Характеристика геномной организации МНС в Oreochromis niloticus

• Автор: Донгак, Роман Шивит-оолович
• Шифр специальности: 03.00.26
• Научная степень: Кандидатская
• Год защиты: 2003
• Место защиты: Тюбинген
• Количество страниц: 161 с. : ил.

Содержание
I. Введение
1. Главный комплекс гистосовместимости (МНС): от трансплантации опухолей до презентации антигена
2. Структура молекул МНС
3. Распознавание антигена и функция молекул МНС
4. Организация генов МНС
5. Геномная организация МНС: от млекопитающих до рыб
6. Полиморфизм и механизмы диверсификации генов МНС
7. Классификация и географическое распространение циклидов
8. Цели проекта
II. Оборудование, материалы и реагенты
1. Объект
2. Оборудование
3. Материалы
3.1. Наборы
4. Химикаты и реагенты
4.1 Растворы и буферы
4.2. Реагенты для полимеразной цепной реакции
4.3. Антибиотики и ферменты
4.4. Среды
5. Векторы клонирования и бактериальные штаммы
III. Методы
1. Стандартные методы.

1.1. Фенол-хлороформная экстракция ДНК
1.2. Осаждение ДНК этанолом
1.3. Осаждение плазмидной ДНК изопропанолом
1.4. Горизонтальный гель электрофорез
1.4.1. Разделение низкомолекулярных фрагментов ДНК
1.4.2. Разделение высокомолекулярных фрагментов ДНК
1.4.2.1. Гель электрофорез в пульсирующем поле
1.4.2.2. Длинный гель электрофорез
1.5. Определение содержания ДНК
1.5.1. Спектрофотометрическое определение содержания ДНК
1.5.2. Определение содержания ДНК с помощью бромида этидия
1.6. Центрифугирование
2. Ферментные методы
2.1. Рестрикция ДНК энзимами
2.1.1. Рестрикция ВАС клонов Notl для определения размера ДНК-включения
2.1.2. Рестрикция ВАС клонов эндонуклеазой Taql для определения числа л оку сов МНС
2.1.3. Частичная рестрикция ВАС клонов
2.2. Реакции лигации
2.2.1. Лигация фрагментов ДНК в вектор pGEM-T Easy
3. Извлечение ДНК
3.1. Извлечение фрагментов ДНК из агарозной геля
3.2. Извлечение ДНК методом щелочного лизиса
3.3. Извлечение ДНК ВАС клонов для секвенирования
4. Полимеразная цепная реакция
4.1. Амплификация полимеразной цепной реакцией и праймеры
5. Трансформация бактериальных клеток
5.1. Приготовление химически компетентных клеток бактерий E.coli
5.2. Трансформация E.coli штамма JM
6. Перенос фрагментов ДНК
6.1. Капиллярное блоттирование фрагментов ДНК
6.2. Точечное блоттирование колонии единственной бактерии
7. Гибридизация
7.1. Хемилюминесцентная гибридизация
7.1.1. Прегибридизация
7.1.2. Гибридизация
7.1.3. Промывка после гибридизации
7.1.4. Авторадиография
7.2. Радиоактивная гибридизация
7.2.1. Прегибридизация
7.2.2. Гибридизация
7.2.3. Промывка после гибридизации
8. Зонды для гибридизации
9. Секвенирование
9.1. Приготовление акриламидной гели для электрофореза
9.2. Реакция секвенирования
9.2.1. Секвенирование продуктов ПГДР
9.2.2. Секвенирование концевых последовательностей ВАС клонов
10. Праймеры для секвенирования
11. Секвенирование клона АП
12. Анализ последовательностей ДНК
13. Филогенетический анализ
IV. Результаты
1. Извлечение ВАС клонов, содержащих гены класса I МНС
2. Извлечение ДНК класс I ВАС клонов и оценка размера ДНК включения
3. Число локусов класса I МНС

Пленки для излучений Fuji Инкубаторы:
Температурная мешалка Comfort Микроволновая печь Privileg 7032 Печь для гибридизации Водяная баня GLF1083 Мешалка Unimax 2010 Вакуумная печь Электропоратор EasyjecTPrima Секвенатор
ДНК секвенатор LI-COR Long ReadIR Другое оборудование:
Цифровой рН-метр Спектрофотометр Спектрофотометр GeneQuant II Трансиллюминатор 2040EV UV Stratalinker 1800 Г орелка Бюнзена The Clean Spot UY/ ПЦР станция Машина для проявки CURIX
(Eppendorf)
(Heidolph), Ройтлинген (Bachofer), Ройтлинген
(MWG Biotech), Эберсберг
(Bachofer, Ройтлинген) (Pharmacia Biosystems) (Pharmacia Biosystems)
(Stratagene)
(AGFA), Ройтлинген
3. Материалы
Бумага Whatman™ ЗММ Бумажные салфетки Миски/чашки Пинцеты
Микропипетки: 2мкл, 20мкл, 200мкл, ЮООмкл (Gilson)