Полиморфизм пяти генов, ассоциированных с широко распространенными и социально значимыми заболеваниями, в популяциях восточных славян

• Автор: Кожекбаева, Жанна Мухамеджановна
• Шифр специальности: 03.00.15
• Научная степень: Кандидатская
• Год защиты: 2004
• Место защиты: Москва
• Количество страниц: 100 с.

Список используемых сокращений
ПЦР - полимеразная цепная реакция
ПДРФ - полиморфизм длины рестрикционных фрагментов
VNTR (Variable Number of Tandem Repeat) - варьирующее число
тандемных повторов
RH (relative hazard) - относительный риск
СПИД - синдром приобретённого иммунодефицита,
ВИЧ - вирус иммунодефицита человека
CCR5 (CHEMOKINE, СС MOTIF, RECEPTOR 5) - ген хемокинового рецептора CCR5
CCR2 (CHEMOKINE, СС MOTIF, RECEPTOR 2) - ген хемокинового рецептора CCR2
SDF1 (STROMAL CELL-DERIVED FACTOR 1) - альтернативное название гена хемокина CXCL12 (CHEMOKINE, СХС MOTIF, LIGAND 12) АРОЕ (APOLIPOPROTEIN Е) - ген аполипопротеина Е DRD4 (DOPAMINE RECEPTOR D4) - ген рецептора дофамина D4 ЭДТА - этилендиаминтетрауксусная кислота ПААТ - полиакриламидный гель SDS (sodium dodecyl sulfate) - додецил сульфат натрия

СПИСОК ИСПОЛЬЗОВАННЫХ СОКРАЩЕНИЙ
Актуальность проблемы
Цели и задачи исследования
Научная новизна
Практическая значимость
Апробация работы
ГЛАВА 1. ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ
1.1. Популяционно-генетические исследования
1.1.1 .Популяционно-генетические исследования: филогенетические и медицинские аспекты
1.1.2. Популяционная генетика восточных славян
1.2. Структурно-функциональные характеристики исследуемых
генов
1.2.1 Гены человека, определяющие устойчивость к синдрому приобретенного иммунодефицита (СПИД)
1.2.2. Структура и функции гена аполипопротеина АРОЕ в связи
с проблемой адаптации
1.2.3 Ген рецептора дофамина БШ)4: медико-генетические
особенности, ассоциированные с мажорными аллелями
ГЛАВА 2. МАТЕРИАЛЫ И МЕТОДЫ
2.1. Материалы
2.2. Методы
2.2.1. Выделение ДНК
2.2.2. ПЦР-амплификация
2.2.3. Использованные растворы и реактивы
2.2.4. Статистический анализ данных
ГЛАВА 3. РЕЗУЛЬТАТЫ И ОБСУЖДЕНИЕ
3.1. Определение частот ВИЧ-протективных аллелей CCR5delta32,
CCR2-64I и SDF1-3 'А в выборках русских, украинцев и белорусов, и расчет относительного риска развития СПИД
у ВИЧ-инфицированных в этих популяциях
3.1.1 Типирование аллеля CCR5delta32 и частот ВИЧ/СПИД
протективных генотипов по локусу CCR5
3.1.2. Типирование аллеля CCR2-64Iи определение частот ВИЧ/СПИД протективных генотипов по локусу CCR2
3.1.3. Типирование аллеля SDF1-3 ’А и определение частот ВИЧ/СПИД протективных генотипов по локусу SDF1
3.1.4. Сопоставление установленных частот трех аллелей
у восточных славян с популяциями мира
3.2. Оценка относительного риска RH для русских, украинцев
« и белорусов
3.3. Определение частот аллелей и генотипов гена АРОЕ в выборках русских, украинцев и белорусов и исследование распределения частот аллелей этого гена в популяциях мира
3.3.1. Распределение аллелей и генотипов гена АРОЕ
в выборках русских, украинцев и белорусов
3.3.2. Распределение частот аллелей гена АРОЕ в популяциях
мира
3.4. Типирование аллелей по VNTR- локусу гена DRD4
в выборках из популяций России и сопредельных стран
3.4.1. Типирование и частоты VNTR аллелей гена DRD4
в выборках из популяций России и сопредельных стран
3.4.2. Анализ эмпирически установленного распределения частот генотипов по VNTR-локусу гена DRD4 на соответствие равновесному распределению Харди-Вайнберга
4. ВЫВОДЫ
< 5. СПИСОК ЛИТЕРАТУРЫ
ПРИЛОЖЕНИЯ
* БЛАГОДАРНОСТИ

народов (15-18%) большей примесью азиатских генов (как это предложено в [Рябов и др., 2002]) вряд ли возможно, так как при указанных различиях между популяциями и континентами повышение частоты аллеля на 2% потребовало бы притока более 10% населения из азиатских популяций, что противоречит данным по спектру и частотам гаплогрупп мтДНК о примеси в 2-3% для русских [Orekhov et al., 1998].
3.2. Оценка относительного риска RH для русских, украинцев и белорусов
На основе частот трехлокусных генотипов, эмпирически определенных в данной работе в выборках из популяций русских, украинцев и белорусов, рассчитаны значения относительного риска (RH) развития СПИДа у ВИЧ-инфицированных и смерти от СПИДа согласно генотип-специфичным оценкам относительного риска по [Winkler et al., 1998] (табл. 9).
Из трех изученных выборок самые низкие значения RH выявлены у русских: RHCnHtf=0.82+0.03 и 11НСМерти=0.79+0.03 по сравнению с 0.88+0.02 и 0.85+0.03 для украинцев и 0.86+0.02 и 0.82+0.02 для белорусов.
Частоты аллелей и рассчитанных значений относительного риска у русских, украинцев и белорусов сопоставлены с аналогичными данными • доступными из открытых публикаций для других народов (табл. 10).
В изученных нами популяциях значения RH попадают в интервал
0.79 -0.88, что лежит внутри значениям RH (0.75-0.93) для народов Европы.
Самые низкие в мире значения RH (0.63-0.74) получены для народов Австралии и Океании, что связано с самыми высокими в мире частотами аллеля SDFl-3'A, наблюдаемыми в этих популяциях (до 70%). Самые высокие значения RH (0.9-1.0) определены для ряда народов Восточной Азии и Африки, что связано с тем, что мутация CCR5delta32 в этих регионах практически отсутствует, а частоты других аллелей имеют средний уровень (см. табл. 5) [Su et al., 2000; Ramana et al., 2001].