Атомно-силовая микроскопия биомакромолекулярных комплексов

Атомно-силовая микроскопия биомакромолекулярных комплексов

Автор: Протопопова, Анна Дмитриевна

Шифр специальности: 02.00.06

Научная степень: Кандидатская

Год защиты: 2012

Место защиты: Москва

Количество страниц: 134 с. ил.

Артикул: 6553897

Автор: Протопопова, Анна Дмитриевна

Стоимость: 250 руб.

Атомно-силовая микроскопия биомакромолекулярных комплексов  Атомно-силовая микроскопия биомакромолекулярных комплексов 

1.1 Атомносиловая микроскопия
1.2 Белокбелковые взаимодействия
1.3 Свертывание крови
1.3.1 Ранние работы по ПЭМ.
1.3.2 Исследования при помощи АСМ
1.3.3 Современные работы но ПЭМ
1.3.4 Растяжение фибриновых волокон силовая спектроскопия и МД .
1.4 Контейнеры на основе вирусных белков
1.4.1 Общие сведения о вирусах.
1.4.2 АСМэкслерименты по изучению вирусных частиц.
1.4.3 Вирусы в нанотехнологии
II Исследование процесса ассоциации фибрина
.1 Материалы и методы.
.2 АСМисследованис ассоциатор фибрина
.3 АСМисследование отдельных молекул фибриногена.
.4 Исследование роли аСдоменов в образовании первичных ассоциатов . .
IIIИсследование белковых капсидов на основе БО ХВК и ВМАльт
III. 1 Материалы и методы.
1.2 Сравнительный анализ РНП и ДНИ с нативными вирионамн
1.3 Анализ РНП и ДНИ методами ферментного анализа.
IV Силовое картирование вирусных частиц
V Выводы
VI Благодарности
Список иллюстраций
1.1 Потенциал ЛеннардаДжонса взаимодействия двух атомов.
1.2 Схематический вид прямоугольного и треугольного кантилеверов длиной
шириной ад и с углом а при вершине.
1.3 Схематический вид типичной силовой кривой
1.4 Общий вид силовых кривых и кривых разделения при разных типах взаимодействия зонда и образца
1.5 Зависимость силы, действующей на канилевер при приложении напряжения, от расстояния между кончиком иглы и поверхностью образца. .
1.6 Двойной электрический слой.
1.7 Кристаллографическая структура фибриногена.
1.8 Волокна из бычьего фибрина.
1.9 Схема образования волокон из бычьего фибрина.
1. Увеличенные изображения периодичности на фибриновых волокнах. . .
1. Изображения фибриногена
1. Доменная структура фибриногена слева и модель формирования крупных волокон фибрина справа, предложенные Холлом поданным ПЭМ
1. Данные светорассеяния из работы .
1. ПЭМизображения прогофибрилл и поясняющая их схема
1. Модель структуры первичных ассоциатор фибриногена, предложенная в работе .
1. Структуры ранних ассоциатов фибриногена, классифицированные в работе .
1. ПЭМизображения ранних ассоциатов фибрина слева и схема образования точек ветвления в ассоциатах справа
1. Первое АСМизображеиие молекулы фибриногена как трехдоменной структуры 4б.
1. АСМизображен и я слоя фибриногена, адсорбированного на поверхность кремния из буфера с 8.
1. Изотермы адсорбции фибриногена при низкой ионной силе 2 мМ А и
при высокой ионной силе 0 мМ В.
1. АСМизображения отдельных молекул фибриногена на поверхности слюды и графита.
1. АСМизображения фибриногена на поверхности графита и слюды. Сканирование в жидкости ,
1. ПЭМизображении отдельных молекул фибриногена и фибрина , .
1. ПЭМизображения отдельных аСдоменов и содержащих их агрегатов различного рода .
1. Схема эксперимента по силовой спектроскопии фибриногена и полученная силовая кривая С4
1. Результаты моделирования растяжения молекулы фибриногена при помощи молекулярной динамики
1. Первое АСМизображение ВТМ
1. АСМизображение кристалла сателитиого вируса мозаики табака размером 1x1 мкм
1. АСМизображение, показывающее рост двумерных кристаллов вируса мозаики костра.
1. АСМизображения вируса мятлика, вируса полосатой мозаики ячменя,
ВТМ, ВМК и вируса мозаики люцерны
1. АСМизображения ВТМ и высвобождающейся из его оболочек РК и свободной РНК ВТМ на слюде.
1. АСМизображения высвобождения РНК из капсида риновируса 2
1. АСМизображения отдельных частиц и агрегатов ВИЧ на стекле.
1. АСМ изображения вируса герпеса, лишенного пентонов.
1. Схема и результаты эксперимента по индентированию вируса герпеса. . .
I. Деформация капсида вируса герпеса иод действием индентироваиия. . .
II. 1 АСМизображения агрегатов фибрина, образующихся после добавления
тромбина к препарату фибриногена с концентрацией 9 М за секунд А, Б за 5 минут В
.2 АСМизображения ассоциатов фибрина на слюде, образующихся после добавления тромбина к препарату фибриногена с концентрацией 2 мкМ за 1 минуту А, 3 минуты Б и 5 минут В.
ГГ.З Зависимости высоты и длины волокон фибрина, образующихся после добавления тромбина к препарату фибриногена с концентрацией 2 мкМ, от времени, определенные по данные АСМ.
.4 АСМизображения ассоцнатов фибрина на слюде, образующихся после добавления тромбина к препарату фибриногена с концентрацией 0,2 мкМ
за 1 минуту
.5 Результаты эксперимента но ДСР.
.С АСМизображения первичных ассоцнатов фибрина протофибрилл и
профибрилл на слюде А, С, Е и на ГМДСслюде В, Р, Б
II.7 Возможные механизмы формирования фибриновых ассоцнатов.
И.8 АСМизображения молекул фибриногена на слюде, ГМДСслюде и ВОГГ.
.9 АСМизображения отдельных доменов фибриногена на различных подложках.
. АСМизображения сезаСфибршюгена на различных подложках. .
. Структура ЗСПС из базы данных РОВ 8.
. Начальные и конечные конформации моделирования адсорбции фибриногена.
. Модельная топография фибриногена на слюде А и ГМДСслюде В. .
. АСМизображения молекул фибрина, образующих ассоциаты в присутствии ингибитора А и Вдырок СРР
. АСМизображения ассоцнатов ОевоСфибриногена, образующихся после добавления тромбина
. ПЭМизображения ранних ассоцнатов фибрина и соответствующие схемы расположения молекул фибрина на подложке.
. Ассоциаты смешанной структуры на слюде в АСМ и поясняющие их схемы.
III. 1 АСМизображения ХВК а и ВМАльт б на поверхности слюды. Сканирование на воздухе.
1.2 АСМизображения слоя ВО ХВК на поверхности слюды и распределение агрегатов, встречающихся в этом слое, по высоте.
1.3 АСМизображения РНК ХВК на поверхности слюды в условиях сборки РНП и распределение агрегатов, встречающихся в этом препарате, по высоте.
1.4 АСМизображения ДНКкопии РНК ХВК на поверхности слюды
1.5 АСМизображения различных НП на поверхности свежесколотой слюды
III.0 АСМизображения ДНП, собранных при 8,0.
1.7 АСМизображения полимеров БО ВМальт
1.8 Результаты электрофоретического анализа комплексов, полученных при инкубации БО ХВК с гомологичной и гетерологичной РНК и ДНК. .
1.9 Результаты электрофоретического анализа препаратов РНК ХВК, выделенных из РКП, обработанных МН
III. 1 Результаты электрофоретического анализа ДНИ, обработанных ДНКазой
I и МН
III. 1 Результаты трипсинового теста
IV. 1 Схема сил, действующих на кантилевер со стороны деформируемого объ
екта при разных взаимных положениях кантилевера и образца.
IV.2 Топографическое изображение сферических частиц риновируса 2 и соответствующая карта жесткости
IV.3 Топографическое изображение частицы ВТМ и соответствующие силовые
данные.
IV.4 Зависимость наблюдаемой жесткости силы.
IV.5 Зависимости жесткости вируса и кантилевера от приложенной силы. . .
Список таблиц
1.1 Данные из статьи Хоуна и Портера .
1.2 Данные о форме и характерных размерах молекул фибриногепа на раз
личных подложках, известные из литературных источников. Молекулы такой формы присутствуют на изображениях, приведенных и статьях, но не обсуждаются авторами.
II. 1 Данные ДСР для ассоциатор фибрина, образующихся после добавления
тромбина к препарату фибриногена с концентрацией нМ.
.2 Высоты доменов фибриногена и его фрагментов, определенные по АСМ
изображениям на различных подложках
.3 Сравнение данных АСМ и МД о высоте Б доменов и общей протяженности адсорбированного фибриногена.
III. 1 Сравнение размеров и свойств различных нуклеопротеидов. Эксперименты по ПЭМ проведены нашими коллегами с Биологического факультета МГУ. но не определялось
Список используемых


Под белокбел ковы ми взаимодействиями понимается связь двух и более белковых молекул друг с другом, как правило обратимая. Кроме того, белки способны взаимодействовать и с другими молекулами с нуклеиновыми кислотами, с липидами, полисахаридами, ионами и атомами. Нарушение белокбел ковых взаимодействий может приводить к возникновению различных заболеваний, включая опухолевые, нейродегенеративные, сердечнососудистые, аутоиммунные и др. Поэтому изучение взаимодействующих партнеров и анализ белковых сетей, образованных белокбелковыми взаимодействиями, представляет собой важный инструмент в диагностике заболеваний, выяснении механизма их возникновения и развития, а также эффективности тех или иных терапевтических подходов 2. Группы физически взаимодействующих белков, которые функционируют в клетке совместно н скоординировано, контролируя взаимосвязанные процессы, образуют так называемые белковые сети. На сегодняшний день показано, что большинство белков имеют несколько функциональных центров сайтов и полифункциональны, то есть каждый может участвовать в нескольких независимых процессах. Поэтому белковые сети в клетке имеют сложно переплетенную структуру, и важной задачей на пути к пониманию механизмов работы всей клетки и всего организма является построение таких сетей. Для решения этой задачи необходимо проводить структурнофункциональное картирование белков, позволяющее локализовать их функционально важные участки, в том числе и те, благодаря которым осуществляются белокбелковые взаимодействия, а затем прослеживать участие этих функциональных участков в клеточных процессах искать новых контрагентов. Для исследований в этой сфере приходится пользоваться всеми доступными экспериментальными и теоретическими методами. Среди теоретических методов особо выделяется метод молекулярной динамики МД. В числе экспериментальных методов рентгеноструктурный анализ, метод дрожжевого двугибридного анализа, фаговый дисплей, аффинная очистка в тандеме с массспектрометрией. Широкие возможности для исследования белокбелковых взаимодействий предлагают различные микроскопические методы, в том числе флуоресцентная микроскопия, электронная микроскопия, криоэлектронная томография и сканирующая зоидовая микроскопия СЗМ. СЗМ атомносиловой микроскопии АСМ. Данный метод предназначен для визуализации закрепленных на подложке объектов с высоким пространственным разрешением на воздухе или в жидкой буферной среде, а также для исследования локальных механических свойств поверхности образца и дли наблюдения динамики процессов. С его помощью можно получить информацию о физических свойствах объектов, не доступную другим методам, а также микроскопическую информацию, дополняющую результаты просвечивающей электронной микроскопии ПЭМ. Широкий спектр возможностей, предоставляемых АСМ для изучения биополимеров, обуславливает большое количество работ но этой тематике, публикуемых ежегодно в ведущих научных журналах. Цель настоящей работы разработать методики для исследования с помощью метода АСМ структуры, свойств и особенностей процесса формирования биомакромолекулнрных комплексов на примере двух биологически значимых систем системы свертывания крови и вирусных частиц. Первый объект исследования белок фибриноген, играющий ключевую роль в процессе свертывания крови. Иод действием тромбина он переходит в активную форму, называемую фибрином, и ассоциирует, образуя крупную сеть макроскопических волокон основу будущего тромба. В настоящей работе исследовалась молекулярная структура ранних ассоциатов фибрина. Второй объект белок оболочки БО X вируса картофеля ХВК. Известно, что в определенных условиях БО ХВК может образовывать спиральносимметричную оболочку вокруг РНК. В настоящей работе исследовались структура, свойства и условия формирования комплексов, образованных БО ХВК с ДНК. Основное различие между этими системами состоит в том, что ассоциаты фибрина это чисто белковые структуры, в то время как вирусные частицы стабилизируются нуклеиновой кислотой и являются более сложным нуклеопротеидяым комплексом.

Рекомендуемые диссертации данного раздела

28.06.2016

+ 100 бесплатных диссертаций

Дорогие друзья, в раздел "Бесплатные диссертации" добавлено 100 новых диссертаций. Желаем новых научных ...

15.02.2015

Добавлено 41611 диссертаций РГБ

В каталог сайта http://new-disser.ru добавлено новые диссертации РГБ 2013-2014 года. Желаем новых научных ...


Все новости

Время генерации: 0.176, запросов: 121