Амидофосфиты нуклеозидов, содержащие активированные линкерные группы - новые мономеры для синтеза модифицированных олигонуклеотидов

Амидофосфиты нуклеозидов, содержащие активированные линкерные группы - новые мономеры для синтеза модифицированных олигонуклеотидов

Автор: Васильева, Светлана Викторовна

Шифр специальности: 02.00.10

Научная степень: Кандидатская

Год защиты: 2006

Место защиты: Новосибирск

Количество страниц: 157 с.

Артикул: 3013072

Автор: Васильева, Светлана Викторовна

Стоимость: 250 руб.

Амидофосфиты нуклеозидов, содержащие активированные линкерные группы - новые мономеры для синтеза модифицированных олигонуклеотидов  Амидофосфиты нуклеозидов, содержащие активированные линкерные группы - новые мономеры для синтеза модифицированных олигонуклеотидов 

ВВЕДЕНИЕ
ГЛАВА 1. Прекурсорная стратегия синтеза о лигонуклеотидных конъюгатов. Методы синтеза аминомодифицированных по сахарному остову нуклеозидов базовых соединений для реализации прекурсорной стратегии обзор литературы
1.1. Подходы к получению модифицированных олигонуклеотидов
1.1.1. Реакционноспособные прекурсорные группы для постсинтетической модификации олигонуклеотидов. Группы, требующие защиты в условях
ол и гонуклеоти дного синтеза
1.1.1.1. Аминогруппа методы защиты и получения конъюгатов
1.1.1.2. Тиольная группа методы защиты и получения конъюгатов
1.1.1.3. Методы защиты и модификации карбоксильной и альдегидной групп
1.1.2. Активированные линкерные группыпредшественники
1.1.2.1. Прекурсорная модификация гетероциклических оснований
1.1.2.2. Мономеры ненуклеозидной природы, несущие активированные линкерные группы
1.1.2.3. Прекурсорные группы в 2положении рибозы
1.1.2.4. Прекурсорные группы в реакциях циклоприсоединения ДильсаАльдера и 1,3диполярного азидал кинового циклоприсоединения
1.2. Методы синтеза модифицированных по сахару нуклеозидов
1.2.1. Основные методы введения аминогруппы по углеводному фрагменту природы ых нуклеозидов
1.2.1.1. Нуклеофильное замещение сульфозиров
1.2.1.2. Раскрытие реакционнослособных О,2, 0,3 или ,5ангидроциклов пиримидиновых нуклеозидов азидионом
1.2.1.3. Раскрытие реакциониоспособных О2,2 или
О,5ангидроциклов пиримидиновых нуклеозидов другими нуклеофилами
1.2.1.4. Раскрытие реакционноспособных О8,2 О8, 0,5циклов пуриновых нуклеозидов
1.2.1.5. Реакция Мицунобу замещение гидроксильной группы на нуклеофил в присутствии пары диэтилазодикарбоксилат трифенилфосфин
1.2.2. Синтез нуклеозидов, исходя из гетероциклических оснований и модифицированного рибозного остатка. Реакция
гликозилированияперегликозилирования
ГЛАВА 2. Результаты и их обсуждение
2.1. Синтез 2амино2дезоксинуклеозидов
2.1.1. Препаративный синтез 2амино2дезоксиуридина. Синтез 5,,4диметокситритил2,амино2дезоксиуридина
2.1.2. Синтез 5,,4,диметокситритил2амино2,дезоксицитидина
2.1.3. Синтез ,4диметокситритил2амино2дезокси3Орибофуранозил.А6бешоиладенина 2амино2дезоксиаденозина
2.1.4 Синтез СЦ4,4диметокситритил2амино2дезоксиР0арабино
фуранозилДбензоиладенина
2.2. Синтез фосфамидитов на основе 2аминопроизводных уридина, цитидина и аденозина, содержащих в 2положении линкеры с одной двумя метоксиоксал ил амидными МОХ группами
2.2.1 .Синтез 5,,4диметокситритилцианоэтоксиУ7диизопропиламинофосфинил2метоксиоксалиламидо2дезоксиуридинаи 4,4диметокситритил3,2цианоотоксиМАгДиизоиропиламинофосфинил2У1Лди2метоксиоксалиламидоэтиламиноэтиламидооксалиламидо2дезоксиур идина
2.2.2. Синтез А4бензоил4,4,диметокситритилцианоэтокси,
диизопропиламинофосфинил2метоксиоксалиламидо2дезоксицитидина, ,4диметокситритилцианоэтоксиЛдиизопропиламинофосфинил2метоксиоксалиламидо2дезоксиР0рибофуранозилбензоиладенинаи ,4диметокситритилцианоэтоксиМАдиизопропиламинофосфинил2метоксиоксалиламидо2дезоксир0арабинофуранозилМбензоиладенина
2.3. Синтез фосфамидитов уридина и арабиноаденозина, несущих в рибозном фрагменте активированные линкерные группы различной длины на основе дикарбоновых кислот
2.3.1. Синтез фосфамидита 5,,4диметокситритил2,метоксикарбонилметилкарбониламино2дезоксиуридина
2.3.2. Синтез фосфамидитов 4,4,диметокситритил2,2цианметоксикарбонилэтилкарбониламино2дезоксиуридина, 4,4диметокситритилцианметоксикарбонилропилкарбониламино2дезоксиуридина. диметокситритилцианметоксикарбоншОбутилкарбониламинодезоксиуридина и ,4диметокситритил2 ЗцианметоксикарбонилпропилкарбониламиноР0арабинофуранозилЛбензоиладенина
2.4. Синтез фосфамидитов на основе тимидина, цитидина и аденозина, несущих линкеры с МОХгруипами в гетероциклических основаниях
2.4.1. Синтез 5,диметоксигритилциаяоэтоксиЛ.АдиизопропиламинофосфинилЛСди2метоксиоксалиламидоэтиламиноэтиламидооксалиламидопропилоксиметил2дезоксиуридина
2.4.2. Синтез А4 3АМди2метоксиоксалиламидоэтиламиноэтиламидооксалиламидопропил,диметокситритилцианоэтокси7г,диизопропиламинофосфинил2дезоксицитидина
2.4.3. Синтез А3ЛЛци2метоксиоксалиламидоэтиламиноэтиламидооксалилалидопропил4.4,диметокситритил3,2цианоэтоксИуЧАгдиизопропиламинофосфинил5мстил2дезоксицитидина
2.4.4. Синтез V4бензоилЯ,Аци2метоксиоксалиламидоэтиламиноэтиламидооксалиламидопропилоксиметил4,4диметокситритилцианоэтоксиЛГ,Ядиизолроииламинофосфинил2дезоксицитидина
2.4.5. СинтезV3уУЯдиметоксиоксалиламидоэтиламиноэтиламидооксалиламидопропил4,4диметокситритил3,2цианоэтоксиуУдиизолропиламинофосфинил2дезоксиаденозина
2.5. Синтез фосфамидитных мономеров, несущих дендримерные конструкции с метоксиоксалиламидными или ацианметоксикарбонилалкилкарбониламиногруппами
2.5.1. Синтез Аметоксиоксалйламидопропил4,4,диметокситритилцианоэтоксиУЛгдиизопропиламинофосфинил2дезоксицитидина и А4 3уУ1АдиЛг,Лди2метоксиоксалиламидоэтиламиноэтиламидооксалиламидоэтиламидооксаламидопропил4,4диметокситритилцианоотоксиЛг,Адиизопропиламинофосфинил2дезоксицитидина
2.6. Конструирование и синтез дендримерных конструкций с активированными линкерными группами для постсинтетической модификации олигонуклеотидов
2.6.1. Синтез уУаминододецилАг2бис1Яимидазол4илэтиламинооксалиламиноэтиламиноэтил оксалилдиамида
2.6.2. Синтез трис2бис2метоксиоксалиламидоэтиламиноэтилоксалиламидоэтил амина
2.7. Синтез олигонуклеотидных конъюгатов, несущих активированные линкерные группы и последующая постсинтетическая модификация по ним флуоресцентными метками и другими реакционноспособными группами
2.7.1. Сравнение степени включения в олигонуклеотид арабино и рибомодифицированных мономеров
2.7.2. Применение 4,4,диметокситритилцианоэтоксиуУ,Лдиизопропиламинофосфинил2метоксиоксалш1амидо2дезоксиуридина для синтеза олигонуклеотидных конъюгатов, несущих фотоактивируемую группу
2.7.3. Применение 5Э4,4диметокситритилцианоэтоксиП,1диизолропиламинофосфинилцианметоксикарбонилпронилкарбониламино2дезоксиуридина для синтеза олигонуклеотидных
конъюгатов
ГЛАВА 3. Экспериментальная часть .
3.1. Реактивы и материалы
3.2. Методы
3.3. Органический синтез
ВЫВОДЫ
БЛАГОДАРНОСТИ
СПИСОК ЛИТЕРАТУРЫ
ПРИЛОЖЕНИЕ

СПИСОК ПРИНЯТЫХ СОКРАЩЕНИЙ
В настоящей работе использованы символы и стандартные обозначения в соответствии с рекомендациями Комиссии по номенклатуре Международного Союза чистой и прикладной химии ШРАС, Международного союза биохимиков ШВ, 1, а также следующие обозначения
Ртос
РуВОР
ТМГТМО
ОАБТ
ДБУфВи
ТРТР
ВЭА
ФИТЦРГГС
ТВОМ
.
ТЬДТВО

димстокситритил
9флуоренилметилоксикарбонил
гексафторфосфат 0бензотриазол1илМЛ7А,тетраметилурония
гексафторфосфат бензотриазол1 илокситриспироллидииофосфония
тетраметил гуанидин
гидроксибензогриазол
диэти ламиносульфотри фторид
1,8диазабицикло5.4.0ундец7ен
тетраизопропилдисилоксан
дифенилфосфоразидат
бистримегилсилилацетамид
флуоресцсинизотиоцианат
юретгексилдиметилсилил
юреягбутилдиметилсилил
диизопропил азодикарбоксилат
гетероциклическое основание нуклеозида
1,5,7триазабицикло4.4.0дец5ен
дитиотриит
имидазол
1,2,4триазол
ВВЕДЕНИЕ


Данный метод является оптимальным для получения комбинаторных библиотек к комбинаторным библиотекам относят набор конъюгатов, которые содержат одинаковое ядро, в частности олигонуклеотид, но отличаются присоединенными к нему модификаторами 5. Комбинаторные библиотеки олигонуклеотидов активно используют в биоорганической химии и молекулярной биологии, например, для поиска наиболее устойчивых к действию нуклеаз соединений . Реакционноспособные групды могут быть введены в гетероциклические основания, межнуклеотидную фосфатную группу либо в рибозный фрагмент. Оптимальным с точки зрения сохранения способности к комплементарным взаимодействиям является введение заместителей по С5атому пиримидиновых и С8атому природных или С7атому 7деазамодифицированных пуриновых нуклеозидов. Введение заместителей по межнуклеотидной фосфатной группе приводит к появлению хирального центра и, зачастую, к необходимости разделения стерсоизомеров. Перспективной выглядит модификация по 2положению нуклеозидов. Такие модификации вызывают минимальные искажения в структуре олигонуклеотидных комплексов 5, позволяют получать нуклеозиды с С2экзо и С2эндоконформациями углеводного остатка, а также ориентировать заместитель как в малую, так и в большую бороздку спирали НКдуплекса . Фосфамшшты 2модифицированных нуклеозидов позволяют синтезировать олигонуклеотиды, содержащие модифицированные звенья в любом положении нуклеотидной последовательности. В настоящем обзоре представлены основные методы введения модификаций по углеводному фрагменту различных нуклеозидов. Особое внимание уделено 2аминопроизводным нуклеозидов. Высокая реакционная способность аминогруппы в 2положении позволяет легко проводить постсинтетичсскую функционализацию соответствующих олигонуклеотидных производных. В частности, аминогруппы в этом положении взаимодействуют с флуоресцеинизотиоцианатом, ангидридами карбоновых и дикарбоновых кислот . Кроме того, нуклеозиды, содержащие в рибозном кольце аминогруппу, сами по себе обладают высокой биологической активностью , являются эффективными антибактериальными и противораковыми препаратами. В ряде случаев производные нуклеозидов, несущие аминогрупу в рибозном кольце, являются ингибиторами кофакторзависимых ферментов, таких как глицеральдегид3фосфат дегидрогеназа, в частности, эффективным ингибитором таких ферментов оказался 2дезоксиметоксибензамидоаденозин . Олигонуклеотиды, содержащие такую модификацию, устойчивы как к расщеплению фосфодиэстэразой змеиного яда, так и в условиях щелочного гидролиза РНК . Повидимому, аминогруппа 2 амино2дезоксинуклеозидов в отличие от 2гидроксильной группы рибонуклеозидов не может атаковать атом фосфора с образованием циклического фосфамида. Этот факт подтверждается также устойчивостью 2аминосодержащих олигонуклеотидов в условиях их аммиачной обработки при удалении защитных групп. Кроме того, амиыомодифицированные по рибозному остатку нуклеозиды являются удобными синтонами для введения активированных линкерных групп например, метоксиоксалильной с образованием амидной связи . В данном литературном обзоре рассмотрена прекурсорная стратегия синтеза олигонукпеотидных конъюгатов, основанная на использовании различных реакционноспособных групппредшественников прекурсорных групп для постсинтетической модификации олигонуклеотидов. Также рассмотрены методы синтеза аминомодифицированных по сахарному остову нуклеозидов базовых соединений для реализации прекурсорной стратегии. Поскольку рассматривались методы введения модификаций в углеводный остаток нуклеозидов, то в обзоре также представлен ряд других замещенных по 2положению нуклеозидов тио, галоген и др. Реакционноспособные прекурсорные группы для постсинтетической модификации олигонуклеотидов. Как уже отмечалось выше, термин прекурсорная группа обычно используется в англоязычной литературе и обычно относится к активированным линкерным группам. В настоящем обзоре мы расширили его значение до групппредшественников, относя к ним любую реакционноспособную группу, присоединенную к природному нуклеозиду или являющуюся частью ненуклеозидного фрагмента олигонуклеотида, которая может быть удобным местом для последующей функционализации олигонуклеотида на постсинтетической стадии.

Рекомендуемые диссертации данного раздела

28.06.2016

+ 100 бесплатных диссертаций

Дорогие друзья, в раздел "Бесплатные диссертации" добавлено 100 новых диссертаций. Желаем новых научных ...

15.02.2015

Добавлено 41611 диссертаций РГБ

В каталог сайта http://new-disser.ru добавлено новые диссертации РГБ 2013-2014 года. Желаем новых научных ...


Все новости

Время генерации: 0.226, запросов: 121