Исследование структурно-функциональных особенностей континуума регуляторных пептидов и медиаторов

• Автор: Королева, Светлана Вячеславовна
• Шифр специальности: 03.03.01
• Научная степень: Докторская
• Год защиты: 2010
• Место защиты: Москва
• Количество страниц: 355 с. : ил.

СПИСОК СОКРАЩЕНИЙ
ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ
I. Эндогенные регуляторы
1.1. Множество регуляторных пептидов
1.2. Краткая характеристика семейств РП
1.3. Характеристика дофаминовой, серотониновой, норадреналиновой и ацетилхолиповой систем
1.4. Проблематика исследования множества РП, ФВП и медиаторов
1.4.1. Проблема классификации РГ1. Проблема определения роли РП, ФВП и ряда БАВ в системе регуляции функций организма
1.4.2. Проблема оценки каскадных эффектов РП
1.4.3. Проблема выявления комплексов РП с определенным функциональным профилем
1.5. Надмолекулярный уровень регулирующих факторов
1.6. Решение проблем
II. Информационный бум. Потребность в аналитическом аппарате
II. 1. Методология обработки данных
П.2. Различные типы организации баз данных в биологии
ЭКСПЕРИМЕНТАЛЬНАЯ ЧАСТЬ
МАТЕРИАЛЫ И МЕТОДЫ ИССЛЕДОВАНИЯ
РЕЗУЛЬТАТЫ И ОБСУЖДЕНИЯ
1. Разработка экспертной системы. Создание программного комплекса
1.1. Разработка системы отображения биоактивностей РП и БАВ в математических терминах: векторная модель эффектов
1.1.1.Статическое распределение множества РП
1.2. Дополнительные возможности векторной модели эффектов РП
1.2.1. Динамическое распределение РП
1.2.2.Статическое распределение множества РП в пространстве пептидов
1.2.3.Разработка теоретической модели комплексного действия РП и
отбора требуемого сочетания пептидов
1.2.4.Выявление соотношений между структурой РП и их биологической активностью
1.3. Средства представления знаний и стратегии управления ЭС оценки
ФФ РП
1.3.1. Система понятий и организация знаний в БД
1.4. Разработка программного обеспечения ЭС. Описание программного
комплекса К^Рер/ВАС
1.4.1 .База данных
1.4.2. Программный модуль функциональной классификации РП
1.4.3. Программные модули оценки каскадных реакций
1.4.4. Программный модуль отбора оптимальных сочетаний РП
Систематизация и анализ литературных данных
2.1. Создание БД по физиологическим эффектам РП, ФВП и ряда БАВ
2.2. Определение интегративной роли различных РП, ФВП
2.2.1. Системный уровень анализа роли РП
2.2.2.Ограниченный системный анализ. Функциональный континуум РП,
усиливающих тревожность
2.2.3. Детальный уровень анализа роли РП. Прямые и опосредованные
эффекты ИРУ
2.3. Информационная база по взаимодействиям медиаторов и РП
2.3.1.Дофамин, ФВП и эмоциональный статус организма
2.3.2.Сеть перекрестных индукционных взаимодействий между ОА и пулом РП
2.3.3. Сеть перекрестных индукционных взаимодействий между 5-НТ
и пулом РП
2.3.4. Сеть перекрестных индукционных взаимодействий между ИЕ и пулом РП
2.3.5. Сеть перекрестных индукционных взаимодействий между АсЬ и пулом РП
2.4.“Прямое” (без участия РП-пула) взаимодействие ЭА, ИЕ, 5-НТ и АСЬ
2.5. Сопряженное взаимодействие ОА, 1ЧЕ, 5-НТ, АСЬ и системы РП
2.5.1.Особенности взаимодействия ОА- и 5-НТ-систем
2.5.2.Сочетанное функционирование четырех медиаторов

2.5.3.Типы регуляторных программ между медиаторами и континуумом РП
3. Каскадные процессы, запускаемые РП и медиаторами. Долговременные эффекты
3.1. Статическое распределение множества РП в пространстве пептидов
3.2. Исследование каскадных процессов
3.2. Сформирование каскадных путей регуляции ИРУ различных
физиологических параметров организма
3.2.2.Формирование каскадных путей регуляции ОА различных физиологических параметров организма
3.2.3.Формированис каскадных путей регуляции ТЧЕ различных физиологических параметров организма
3.2.4.Формирование каскадных путей регуляции АСЬ различных физиологических параметров организма
3.2.5.Каскады второго порядка
4. Проблема корректирующего адаптивного воздействия на организм.
Внутренние резервные молекулярные программы
4.1. Сочетание парадигм мышления. Системоорганизующие факторы организма
4.1.1. Исследование системоорганизующего фактора ПЭ
4.2. Исследования комплексов эндогенных соединений
4.3. Методология разработки корректирующего адаптивного воздействия
4.4. Отбор перспективных комбинаций ЭнС различного физиологического
профиля
4.4.1. Фундаментальный анализ механизмов регуляции после экспериментального тестирования природных комплексов ЭнС
4.4.2. Доэкспериментальный поиск перспективных комплексов РП (ФВП) и медиаторов
ЗАКЛЮЧЕНИЕ
ВЫВОДЫ
СПИСОК ЦИТИРУЕМОЙ ЛИТЕРАТУРЫ

управления БД. Важно отметить, что переход непосредственно к формальным представлениям в базе знаний без этапа концептуального описания в поле знаний приводит к многочисленным ошибкам, что замедляет процесс формирования базы знаний ИС.
Важным этапом является установление "общего кода". Для создания лингвистического альянса взаимодействия участники взаимодействия должны пытаться сократить "расстоянием между объектом (т. е. исследуемой предметной областью) и аналитиком. Необходимо определить главные понятия, т. е. выработать словарную основу базы знаний, уровень детализации, взаимосвязи между понятиями. При формировании поля знаний учитываются особенности эмпирического знания: модальность, противоречивость, неполнота и т. д.
11.2. Различные типы организации баз данных и биологии
Большое число известных РП, а также других медиаторных систем, множественность аспектов их биофизических, биохимических и физиологических параметров, определили интерес к разработке БД в данной предметной области. Можно выделить несколько типов определенной информации о данных биологических объектах. Первый уровень информации, по которому можно классифицировать объекты, - это информация об особенностях структуры. Например, для пептидов (белков) — это первичная аминокислотная последовательность, вторичные структуры протеиновых молекул и т.д. Второй уровень информации включает данные о биофизических и биохимических свойствах РП, медиаторов, БАВ. Информация о спектре физиологических эффектов биологических объектов составляет еще один информационный уровень. Можно выделить также информацию о фармакологическом воздействии веществ — это информация о практическом применении РП и медиаторов, их эффектах при введении определенным организмам, в определенных условиях и в фиксированных дозах. Наиболее интересной в прикладном плане является информация об участии различных БАВ в патогенезе конкретных заболеваний и их медицинском применении.
На основе различных принципов структуризации информации об объектах формируются различные типы организации БД. В настоящее время существуют сотни ''Л^еЬ-сайтов, которые доступны для обзора и поиска данных по молекулярной биологии и другим смежным дисциплинам. Каждая из них имеет свой формат хранения данных, различную степень избыточности, взаимосвязи с родственными или аналогичными базами данных. Каждая база данных имеет также свои средства доступа к информации