Изучение молекулярных основ взаимодействия интегразы ВИЧ-1 с ДНК

Изучение молекулярных основ взаимодействия интегразы ВИЧ-1 с ДНК

Автор: Смолов, Максим Александрович

Шифр специальности: 02.00.10

Научная степень: Кандидатская

Год защиты: 2006

Место защиты: Москва

Количество страниц: 140 с. ил.

Артикул: 2883102

Автор: Смолов, Максим Александрович

Стоимость: 250 руб.

Изучение молекулярных основ взаимодействия интегразы ВИЧ-1 с ДНК  Изучение молекулярных основ взаимодействия интегразы ВИЧ-1 с ДНК 



В дополнение к сказанному, практически всегда аминокислотные остатки белка участвуют в образовании солевых мостиков или Нсвязей с отрицательно заряженными фосфатными группами 6. Типичные ДНКсвязывающие белки содержат от 5 до остатков, контактирующих с фосфатными группами, и, как правило, все они являются достаточно консервативными 7. Это своего рода минимум, необходимый для формирования комплекса. В обычных условиях большая часть изученных белков способна образовывать комплекс с пространственно регулярной Вформой ДНК, допускающей умеренные деформации наподобие изгиба или раскручивания. При таком положении вещей большая бороздка двойной спирали способна вместить либо участок аспирали, либо антипараллельный рлист, что сначала было предсказано теоретически 8, а позднее неоднократно продемонстрировано на реальных примерах. Попытки выделения какоголибо однозначного соответствия аминокислотных остатков гетероциклическим основаниям привели к отрицательному результату 9, . Тем не менее, на уровне распределения энергетических вкладов отдельных типов взаимодействий существует характерная тенденция. На основании статистического анализа распределения контактов аминокислот с ДНК, проведенного Н. М. Лускомбом с соавт. ВандерВаальсовы взаимодействия. Остальная греть распределена примерно поровну между обычными Нсвязями и Исвязями с участием молекул воды. Из всей суммы контактов более двух третей образуются при участии группировок углеводофосфатного остова. И, поскольку в таком случае вряд ли следует ожидать сильного влияния нуклеотидной последовательности, принято считать, что эти взаимодействия призваны, в большей мере, участвовать в стабилизации комплекса, нежели в специфическом узнавании. Хотя последнее все же нельзя исключить полностью, памятуя о примерах так называемого непрямого узнавания нуклеотидных последовательностей, при котором белок определяет локальные сиквенсзависимые возмущения структуры ДНК , , , . Здесь следует сразу же уточнить, что мы обычно имеем дело с прямым узнаванием нуклеотидной последовательности в том случае, если белок контактирует с ДНК посредством образования направленных водородных связей или ВандсрВаальсовых взаимодействий с парами гетероциклических оснований. В то же время, непрямое узнавание подразумевает взаимодействие аминокислотных остатков с углсводофосфатиым остовом, на конформационное состояние которого оказывают влияние сиквенс ДНК, эффекты сольватации, а также деформационная устойчивость двойной спирали т. ДНКбелковых комплексов, целиком стабилизированных как каждым типом взаимодействий по отдельности, так и их взаимной комбинацией. Тот факт, что непрямое узнавание имеет большое значение для специфического взаимодействия, является общепризнанным, однако, вопрос о его относительном вкладе в суммарно наблюдаемую специфичность остается в значительной мерс открытым. Повидимому, уже уверенно можно говорить о том, что в силу пространственной доступности контакты белков с большой бороздкой ДНК встречаются в несколько раз чаще контактов с малой. Водородные связи между белком и ДНК могут образоваться при взаимодействии одной аминокислоты как с одним единственным, так и с парой гетероциклических оснований. Как показал статистический анализ структур ДНКбелковых комплексов, большая доля водородных связей образуется по полидентатному механизму либо с одним, либо сразу с парой соседствующих оснований. На монодентатные взаимодействия приходится лишь сравнительно малая часть 6. Рис. Примеры бидентатпых взаимодействий аминокислотных остатков с одним гетероциклическим основанием или их комплементарной парой. Иллюстрация создана по материалам работы 6. Именно бидентатные комплексы образуют разветвленную сеть контактов ДНК с белком, и именно среди этой группы можно выявить определенные предпочтения. Так, например, аргинин, серии, лизин и гистидин имеют склонность контактировать с гуанином, а аспарагин и глутамин с адеиином, что вначале предсказывалось теоретически , а позднее было показано на реальных примерах 6, Рис.

Рекомендуемые диссертации данного раздела

28.06.2016

+ 100 бесплатных диссертаций

Дорогие друзья, в раздел "Бесплатные диссертации" добавлено 100 новых диссертаций. Желаем новых научных ...

15.02.2015

Добавлено 41611 диссертаций РГБ

В каталог сайта http://new-disser.ru добавлено новые диссертации РГБ 2013-2014 года. Желаем новых научных ...


Все новости

Время генерации: 0.199, запросов: 121