Анализ ассоциации одиночных замен нуклеотидов с признаками яйца домашней курицы

• Автор: Баркова, Ольга Юрьевна
• Шифр специальности: 03.02.07
• Научная степень: Кандидатская
• Год защиты: 2013
• Место защиты: Санкт-Петербург
• Количество страниц: 119 с. : ил.

СОДЕРЖАНИЕ
СПИСОК СОКРАЩЕНИЙ
ВВЕДЕНИЕ
ГЛАВА 1. ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ
Ы.Организацня генома домашней курицы
1.1.1 Особенности трнотнпа
1.1.2. Особенности молекулярной организации генома
1.2. Эволюция образования специфических генов яйца
1.3.0бзор генов влияющих на образование яичной скорлупы домашней курицы
1.4. Поиск генов, оказывающих влияние на признаки качества
яиц у домашней курицы
1.4.1. Картирование ()ТЬ, влияющих на качество яиц
1.4.2. Установление локализации ()ТЬ 8Т
1.4.3. Выявление критического интервала для вТ
1.4.4. Анализ экспрессии генов-кандидатов признака толщина скорлупы яйца домашней курицы
1.4.5. Выявление аллельных вариантов последовательности 01523433 н изучение их влияния иа признак толщина скорлупы домашней курицы
1.4.6. Перспективы развития исследований 0,ТЬ 8
1.5.Роль комплексов конденсина I и конденсина II в структурной и
функциональной организации хромосом
ГЛАВА 2. МАТЕРИАЛ И МЕТОДЫ
2.1 Материал и методы
2.2. Дизайн олигонуклеотндов-праймеров для амплификации областей
гена СВ523443, 2_1, 3 2 и последовательности Г814491030,
находящимся гене МСАРв отвечающими за признаки яйца домашней курицы
2.3.Молекулярный анализ ш 8Шсо последовательности СИ 523443
2.4. Генотипирование
ГЛАВА 3. РЕЗУЛЬТАТЫ
3.1. Молекулярный анализ ш вШсо последовательности СИ523443..

3.2. Гснотипированис линий УК-72, УК-73 и мсжлинсйного гибрида CD кур породы Род Айленд
3.3. Описательная статистика породы Род Айленд признака толщина скорлупы
3.4. Дисперсионный анализ влияния генотипов на признаки яйца кур SNP
3.5. Дисперсионный анализ влияния генотипов на признаки яйца кур.
rsl4991
ГЛАВА4.0БСУЖДЕНИЕ
4.1. Исследования, выявляющие ассоциацию гена не - SMC I комплекса конденсина, субъединицы G (NCAPG) с признаками сельскохозяйственных животных
4.2. Идентификация QTL рядом с последовательностью CR523443 оказывающий сильное влияние на толщину яйца домашней курицы
4.3. Молекулярный анализ in silico последовательности CR 523443.
4.4. Влияние SNP 21 на признаки яйца домашней курицы
4.5 Выявление однонуклеотидных полиморфных сайтов
4.6. Перспективы практического применения результатов исследования QTL хозяйственно-полезных признаков у домашней курицы
ВЫВОДЫ
ПРАКТИЧЕСКИЕ ПРЕДЛОЖЕНИЯ
СПИСОК ЛИТЕРАТУРЫ

СПИСОК СОКРАЩЕНИЙ
АТ - пара нуклеотидов аденин-тимин
ГЦ - пара нуклеотидов гуанин-цитозин
кДНК - комплементарная дезоксирибонуклеиновая кислота
мРНК - матричная рибонуклеиновая кислота
пг - пикограмм
п.н. - пара нуклеотидов
ПЦР - полимеразная цепная реакция
т.п.н. - тысяча пар нуклеотидов
сМ - сантиморган
ЭДТА - этилендиаминтетраацетат
ЯОР - район ядрышкового организатора
AW33 - масса белка в яйце на 33-й неделе жизни курицы-несушки
ВАС - искусственная бактериальная хромосома
BSA - бычий сывороточный альбумин
EST - экспрессирующаяся нуклеотидная последовательность
FISH - флуоресцентная гибридизация ДНК-ДНК in situ
FITC - флуоресциин-изотиоцианат
FLpter - фракционное расстояния от теломера короткого плеча
хромосомы (выражается в долях единицы)
GGA4 - хромосома курицы
GTP - гуанозин-трифосфат
HSA4 - хромосома человека
ORF - открытая рамка считывания
QTL - локус количественного признака
RBG - репликационная R-окраска хромосом
SDS - додецилсульфат натрия

ветственно. Методом гибридологического анализа косегрегации микросател-литных ДНК-маркеров и количественных признаков были определены маркеры для интервалов генетической карты (районов хромосом), контролирующих QTL ST53 (Wardecka et al., 2002). С использованием баз данных компьютерной сети интернет показана локализация QTL ST53 в пределах интервала, ограниченного микросателлитными локусами MCW0114 и ADL0241. Установлено следующее положение микросателлитных маркеров локуса ST53 на GGA4: MCW0114 - 17.834.202-17.834.699 п.н. и ADL0241 -16.643.314-16.643.645 п.н. На хромосоме 4 это район GGA4ql 1-12 (Стеколь-никова и др. 2006).
1.4.3. Выявление критического интервала для ST53.
В.А. Стекольниковой было установлено следующее положение микросателлитных маркеров локуса ST53 на GGA4: MCW0114 - 17.834.202-17.834.699 п.н. и ADL0241 - 16.643.314-16.643.645 п.н. (Стекольникова, 2006) Полученный интервал величиной 1.2 млн.п.н. является критическим для признака ST53 (Рисунок 1). Выявлено 16 EST (кодирующих последовательностей) домашней курицы, расположенных в этом районе, которые можно считать генами - позиционными кандидатами для этого QTL. Из них 2 EST представляет собой структурные гены этого объекта, 10 имеют высокую степень гомологии с известными генами человека, а 4 - с генами предсказанных (гипотетических) белков этого вида (Таблица 2).