Закономерности взаимодействия с РНК олигонуклеотидов, олигонуклеотидных конъюгатов и катализаторов гидролиза фосфодиэфирных связей

Закономерности взаимодействия с РНК олигонуклеотидов, олигонуклеотидных конъюгатов и катализаторов гидролиза фосфодиэфирных связей

Автор: Зенкова, Марина Аркадьевна

Шифр специальности: 02.00.10

Научная степень: Докторская

Год защиты: 2003

Место защиты: Новосибирск

Количество страниц: 399 с. ил

Артикул: 2609918

Автор: Зенкова, Марина Аркадьевна

Стоимость: 250 руб.

Введение
1. Влияние структуры РНК на термодинамику и кинетику е взаимодействия с
олигонуклеотидами Обзор литературы
1.1. Введение
1.2. Методы исследования взаимодействия олигонуклеотидов с РНК
1.3. Термодинамические параметры взаимодействия олигонуклеотидов с РНК
1.3.1. Влияние структуры РНК на взаимодействие с комплементарными олигонуклеотидами
1.3.2. Взаимодействие олигонуклеотидов с тРНК
1.4. Кинетика гибридизации олигонуклеотидов с РНК
1.5. Теоретические подходы расчета сродства олигонуклеотидов к
структурированным участкам РНК
1.6. Сравнение активности антисмысловых олигонуклеотидов в бесклеточных
системах и культуре клеток i vi с рассчитанными параметрами сродства
к РНКмишеням
2. Взаимодействие олигонуклеотидов с РНК кинетические,
термодинамические и структурные аспекты
2.1. Исследование взаимодействия олигонуклеотидов с дрожжевой
фенилаланиновой тРНК
2.1.1. Выбор модели, дизайн олигонуклеотидов.
2.1.2. Равновесная гибридизация олигонуклеотидов с дрожжевой тРНК
2.1.3. Кинетика гибридизации олигонуклеотидов с тРНК
2.2. Исследование взаимодействия олигонуклеотидов с 1звенным
фрагментом рРНК, содержащем асарциновую петлю
2.2.1. Выбор модели, дизайн олигонуклеотидов
2.2.2. Гибридизация олигонуклеотидов с 1 РНК
2.2.3. Обсуждение данных по взаимодействию олигонуклеотидов с фрагментом 1 РНК
2.3. Взаимодействия антисмысловых олигонуклеотидов с мРНК гена 1
человека
2.3.1. Идентификация в структуре 5концевого фрагмента 1 мРНК сайтовмишеней для антисмысловых олигонуклеотидов
2.3.2. Исследование гибридизации олигонуклеотидов с фрагментом 1 РНК
2.3.3. Применение биспиренильных производных олигонуклеотидов для 9 детекции ДНК в растворе
2.4. Механизм гибридизации олигонуклеотидов с РНК
2.4.1. Гибридизация олигонуклеотидов с дрожжевой
2.4.2. Исследование механизма гибридизации олигонуклеотида Юс 9 методов остановленной струи
2.4.3. Определение параметров Еа, АН и процесса гибридизации 8 олигонуклеотида 5 с 1 РНК. Механизм гибридизации.
2.5. Сильносвязывающиеся аналоги олигонуклеотидов путь
увеличения эффективности гибридизации олигонуклеотидов с РНК
2.5.1. Сравнение взаимодействия с тРНК из дрожжей с 3 немодифицированными олигонуклеотидами
2.5.2. Гибридизация с тРНКр,в в присутствии ионов магния
2.5.3. Определение минимального размера олигонуклеотида, 0 способного связываться с
3. ВЗАИМОДЕЙСТВИЕ ОЛИГОНУКЛЕОТИДОВ С РНК I VI В КУЛЬТУРЕ
3.1. Обращение ргликопротеин опосредованной множественной лекарственной
устойчивости 1 с помощью антисмысловых олигонуклеотидов и рибозимов Литературное введение
3.2. Взаимодействие олигонуклеотидов с 1 мРНК i vi в культуре клеток
3.2.1. Выбор модели
3.2.2. Производные олигонуклеотидов, использованные для ингибирования 1 экспрессии 1 мРНК в клетках линии КВ
3.2.3. Метод тестирования внутриклеточной активности олигонуклеотидов
3.2.4. Ингибирование экспрессии 1 мРНК в клетках КВ 4 антисмысловыми олигонуклеотидами
3.3. Сравнение гибридизационных свойств олигонуклеотидов i vi и их
активности в культуре клеток
4. ВЗАИМОДЕЙСТВИЕ РНК С ХИМИЧЕСКИМИ РИБОНУКЛЕАЗАМИ
4.1. Расщепление РНК конъюгатами 1,4.диазабицикло2.2.2октана и
имидазола
4.1.1. Дизайн химических рибонуклеаз
4.1.2. РНК модели и схема эксперимента
4.1.3. Расщепление РНК под действием искусственных рибонуклеаз
4.1.3.1. Специфичность расщепления РНК соединениями 3
4.1.3.2. Влияние вторичной структуры РНК на специфичность и 9 эффективность ее расщепления соединениями
4.1.3.3. Влияние концентрации искусственных рибонуклеаз на скорость 1 расщепления РНК
4.1.3.4. Кинетика расщепления РНК химическими рибонуклеаэами 4
4.1.4. Влияние условий реакции на эффективность расщепления РНК 2 соединениями
4.1.4.1. Влияние природы буфера на эффективность расщепления РНК
4.1.4.2. Влияние температуры на эффективность расщепления РНК соединениями
4.1.5. Механизм расщепления РНК под действием химических р ибонуклеаз
4.1.5.1. Определение продуктов, образующихся в месте расщепления РНК соединениями
4.1.5.2. Влияние на скорость расщепления РНК соединениями
4.1.5.3. Определение сродства соединений 3 к РНК
4.1.5.4. Доказательство каталитического характера расщепления РНК под действием соединений
4.2. Применение искусственных рибонуклеаз для исследований структуры РНК в растворе
4.2.1. Пробинг вторичной структуры митихондриалъных дикого и содержащей замену А9С
4.2.2. Изучение вторичной структуры М2 РНК вируса гриппа
4.3. Расщепление РНК с помощью конъюгатов пептида и олигонуклеотидов со случайной последовательностью
4.3.1. Дизайн олигонуклеотидпептидных конъюгатов и РНКмишени
4.3.2. Эффективность и специфичность расщепления РНК олигонуклеотидпептидными конъюгатами
4.3.3. Контроль специфичности расщепления РНК
4.3.4. Исследование возможности взаимодействия между РНК и олигонуклеотидом в составе конъюгата
4.3.5. Определение кинетических параметров расщепления РНК конъюгатами рвр4, рвр1 и рвр
4.3.6. Влияние длины и последовательности олигонуклеотидной части конъюгатов на эффективность и специфичность расщепления РНК
4.3.7. Влияние длины пептидного остатка в составе конъюгатов на эффективность и специфичность расщепления
4.3.8. Влияние условий реакции на эффективность расщепления РНК олигонуклеотидпептидными конъюгатами
4.3.9. Природа специфичности к последовательности РНК олигонуклеотидпептидных конъюгатов
4.3 Влияние структуры конъюгатов на эффективность расщепления РНК
5. Направленная модификация или расщепление РНК с помощью реакционноспособных конъюгатов олигонуклеотидов
5.1. Сайтнаправленная модификация лидерной области мРНК с помощью алкилирующих производных антисмысловых олигонуклеотидов
5.2. Сайтнаправленная модификация фрагмента 1 мРНК конъюгатами антисмысловых олигонуклеотидов с блеомицином. фталоцианином и перфторарилазидом
5.2.1. РНКмишень и конъюгаты антисмысловых олигонуклеотидов
5.2.2. Исследование специфичности связывания олигонуклеотидов и 0 конъюгатов с РНК
5.2.3. Реакции фрагмента м РНК и ДНК с конъюгатами 1 олигонуклеотидов
5.2.4. Обсуждение результатов
5.3. Направленное расщепление РНК конъюгатами олигонуклеотидов с
пептидом
5.3.1. Исследование взаимодействия конъюгата ре 1А с тРНКз
5.3.2. Рибонуклеазная активность олигонуклеотидпептидных конъюгатов
5.3.3. Обсуждение результатов по направленному расщеплению РНК 0 олигонуклеотидпептидным конъюгатом
5.4. Направленное расщепление РНК с помощью конъюгатов антисмысловых
олигонуклеотидов с имидазолсодержащими конструкциями
5.4.1. Синтез конъюгатов олигонуклеотидов и выбор РНКмишени
5.4.2. Направленное расщепление тРНК конъюгатами олигонуклеотидов, 5 содержащими моно и бисимидазольные конструкции, полученными методом постсинтетической модификации
5.4.3. Направленное расщепление конъюгатами олигонуклеотидов, 4 несущими дендримерные имидазолсодержащие конструкции
5.4.4. Заключение
6. ЭКСПЕРИМЕНТАЛЬНАЯ ЧАСТЬ
ВЫВОДЫ
СПИСОК ЛИТЕРАТУРЫ


Сродство олигонуклеотида к мишени выражается как общее изменение свободной энергии Гиббса ассоциации структурированных олигонуклеотида и РНКмишени с образованием комплекса олигонуклеотидРНК. Я газовая постоянная, 0, К абсолютная температура, эквивалентная С. ДС является изменением свободной энергии, соответствующем формированию комплекса олигонуклеотидРНК из неструктурированных компонентов. К2 является равновесной константой разворачивания локальной структуры РНК в участке связывания олигонуклеотида. К, является константой, отражающей равновесие между открытой и структурированными как бимолекулярной, так и мономолекулярной, формами олигонуклеотида. Расчет изменений свободной энергии 2, соответствующей равновесной константе разворачивания локальной структуры РНК в сайте комплементации олигонуклеотида К2, возможен с использованием четырех различных вариантов. Учитывается, что связывание олигонуклеотида должно нарушить вторичную структуру РНК. Такое нарушение вторичной структуры может повлечь за собой либо локальное разворачивание РНК только в сайте связывания, либо более глобальную перестройку с оптимизацией всей структуры РНК. При локальном разворачивании структуры РНК предполагается, что часть вторичной структуры РНК, находящейся вне участка связывания олигонуклеотида, фиксирована и не меняется в результате связывания олигонуклеотида. Глобальная перестройка структуры РНК, возможно, представляет собой более реальную ситуацию, имеющую место i vi. Рис. Схема расчета сродства олигонуклеотида О к РНКмишени Т. Ор. Ор. ТР свернутая структура РНК, Тд структура РНК с развернутым участком связывания олигонуклеотида. ОТ комплекс олигонуклеотидРНК 0. РНК может оказаться более правильным для описания гибридизации i viv, где изза кинетики процессов скорость связывания и воздействия олигонуклеотида выше скорости перестройки структуры РНК или изза связанных с РНК белковых факторов глобальная перестройка структуры РНК может быть невозможной. В случае молекул РНК, для которых существуют только теоретически предсказанные структуры, особенно важно учитывать при расчете сродства олигонуклеотидов вклад субоптимальных структур. Для расчетов изменений свободной энергии при формировании вторичной структуры в работах 5, 0 был модифицирован алгоритм Цукера предсказания вторичной структуры РНК , 2, 3. Авторы работы 1 налагали ограничения на участок связывания олигонуклеотида, а именно, основания, комплементарные олигонуклеотиду, считались находящимися в одноцепочечном участке. Термодинамические параметры комплекса олигонуклеотидРНК рассчитывались как сумма соответствующих параметров гетеродуплекса олигонуклеотида с неструктурированной РНК и вторичной структуры РНК, с учетом вышеуказанных ограничений. Недостатком такого подхода является отсутствие стерических ограничений на участок связывания олигонуклеотида, т. РНК рассматривается как одноцепочечный, а не как двуцепочечный, что может привести к неточности например, такой участок может рассматриваться как петля, концы которой сближены, что невозможно в случае дуплекса. Более прогрессивная модификация алгоритма Цукера, лишенная указанного недостатка, была применена авторами работы 0. Модификация алгоритма состояла в следующем предполагалось, что последовательности олигонуклеотида и РНК соединены виртуальным линкером из неспособных к образованию комплементарных пар нуклеотидов. Термодинамические параметры петли, образованной этими виртуальными нуклеотидами, соответствуют параметрам межмолекулярной инициации. Этот метод позволяет просчитывать большое число конформаций вторичной структуры, однако, расчет с учетом специфических элементов третичной структуры РНК типа псевдоузлов и структур типа iiкомплексов, распространенных во взаимодействиях природных РНК, невозможен. В последнее время появилось несколько алгоритмов расчетов взаимодействия олигонуклеотидов с РНК также ориентированных на предсказание активных антисмысловых олигонуклеотидов. Опубликован подход, основанный на расчете кинетического профиля плавления структуры РНК.

Рекомендуемые диссертации данного раздела

28.06.2016

+ 100 бесплатных диссертаций

Дорогие друзья, в раздел "Бесплатные диссертации" добавлено 100 новых диссертаций. Желаем новых научных ...

15.02.2015

Добавлено 41611 диссертаций РГБ

В каталог сайта http://new-disser.ru добавлено новые диссертации РГБ 2013-2014 года. Желаем новых научных ...


Все новости

Время генерации: 0.197, запросов: 121