Функциональная топография транспортно-матричной РНК

Функциональная топография транспортно-матричной РНК

Автор: Шпанченко, Ольга Валерьевна

Шифр специальности: 02.00.10

Научная степень: Докторская

Год защиты: 2010

Место защиты: Москва

Количество страниц: 221 с. ил.

Артикул: 4914164

Автор: Шпанченко, Ольга Валерьевна

Стоимость: 250 руб.

Функциональная топография транспортно-матричной РНК  Функциональная топография транспортно-матричной РНК 

ВВЕДЕНИЕ.
ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ
Транспортноматричная РНК.
Вторичная структура тмРНК.
Процессинг предшественника тмРНК
Модифицированные основания в тмРНК
Аминоацилирование тмРНК.
Белок БтрВ
Пространственная организация белка БтрВ.
Структура комплекса тРНКподобной области тмРНК с белком БтрВ
Структурная организация комплексов тмРНК и белка БтрВ с рибосомой
Ул7странсляция
Аминоацилирование тмРНК, ее взаимодействие с белками БтрВ и ЕЕТи, а
также связывание этого комплекса с рибосомой
Причины появления свободного Аучастка в транслирующих рибосомах.
Распознавание арестованных рибосом и свободного Асайта.
Переключение на матричную область, узнавание кодона продолжения
синтеза
Элонгация и терминация
Деградация белка и мРНК.
Биологическая роль иястрансляции
РЕЗУЛЬТАТЫ И ИХ ОБСУЖДЕНИЕ
Неканоническое взаимодействие тмРНК с элонгационным фактором Ти
Синтез модифицированной тмРНК.
Формирование и анализ ковалентного соединения тмРНК с белками Б0 экстракта.
Комплекс деацилированной тмРНК с элонгационным фактором Ти в
присутствии СТР или вОР.
Модель взаимодействия тмРНК с рибосомой.
Двухдоменная организация тмРНК
Поиск элемента тмРНК, обеспечивающего узнавание Аучастком рибосомы
Исследование роли некоторых консервативных нуклеотидов тмРНК
Поиск интрамолекулярных супрессоров для летальных мутаций иА,СС
ииЛ0,ЗО1СС
Мутации нуклеотидов тРНКподобной части, затрагивающие активность
Выделение комплексов транспортноматричной РНК с рибосомой
Анализ РНК, входящих в состав выделенных комплексов
Анализ белкового состава выделенных комплексов.
Исследование комплексов тмРНК с рибосомой методом химического
пробинга.
Исследование комплекса тмРНК4 с рибосомой методом криоэлектрон ной
томографии.
Моделирование структуры комплексов тмРНК с рибосомой.
МАТЕРИАЛЫ И МЕТОДЫ.
Реактивы и биопрепараты
Буферы и растворы
Олигодезоксирибонуклеотиды и штаммы
Фотоаффинное химическое сшивание тмРНК.
Синтез тмРНК с помощью Т7РНКполимеразы.
Синтез тмРНК, содержащей 4тиоуридин, с помощью Т7РНКполимеразы
Тзфингерпринты
Комплексообразование и фотоактивируемое химическое сшивание тмРНК .
Анализ белкового компонента сшивки
Определение позиции сшивки в тмРНК
Футпринтинг.
Внутримолекулярное фотоаффинноехимическое сшивание тмРНК.
Анализ продуктов сшивания с помощью реакции обратной транскрипции
Гидролиз тмРНК с помощью РНКазы Н.
Измерение констант ассоциации комплексов тмРНК и тРНК с .
Манипуляции с ДНК.
Приготовление компетентных клеток . i для трансформации с помощью
теплового шока
Трансформация компетентных клеток . i с помощью теплового шока 3 Приготовление компетентных клеток . i для электротрансформации
Электротрансформация клеток . i.
Выделение плазмидной ДНК.
Определение концентрации ДНК в растворе.
Разделение фрагментов ДНК в агарозном геле
Выделение фрагментов ДНК из агарозною геля
Приготовление векторов и вставок
Лигирование.
Сайтнаправленный мутагенез.
Создание штамма . i .
Клонирование гена, кодирующего тмРНК
Создание плазмиды для генетической системы определения активности
Конструирование плазмиды .
Сайтнаправленный мутагенез тмР1 I.
Клонирование гена репортрного пептида в плазмиды семейства .
Случайный мутагенез тмРНК i viv и анализ мутантов.
Определение первичной структуры ДНК по Сэнгеру
Анализ активности молекул тмРНК.
Анализ активности молекул тмРНК с помощью генетической системы. 3 Определение активности молекул тмРНК с помощью гибридного фага
Аминоацилирование тмРНК
Анализ положения пептида в комплексе
Выделение и анализ комплексов тмРНК с рибосомой.
Выделение комплексов
Анализ РНК става комплекса.
Анализ белкового состава комплекса
Изучение комплексов тмРНК с рибосомой методом химического пробинга 4 Определение структуры комплекса рибосомы с тмРНК4 методом
криоэлсктронной томографии
Моделирование структуры комплексов тмРНК с рибосомой
СПИСОК ЛИТЕРАТУРЫ.
ПРИЛОЖЕНИЯ
СПИСОК СОКРАЩЕНИЙ
РТК рибонуклеиновая кислота
мРНК матричная РНК
тРНК транспортная РНК
рРНК рибосомпая РНК
тмРНК транспортноматричная РНК
мРНКподобная часть тмРНК
тРНКподобная часть тмРНК
тРНК аланилировашая транспортная РНК
тмРНК аланилированная транспортноматричная РНК аатРНК аминоацилированная транспортная РНК
i В
прокариотическая рибосома
малая субчастица прокариотической рибосомы
большая субчастица прокариотической рибосомы ОВдомен олигонуклеотидолигосахаридсвязьшающий домен петля дигидроуридиновая петля
ТЧСпетля петля универсального нуклеотида
ОРС открытая рамка считывания
гуанозин5трифосфат
гуанозин5дифосфат
нуклеозидтрифосфат
дезоксирибонуклеотидтрифосфат
дидсзоксирибонуклеотидтрифосфат
элонгационный фактор
элонгационный фактор
элонгационный фактор
2 прокариотический фактор терминации трансляции
додецилсульфат натрия
ПААГ полиакриламидный гель
ТЕМЕД Н,Ы,Ытетраметилэтилендиамин
i трисоксиметиламинометан
СМСТ 1циклогексилморфолиноэтилкарбодиимид толуолсульфонат
димстилсульфат
кетоксаль 3этоксибутанон2аль
ТХУ трихлоруксусная кислота
бычий сывороточный альбумин
I диоксигенин
детергент полиоксиэтиленсорбитана монолаурат ПЭГ полиэтиленгликоль
ДМСО диметилсульфоксид
этилендиаминтетрауксусная кислота
1, 4дитиоОГтреитол
ЯМР ядерный магнитный резонанс
УФсвст ультрафиолетовый свет
КриоЭМ криоэлектронная микроскопия
ПЦР полимеразная цепная реакция.
ОЕ оптические единицы
ед единицы активности ферментов.
метор
ВВЕДЕНИЕ


РНКподобная часть тмРНК содержит элементы, идентичные
аминоакцепторному стеблю и ТРСшпильке тРНК . АланилтРНКсинтетаза представляет собой тетрамер и относится ко второму классу аминоацилтРНКсинтетаз. Эта синтетаза не узнат антикодоновую последовательность своей тРНК . Минимальная структура, необходимая для аминоацилирования аланиновой тРНКсинтетазой, содержит в себе аминоакцепторный стебель и РРСшпильку . Исследования i vi на полноразмерной , и минимизированной различным образом аланиновой тРНК показали, что во всех случаях аминоацилирование зависит от наличия 3 пары ,. Намеки и соавторы установили, что замена структуры тмРНК, несущей черты аланиновой тРНК, на структуру, соответствующую гистидиновой тРНК, приводит к ншстрансляционному продукту с гистидином, за которым следуют аминокислот, закодированных в тмРНК. Эти данные показывают, что первая аминокислоте пептида закодирована в тмРНК. Выделенная из клеток тмРНК может быть аминоацилирована i vi, как обычная тРНК 8. Эффективность аминоацилирования повышается в присутствии дополнительных белковых факторов . РНК от спонтанного гидролиза , а белок , вероятно, стабилизирует структуру тмРНК, обеспечивая оптимальную для аминоацилирования конформацию аминоакцепториого стебля . Оптимальным для реакции присоединения аланина в условиях i vi является соотношение к тмРНК равное . Избыток белка в реакционной среде ведт к снижению эффективности аминоацилирования , возможно, изза присоединения дополнительной молекулы белка к тмРНК, приводящего к изменению конформации РНК. Оба белка и в условиях i vi существенно понижает константу ингибирования реакции аминоацилирования тмРНК аминогликозидами, причм наибольший эффект достигается в присутствии двух белков . Ещ один тмРНКсвязывающий белок 1 не оказывает заметного влияния на аминоацилирование . Ген трВ обнаружили в году при клонировании фрагмента, полученного после обработки генома . А и В, соответственно. Ген белка располагается относительно гена тмРНК поразному так, например, близкое расположение генов и найдено в . Ген моноцистронный, имеет свой промотор, про его регуляцию пока ничего не известно. Ген, кодирующий белок , найден во всех бактериальных геномах, отсеквенированных к настоящему времени 5. Молекулярная масса белка составляет кДа, рассчитанная изоэлектричсская точка равна 9,9 . Белок специфически взаимодействует с тмРНК примерно в 0 раз эффективнее, чем с суммарной дрожжевой тРНК . Гомология между аминокислотными последовательностями белка из различных организмов составляет от до Приложение 1. Поиск гомологов между семействами белка и любых других белков бактерий, эукариот или архебактерий не дал какихлибо результатов. На основе этих данных было предположено, что играет важную биологическую роль, являясь универсальным бактериальным белком, и, возможно, представляет уникальный класс белков . Штамм . РНК. Ми, что свидетельствует о необходимости белка для прохождения иястрансляции . Белок не требуется для процессинга тмРНК, которых ведт к образованию функциональной молекулы, и не является абсолютно необходимым для аминоацилирования тмРНК, но в его присутствии эффективность аминоацилирования тмРНК повышается ,. Анализ фракции рибосом из клеток штаммов . РНК с рибосомой . РНК на разных этапах трап стран с ля ции ,,. Так, например, делеции и мутации в Сконцевом районе позволяют белку связываться с тмРНК и с рибосомой, однако блокируют прохождение иршстрансляции на какомто из более поздних этапов . Пространственная структура белка из ix i и i , была определена методом ЯМР Рис. Ядро белка из . Тяж анти параллелен тяжу 6 но не является компонентом барреля. Остальные тяжи короче и состоят из аминокислот. Наряду с семью тяжами в структуре есть три аспирали короткая спираль , связывающая первый и второй тяжи, спираль а2, связывающая второй и третий тяжи, а также аЗ, связывающая 5 и 6. Каждая из этих трх спиралей имеет гидрофобную консервативную поверхность, которая взаимодействует с консервативными гидрофобными аминокислотами на внешней поверхности барреля. Последние аминокислоты формируют подвижный неупорядоченный хвост . V .

Рекомендуемые диссертации данного раздела

28.06.2016

+ 100 бесплатных диссертаций

Дорогие друзья, в раздел "Бесплатные диссертации" добавлено 100 новых диссертаций. Желаем новых научных ...

15.02.2015

Добавлено 41611 диссертаций РГБ

В каталог сайта http://new-disser.ru добавлено новые диссертации РГБ 2013-2014 года. Желаем новых научных ...


Все новости

Время генерации: 0.195, запросов: 121