Молекулярные инструменты на основе составных олигонуклеотидных конструкций

Молекулярные инструменты на основе составных олигонуклеотидных конструкций

Автор: Пышный, Дмитрий Владимирович

Шифр специальности: 02.00.10

Научная степень: Докторская

Год защиты: 2011

Место защиты: Москва

Количество страниц: 443 с. ил.

Артикул: 5087082

Автор: Пышный, Дмитрий Владимирович

Стоимость: 250 руб.

Молекулярные инструменты на основе составных олигонуклеотидных конструкций  Молекулярные инструменты на основе составных олигонуклеотидных конструкций 



Статистическая обработка экспериментальных данных с использованием БС показывает, что все выявляемые унифицированные характеристики являются значимыми и предсказательная способность алгоритмов расчета гибридизационных свойств олигонуклеотдов, построенных с их использованием, высока. Унифицированные параметры могут характеризовать как непосредственно энергетический эффект от формирования возмущенного элемента ДНКдуплекса Вариант 7, так и различие его вклада относительно формирования соответствующего нативного элемента спирали Вариант 2. Схема 2. XXXX XxX2 ХпхХл ХпХц XxX Xx X X. XiXX XxX2 X. ДП дополнительные параметры, непредусмотренные разбиением надннуклсотидныс шаги спирали и концевые эффекты. Оба подхода равнозначны для использования, и выбор между ними определяется лишь удобством построения алгоритмов прогностического расчета свойств исследуемых комплексов. Видно табл. ДНК см. Последний пункт ярко проявляется при рассмотрении эффектов, связанных с наличием мисматча на конце дуплекса. Все несоответствия в этой части дуплекса являются стабилизирующими и по величине инкримента в свободную энергию комплексообразования могут достигать значений, сопоставимых с вкладом от формирования дополнительного АУТсодержашего шага спирали. Другая показательная ситуация реализуется при наличии однонуклеотидных выпетливаний в структуре ДНК. Наличие нуклеотида, не имеющий в противоположной цепи нуклеотидного звена, приводит либо к. ТАТАА5 звена, либо к значимой стабилизации 1. Даже в случае универсального основания дезокснинозина 2, 3, взаимодействующего с любым нуклеотидом противоположной ДНКцепи, термодинамические инкрименты варьируют в достаточно широком диапазоне от 0. Одними из показательных примеров обеспечения однообразного эффекта от модификации комплекса ДНК является введение скованного нуклеотида . Наличие такого звена во внутренней части дуплекса либо не снижает его стабильность относительно нативного предшественника, либо несколько стабилизирует, например, в составе звена 0. Таким образом, становится очевидной необходимость проведения детальных исследований особенностей комплексообразования любых производных олигонуклеотидов, представляющих интерес для практического использования. Поверхностные оценки вкладов различных структурных особенностей в сДНК малозначимы для получения фундаментальных представлений о физикохимических особенностях взаимодействий с участием НК и могут проводиться лишь в пилотных исследованиях или при характеризации уникальных молекулярных объектов. Особый интерес представляют работы, в которых для выбранных элементов НКдуплекса производят сопоставление наблюдаемых термодинамических эффектов и особенностей их пространственной организации. С этой точки зрения достаточно полно описаны свойства мисматчей 7, выпетливаний оснований , стэкингвзаимодействия пар оснований на стыке дуплексных структур i разрыв ДНК 4, апуриновогоапнримидонового сайта в ДНК 5, 6. В случае выпетливаний оснований сопоставление термодинамических и структурных данных указывает, что возмущение спирали носит локальный характер, т. Дуплекс изгибается в области возмущенной динуклеотидной пары 7, 8, облетая доступ воды к водородным связям между основаниями противоположных цепей, что приводит к тому, что эффект однонуклеотидного выпетливания в большинстве случаев является дестабилизирующим табл. Стабилизирующий эффект выпетливания, наблюдаемый в ряде случаев например, , , V, , связан, скорее всего, с возможностью выпетленного основания шггеркалироватъ между основаниями своей цепи, что способствует образованию дополнительного стэкинга 8, 9. Следует так же отметить, что в ряде случаев, когда число возможных вариаций структурных факторов становится достаточно большим, как в случае реализации тандемных внутренних мисматчей, приходится направлено ограничивать выборку анализируемых комплексов. При этом важным оказывается дизайн модельных объектов. Анализу подвергают либо выборки, содержащие ограниченный набор показательных, с точки зрения авторов исследований, возмущений 0, либо достаточно большие выборки объектов, предназначенные для сравнительной характеризации максимально возможного числа разлшшых возмущений 1.

Рекомендуемые диссертации данного раздела

28.06.2016

+ 100 бесплатных диссертаций

Дорогие друзья, в раздел "Бесплатные диссертации" добавлено 100 новых диссертаций. Желаем новых научных ...

15.02.2015

Добавлено 41611 диссертаций РГБ

В каталог сайта http://new-disser.ru добавлено новые диссертации РГБ 2013-2014 года. Желаем новых научных ...


Все новости

Время генерации: 0.195, запросов: 121