Гибридизация, полиморфизм и филогенетические отношения видов рода Rosa L.

• Автор: Шанцер, Иван Алексеевич
• Шифр специальности: 03.02.01
• Научная степень: Докторская
• Год защиты: 2011
• Место защиты: Москва
• Количество страниц: 296 с. : ил.

Содержание

Введение
Глава 1. Современное состояние изученности рода Rosa
1.1. Системы рода Rosa и диагностика видов
1.2. Числа хромосом, системы размножения и наследование признаков
1.3. Гипотезы о филогении рода Rosa
1.4. Филогеография и изучение природных популяций шиповников
Глава 2. Концепции вида и их применимость в роде Rosa
2.1. Типологическая концепция вида
2.2. Комаровская концепция вида - морфолого-географический метод
2.3. Биологическая концепция вида
2.4. Филогенетические и генеалогические концепции вида
2.5. Сравнение разных концепций вида и возможности их синтеза. Когезивная концепция вида А. Темплтона
2.6. Монотипический и политипический вид
2.7. Ценофильная и ценофобная линии эволюции у растений. Ценофилы и ценофобы у Rosa
2.8. Критерии вида у Rosa
Глава 3. Материал и методы исследования
3.1. Изученные материалы
3.2. Изучение систем размножения и гибридизациониые эксперименты в природе
3.3. Морфологические признаки
3.4. Выделение ДНК
3.5. Использованные маркеры и параметры полимеразной цепной реакции (ПЦР)
3.6. Статистическая обработка результатов
Глава 4. Вид у шиповников с нормальным половым процессом
4.1. Диплоидные шиповники секции Cinnamomeae (Rosa)
4.1.1. Морфологическая изменчивость и системы размножения у R. majalis
4.1.2. Изменчивость ISSR маркеров у R. majalis
4.1.3. Изменчивость ITS1 и хлоропластных гаплотипов у R. majalis
4.1.4. Изменчивость у североамериканских диплоидных видов секции Cinnamomeae
4.1.5. Межвидовая гибридизация у диплоидов и полиплоидов
4.2. Полиплоидные шиповники секции Cinnamomeae и гомологические ряды изменчивости в роде Rosa
Глава 5. Вид у гетерогамных шиповников секции Caninae
5.1. Современное понимание границ видов в русской и западноевропейской школах
5.2. Системы размножения и наследование признаков в секции Caninae
5.3. Структура локальных популяций и изменчивость морфологических признаков
5.3.1. Репродуктивная изоляция
5.3.2. Гибридизация с репродуктивной изоляцией гибридов
5.3.3. Однонаправленная интрогрессивная гибридизация

5.3.4. Разнонаправленная интрогрессия при гибридизации нескольких видов секции Сашпае и образование скоплений
гибридов
5.3.5. Несоответствие морфологической и генетической структуры популяций
5.3.6. Гибридизация у шиповников секции Caninae:
причины и последствия
Глава 6. Филогения рода Rosa
6.1. Современные данные о филогении Rosa
6.2. Генеалогический анализ гаплотипов ITS 1
6.3. Генеалогический анализ гаплотипов tmL-tniF
6.4. Укоренение сетей гаплотипов и предковая группа роз
6.5. Секционное деление рода Rosa в свете
молекулярно-филогенетических данных
Заключение
Выводы
Благодарности
Список литературы 2
Приложения
Приложение 1. Гербарные сборы автора в природных популяциях шиповников, проводившиеся в европейской части России, на Украине, в Австрии, Германии и Таиланде с 1999 по 2010 гг.

держки не получил ни один внутренний узел, за исключением узла, лежащего в основании клады секции Ganinae в Байесовском анализе (апостериорная вероятность 0,98). Во-вторых, в секции Caninae виды, представленные в анализе несколькими образцами, ни в одном случае не образовали монофилети-ческих групп, напротив, образцы одного вида во всех случаях оказались в разных кладах.. Обращает на себя внимание также тот любопытный факт, что все без исключения клады, получившие на деревьях высокую поддержку (бутстреп индексы или апостериорная вероятность выше 0,9), состоят из, образцов либо собранных из одного местонахождения в природе, либо выращенных в ботаническом саду Вагенингена. Весьма показательными оказываются также общие параметры 4 деревьев, полученных методом максимальной экономии. Значение индекса состоятельности С1= 0,147 указывает на то, что только около 15% из 483 изменчивых признаков в матрице являются си-напоморфиями; значение индекса удерживаемости RI=0,495 говорит о том, что только половина из этих потенциальных синапоморфий оказываются реальными синапоморфиями на дереве. Это примерно 36 признаков, что, безусловно, очень мало для матрицы, из 92 образцов. Хотя авторы статьи никак не комментируют эти цифры в обсуждении полученных ими результатов, последние вполне объясняют причины низкой поддержки узлов деревьев и однозначно указывают на то, что AFLP маркеры не особенно хорошо подходят для филогенетического анализа рода Rosa. По большей части они проявляются на деревьях, как гомоплазии, что ничуть не удивительно, учитывая вероятность современной и исторической гибридизации у шиповников.
Несколько групп исследователей попытались использовать для реконструкции филогении Rosa последовательности ДНК из различных участков генома: ядерные последовательности внутреннего транскрибируемого спей-сера гена рибосомальной РНК (ITS) и ряд вариабельных хлоропластных последовательностей (гена matK, интрона гена tmL, межгенных спейсеров tmL-tmF, psbA-trnH и atpB-rbcL). В более ранних из них (Matsumoto et al., 1998,