Изменение метаболома бактерий класса молликут под воздействием внешних факторов

• Автор: Ванюшкина, Анна Алексеевна
• Шифр специальности: 03.01.04
• Научная степень: Кандидатская
• Год защиты: 2014
• Место защиты: Москва
• Количество страниц: 163 с. : ил.

ОГЛАВЛЕНИЕ
Список сокращений
Актуальность работы
Цель работы
Научная новизна и практическая значимость работы
Апробация работы
Личный вклад автора
Объем работы
Публикации
1. ВВЕДЕНИЕ
2. ЛИТЕРАТУРНЫЙ ОБЗОР
2.1 Особенности метаболизма молликут
2.2 Реконструкции карт метаболизма исследуемых организмов
2.3 Основные методы, используемые для анализа метаболитов бактерий
2.3.1 Тушение метаболизма и экстракция метаболитов
2.3.2 Методы разделения и анализа метаболитов
2.3.2.1 Газовая хроматография
2.3.2.2 Капиллярный электрофорез
2.3.2.3 Жидкостная хроматография
2.3.2.4 Выбор оптимальных условий проведения хроматографического разделения метаболитов
2.3.3 Детектирование и идентификация метаболитов
2.4 Обработка данных и интерпретация результатов анализа метаболитов
2.4.1 Обработка полученных данных
2.4.2 Способы интерпретации полученных результатов
2.5 Оценка адаптационных возможностей бактерий с применением метаболомного анализа

2.5.1 Применение качественного анализа метаболитов
2.5.2 Применение количественного анализа метаболитов
2.6 Перспективы метаболомики
3. МАТЕРИАЛЫ И МЕТОДЫ ИССЛЕДОВАНИЯ
3.1 Штамм бактерий и условия культивирования
3.2 Определение устойчивости культуры к кислотному и осмотическому воздействию
3.2.1 Определение устойчивости культуры к кислотному воздействию
3.2.2 Определение устойчивости культуры к осмотическому воздействию
3.3 Химические реактивы
3.4 Экстракция метаболитов
3.5 Инструменты и ВЭЖХ-МС параметры
3.6 Идентификация метаболитов и программное обеспечение
3.7 Сравнительный анализ метаболомов & теШ/егит, М. gallisepticг^m и А. 1тс11спт
3.8 Выравнивание аминокислотных последовательностей
4. РЕЗУЛЬТАТЫ И ОБСУЖДЕНИЕ
4.1 Анализ метаболома бактерий А. ШсИаи'П, Б. теШ/егит и М. galliseplicum..
4.2 Реконструкция метаболизма У теШ/егит, М. р,аШаерпсит и А.1тс11ат
4.2.1 Удаление реакций из первичной схемы метаболизма
4.2.2 Реакции, приводящие к образованию «мертвых концов» в схеме метаболизма
4.2.3 Заполнение пробелов в схеме метаболизма
4.2.4 Выявленные особенности метаболизма молликут
4.3 Пентозофосфатный путь в клетках молликут
4.4 Составление списков возможных внутриклеточных метаболитов исследуемых видов молликут
4.5 Детектирование метаболитов трех видов молликут с помощью метода ВЭЖХ-МС/МС
4.6 Идентификация метаболитов бактерий А. 1тсИауИ, Б. теШ/егат и М. gallisepticum

4.7 Сравнительный количественный анализ метаболомов трех видов М. gallisepticum, А. 1тс11<тп и X теШ/егит
4.8 Накопление метаболитов относительно компонентов отдельных метаболических путей теШ/егит, М. gallisepticum и А. 1тШам/И..
4.9 Влияние аминокислотных замен на активность ферментов
4.10 Исследование адаптации молликут к кислотному воздействию..
4.11 Исследование адаптации молликут к осмотическому воздействию
5. ЗАКЛЮЧЕНИЕ
6. ВЫВОДЫ
7. БЛАГОДАРНОСТИ
8. СПИСОК ЛИТЕРАТУРЫ
ПРИЛОЖЕНИЕ
ПРИЛОЖЕНИЕ
Выравнивание аминокислотных последовательностей ферментов

необходимость дериватнзации образца усложняет этап пробоподготовки образца для поведения разделения метаболитов с помощью газовой хроматографии [92].
2.3.2.2 Капиллярный электрофорез
Кроме газовой хроматографии для разделения метаболитов используется метод капиллярного электрофореза (КЭ). Разделение метаболитов с помощью метода КЭ основано на физико-химических различиях в размерах и зарядах молекул. Основным преимуществом метода КЭ, в отличие от методов хроматографического разделения, является возможность одновременной регистрации катионов и анионов в малом объеме пробы (объем необходимого образца до 30 нл) [93]. Основной недостаток этого метода заключается в сложности совмещения капиллярного электрофореза с последующей масс-спектрометрической детекцией из-за отсутствия потока переносящей жидкости. Кроме того, по сравнению с методом хроматографического разделения капиллярный электрофорез имеет существенно меньшую разрешающую способность. Метод капиллярного электрофореза может быть применен для анализа метаболома, однако, в настоящее время, в связи с основными недостатками метода данный подход не получил широкого распространения в метаболомных исследованиях [94-96].
2.3.2.3 Жидкостная хроматография
Одним из наиболее эффективных способов разделения смеси метаболитов является метод жидкостной хроматографии. Жидкостная хроматография (ЖХ) -это способ разделения веществ, основанный на распределении компонентов смеси между подвижной (жидкой) и неподвижной (твердой) фазами [1]. Подвижной фазой в ЖХ является жидкость, называемая элюентом, а неподвижная фаза представляет собой твердый сорбент, наполняющий колонку. Разделение метаболитов в методе ЖХ основано на различии в таких физико-химических