Распознавание стоп-кодонов факторами терминации трансляции эукариот

Распознавание стоп-кодонов факторами терминации трансляции эукариот

Автор: Крючкова, Полина Николаевна

Шифр специальности: 02.00.10

Научная степень: Кандидатская

Год защиты: 2010

Место защиты: Москва

Количество страниц: 117 с. ил.

Артикул: 4889231

Автор: Крючкова, Полина Николаевна

Стоимость: 250 руб.

Распознавание стоп-кодонов факторами терминации трансляции эукариот  Распознавание стоп-кодонов факторами терминации трансляции эукариот 

СОДЕРЖАНИЕ
СПИСОК СОКРАЩЕНИЙ
ВВЕДЕНИЕ.
1. ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ
1.1. Общая схема терминации трансляции.
1.2. Факторы терминации трансляции 1го класса
1.3. Факторы терминации трансляции 2го класса
1.4. Взаимодействие 1 и 3
1.5. Распознавание стопкодонов.
1.5.1 Распознавание с гопкодонов у прокариот
1.5.2 Распознавание стопкодонов у эукариот
1.6. Влияние контекста мРНК и пептпдилтРНК на терминацию трансляции
Заключение
2. РЕЗУЛЬТАТЫ И ОБСУЖДЕНИЕ .
2.1. Роль отдельных аминокислотных остатков домена в узнавании стопкодоиов
2.1.1. Аминокислотный остаток в положении переключатель специфичности факторов и человека
2.1.2. Аминокислотные остатки в домене I человека, ответственные за узнавание стопкодонов
Распознавание первого уридина в стопкодонах
Распознавание второго гуанозина в стопкодоне .
Распознавание второго аденозина в стопкодонах и
Распознавание третьего гуанозина в стопкодоне
Распознавание третьего аденозина в стопкодонах и .
2.2. Влияние фактора терминации 3 на узнавание стопкодонов
2.2.1. Влияние фактора терминации 3 на эффскгивпость терминации трансляции
2.2.2. Корректирующая активность 3 в процессе узнавания стоп
кодонов .
2.3. Модель взаимодействия стопкодонов с аминокислотными
остатками домена человека.
2.4. Участие аминокислотных остатков С домена в узнавании
стопкодонов.
2.5. Влияние Зконтекста на узнавание стопкодоиов
2.5.1. Бноинформатический анализ Зконтекстов стопкодонов в генах
человека.
2.5.2. Влияние наиболее и наименее встречающихся в геноме человека
Зконтекстов на узнавание стопкодонов
Заключение.
3. МАТЕРИАЛЫ И МЕТОДЫ
3.1. Материалы
3.1.1. Реактивы
3.1.2. Ферменты
3.1.3. Штаммы бактерий и плазмиды
3.1.4. Олигонуклеотиды.
3.1.5. Среды п буферы
3.2. Методы исследования
3.2Л. Получение му гантных 1.
3.2.1.1. Получение плазмид, содержащих мутантный геи человека
Полимеразная цепная реакция ПЦР
Электрофорез ДИК в агарозном геле
Очистка фрагментов ДИК в легкоплавкой агарозе
Расщепление ДНК эндонуклеазами рестрикции и реакция
лигирования ДНК
Трансформация . i плазмидной ДНК.
Выделение плазмидной ДНК из . i
Определение первичной структуры секвенирование ДНК при помощи автоматической системы i i I 0.
3.2.1.2. Экспрессия и выделение белков.
Электрофорез белков в денатурирующем ПААГ
3.2.2. Получение компонентов для экспериментов i vi
3.2.2.1. Получение мРНК
3.2.2.2. Выделение рибосом.
3.2.2.3. Выделение факторов трансляции нагивных и рекомбинантных
3.2.2.4. Аминоацилирование тРНК
3.2.3. Сборка претерминационного комплекса.
Проверка качества претерминационных комплексов.
3.2.4. Функциональный анализ мутантных .
3.2.4.1. Определение эффективности терминации трансляции
3.2.4.2. Вычисление значений ксл1Км .
3.2.4.3. Определение ГТФазной активности З
4. ВЫВОДЫ.
СПИСОК ЛИТЕРАТУРЫ


М домен вовлечен в процесс гидролиза пептидилтРНК в пепт идил грансферазном центре рибосомы, а Сконцевой домен вместе с М доменом взаимодействует с фактором терминации 2го класса, 3. В настоящее время существует ряд подходов для изучения процессов, осуществляемых факторами терминации трансляции эукариот. Вопервых, для поиска функционально важных аминокислотных остатков стали широко использовать точечный мутагенез с последующим тестированием в системах i viv и i vi. Вовторых, для локализации центров узнавания стопкодонов стали создавать химерные белки, содержащие различные участки факторов из организмов е универсальным и вариантным генетическими кодами. Несмотря на это, проблема распознавания стопкодонов у эукариот остается нерешенной, в значительной степени изза отсутствия адекватной тестсистемы для исследования этого процесса. Однако ситуация принципиально
изменилась, когда недавно была разработана новая полностью реконструированная i vi система трансляции эукариот, которая позволяет анализировать отдельно каждую из трх основных стадий трансляции, получать претерминационный и терминациониый комплексы и изучать роль каждого компонента системы отдельно и в любом сочетании 9. Известно, что и 3 кооперативно участвуют в высвобождении гюлипептидной цепи из рибосомы. Точный механизм того, как 3 содействует терминации трансляции, пока неизвестен. Одно из предположений сводится к тому, что 3 стимулирует связывание с претерминационным комплексом подобно . РНК к Асайту рибосомы с находящимся в нем смысловым кодоном 0. В настоящей работе мы попытались идентифицировать аминокислотные остатки в домене человека, ответственные за узнавание стопкодонов, выяснить роль С домена человека в узнавании стопкодонов, определить влияние 3контекста стопкодонов на эффективность терминации трансляции, а также выяснить роль 3 человека в дискриминации стопкодонов. Терминация трансляции, заключительная стадия биосинтеза полипептидной цепи, происходит в тот момент, когда в участке рибосомы оказывается один из трех стопкодонов транслируемой мРНК , или . В ответ на присутствие в сайте стопкодона с рибосомой связываются белки, получившие название факторов терминации трансляции . Они делятся на два класса 1го класса осуществляют узнавание стопкодона, передают сигнал в пептидилтраисферазный центр ПТЦ большой субчастпцы рибосомы и вызывают гидролиз пептидилтРНК, в результате чего из рибосомы высвобождается синтезированный полипептид 2го класса являются рибосомозависимыми ГТФазами, стимулирующими терминацию трансляции. У прокариот 3 увеличивает скорость рециклинга факторов 1го класса. Общая схема терминации трансляции представлена на рисунке 1. У прокариот Рис. ГДФ. После этого следует обмен ГДФ на ГТФ, что приводит к конформационным перестройкам в рибосоме, дестабилизирующим связывание факторов терминации 1го класса 1 и 2 и их диссоциации из комплекса. Далее происходит гидролиз ГТФ и диссоциация самого 3 из рибосомы, после чего с ней связывается фактор рециклинга рибосом . При помощи фактора элонгации в комплексе с ГТФ он вызывает диссоциацию малой и большой субчастиц рибосомы. После этого с малой субчастицей связывается фактор инициации 13, в результате чего происходит высвобождение мРНК и тРНК из Рсайта. У эукариот Рис. АсаЛтом рибосомы. Связывание с , 3 и ГТФ приводит к конформационным перестройкам в терминационном комплексе. Далее происходит гидролиз ГТФ, после чего сложноэфирная связь в пептидилтРНК гидролизуется под действием , и высвобождается син тезированный полипептид. До сих пор не ясно, в какой момент 3 покидает рибосому после гидролиза ГТФ пли после высвобождения пептида. Хотя рециклизация последних может осуществляться посредством иннциаторных факторов I3, и И, этот механизм без дополнительной энергии может иметь место только в ограниченном диапазоне низких концентраций . В широком
диапазоне концентраций рециклизация рибосом происходит благодаря АВСЕ1 из семейства АТФ связывающих белков ii . РНК и тРНК . Свжмкачие . Рис. I. I. Общая схема терминации трансляции у прокариот а и эукариот .

Рекомендуемые диссертации данного раздела

28.06.2016

+ 100 бесплатных диссертаций

Дорогие друзья, в раздел "Бесплатные диссертации" добавлено 100 новых диссертаций. Желаем новых научных ...

15.02.2015

Добавлено 41611 диссертаций РГБ

В каталог сайта http://new-disser.ru добавлено новые диссертации РГБ 2013-2014 года. Желаем новых научных ...


Все новости

Время генерации: 0.197, запросов: 121