Молекулярные основы специфичности аминоацилирования тРНК фенилаланил-тРНК-синтетазами. Конформационная динамика продуктивного взаимодействия с тРНК

Молекулярные основы специфичности аминоацилирования тРНК фенилаланил-тРНК-синтетазами. Конформационная динамика продуктивного взаимодействия с тРНК

Автор: Моор, Нина Александровна

Шифр специальности: 02.00.10

Научная степень: Докторская

Год защиты: 2008

Место защиты: Новосибирск

Количество страниц: 329 с. ил.

Артикул: 4255816

Автор: Моор, Нина Александровна

Стоимость: 250 руб.

Молекулярные основы специфичности аминоацилирования тРНК фенилаланил-тРНК-синтетазами. Конформационная динамика продуктивного взаимодействия с тРНК  Молекулярные основы специфичности аминоацилирования тРНК фенилаланил-тРНК-синтетазами. Конформационная динамика продуктивного взаимодействия с тРНК 



Еще один подход, предложенный для отбора тРНК, функционально активных i viv, из огромного набора мутантов, содержащих замены в различных районах, основан на конструировании клеточных штаммов, инактивированных отсутствием генатРНК данной специфичности 0. Абсолютно другая стратегия используется для определения элементов узнавания i vi вместо оценки окончательной роли мутаций тРНК в синтезе белка определяются их физикохимические эффекты в реакции аминоацилирования путем измерения кинетических параметров Кт и для транскриптов генов тРНК и их мутантных форм. Уменьшение константы специфичности или каталитической эффективности 1 в результате мутации служит мерой потери специфичности. РНК получают транскрипцией синтетической ДНКматрицы с помощью Т7 РНКиолимеразы. Отсутствие модифицированных оснований в транскриитах почти не влияет на эффективность их аминоацилирования по сравнению с природными тРНК, как показано для большинства систем для обзора см. Некоторым ограничением в применении синтезированных i vi тРНК является обязательное присутствие 5гуанозина для эффективной транкрипции 1, 2. Однако использование динуклеотида для инициации транскрипции позволяет включать любое основание в 5конец тРНК 3. Чтобы определить роль посттранскринционной модификации тРИК в обеспечении специфичности, полноразмерные молекулы тРНК с минорными остатками могут быть синтезированы химически 4. Для кинетических измерений наряду с грачиционным осаждением аминоацилтРПК трихлоруксусной кислотой на фильтрах 5 в последнее время применяется более эффективный и чувствительный метод, основанный на разделении аминоацилированной и свободной тРНК в геле 6. Другой метод, разработанный для идентификации продуктов аминоацилирования тРНК неприродными
аминокислотами с использованием масссиектрометрии без применения радиоактивных препаратов . РНК специфичной и неспецифичными сиитетазами в одной смеси. Кинетические эксперименты i vi выполняются с индивидуальными тРНК и ферментами в отсутствие других ти синтетаз и, следовательно, не в физиологических условиях. Несмотря на эти ограничения, они позволяют количественно оценить вклад каждого элемента в эффективность узнавания тРМК соответствующей . Для подтверждения полноты набора положительных элементов узнавания данной тРНК специфичной проводятся эксперименты по переключению специфичности путем трансплантации этого набора в другие тРНК. Определяемые с помощью различных подходов элементы специфичности могут быть неидентичными, поскольку эффекты в экспериментах i viv обусловлены влиянием мутаций на взаимодействия тРНК со всеми конкурирующими аминоацилтРНКсинтетазами, а также с другими компонентами аппарата трансляции. Использование взаимодополняющих подходов i viv и i vi позволяет идентифицировать полный набор детерминант специфичности для данной системы положительные элементы узнавания и антидетерминанты отрицательные элементы, предотвращающие взаимодействие тРНК с неспецифичными сиитетазами. К настоящему времени с помощью описанных методов установлены элементы узнавания тРНК для всех систем из . Т. i и архебактерий и систем из высших эукариот, включая человека табл. Для большинства тРНК . Анализ данных показывает, что относительно небольшое число нуклеотидов в тРНК является критическим для специфичности аминоацилирования, и этот набор строго индивидуален для каждой пары тРНК. На рис. РНК . I и И. В обоих случаях они расположены преимущественно в двух периферических районах тРНК антикодоне и акцепторной ветви. Гипотеза о решающей роли антикодона в узнавании тРНК, высказанная отечественными учеными на ранних этапах изучения этой проблемы 6, 7, нашла блестящее подтверждение основной вклад в специфичность большинства изученных систем вносят нуклеотиды антикодона см. Таблица 5. Агй Е. Т. . Уа1 Е. Г. . Не Е. Ьеи Е. Я 0, 2,3 Я V. Ме1 ГОШ Е. Я V. А, и4Л, А5, 1,0 А н. Д, Ът 2, иЗЗ, Аи 2, иЗЗ, 4, А, и, А, АЗ8 4, 5, 6 Эветвь н. Сув Е. II. II. Я С1 8 , С, СЗО ШЗ шз в, С,Л 4. А 4. А 4. Е. с. ША тпт2и, 5, Дм, Ш1А, и 2А
п Е. Туг Е. Я. 5. М. у. А. р. А, 2 А, С2 А, 2 А, 2 4г, Ш5 4, , АЗ 6 аЮ 4, иг, Аг 4, Уветвьсж н. Тгр Е. В. 5. А. . Я . А 2 3, А1. С3в 3, А1Иг, 1, 0, 9, 8 А А А, 2 А 4, 5, А 4. А 4,5 4. А н. А9Г н.

Рекомендуемые диссертации данного раздела

28.06.2016

+ 100 бесплатных диссертаций

Дорогие друзья, в раздел "Бесплатные диссертации" добавлено 100 новых диссертаций. Желаем новых научных ...

15.02.2015

Добавлено 41611 диссертаций РГБ

В каталог сайта http://new-disser.ru добавлено новые диссертации РГБ 2013-2014 года. Желаем новых научных ...


Все новости

Время генерации: 0.201, запросов: 121