Идентификация и изучение полиморфизма генов-гомологов Sus4 и Rx1 у представителей рода Solanum секции Petota

• Автор: Борис, Ксения Витальевна
• Шифр специальности: 03.02.07
• Научная степень: Кандидатская
• Год защиты: 2013
• Место защиты: Москва
• Количество страниц: 139 с. : ил.

Глава 1. Обзор литературы
1.1.1 Состав и классификация семейства Solanaceae (Пасленовые)
1.1.2 Род Solanum секции Petota и Lycopersicon
1.1.3 Картофель. Углеводный состав клубней
1.1.4 Ферменты углеводного обмена растений и кодирующие их гены
1.1.5 Метаболизм углеводов в клубнях картофеля
1.1.6 Фермент сахарозосинтаза и его функции в растениях
1.1.6.1 Семейство генов Sus, кодирующих сахарозосинтазу растений
1.1.6.2 Гены сахарозосинтазы семейства Solanaceae
1.2.1 Иммунитет растений и гены устойчивости растений к биотическим факторам
1.2.1.1 .Модели узнавания патогена
1.2.1.2. Классификация генов устойчивости растений
1.2.1.3 Классификация NBS-LRR белков
1.2.1.4. Эволюция генов устойчивости растений
1.2.1.5 Эволюция NBS-LRR белков
1.2.2 Вирусные болезни картофеля
1.2.3 Гены, определяющие устойчивость картофеля к X вирусу
( 1.2.3.1 Строение основных доменов гена Rxl
1.2.3.1.1 Структура и функции СС-домена
1.2.3.1.2 Структура и функции NBS-ARC домена (NBS домена)
1.2.3.1.3 Структура и функции LRR домена
1.2.4 Модель действия NBS-LRR белков
Глава 2. Материалы и методы
Глава 3. Результаты и обсуждение
3.1 Идентификация и анализ полиморфизма генов, кодирующих
сахарозосинтазу у видов Solanum секции Petota
3.1.1 Клонирование полных кодирующих последовательностей
генов-гомологов Sus4 у представителей рода Solanum секции Petota
3.1.2 Полиморфизм нуклеотидной последовательности генов
сахарозосинтазы видов Solanum секции Petota
3.1.3 Полиморфизм аминокислотной последовательности Sus4 белка

видов Solanum секции Petota
3.1.4 Филогенетический анализ последовательностей
генов сахарозосинтазы видов Solanum секции Petota
3.2 Внутривидовой полиморфизм фрагмента сахарозосинтазного
домена гена Sus4
3.2.1 Полиморфизм нуклеотидной последовательности
фрагментов генов Sus4 S. tuberosum
3.2.2 Кластерный анализ последовательностей фрагментов гена Sus4
3.2.3 Полиморфизм аминокислотной последовательности
фрагмента белка Sus4 сортов S1, tuberosum
3.3 Полиморфизм генов сахарозосинтазы у культурных и дикорастущих
видов томата
3.3.1 Анализ нуклеотидной последовательности фрагментов
генов Sus2 томата
3.3.2 Анализ аминокислотной последовательности фрагмента
белка Sus2
3.4 Полиморфизм генов сахарозосинтазы у представителей семейства Solanaceae и возможность их использования для проведения филогенетического анализа
3.4.1 Полиморфизм фрагмента сахарозосинтазного домена
генов-гомологов Sus4 у представителей семейства Solanaceae
3.4.2 Полиморфизм глюкозилтрансферазного домена
генов-гомологов Sus4 у представителей семейства Solanaceae
3.4.3 Филогенетический анализ последовательностей, кодирующих глюкозилтрансферазный домен у видов Solanaceae
3.5 Идентификация генов-гомологов Rxl у видов Solanum секции Petota
и изучение их полиморфизма
3.5.1 Подбор образцов для получения генов-гомологов Rx
3.5.2 Разработка праймеров для амплификации генов-гомологов Rxl
у видов Solanum секции Petota
3.5.3 Экзон-интронная структура генов-гомологов Rxl видов Solanum
секции Petota
3.5.4 Полиморфизм последовательностей генов-гомологов Rxl

видов Solanum секции Petota
3.5.5 Полиморфизм аминокислотных последовательностей
генов-гомологов Rxl видов Solanum секции Petota
3.5.6. Кластерный анализ аминокислотных последовательностей
Rxl белков видов Solanum секции Petota
3.6 Анализ полиморфизма NBS доменов генов-гомологов Rxl
методом EcoTILLING
Закл ючение
Основные выводы
Список сокращений
Публикации по теме диссертации
Список литературы
Приложение

Алнатьева
133 Грот РФ +
134 Динар РФ +
135 Глория РФ +
136 Августин РФ +
137 Северянка РФ +
138 Дубок РФ +
139 Грунтовой Грибовский РФ +
140 Росинка РФ +
141 Талалихин РФ +
142 Бычье сердце РФ +
143 Ликурич РФ +
144 S. rickii -f~
Род olanum подрод Solan im Секция Dulc tt тага
145 S. dulcamara +
Род 4olanum подрод Sola tum Секция Sol mum
146 S. nigrum +
р од Soli mum подрод Leptoste топит Секция Crinitu m
147 S. sisymbriifolium +
Р(] a Sola гит подрод Leptostei 1 опит Секция Л lelong та
148 S. melongena cv. Викар + +
149 S. melongena cv. Скороспелый +
Род Solanum пс дрод Minon
150 S. pseudocapsicum + +
151 S. stenotomum +
Триба Hyos :yameae
152 Atropa belladonna + +
153 Scopolia camiolica +
Триба Da ureae
154 Datura stramonium +
155 Datura arborea + +
Триба L' cieae
156 Lycium barbarum +
Триба Phi saleae
157 Physalis philadelphica + +
Триба Caj isiceae
158 Capsicum annuum cv. Маяк +
Подсемейство IN icotianoideae
159 Nicotiana tabacum + +
160 Nicotiana benthamiana +
Подсемейство ‘etunioidcac
161 Brunfelsia spp. +
162 Petunia hybrida +
+ - образцы, взятые для анализа