Видовая специфичность и таксономические взаимоотношения видов StY-геномной группы рода Elymus L. Азиатской России

• Автор: Кобозева, Елена Валерьевна
• Шифр специальности: 03.02.01, 03.02.07
• Научная степень: Кандидатская
• Год защиты: 2014
• Место защиты: Новосибирск
• Количество страниц: 227 с. : ил.

Оглавление

Введение
Глава 1. Общая характеристика, видовой состав и распространение видов StY-геномной группы рода Elymus L
1.1. Положение, объем и геномный состав рода Elymus в трибе Triticeae
сем. Роасеае
1.1.1. Краткая характеристика рода Elymus
1.1.2. Традиционные подходы в систематике рода
1.1.3. Роль геномной системы классификации в систематике рода Elymus
1.2. Состав и общая характеристика StY-геномной группы видов рода Elymus
1.2.1. Положение видов StY-геномной группы в роде Elymus
1.2.2. Морфологическая, эколого-географическая характеристика StY-геномных видов и их распространение в Азиатской России
1.2.3. История рода Roegneria С. Koch
1.2.4. Гипотезы происхождения гаплома Y
1.3. Комплексный подход в применении классических и современных методов систематики и таксономии
1.3.1. Биосистематический подход к изучению растений и их
видовой принадлежности
1.3.2. Применение белковых маркеров в биосистематике
1.3.3. Молекулярно-генетические аспекты как современный инструмент
для классификации таксонов рода Elymus
1.3.4. Таксономические трудности видов StY-геномной группы
Глава 2. Материалы и методы
2.1. Материалы
2.2. Сравнительно-морфологический анализ
2.3. Экстракция и электрофорез белков зерновки и гистона Н
2.4. Анализ полиморфизма межмикросателлитных повторяющихся последовательностей (ISSR, inter simple sequence repeats) ДНК
2.5. Статистический анализ
2.6. Гибридизация и оценка наследования морфологических
признаков
Глава 3. Таксономические отношения между видами
StY-геномной группы подсекции Curvati рода Elymus
на территории Азиатской России
3.1. Взаимоотношения центрально-азиатских видов E. fedtschenkoi, E. nevskii и E. praeruptus
3.1.1. Номенклатура и синонимика
3.1.2. Морфологическая дифференциация
3.1.3. Анализ изменчивости запасных белков эндосперма
3.1.4. Взаимоотношения видов, выявляемые молекулярно-генетическими методами
3.1.5. Репродуктивные взаимоотношения видов
3.2. Внутривидовой полиморфизм по морфологическим признакам
и спектрам запасных белков эндосперма E. gmelinii
3.2.1. Номенклатура и синонимика
3.2.2. Анализ изменчивости морфологических признаков
3.2.3. Анализ изменчивости биохимических признаков
Глава 4. Изменчивость и таксономические отношения видов внутри и между
подсекциями Pendulini и Ciliares рода Elymus
4.1. Изменчивость и таксономические взаимоотношения между видами подсекции Pendulini: E. pendulinus, E. brachypodioides
и E. vernicosus
4.1.1. Номенклатура и синонимика
4.1.2. Анализ изменчивости морфологических признаков
4.1.3. Анализ изменчивости биохимических признаков
4.1.4. Молекулярно-генетический анализ
4.1.5. Репродуктивные взаимоотношения видов E. pendulinus,
E. brachypodioides и E. vernicosus
4.2. Уровни морфологической и биохимической специфичности и репродуктивной обособленности видов подсекции Ciliares:
E. ciliaris и E. amurensis
4.2.1. Номенклатура и синонимика
4.2.2. Анализ изменчивости морфологических признаков
4.2.3. Анализ изменчивости биохимических признаков
4.2.4. Уровни репродуктивной обособленности E. ciliaris и
E. amurensis
4.3. Возможность интрогрессии между видами E. ciliaris и E. pendulinus в связи с гипотезами происхождения E. amurensis
4.3.1. Методологические предпосылки для установления филогении
E. amurensis
4.3.2. Сравнительный анализ по экспериментальным данным
Г лава 5. Форма верхних цветковых чешуй у видов с разной геномной
конституцией и применение этого признака для целей таксономии
в роде Elymus
Глава 6. Конспект видов рода Elymus с геномом StY
на территории Азиатской России
Выводы
Список сокращений
Список литературы

используемыми в настоящее время в филогенетических исследованиях (Zhang et al., 2002; Li et al., 2005). T.B. Матвеевой и др. (2011) метод ISSR-маркирования был описан следующим образом: “ISSR маркеры были разработаны как альтернатива RAPD. Данный метод основан на амплификации последовательностей, ограниченных двумя микросателлитными повторами в присутствии праймера, комплементарного к последовательности данного микросателлита (4-12 единицам повтора) и несущие на одном из концов последовательность из двух-четырех произвольных нуклеотидов (так называемый “якорь”) (Zietkiewicz et al., 1994; Gupta et al., 1994; Bornet, Branchard, 2001). Такие праймеры позволяют амплифицировать фрагменты ДНК, которые находятся между двумя достаточно близко расположенными микросателлитными последовательностями (как правило, это уникальная ДНК). В результате амплифицируется большое число фрагментов, представленных на электрофореграмме дискретными полосами (ISSR-фингерпринтинг). Полученные паттерны ПЦР-продуктов в значительной степени видоспецифичны, кроме того, они значительно надежнее RAPD-маркеров (Zietkiewicz et al., 1994; Gupta et al., 1994; Prevost, Wilkinson, 1999; Боронникова, 2009). ISSR-маркеры относятся к маркерам доминантного типа наследования. Они дешевы в использовании, не требуют предварительных знаний о последовательности ДНК и вместе с тем дают более воспроизводимые результаты, чем RAPD-маркеры (Wolfe et al., 1998)” (Матвеева и др., 2011, с. 38-39).
В частности в роде Elymus многими зарубежными авторами был применен ISSR анализ (Ма et al., 2008; 2012; Zhou et al., 2013). Этот метод успешно применяется многими авторами совместно с другими молекулярно-генетическими методами для установления филогенетических отношений внутри других семейств, например ISSR-маркеры совместно с данными секвенирования ITS использовали для филогенетических исследований секции Melanium в пределах рода Viola (Yockteng et al., 2003). С этой же целью ISSR-маркеры совместно с сиквенсами различных последовательностей были использованы для семейств Cycadaceae и Asphodelaceae (Treutlein et al., 2003 a, b, 2005).
У злаков ISSR-маркеры вместе с IRAP и REMAP [Retrotransposone Microsatellite Amplified Polymorphism, полимеразная цепная реакция между праймером к фрагменту ретротранспозона с длинными концевыми повторами