Картирование регуляторных последовательностей в составе ретротранспозонов HERV-K (HML-2) и L1

• Автор: Александрова, Елена Александровна
• Шифр специальности: 03.01.03
• Научная степень: Кандидатская
• Год защиты: 2013
• Место защиты: Москва
• Количество страниц: 103 с. : ил.

ОГЛАВЛЕНИЕ.
СПИСОК СОКРАЩЕНИЙ
ВВЕДЕНИЕ
ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ
Глава I. Характеристика мобильных элементов
1.1 Ретроэлементы класса LINE
1.2 Ретроэлементы класса SINE
1.3 Ретропозоны SVA
1.4 Процессированные псевдогены
1.5 LTR-ретротранспозоны и эндогенные ретровирусы
1.6 Интроны группы II (ретроинтроны)
1.7 Penelope - подобные элементы
Глава II. Роль антисмысловых промоторов ретроэлементов в геномах эукариот
II. 1 Антисмысловые промоторы ретроэлементов в качестве альтернативных
промоторов генов
II. 2 Модель «Разбивания генов»
11.3 Изменение уровня экспрессии генов в результате эпигенетических механизмов, обусловленных активностью АСП
11.4 Регуляция уровня экспрессии ретроэлементов по механизму РНК-интерференции, опосредованной активностью содержащихся в них АСП..
ЭКСПЕРИМЕНТАЛЬНАЯ ЧАСТЬ
Обоснование работы и поставленные задачи
Материалы и методы
1. Материалы
2. Методы
Результаты и их обсуждение
I. Полногеномная идентификация и анализ промоторной активности транскрипционно-активных человек-специфичных LTR HERV-K (HML-2)
II. Роль «минимального промотора» и внутренней области 5' НТО ретротранспозона L1 в инициации транскрипции

ВЫВОДЫ
СПИСОК ЛИТЕРАТУРЫ
ПРИЛОЖЕНИЕ

СПИСОК СОКРАЩЕНИЙ.
МГЭ - мобильные генетические элементы;
РЭ - ретроэлементы;
LINE (Long Interspersed Nuclear Elements) - длинные диспергированные повторы;
SINE (Short Interspersed Nuclear Elements) - короткие диспергированные повторы;
LTR (Long Terminal Repeat) - длинный концевой повтор;
ЭРВ - эндогенный ретровирус человека;
5’ (3’) НТО - 5’ (3’) негранслируемая область;
ОРС - открытая рамка считывания;
TPRT (Target Primed Reverse Transcription) - механизм ретротранспозиции LINE элементов;
ПЦР - Полимеразная Цепная Реакция;
ОТ - обратная транскрипция;
RACE (Rapid Amplification of cDNA Ends ) - метод быстрой амплификации концов кДНК; п.н. - пары нуклеотидов; т.п.н. - тысяч пар нуклеотидов;
АСП - антисмысловой промотор;
дцРНК - двуцепочечная РНК;
киРНК - короткие интерферирующие РНК;
piPHK - короткие РНК, взаимодействующие с белками семейства PIWI;
RISC (RNA-induced silencing complex) - комплекс, осуществляющий РНК-интерференцию;
ТНТ - точка начала транскрипции;
TR (Terminal Repeat) - концевой повтор;
ФТ - фактор транскрипции;
GREM (Genomic Repeat Expression Monitor) - метод полногеномной идентификации транскрипционно-активных повторов.

ЭКСПЕРИМЕНТАЛЬНАЯ ЧАСТЬ Обоснование работы и поставленные задачи
Понимание молекулярных механизмов регуляции экспрессии генов является одной из главных задач молекулярной биологии. Несмотря на то, что на сегодняшний день существует широкий спектр молекулярно-биологических, в т.ч. широкомасштабных, методов исследования транскрипции генов, структура многих промоторов и механизмы, лежащие в основе тканеспецифичности их экспрессии так и остаются невыясненными. Особый интерес для изучения представляют собой промоторы МГЭ, являющиеся источником генетической нестабильности за счет широкого спектра механизмов, некоторые из которых были описаны выше. Данная работа посвящена изучению структур и транскрипционной активности промоторов РЭ двух типов, занимающих в совокупности около четверти ДНК человека: промоторам эндогенных ретровирусов семейства НЕЯУ-К (НМЬ-2) и промоторам ретротранспозона Ь1.
Цели и задачи исследования
Целями настоящей работы являлись (1) изучение промоторной активности ЬТБМ« в контексте геномного окружения, а также (2) детальный анализ 5’ НТО Ы с целью выявления функционально значимых областей промотора Ы для обеспечения эффективной инициации транскрипции ретротранспозона.
Были поставлены следующие задачи:
1. с использованием разработанного в лаборатории метода полногеномного поиска транскрипционно-активных промоторов повторяющихся элементов, определить профили экспрессии транскрипционно-активных ЬТЯ_Ьз для двух тканей - семиномы и нормальной паренхимы яичка человека.
2. проанализировать зависимость транскрипционной активности СЛЦи от геномного окружения и от типа ткани (норма или опухоль).
3. определить местоположение сайта инициации транскрипции человек-специфичных ЬТЯ НЕЯУ-К (НМЬ-2).
4. идентифицировать наиболее важные для обеспечения транскрипционной активности участки 5’ НТО Ы.
5. определить влияние делеции «минимального промотора» Ы на положение точки начала транскрипции на примере экзогенной конструкции, содержащей 5’ НТО Ь1.