Математическое и программное обеспечение для реконструкции ассоциативных сетей молекулярно-генетических взаимодействий

• Автор: Деменков, Павел Сергеевич
• Шифр специальности: 05.13.11
• Научная степень: Кандидатская
• Год защиты: 2008
• Место защиты: Новосибирск
• Количество страниц: 146 с. : ил.

Оглавление
Введение
1 Методы извлечения знаний о молекулярных взаимодействиях из фактографических баз данных и электронных текстов научных публикаций
1.1 Знания и онтологии
1.2 Введение в технологию Text-mining
1.3 Извлечение знаний из фактографических баз данных
1.4 Классификация документов
1.5 Распознавание имён в текстах
1.6 Экстрагирование из текстов информации о взаимоотношениях сущностей
1.7 Генерирование гипотез
1.8 Основные выводы по методам извлечения знаний о молекулярных взаимодействиях из фактографических баз данных
и электронных текстов научных публикаций
1.9 Общее понятие ассоциативной или семантической сети
2 Представление и накопление знаний о молекулярных взаимодействиях в виде ассоциативных семантических сетей
2.1 Онтологическая модель
2.2 Методы представления знаний о молекулярных взаимодействиях в виде ассоциативной семантической сети
2.3 Описание типов молекулярно-генетических объектов и связей между ними

2.3.1 Описание типов молекулярно-генетических объектов
2.3.2 Описание структуры иерархии типов связей
2.4 Развитие словарей и тезаурусов в предметной области
2.4.1 Извлечение наименований метаболитов, используемых в базах данных KEGG и ChEBI
2.4.2 Извлечение наименований белков, используемых в базе данных SwissProt

2.4.3 Извлечение наименований генов, используемых в базе
данных Entrez Gene
2.4.4 Извлечение наименований микроРНК, используемых
в базе данных MirBase
2.4.5 Извлечение наименований заболеваний, используемых
в базе данных PharmGKB
2.4.6 Извлечение наименований клеточных компонент и
биологических процессов, используемых в базах данных GO Cellular component и GO Biological processes
2.5 Анализ текстовых источников информации с целью со-
ставления словарей для описания знаний о молекулярногенетических объектах и системах
2.5.1 Расширение синонимов молекулярно-генетических
объектов
2.5.2 Извлечение названий новых молекулярногенетических объектов
2.6 Разработка алгоритмов извлечения знаний по молекулярным
взаимодействиям из текстов научных публикаций
2.7 Анализ фактографических баз данных с целью получения
знаний о физических молекулярно-генетических взаимодействиях

2.7.1 Извлечение информации о взаимодействиях
молекулярно-генетических объектов из фактографических баз данных
2.7.2 Анализ структуры баз данных MINT и IntAct
2.7.3 Анализ структуры базы данных TRRD
2.7.4 Анализ базы данных GeneNet с целью извлечения описаний сетей молекулярно-генетических взаимодействий

2.8 Методы анализа ассоциативных сетей знаний с целью получения новых знаний
2.9 Функциональная схема системы извлечения знаний о молекулярных взаимодействиях в клетке
2.10 Реляционная модель представления ассоциативных сетей
2.10.1 Представление молекулярно-генетических и биологических объектов в базе знаний ассоциативных сетей
2.10.2 Представление связей между молекулярно-
генетическими и биологическими объектами в базе знаний ассоциативных сетей
2.10.3 Результаты интеграции данных
3 Описание возможностей системы AND
3.1 Описание средств разработки
3.2 Описание интерфейса и функционала
3.2.1 Составление запросов к базе данных ассоциативных
сетей
3.2.2 Раскладка сети на экране монитора
3.2.3 Поиск объектов в сети
3.2.4 Редактирование сети
3.2.5 Анализ ассоциативных сетей
3.2.6 Сохранение сетей
3.3 Алгоритмы раскладки графа

1.9. Общее понятие ассоциативной или семантической сети
В данной работе используется понятия ассоциативной семантической сети (или ассоциативной сети, что в нашем представлении совпадает) для представления знаний, полученных на основе анализа научных публикаций.
В основе процедур, используемых для анализа текстов научных публикаций, лежит представление смысла текста в форме ассоциативной семантической сети [2]. Семантическая сеть является одним из традиционных способов представления знаний [7]. Вершины семантической сети соответствуют понятиям предметной области, а дуги задают отношения между ними.
Множество понятий может задаваться наиболее часто встречающимися словами и словосочетаниями текста, которые несут основную смысловую нагрузку. Количество типов отношений в семантической сети определяется исходя из конкретных целей. Каждое отношение является, по сути, предикатом, простым или составным. Как правило, семантические сети являются неоднородными, т.е. в них присутствует несколько типов семантических отношений. Различают семантические сети по арности. В частности, можно выделить семантические сети с бинарными отношениями, которые связывают только два понятия и сети с Л-арными отношениями связывают N понятий.
В семантических сетях наиболее часто используются следующие отношения [3]:
• Каузальные (причина-следствие);
• Функциональные связи (определяемые обычно глаголами «производит», «влияет», «используется», ...);
• Физические связи;
• Концептуальные связи;