Аналоги азотистых оснований как зонды необычных структур ДНК - рекомбинантного триплекса и параллельного дуплекса

Аналоги азотистых оснований как зонды необычных структур ДНК - рекомбинантного триплекса и параллельного дуплекса

Автор: Калюжный, Дмитрий Николаевич

Шифр специальности: 03.00.02

Научная степень: Кандидатская

Год защиты: 2005

Место защиты: Москва

Количество страниц: 83 с. ил.

Артикул: 2852718

Автор: Калюжный, Дмитрий Николаевич

Стоимость: 250 руб.



Наряду с этими антипараллельными двойными спиралями и классическими тройными спиралями, компьютерным моделированием было предсказано, что ДНК может образовывать двойную спираль с параллельной ориентацией нитей параллельную ДНК или парДНК i, , а также тройную спираль, в которой параллельно ориентированные нити идентичii, . Такая тройная спираль получила название . Позднее, необычные структуры такого типа были обнаружены с помощью модельных олигонуклеотидов8ЬсЬуо1кта, i, i, i, , а также в различных биологических системах. Например, для три нуклеотидных повторов , связанных с нейродегенеративными болезнями человека, методом ЯМР было показано существование параллельного дуплекса в равновесии с каноническим антипараплельным дуплексом , . Возможность образования парДНК в мисматчевых структурах, стабилизированной бороздочными лигандами, была продемонстрирована на модельных олигонуклеотидах i, . Структурообразующая роль триплексов показана в рибосоме i, . Предположена их регуляторная роль в матричных процессах, таких как транскрипция и репликация v, , , . Показано включение однотяжевого vа в двойную спираль теломерной ДНК на концах хромосом, предполагающее образование триплекса формы ДНК как промежуточной или как равновесной структуры в таком НКбелковом комплексе ii, , . Однако, даже прямые методы не лишены своих недостатков. Например, с помощью РСА можно получить только статическую картину довольно устойчивых образований в кристаллической упаковке, в условиях, отличных от физиологических. Метод ЯМР применим только для сравнительно больших концентраций исследуемых образцов, которые могут влиять на конформации нуклеиновых кислот. Использование флуоресцирующих аналогов оснований является одним из способов наблюдения за локальной структурой нуклеиновой кислоты. Используя небольшие концентрации образца в физиологических условиях, можно получить сведения о подвижности и локальном окружении отдельного основания в сложных структурах нуклеиновых кислот. Другим положительным фактором такого метода является то, что он применим как для статических структур, так и для переходных образований, возникающих в различных биологических процессах с участием белков. Ранее, флуоресцентные свойства некоторых аналогов оснований в составе Вформы ДНК были хорошо изучены как экспериментально, так и теоретически , , . Исследование свойств необычных конформаций нуклеиновых кислот и их комплексов с белками важно для понимания связи структуры и функции нуклеиновых кислот в клетке. Данная работа направлена на создание метода для применения флуоресцентных аналогов оснований в качестве флуоресцирующего зонда параллельной ДНК и рекомбинантного триплекса. Цель работы. Основной целью настоящей работы была разработка высоко чувствительного флуоресцентного метода наблюдения за образованием и стабильностью необычных структур ДНК, и получение с помощью этого метода новых характеристик этих структур. Основные задачи исследования. Подобрать флуоресцирующий аналог основания, минимально нарушающий изучаемую структуру ДНК и не уменьшающий ее стабильности. Детально изучить термодинамические свойства и особенности конформаций рекомбинантного триплекса и параллельного дуплекса с нуклеотидными последовательностями, включающими все природные основания. Показать возможность применения данного метода для изучения структурных переходов в ДНК при образовании комплексов с белками. Из сказанного выше следует, что все задачи данного диссертационного исследования являются актуальными, а полученные результаты новыми. Диссертационная работа включает восемь разделов. Первый раздел вводный. Второй раздел посвящен обзору литературных данных. Описана история открытия тройных спиралей, химическое строение классических триплексных структур. Отдельное внимание уделено биологической роли классических триплексов. Приведено обсуждение структуры необычного рекомбинантного триплекса, и его возможной биологической роли. Рассказано о структурных и биологических особенностях ДНК с параллельной ориентацией нитей. Описаны существующие методы наблюдения за такими необычными структурами ДНК. В свете литературных данных рассказано о флуоресцентных свойствах аналогов природных оснований, и их применении для наблюдения биологических процессов.

Рекомендуемые диссертации данного раздела

28.06.2016

+ 100 бесплатных диссертаций

Дорогие друзья, в раздел "Бесплатные диссертации" добавлено 100 новых диссертаций. Желаем новых научных ...

15.02.2015

Добавлено 41611 диссертаций РГБ

В каталог сайта http://new-disser.ru добавлено новые диссертации РГБ 2013-2014 года. Желаем новых научных ...


Все новости

Время генерации: 0.034, запросов: 145