ДНК-дуплексы, содержащие реакционноспособные группировки в углеводофосфатном остове, как реагенты для аффинной модификации остатков цистеина и лизина белков

ДНК-дуплексы, содержащие реакционноспособные группировки в углеводофосфатном остове, как реагенты для аффинной модификации остатков цистеина и лизина белков

Автор: Романенков, Андрей Сергеевич

Шифр специальности: 02.00.10

Научная степень: Кандидатская

Год защиты: 2006

Место защиты: Москва

Количество страниц: 156 с. ил.

Артикул: 2869349

Автор: Романенков, Андрей Сергеевич

Стоимость: 250 руб.

ДНК-дуплексы, содержащие реакционноспособные группировки в углеводофосфатном остове, как реагенты для аффинной модификации остатков цистеина и лизина белков  ДНК-дуплексы, содержащие реакционноспособные группировки в углеводофосфатном остове, как реагенты для аффинной модификации остатков цистеина и лизина белков 

1. ОСОБЕННОСТИ ВЗАИМОДЕЙСТВИЯ ФАКТОРА ТРАНСКРИПЦИИ
1ЧТкВ С УЧАСТКАМИ УЗНАВАНИЯ В ДНК литературный обзор
1.1. Функционирование и роль кВ в клетке.
1.2. Определение ДНКбелковых контактов в комплексах фактора транскрипции кВ с ДНК методом рентгеноструктурного анализа.
1.3. Определение ДНКбелковых контактов в комплексах фактора транскрипции ОТкВ с ДНК в растворе
1.3.1, Использование метода химической модификации для зондирования
контактов фактора транскрипции НГкВ с ДНК.
1.3.1.1. Химическая модификация ДНК
1.3.1.2. Химическая модификация аминокислотных остатков
фактора транскрипции ЫРкВ
1.3.2. Использование мутантных форм белка для определения
аминокислотных остатков фактора транскрипции ГкВ,
принимающих участие в связывании ДНК и димеризации.
1.3.3. Использование метода аффинной модификации белка
реакционноспособными аналогами ДНК для зондирования контактов фактора транскрипции ИКкВ с кВучастком.
2. ДНКДУПЛЕКСЫ, СОДЕРЖАЩИЕ РЕАКЦИОННОСПОСОБНЫЕ ГРУППИРОВКИ В УГЛЕВОДОФОСФАТНОМ ОСТОВЕ,
КАК РЕАГЕНТЫ ДЛЯ АФФИННОЙ МОДИФИКАЦИИ
ОСТАТКОВ ЦИСТЕИНА И ЛИЗИНА БЕЛКОВ обсуждение результатов.
2.1. Анализ белковонуклеиновых контактов в комплексах
фактора транскрипции кВ с ДНК.
2.2. Аффинная модификация остатков цистеина белков ДНКдуплексами, содержащими рсакционноскособныс группировки
в углсводофосфатном остове
2.2.1. Использование ДНКдуплексов, содержащих единичные 2дезокси2йодацетамидоуридиновые звенья, для аффинной модификации белков.
2.2.1.1. Синтез и свойства олигонуклеотидов с единичной
2йодацетамидной группировкой
2.2.1.2. Комилексообразованне и ковалентное связывание 2йодацетамидсодержащих ДНКлигандов с гомодимером
р субъединицы ОТкВ
2.2.2. Использование ДНКдуплексов с единичными 2дисульфидсодержащими уридиновыми звеньями для аффинной модификации белков
I 2.2.2.1. Синтез и свойства олигонуклеотидов с единичными
2дисульфидсодержащими уридиновыми звеньями.
2.2.2.2. Ковалентное связывание ДНКдуплексов с единичными 2дисульфндсодержащнми уридиновыми звеньями
с гомодимером р субъединицы КРкВ
2.2.3. Использование ДНКдуплексов, содержащих межнуклеотидные
фосфорилдисульфидпые группировки, для аффинной модификации белков.
2.2.3.1. Синтез и свойства фосфорилдисульфидсодержащих олигонуклеотидов.
2.2.3.2. Комплексообразование и ковалентное связывание фосфорилдисульфидсодержащих ДНКдуплексов с гомодимером р субъединицы ОТкВ.
2.2.3.3. Ковалентное связывание фосфорилдисульфидсодержащих ДНКдуплексов с ДНКметилтрансферазой ЭбоИ
2.3. Аффинная модификация остатков лизина белков ДНКдуплексамн, содержащими рсакционноспособнмс группировки
в углсводофоефагном остове
2.3.1. Использование ДНКдуплексов, содержащих единичные 2оксозпии1уридиновые цитидиновые звенья, для
аффинной модификации белков
2.3.1.1. Комплексообразование и ковалентное связывание 2альдсгидсодержащих ДНКлигандов с гомодимером р субъединицы ОТкВ.
2.3.1.2. Ковалентное связывание 2,альдегидсодержащих ДНКлигандов с ДНКметилтрансферазой 8о. Исследование возможности одновременного участия Сконцсвой метилирующей и Ыконцевой регуляторной областей М.ЯяоН во взаимодействии с ДНК
3. ЭКСПЕРИМЕНТАЛЬНАЯ ЧАСТЬ
СПИСОК ЛИТЕРАТУРЫ.
СПИСОК ОСНОВНЫХ СОКРАЩЕНИЙ
а.о. аминокислотный остаток
АФГ ацилфосфатная группировка
БСА бычий сывороточный альбумин
БФС бромфсноловый синий
ВВПО внутренние вариабельные пары оснований
ВИЧ вирус иммунодефицита человека
ВЭЖХ высокоэффективная жидкостная хроматография
ДМФА диметилформамид
ДСН додецилсульфат натрия
ДТТ дитиотреит 1,4димеркапто2,3бутандиол
ЗПФГзамещенная пирофосфатная группировка
КЦ ксиленцианол
НК нуклеиновая кислота
ПААГ полиакриламидный гель
РМ рестрикциямодификация
РСА рентгеноструктурный анализ
СПДТП Ысукцинимидилпиридилдитиопропионат
СПС структурный мотив спиральповоротспираль
Трис трисгидроксиметиламинометан
УДГ урацилДНКгликозилаза
УФ ультрафиолетовое излучение
ФДГ фосфорилдисульфидная группировка
ЭДК 1этилднметиламинопропилкарбодиимид
ЭДТА натриевая соль этилендиаминтетрауксусной кислоты
ЯМР ядерный магнитный резонанс
БаденознлЬгомоцистеин
БаденозилЬметионин
глутатионБтрансфераза
Лг2пщроксиэтилпипсразинЛр2этансульфоновая кислота IкВ идеальный кВучасток
IкВ кВучасток из эпхансера генов легких цепей иммуноглобулинов
I времяпролетная массспсктрометрия с ионизацией методом лазерной матричной десорбции от англ. ixi iIii, i i 2Агморфолиноэтансульфоновая кислота МТаза ДНКметилтрансфераза . ДНКметилтрансфераза
МНС кВучасток из энхансера генов первого класса основного комплекса
гистосовместимости
.IIДНКметилтрансфераза II
i банк пространственных структур макромолекул
2пиридилдисульфидиая группа
и Ру пуриновые и пиримидиновые нуклеотиды
.V эндонуклеаза рестрикции V
участок высокой гомологии с белком продуктом онкогена от англ. i
.II эндонуклеаза рестрикции II
любой из четырех нуклеотидов , , или
любой из двух нуклеотидов или
М любой из двух нуклеотидов или
5йод2дезоксиуридин
2дезокси2йодацетамидоуридин
2амино2дезоксиуридин
2дезокси2пиридилдитиопропионамидоуридин 2оксоэтилуридин С 2оксоэтилцитидин
Для обозначения аминокислотных остатков, нуклеотидов, олиго и полинуклеотидов использовали символы, рекомендованные Комиссией по номенклатуре Международного союза чистой и прикладной химии ШРАС и Международного союза биохимиков ШВ.
ВВЕДЕНИЕ


Белки , и содержат на Сконцах трансактивационные домены , ответственные за инициацию транскрипции геновмишеней, причем наиболее эффективная активация транскрипции наблюдается для субъединицы р, которая содержит в своем составе два потенциальных . Другие две субъединицы р и р появляются в клетке из бслковпредшественников i и рЮО, соответственно рис. Субъединица р образуется в результате котрансляционного процессинга белка i. Расщепление белка рЮО до р происходит посттрансляционно после предварительного фосфорилирования и убиквитинилирования исходного белка . Глицинбогатая область в составе бслковпредшественников является важной составляющей аминокислотной последовательности р5 и рЮО, контролирующей оба вида процессинга. Субъединицы р и р транскрипционно неактивны, но могут инициировать экспрессию генов, образуя гетеродимеры с тремя остальными белками , и . Гомодимеры, образумые этими субъединицами рр и рр, наоборот, могут подавлять транскрипцию . Другие димеры, например , за счет более эффективного связывания с определенными энханссриыми последовательностями, могут замещать рр в процессе активации транскрипции соответствующих генов . Экспрессия определенных геновмишеней регулируется определенными гомо и гетеродимерами белков семейства I табл. Такая предпочтительность функционирования белковых димеров определяется их сродством к энхансерным последовательностям генов. Таблица 1. Димеры кВКе1 и гены, экспрессия которых регулируется данными белками. Таблица 1. Димеры ЫИкВМ и гены, экспрессия которых регулируется данными белками. Известно, что только Вклстки и клетки плазмы крови млекопитающих используют кВ для своего развития . В других клетках кВ находится в цитоплазме в неактивном состоянии в виде комплекса с ингибирующим белком 1кВ, предотвращающим импорт фактора гранскрипции в ядро . Важной особенностью белков семейства 1кВ является наличие в их составе анкириновых повторов доменов, содержащих примерно аминокислотных остатка и формирующих множество белокбелковых контактов с субъединицами кВ рис. Ва . Рис. Структурная организация белков семейства 1кВ. Семейство белков 1кВ в клетках млекопитающих представлено следующими членами 1кВа, 1кВр, 1кВу, 1кВь и Вс. Наличие в составе аминокислотной последовательности белковпредшественников р 5 и рЮО анкириновых повторов также позволяет отнести их к этому семейству рис. На основании полученных данных по кристаллическим структурам свободных или ассоциированных с 1кВбелками ДНКсвязывающих субъединиц кВ было показано, что белок 1кВр закрывает сигнал ядерной локализации в составе субъединиц р и р, в то время как 1кВа маскирует только белка р , . Следует отметить, что бедок Вс, помимо анкириновых повторов, содержит на Сконце
трансактивационный домен и образуемые им димеры с р и р субъединицами способны активировать транскрипцию некоторых геновмишеней табл. Активация фактора транскрипции кВ в широком спектре как лимфоидных, так и нелимфоидных клеток происходит за счет диссоциации комплекса с 1кВбелком при соответствующем сигнале или внешнем воздействии на клетку, то есть с помощью вирусов, бактерий, различных патогенов и факторов стресса. Известно, что способность активировать кВ имеется у бактериальных липосахаридов, форболового эфира, цитокинов, хемокинов, фактора некроза опухоли , интерлейкина1 . Возможна также активация некоторыми вирусными онкопротеинами, например, продукт x гена вируса лейкемии Тклеток человека V1 является мощным активатором кВ в Т и Влимфоцитах . Одна из обычных внутриклеточных реакций активация кВ продуктами, которые образуются при воздействии на клетку активного кислорода . Были выделены три основных пути активации фактора транскрипции , названные, соответственно, канонический, неканонический и индуцированный повреждениемДНК рис. Повреждение ДНК . Рис. Канонический, индуцированный повреждением ДНК и неканонический пути активации фактора транскрипции , соответственно . Р, Ас участки убиквитинилирования, фосфорнлнровання и ацетилирования, соответственно. Киназы I, 1ККР и регуляторный белок компоненты 1кВкиназного комплекса, I кВ индуцирующая киназа.

Рекомендуемые диссертации данного раздела

28.06.2016

+ 100 бесплатных диссертаций

Дорогие друзья, в раздел "Бесплатные диссертации" добавлено 100 новых диссертаций. Желаем новых научных ...

15.02.2015

Добавлено 41611 диссертаций РГБ

В каталог сайта http://new-disser.ru добавлено новые диссертации РГБ 2013-2014 года. Желаем новых научных ...


Все новости

Время генерации: 0.246, запросов: 121