что все это косвенно подтверждает дифференциальную экспрессию генов рРНК, при которой функционирует только какаято их часть. Завершая данный раздел, следует отметить, что у разных растений обнаружена высокая степень повторяемости генов рРНК, однако физиологическое значение этого явления до конца не выяснено. РНК достигается не столько изменением общего числа генов рРНК, сколько регуляцией их экспрессии. Следующим этапом изучения генов рРНК можно считать построение их рестриктазных карт, ставшее возможным после разработки метода блотгибридизации по Саузерну , . Основные усилия ученых в конце х и в х годах были сконцентрированы на определении размеров повторов рДНК, их гомогенности или гетерогенности, а также на построении рестриктазных карт. Первоначально для построения рестриктазных карт рДНК растений и определения размеров их повторяющихся единиц использовали весьма ограниченное количество рестрикционных эндонуклеаз и в качестве гибридизационных зондов применяли выделенные и очищенные молекулы рРНК. С обнаружением все новых ферментов рестрикции их спектр, используемый для картирования, соответственно расширялся и гибридизационными зондами стали уже служить клонированные фрагменты рДНК какогонибудь растения. Наиболее часто это были клоны рДНК пшеницы, полученные и и затем предоставленные ими многим исследователям. Активно использовались и клонированные фрагменты рДНК льна, рекомбинантные клоны которого были также получены в числе первых , i, . Важным этапом в изучении организации генов рРНК высших растений, предшествующим исследованию особенностей их функционирования, явилось выяснение размеров повторяющихся единиц и построение рестриктазных карт рДНК, проводимых обычно с помощью экспериментов по блотгибридизации. Однако, точность определения молекулярных масс фрагментов рДНК при их разделении гель
электрофорезом была невысока, в связи с чем приводимые тогда размеры повторов рДНК иногда заметно отличались от настоящих, ставших известными несколько позже после завершения секвенирования некоторых генов рРНК или отдельных полных повторов рДНК ряда растений. В то же время, полученные в ходе тех экспериментов данные позволяли проводить определенный сравнительный анализ генов рРНК у разных видов растений и делать важные выводы и заключения. Необходимо отметить, что в первых экспериментах у растений часто не удавалось выявить гетерогенность длины повторов рДНК. Так, например, в семействе злаковых у риса сначала было обнаружено только два типа повторяющихся единиц рДНК, незначительно отличающихся по размеру , i, . Несколько позже индийские авторы смогли обнаружить у другой линии риса только один тип повторов рДНК , , . Впоследствии для разных образцов риса была обнаружена значительная гетерогенность повторов рДНК, проявляющаяся в наличии 7 размерных классов, каждый из которых отличался друг от друга приблизительно на 0 пн . Другими авторами при изучении рДНК 3х образцов двух видов культурного риса и их диких сородичей было найдено уже различных вариантов длины рДНК , , . Чемто схожая с рисом складывалась ситуация и с ячменем. Так, в ранних работах удалось детектировать только два типа повторов рДНК ячменя . Хвырлева и др. Обследовав 2 растения, другие авторы i . ДНК у этого вида, что неопровержимо свидетельствует об имеющем место значительном внутривидовом полиморфизме по этому признаку. Гомогенные по длине повторяющиеся единицы рДИК были обнаружены сначала и у кукурузы, однако, у инбредных линий все же отмечалась незначительная гетерогенность размера повторов рДНК .

Рекомендуемые диссертации данного раздела

28.06.2016

+ 100 бесплатных диссертаций

Дорогие друзья, в раздел "Бесплатные диссертации" добавлено 100 новых диссертаций. Желаем новых научных ...

15.02.2015

Добавлено 41611 диссертаций РГБ

В каталог сайта http://new-disser.ru добавлено новые диссертации РГБ 2013-2014 года. Желаем новых научных ...


Все новости

Время генерации: 0.184, запросов: 145