Расположение матрицы в области декодирования по данным аффинной модификации рибосом человека производными олигорибонуклеотидов с концевыми реакционноспособными группами

Расположение матрицы в области декодирования по данным аффинной модификации рибосом человека производными олигорибонуклеотидов с концевыми реакционноспособными группами

Автор: Булыгин, Константин Николаевич

Шифр специальности: 02.00.10

Научная степень: Кандидатская

Год защиты: 2000

Место защиты: Новосибирск

Количество страниц: 139 с. ил.

Артикул: 285955

Автор: Булыгин, Константин Николаевич

Стоимость: 250 руб.

Расположение матрицы в области декодирования по данным аффинной модификации рибосом человека производными олигорибонуклеотидов с концевыми реакционноспособными группами  Расположение матрицы в области декодирования по данным аффинной модификации рибосом человека производными олигорибонуклеотидов с концевыми реакционноспособными группами 

ВВЕДЕНИЕ
ГЛАВА 1. Сходство и различия во взаимодействии мРНК с рибосомами про и эукариот на различных стадиях трансляции элонгации и терм и нации, обзор литерату ры
1.1. Строение и функция рибосомы.
1.2. Матричные РНК.
1.3. Основные аспекты взаимодействия мРНК и тРНК с рибосомами на разных
стадиях трансляции.
1.3.1. Стадия элонгации трансляции.
1.3.2. Стадия тсрминации трансляции
1.4. Структурная организация мРНКсвязывагощего центра рибосомы
1.4.1. Подходы и методы, применяемые для изучения мРИКсвязывающего
центра рибосомы
1.4.1.1. Короткие аналоги мРНК производные олигорибонуклеотидов
1.4.1.2. Синтетические аналоги мРНК, полученные с помощью Т
транскрипции.
1.4.1.2.1. Фотоактивирумые аналоги мРНК.
1.4.1.2.2. Аналоги мРНК, содержащие гиофосфагные группы
1.4.2. мРПКсвязывающий центр рибосом Е.со.
1.4.2.1. Результаты, полученные с помощью аналогов мРНК производных
олигорибонуклеотидов.
1.4.2.2. Результаты, полученные с помощью аналогов мРНК длинных
синтетических матриц.
1.4.2.2.1. Рибосомные белки и нуклеотиды рРНК, сшивающиеся с
фотоактивируемыми аналогами мРНК
1.4.2.2.2. Результаты, полученные с помощью аналогов мРНК, содержащих
тиофосфатные группы.
1.4.3. мРНКсвязывающий центр рибосом эукариот
1.4.3.1. Результаты, полученные с помощью аналогов мРНК производных
олигорибонуклеотидов
1.4.3.2. Результаты, полученные с помошью аналогов мРНК длинных
синтетических матриц
1.4.4. Универсальные элементы, формирующие мРНКсвязывающий центр
рибосом про и эукариот.
1.4.5. Различия в организации мРНКсвязывакмцего центра рибосом про и
эукариот
ГЛАВА 2. Аффинная модификация рибосом из плаценты человека производными олигорибонуклеотидов, несущими
алкилируюшую группу на Зконце или фотоактнвируемую группу на 5конце. результаты и их обсуждение
2.1. Аффинная модификация рибосом из плаценты человека
. . п3, 6,.
2.1.1. Образование комплексов .i3i 3, 6, с
рибосомами в присутствии
2.1.2. Ковалентное присоединение . пЗ, 6, к
рибосомам.
2.1.3. Анализ распределения сшивок между рРНК и рибосомными
белками.
2.1.4. Идентификация фрагментов рРНК, содержащих сайты модификации
.I п3, б, .
2.1.5. Идентификация сайтов модификации рРНК, сшивающихся с
.,I п3,6,
2.1.6. Идентификация рибосомных белков, модифицируемых
ир.,иРрССНЯС1 п3,6,
2.1.7. Обсуждение результатов модификации Я рибосом аналогами мРНК
ир.,иррсснас п3,6,.
2.2. Аффинная модификация 8 рибосом из плаценты человека производными 5РрОюиии, 5рРииюии и 5РРииСиААА, содержащими перфторарилазидную группу на 5 конце
2.2.1. Образование комплексов фотоактивируемых производных
З2рр0исиии, 5РРиииСии и 5РРииСиААА с 5 рибосомами в присутствии родственных тРНК
2.2.2. Образование сшивок фотоактивируемых аналогов мРНК с
рибосомами в составе модельных комплексов
2.2.3. Идентификация фрагментов 8 рРНК, содержащих сайты модификации
фотоактивируемыми аналогами мРНК.
2.2.4. Идентификация сайтов модификации 8 рРНК, сшивающихся с
фотоаналогами мРНК.
2.2.5. Идентификация рибосомных белков, сшивающихся с азидо
РрОиоиии
2.2.6. Обсуждение результатов модификации 8 рибосом фотоактивируемыми
производными 5РрСиоиии, 5РРиШОии и
РРииСиААА.
2.3. Заключение.
ГЛАВА 3. Экспериментальная часть
3.1. Материалы и вспомогательные методики.
3.2. Выделение рибосомных 8 и Б субчастиц из плаценты человека
3.3. Введение радиоактивной метки в олигоуридилаты
3.4. Получение ,0бензилиденовых производных олигорибонуклеотидов.
3.5. Введение радиоактивной метки на 5консц олигонуклеотидов
3.6. Синтез 5азидопроизводных олигорнбонуклеотидов.
3.7. Ацетилирование .
3.8. Получение комплексов рибосом с реакционноспособными аналогами
мРНК в присутствии родственных тРНК.
3.9. Аффинная модификация рибосом производными
олигорнбонуклеотидов с алкилируюшей группой на Зконце.И
3 Аффинная модификация рибосом производными
олигорнбонуклеотидов с фотоактивнруемой группой на 5конце.
3 Разделение модифицированных рибосом на субчастицы
3 Анализ распределения радиоактивной метки между рРНК и белками
3 Выделение рРНК из субчастиц
3 Установление района рРНК, содержащего участок сшивки с аналогом
мРНК, с помощью блотгибридизанин
3 Установление района рРНК, содержащего участок сшивки с аналогом
мРНК, с помощью РНКазы Н
3 Идентификация модифицированных оснований в рРНК с помощью
метода обратной транскрипции.
3 Идентификация модифицированных рибосомных белков с помощью
одномерного гельэлектрофореза.
3 Идентификация модифицированных рибосомных белков с помощью
иммунопреципитации.
3 Идентификация модифицированных рибосомных белков с помощью
двумерного гельэлектрофореза
СПИСОК ЛИТЕРАТУРЫ
ПРИНЯТЫЕ СОКРАЩЕНИЯ.
тРНК транспортная рибонуклеиновая кислота мРНК матричная рибонуклеиновая кислота рРНК рибосомная рибонуклеиновая кислота
тРНКрь тРНКа тРНК, специфичные к фенилаланину и валину, соответственно аатРНК аминоацилтРНК
, V, , общепринятые обозначения аминокислот
, VV, , , соответствующие аминоацилтРНК
АсРЬетРНКР ЫацетилРЬстРНКРИ, аналог пептидилтРПК
, и бактериальные малая, большая рибоеомные субчастицы и рибосома
, и эукариотические малая, большая рибоеомные субчастицы и рибосома
сайтаминоацильный или акцепторный участок связывания тРНК на рибосоме
Рсайт пептидильный или донорный участок связывания тРНК на рибосоме
Есайт специфический участок на рибосоме для связывания деацилированной тРНК
Ехнсайт
полиуридиловая кислота полиадениловая кислота
. , и т.д. общепринятые обозначения 5три и дифосфатов нуклеозидов
гуанозин 5Р,уметилентрифосфат, негидролизуемый аналог
додсцилсульфат натрия
ацетат натрия
ТЭА триэтиламин
ПААГ полиакриламидный гель
2 электрофорез двумерный гельэлектрофорез
БСА бычий сывороточный альбумин
Трис трисгидроксиметиламинометан
I пиперазин 1,4бис2этансульфоновая кислота
НОТА этилендиаминтетрауксусная кислота
ОНРС диэтилпирокарбонат
ОМБО диметилсульфоксид
ДМФА диметилформамид
ОТТ дитиотреитол
РРО 2,5дифенилоксазол
РОРОР 1,4ди5фенил2оксазолилбензол
ОСНЯС1 Ы2хлорэтилКМстиламинобскзальдсгид С1КСНЫН2 4СЫ2хлорэтилКметиламинобснзиламин СШСН2ЫНСНз 4Ы2хлорэтилК1мстиламинометилбензиламин к длина волны
УФсвет ультрафиолетовый свет
НИБХ СО РАН Новосибирский Институт Биоорганической Химии Сибирского Отделения Российской Академии Наук
ВВЕДЕНИЕ


Целью настоящей работы явилось изучение декодирующего центра рибосом человека с помощью метода аффинной модификации с использованием коротких аналогов мРНК, производных олигорибонуклеотидов, несущих реакцнонноспособную группу на 3 или 5 конце, в составе модельных комплексов, имитирующих различные состояния рибосом в процессе элонгации. Хотя к настоящему времени накоплено много информации о структурнофункциональной организации рибосом человека, позволяющей сделать важные выводы о сходстве и различиях в строении декодирующего центра рибосом разных организмов, на момент начала настоящей работы была известна лишь область рРНК длиной около нуклеотидных звеньев, содержащая сайт ковалентного присоединения производного гексауридилата с алкилирующей группой на 5 конце i . РНК, производными олигорибонуклеотидов, содержащими два различных кодона и Рлазидотетрафторбенза. РНК и рибосомиых белков, сшивающихся с аткилирующи. ГЛАВА 1. РИБОСОМАМИ ПРО И ЭУКАРИОТ НА РАЗЛИЧНЫХ СТАДИЯХ ТРАНСЛЯЦИИ ЭЛОНГАЦИИ И ТЕРМИНАЦИИ. Обзор литературы. Рибосомы это клеточные органеллы. Ключевым моментом трансляционного процесса является взаимодействие рибосомы с матричной РНК мРНК, несущей генетическую информацию, и транспортными РНК тРНК, доставляющими остатки аминокислот для синтеза полипептидной цепи. Кроме мРНК и тРНК, в биосинтезе белка участвует множество белковых факторов и СТР. Настоящий обзор посвящн рассмотрению некоторых аспектов строения и функционирования рибосомы на стадиях элонгации и термикации трансляции сталия инициации трансляции в данном обзоре не затронута, а также структуры и синтеза про и эукариотических мРНК i viv. Особый акцент в обзоре литературы сделан на структурную организацию мРНКсвязывающего центра рибосом про и эукариот. В последнее время в этой области появилось много данных, полученных, в основном, с помощью метода аффинного химического сшивания, которые можно попытаться критически рассмотреть и обобщить вместе с данными ряда более ранних работ конца х годов, чтобы выявить сходство и различия во взаимодействии мРНК с рибосомами про и эукариот. Строение и функция рибосомы. Рибосомы любого организма, как рибосома прокариот, так и рибосома эукариот, состоят из двух субчастиц, большой у про и у эукариот и малой у про и у эукариот, каждая из которых содержит как белки, гак и РНК. В состав малой субчастицы рибосом бактерий и высших организмов входит и около рибосомных белков, соответственно, и одна или рРНК. РНК и 5 рРНК. В эукариотах в большой субчастице насчитывают около белков и три РНК , 5. РНК. Рибосомные белки про и эукариот имеют значительную гомологию . РНК имеют сходство в организации вторичной структуры и содержат как высококонсервативные, так и вариабельные участки , . Данные, полученные в экспериментах по криоолектронной или иммуноэлектронной микроскопии рибосом, а также рентгеноструктурным методом, выявляют высокое сходство в строении и форме рибосомных субчастиц из различных организмов V . В составе рибосомы различают несколько участков связывания лигандов мРНК, тРНК и др. РНК мРНКсвязывающий центр и участки связывания тРНК, называемые тРНКсвязывающнми сайтами аминоацильный или Асайт, пептидильный или сайт, ранее иногда называемый донорным или сайтом, и Есайт от англ. Связавшись с сайтом рибосомы в начале элонгационного цикла, тРНК последовательно перемешается сначала в Р, а затем в Есайт, из которого происходит е диссоциация в раствор i, . Перемещение транслокация тРНК из одного сайта в другой сопряжено с передвижением мРНК относительно рибосомы на один кодон. Когда пептидилгРНК занимает сайт, а аатРНК окончательно связалась в сайте, их 3концы оказываются сближенными в районе пептидилтрансферазного центра на большой субчастице рибосомы, обладающего пептидилтрансфсразной активностью ЕС 2. В результате происходит образование пептидной связи. Транспептидалия идт через нуклеофильную атаку ааминогруппы адтРНК на карбонильную группу пептидилтРНК. Будучи связанными в А и Рсайгах рибосомы, молекулы тРНК комплементарно взаимодействуют своими антикодонами с кодонами мРНК. Область кодонантикодоновых взаимодействий принято называть декодирующим центром рибосомы, хотя собственно процесс декодирования происходит на стадии кодонзависимого связывания аатРНК в Асайте.

Рекомендуемые диссертации данного раздела

28.06.2016

+ 100 бесплатных диссертаций

Дорогие друзья, в раздел "Бесплатные диссертации" добавлено 100 новых диссертаций. Желаем новых научных ...

15.02.2015

Добавлено 41611 диссертаций РГБ

В каталог сайта http://new-disser.ru добавлено новые диссертации РГБ 2013-2014 года. Желаем новых научных ...


Все новости

Время генерации: 0.181, запросов: 121