Неканонические элементы нуклеотидной последовательности бактериальных промоторов и их роль в формировании транскрипционного комплекса

Неканонические элементы нуклеотидной последовательности бактериальных промоторов и их роль в формировании транскрипционного комплекса

Автор: Озолинь, Ольга Николаевна

Шифр специальности: 03.00.02

Научная степень: Докторская

Год защиты: 1999

Место защиты: Пущино

Количество страниц: 299 с.

Артикул: 248416

Автор: Озолинь, Ольга Николаевна

Стоимость: 250 руб.

Неканонические элементы нуклеотидной последовательности бактериальных промоторов и их роль в формировании транскрипционного комплекса  Неканонические элементы нуклеотидной последовательности бактериальных промоторов и их роль в формировании транскрипционного комплекса 

СОДЕРЖАНИЕ
ВВЕДЕНИЕ
ОСОБЕННОСТИ НУКЛЕОТИДНОЙ ПОСЛЕДОВАТЕЛЬНОСТИ И СТРУКТУРНОЙ ОРГАНИЗАЦИИ ПРОМОТОРНОЙ ДНК обзор литературы.
1. ОБЩАЯ ФИЗИКОХИМИЧЕСКАЯ И ЭНЗИМАТИЧЕСКАЯ ХАРАКТЕРИСТИКА РНКПОЛИМЕРАЗЫ .i
2. САДИИ ТРАНСКРИПЦИОННОГО ЦИКЛА
3 СТРУКТУРНЫЕ ОСОБЕННОСТИ ПРОМОТОРНОЙ ДНК
Канонические элементы главные детерминанты промоторной ДНК
Длина спейсерного участка между каноническими элементами существенна для эффективного взаимодействия с РНКполимеразой
Неканонические участки промоторной ДНК
а Последовательности нуклеотидов вокруг стартовой точки транскрипции
б Особенности нуклеотидной последовательности в участке между каноническим элементом и стартовой точкой транскрипции
в Функциональное значение динуклеотида , расположенного перед каноническим элементом
г Особенности структурной организации 1 области промоторной ДНК
Формирование устойчивого изгиба в промоторной ДНК, как фактор активации транскрипции
Взаимодействие области промоторной ДНК с асубъединицами РНКполимеразы
Особенности нуклеотидной последовательности промоторов активируемых альтернативными осубъедининами
а Структурная организация и механизм активации промоторов, узнаваемых Еа
б Особенности структурной организации и механизм
активации промоторов, узнаваемых Еа
в Особенности структурной организации и механизма
активации промоторов, узнаваемых Еа
Конформационные изменения в промоторной ДНК, влияющие ни формирование транскрипционных комплексов
а Изменение суперспиральной плотности как фактор
регуляции транскрипции
б Вероятность образования крестообразных сгруктур в
промоторной ДНК
4. ЗАКЛЮЧЕНИЕ
МАТЕРИАЛЫ И МЕТОДЫ
РЕЗУЛЬТАТЫ И ИХ ОБСУЖДЕНИЕ
1. IЮИСК ГЕНОВ, ПРЕИМУЩЕСТВЕННО
ЭКСПРЕССИРУЕМЫХ РНКПОЛИМЕРАЗОЙ 9
Предварительный скрининг Т7ДЯ К
Динамика абортивного синтеза РНК в условиях
в условиях селективной иницации с
Кинетические параметры взаимодейст вия исходного
и мутантного ферментов с инициирующими пуринами.
Кинетические параметры взаимодействия исходного и
мутантного ферментов с промоторами 7 и Т7А
Обсуждение
2 КОНФОРМАЦИОННЫЙ АНАЛИЗ ПРОЦЕССА
ВЗАИМОДЕЙСТВИЯ РНКПОЛИМЕР АЗЫ С ПРОМОТОРАМИ 7 И Т7А1 Специфическая модификация 9 оссубьединицы
РНКнолимеразы флуоресцентной меткой
а Возможность преимущественной модификации одного
аминокислотного остатка
б Субъединичная локализация места связывания
флуоресцентной метки
в Идентификация аминокислотного остатка,
модифицируемого ФММА
г Функциональные параметры ФММАРНКполимеразы
Конформацнонные изменения РНКполимеразы в процессе
взаимодействия фермента с промоторами 7 и Т7А
Обсуждение
СРАВНИТЕЛЬНЫЙ ТОПОЛОГИЧЕСКИЙ АНАЛИЗ
ОТКРЫТЫХ ПРОМОТОРНЫХ КОМПЛЕКСОВ
Доступность различных сайтов промоторной
ДНК к гидролизу ДНКазой
Вариации в положении границ контактной поверхности
Характер распределения промоторных сайтов, атакуемых
РНК полимеразой внутри поверхности контакта с РНКполимеразой.
Обсуждение
КЛАСТЕРНЫЙ АНАЛИЗ НУКЛЕОТИДНЫ X
ПОСЛЕДОВАТЕЛЬНОСТЕЙ ПРОМОТОРНОЙ ДНК
Компиляция последовательностей промоторных ДНК
Процедура кластеризации
Группировка промоторов по локальной гомологии
Последовательности оснований, доминирующие в
разных участках промоторной ДНК
Закономерности в сочетании разных элементов
нуклеотидных последовательностей в одном промоторе
Обсуждение
ТОПОЛОГИЯ КОНТАКТНОЙ IЮВЕРХНОСТИ СКОНЦЕВОГО 3 ДОМЕНА аСУБЪЕДИНИЦЫ ПРИ ВЗАИМОДЕЙСТВИИ С ОБЛАСТЬЮ РАЗНЫХ ПРОМОТОРОВ
Характеристика промоторов, выбранных для анализа
Влияние ФММА, связанного с 9 на синтез РНК,
осуществляемый РНКполимеразой с разных промоторов.
Взаимодействие ФММАРНКполимеразы с и
I
Сравнительный анализ свинств локального окружения 9 при формировании транскрипционных комплексов с разными промоторами
Конструкция мутантных производных асубъединицы, содержащих одиночный цистеин в разных положениях .
Транскрипционная активность мутантных ферментов
Эффективность модификации одиночных цистеннов ФММА
Влияние химической модификации на активность мутантных ферментов
Изменение спектральных параметров ФММА при взаимодействии РНКполимеразы 7 и
Характер взаимодействия с субъеднницей определяется контекстом области промоторной ДНК
Изменение спектральных параметров ФММА при формировании РНКполимеразой бинарных и тройных комплексов с x
Специфический гидролиз ДНК , ковалентно связанным с 9 или Сувдо
Обсуждение
6. ХАРАКТЕР РАСПРЕДЕЛЕНИЯ В ПРОМОТОРНОЙ ДНК КИНКОБРАЗУЮЩИХ ДИНУКЛЕОТИДОВ
Обсуждение
7. ХАРАКТЕР РАСПРЕДЕЛЕНИЯ В ПРОМОТОРНОЙ ДНК АТТРЕКОВ
Промоторная ДНК и прнпромоторные транскрибируемые части генов характеризуются регулярным распределением АТгреков
Неканонические элементы промоторной ДНК и канонический элемент находятся в фазе с периодичностью, характерной для транскрибируемой части генов
Корреляция в присутствии АТтреков в транскрибируемой части генов и в промоторной ДНК
6 1
Типичные расстояния между АТтреками в
промоторной ДНК
Обсуждение
ОБЩЕЕ ЗАКЛЮЧЕНИЕ
ВЫВОДЫ
СПИСОК ЦИТИРОВАННОЙ ЛИТЕРАТУРЫ


Вовторых, функциональное проявление разных структурных элементов в составе промоторной Д1ПС может зависить от окружения, учесть которое в рамках статистического анализа не просто. Сайтнаправленный мутагенез сложен технически, кроме этого, в большинстве случаев, его проводят для проверки какойлибо конкретной идеи и, следовательно, наиболее интересные мутации, дающие неожиданный результат, особенно, если для этого требуется несколько замен сразу, могут быть не получены. Случайный мутагенез, направлен на выявление наиболее эффективных или, наоборот, неэффективных последовательностей при амплификации промоториой ДНК в условиях высокого уровня ошибок репликации. Этот подход минимизирует многие недостатки сайтнаправленного мутагенеза, так как позволяет одновременно и независимо выявлять наиболее эффективные для транскрипции сочетания отдельных элементов. В отличие от обычного мутагенеза, этот подход использует iv , позволяющее среди множества случайных последовательностей выбрать наиболее эффективные комбинации. Его недостатком, как и предыдущего, является зависимость от контекста немутируемых областей. Все эти подходы используются для анализа с труктурных особенное гей промоторной ДНК и все они необходим,г для получения полной картины. Методами статистическою анализа была выявлена юмология первичной структуры промоторов в участках, отстоящих от стартовой точки транскрипции на и пар оснований i, . М., , . В этих местах промоторы обычно содержат последовательности в той или иной степени подобные I ексануклсотидам и ТАТААТ, соответственно. В состав канонических элементов входит пар оснований. Однако последовательности реальных промоторов сильно варьируют, и, в среднем, содержат только 7. При этом около промоторов имеет меньше шести совпадений с каноническими элементами, поэтому строгая их идентификация во многих случаях является проблематичной. Разные основания внутри канонических областей имеют разную степень консервации. Наиболее часто встречающимися являются Т в первом и шестом, а А во втором положениях ТА ГАЛТ и Т во втором положении . Количественно эти оценки варьируют в зависимости от процедуры выравнивания и от числа анализируемых промоторов, однако, именно такое преимущество выявлено во всех трех работах. Наименее законсервированными являются С и А в 5 и 6 положениях , а также Т и А в 3 и 5 положениях ТАТААТ. При этом их преимущественное присутствие в указанных положениях промоторов, по сравнению с не промоторной ДНК, статистически является чрезвычайно достоверным. Функциональное значение канонических элементов было доказано всеми последующими экспериментальными и теоретическими данными. На Рис. Эти мутации полученны в разных лабораториях в структуре более чем разных промоторов. Очевидно, что большинство из них приходится на канонические пары . Это, отчасти, обусловлено особым интересом к каноническим областям, в которых многие замены были получены с помощью сайтнаправленного мутагенеза, причем, для некоторых промоторов , , , систематически исследованы все возможные замены в этих участках. Однако спонтанные мутации, влияющие на силу промоторов, также, как правило, локализуются в канонических областях. А в 4 положении на неканоническую промотор агаВЛП, i, А. Н., . Аналогичный результат получен для промотора в работе i, М. I АС АС на приводила к активации транскрипции. Эту активацию, однако, можно объяснить тем, что Iполимераза узнает другую область , как элемент . Она расположена от участка на оптимальные нуклеотидных пар. Рис. Точечные мутации, влияющие на матричную активность разных промоторов данные для промоторов. На четырех панелях сверху вниз схематически прсдсгавлены результаты замены разных оснований на С, , А или Т, соответственно. По оси X отложены положения промотора относительно стартовой точки транскрипции 0. Количество документированных мутаций ингибирующих отринательные значения или активирующих положительные значения матричную активность промотора представлены в виде столбиков. Источники i, , , , ii, , , . I.i, . Xi, X. I5 , . М., i, . V5 , , I, , , .

Рекомендуемые диссертации данного раздела

28.06.2016

+ 100 бесплатных диссертаций

Дорогие друзья, в раздел "Бесплатные диссертации" добавлено 100 новых диссертаций. Желаем новых научных ...

15.02.2015

Добавлено 41611 диссертаций РГБ

В каталог сайта http://new-disser.ru добавлено новые диссертации РГБ 2013-2014 года. Желаем новых научных ...


Все новости

Время генерации: 0.190, запросов: 145