О-Гликозидгидролазы морских бактерий

О-Гликозидгидролазы морских бактерий

Автор: Бакунина, Ирина Юрьевна

Шифр специальности: 02.00.10

Научная степень: Докторская

Год защиты: 2011

Место защиты: Владивосток

Количество страниц: 275 с. ил.

Артикул: 4666041

Автор: Бакунина, Ирина Юрьевна

Стоимость: 250 руб.

О-Гликозидгидролазы морских бактерий  О-Гликозидгидролазы морских бактерий 

СОДЕРЖАНИЕ
СПИСОК СОКРАЩЕНИЙ, ИСПОЛЬЗОВАННЫХ В ТЕКСТЕ.
ВВЕДЕНИЕ
1 ЛИТЕРАТУРНЫЙ ОБЗОР
1.1 ОГлнкозидгидролазы. Основные понятия. Номенклатура. Классификациям
1.2 Галактозидазы.
1.3 ацетилгалактозаминидазы
1.4 Генетическое регулирование биосинтеза агалактозндазы у микроорганизмов.
1.5 Классификация, структура и механизм действия агалактозидаз и ацетилгалактозамннндаз
1.5.1 Галактозидазы и ацетилгалактозаминидазы семейства
1.5.1.1 Пространственная структура гликозидаз семейства
1.5.1.2 Пространственная структура галактозидазы семейства I
1.5.1.3 Структура активных центров ферментов семейств и .
1.5.1.4 Каталитический механизм галактозидаз семейств I I и .
1.5.2 Глнкозидгидролазы семейства
1.5.2.1 Пространственная структура гликозидаз семейства 4.
1.5.2.2 Активный центр гликозидгидролаз семейства 4.
1.5.2.3 Каталитический механизм гликозидгидролаз семейства II4.
1.5.3 схГалактозндазы семейства
1.5.4 Галактозидазы семейства .
1.5.4.1 Пространственная структура галактозидазы семейства .
1.5.4.2 Структура активного центра и механизм действия галактозндазы семейства
1.5.5 ацетилгалактозаминидазы семейства
1.5.5.1 Пространственная структура ацстнлгалактозаминидазы семейства
1.5.5.2 Активный центр ацстилгалактозаминидазы семейства
1.5.5.3 Каталитический механизм ацетилгалактозамннидазы семейства 9.
1.5.6 Галактозидазы семейства
1.6 Практическое применение галактозидаз и ацетилгалактозаминидаз .
1.6.1 Ферментативное преобразование А и Вэритроцитов в 0эритроциты
1.6.1.1 Группоспецифичские антигены системы АВО крови человека
1.6.1.2 Преобразование А и Вэритроцитов в Оэритроциты под действием классических экзогликозидаз
1.6.1.3 Новое поколение ферментов, конвертирующих эритроциты крови групп Л и В
в универсальные Оэритроциты
1.7 Структура, биологическая активность и ферментативная трансформация фукоиданов бурых водорослей.
1.7.1 Распространение и физиологическая роль фукоиданов
1.7.2 Биологические свойства фукоиданов
1.7.3 Структура фукоиданов.
1.8 Фукоиданазы.
1.8.1 Распространение фукоиданаз среди морских организмов
1.8.2 Биохимические свойства фукоиданаз
1.8.3 Субстратная специфичность фукондандеградирующих ферментов
2 РЕЗУЛЬТАТЫ И ОБСУЖДЕНИЕ.
2.1 ОГликозидгидролазы морских бактерий
2.1.1 Морские микроорганизмы как источники ферментов с уникальными свойствами
2.1.1.1 Распространение агалактозидаз и аЫацетилгалактозаминидаз среди морских бактерий
2.1.1.2 Распространение агалактозидаз среди бактерий рода РзеисоаРеготопаБ
2.1.2 аГалактозидаза из морской бактерии РяеигоаИегомопа. ер. КММ 1
2.1.2.1 Характеристика штамма КММ 1.
2.1.2.2 Выделение, очистка и основные свойства агалактозидазы из морской бактерии Рйеисоаеготопаз Бр. КММ 1.
2.1.2.3 Действие агалактозидазы из Ржисоаеготопаз Бр. КММ 1 на эритроциты крови человека
2.1.2.4 Действие агапактозндазы Рзешоаеготопаз Бр. КММ 1 на эпителиоциты человека.
2.1.2.5 Каталитические свойства агалактозидазы
2.1.2.6 Исследование конфигурации аномерного центра продукта реакции Огалактозы.
2.1.2.7 Ингибирование агалактозидазы продуктом реакции Бгалактозой.
2.1.3 Характеристика структуры агалактозидазы.
2.1.3.1 Функционально значимые аминокислотные остатки
2.1.3.2 Определение первичной структуры агалактозидазы
2.1.3.3 Характеристика вторичной структуры агалактозидазы
2.1.3.4 Филогенетический анализ агалактозидаз
2.1.3.5 Компьютерное моделирование пространственной структуры агалактозидазы и ее комплекса с аИгалактозой.
2.1.3.6 Иммобилизация агалактозидазы РзеисоаРеготопая эр. КММ 1 в гибридных нанокомпозитах, содержащих полисахариды
2.1.3.7 Влияние природных и синтетических полигидрокси1,4нафтохинонов на активность агалактозидазы из РзеисоаНеготопаз эр. КММ
2.1.4 аГ4ацетилгалактозаминндаза из морской бактерии АгепЬасег аегсшМО
2.1.4.1 Выделение и очистка аМацетилгалактозаминидазы
2.1.4.2 Молекулярная масса аЫацетилгалактозаминидазы.
2.1.4.3 Действие аМацетнлгалактозаминидазы на эритроциты и групповые вещества крови А
2.1.4.4 Основные свойства аЫацетилгалактозаминидазы
2.1.4.5 Структурные характеристики аЫацетилгалактозаминидазы.
2.2 Фукоиданазы морских бактерий.
2.2.1 Очистка и характеристика фукоидана.
2.2.1.1 Выделение фукоидана из природного комплекса с полифеноламн.
2.2.1.2 Биологическая активность фукоидана из Ргсш ехапеБсет, освобожденного от недиализуемых полифенолов
2.2.3 Распространение фукоиданаз среди морских бактерий
2.2.3.1 Распространение фукоиданаз среди морских бактерийэпифитов бурых водорослей и ассоциантов голотурии.
2.2.3.2 ОГликозидгидролазы морских бактерий вида РьеисИоаисготопаь сИгеа
2.2.3.3 Фукоиданазы и другие Огликозидгидролазы морской бактерии РхсисоаИеготопаз зяасепкот КММ т.
2.2.3.4 Распространение внутриклеточных фукоиданаз среди морских бактерий
семейства vi
2.2.4 Свойства и субстратная специфичность фукоиданаз из морских
бактерий i i.
2.3 Заключение.
3 ЭКСПЕРИМЕНТАЛЬНАЯ ЧАСТЬ
3.1 Материалы
3.2 Биологический материал.
3.3 Приборы и оборудование.
3.4 Аналитические процедуры
3.5 Методы.
3.5.1 Выделение, культивирование и хранение штаммов морских бактерий
3.5.2 Идентификация бактерий.
3.5.3 Культивирование бактерий.
3.5.4 Исследование бактерий но содержанию Огл и коз ид г ид рол аз
3.5.5 Выделение и очистка ферментов
3.5.6 Выделение и очистка фукоидана
3.5.7 Получение и характеристика 1,4нафтохинонов
3.5.8 Включение агалактозидазы в гибридные полисахаридсиликатные нанокомпозитные материалы.
3.5.9 Исследование ферментов.
3.5. Характеристика полисахаридов н продуктов их ферментативной деградации
3.5. Исследование структуры ферментов
3.6 Биологические испытания
ВЫВОДЫ.
СПИСОК ЛИТЕРАТУРЫ


Направленным мутагенезом были идентифицированы потенциальные каталитические остатки. Остаток, выполняющий роль кислотногоосновного катализатора, пока не идентифицирован. Пространственная структура была определена для 4аглюкозилтрансферазы из ii 2, наиболее изученного представителя семейства II. Общая пространственная упаковка молекулы белка была определена как ра7цилиндр. Оказалось, что консервативный участок последовательности является частью каталитического домена, общей для всех членов этого семейства. Семейство , основанное в июле г, в настоящее время содержит 6 аминокислотных последовательностей ферментов, из которых 9 открытых рамок считывания найдены в библиотеках генома бактерий и 7 в библиотеках генома архей. Охарактеризованными с точки зрения структуры и механизма действия остаются аглюкозидазы ЕС 3. АТСС 7 3 и АА i ii VI 4, а также агалактозидаза ЕС 3. VI 2,5. Бактерия В. Анализ генома В. Грамотр ицательная анаэробная бактерия В. Ее главная роль расщепление полисахаридов, поступающих с диетой, которые не могли быть иначе поглощены и использованы хозяином . В. ii, закодированы опероном система утилизации сахаров. Оперон содержит семь генов , которые кодируют белки, вовлеченные в использование и метаболизм крахмала 9, 0, и активируется регулятором транскрипции в ответ на высокий уровень образующихся олигомеров глюкозы 1. Ген кодирует неопуллуланазу, которая катализирует гидролиз а1,гликозидной связи в крахмале, производя олигосахариды меньших размеров ген кодирует аглюкозидазу, которая в состоянии расщеплять эти олигомеры до глюкозы гены кодируют внешние мембранные белки, вовлеченные в закрепление крахмала наконец, ген кодирует белок, роль которого неясна, но который имеет высокую гомологию аминокислотной последовательности с амилазами 9, 0. В общей сложности В. На основании аминокислотной последовательности ферменты семейства II классифицированы в два обширных подсемейства, в которые сгруппировались гликозидазы, катализирующие гидролиз агликозидной связи с обращением и сохранением оптической конфигурации аномерного центра субстрата. Ферменты каждого подсемейства являются чрезвычайно специфичными или для глюкоз, или для галактозсодержащих субстратов, демонстрируя абсолютную селективность к положению С4. Активность Ргалактозидазы семейства 2 из ii i зависит от , а амашюзидаз семейства и от 2 и Са2 соответственно. Согласно кристаллографическим наблюдениям, ион металла в этих аманнозидазах координирован к гидроксильным группам в положениях С2 и СЗ ингибиторов. Предполагают, что он важен для реализации субстратной специфичности иили при создании искаженной конформации сахарного кольца . Всесторонне изученными ферментами семейства II являются рекомбинантные гликозидгидролазы из i ii аглюкозидаза код i Р4 и агалактозидаза код i 0, которые были охарактеризованы методом Н ЯМРспек1роскопии как обращающая и сохраняющая гликозидазы соответственно 2, 5. Для этих двух гликозидаз установлены кристаллические пространственные структуры молекул и их активных центров, а также определены элементы структуры, определяющие субстратную специфичность ферментов, и предложен механизм гидролиза Огликозидной связи с участием ионов Са2 2, 5, 4. В третичной структуре , подобно агалактозидазс семейства из ii , 8, видны три домена рис. Ртяжей и 4х коротких Зюспиралей центральный канонический ар8цилиндр, структурно гомологичный каталитическим доменам ферментов семейств и , но содержащий несколько Зюспиралей в петлях, соединяющих основные параллельные ртяжи и аспирали домен А Сконцевой рскладчатый домен, пространственной упаковкой напоминающий греческий ключ гликозидгидролаз семейства домен С. Ыа основании анализа кристаллографических исследований считают, что и агалактозидаза , и аглюкозидаза II функционируют в растворе в виде мономеров 2, 4. Пространственные структуры гликозидаз из двух подсемейств II и удивительно похожи. Различия наблюдаются главным образом в длине петель доменов и А. Наиболее существенными отличиями в домене являются сокращенные петли остатки и , нумерация а.

Рекомендуемые диссертации данного раздела

28.06.2016

+ 100 бесплатных диссертаций

Дорогие друзья, в раздел "Бесплатные диссертации" добавлено 100 новых диссертаций. Желаем новых научных ...

15.02.2015

Добавлено 41611 диссертаций РГБ

В каталог сайта http://new-disser.ru добавлено новые диссертации РГБ 2013-2014 года. Желаем новых научных ...


Все новости

Время генерации: 0.199, запросов: 121